Chẩn đoán vi khuẩn tả ở người đến xét nghiệm tại bệnh viện quân y 103 năm 2013 bằng kỹ thuật PCR

Luận văn thạc sĩ khoa học Trương Thị Lan Hương LỜI CẢM ƠN Tôi xin chân thành cảm ơn PGS TS Kiều Chí Thành PGS.TS Phạm Văn Ty người trực tiếp hướng dẫn khoa học tận tình giúp đỡ suốt trình nghiên cứu, hoàn thành đề tài Tôi xin chân thành cảm ơn anh chị cán khoa Kiểm soát nhiễm khuẩn – Bệnh viên Quân y 103 nhiệt tình giúp đỡ, bảo chia sẻ với thời gian thực tập Nhân dịp này, xin bày tỏ lòng biết ơn tới Ban Giám hiệu Trường Đại học Khoa học Tự nhiên - ĐHQGHN, Ban Chủ nhiệm khoa Sinh học, thầy giáo, cô giáo Bộ môn Vi sinh vật học động viên, dẫn, đóng góp ý kiến tạo điều kiện thuận lợi để hoàn thành luận văn Cuối cùng, xin cảm ơn gia đình, người thân bạn bè động viên, giúp đỡ suốt trình thực đề tài Hà Nội tháng 12-2014 Học viên: Trƣơng Thị Lan Hƣơng Chuyên ngành Vi sinh vật học Khóa 2011-2013 Luận văn thạc sĩ khoa học Trương Thị Lan Hương MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN MỤC LỤC DANH MỤC BẢNG BIỂU DANH MỤC HÌNH VẼ DANH MỤC VIẾT TẮT MỞ ĐẦU 1.Lí chọn đề tài Mục đích nghiên cứu Nội dung nghiên cứu Chƣơng 1: TỔNG QUAN VỀ TÀI LIỆU Error! Bookmark not defined 1.1 Tình hình bệnh tả Error! Bookmark not defined 1.1.1 Tình hình bệnh tả giới Error! Bookmark not defined 1.2 Vi khuẩn tả Error! Bookmark not defined 1.2.1 Đặc điểm hình thái Error! Bookmark not defined 1.2.2 Phân loại Error! Bookmark not defined 1.2.3 Kháng nguyên cấu trúc lớp vỏ vi khuẩn Error! Bookmark not defined 1.2.4 Độc tố vi khuẩn tả Error! Bookmark not defined 1.2.5 Khả gây bệnh Error! Bookmark not defined 1.2.6 Diễn biến bệnh Error! Bookmark not defined 1.2.7 Chẩn đoán Error! Bookmark not defined 1.2.7.1 Thời kỳ ủ bệnh Error! Bookmark not defined 1.2.7.2 Thời kỳ khởi phát Error! Bookmark not defined 1.2.7.3 Thời kỳ toàn phát Error! Bookmark not defined 1.2.8 Một số phương pháp chẩn đoán tả Error! Bookmark not defined 1.3 Tổng quan kĩ thuật PCR Error! Bookmark not defined 1.3.1 Nguyên tắc kỹ thuật PCR Error! Bookmark not defined 1.3.2 Các giai đoạn chu kì phản ứng PCR Error! Bookmark not defined 1.3.3 Các yếu tố ảnh hưởng đến phản ứng PCR Error! Bookmark not defined Chuyên ngành Vi sinh vật học Khóa 2011-2013 Luận văn thạc sĩ khoa học Trương Thị Lan Hương 1.3.4 Ứng dụng kĩ thuật PCR y học Error! Bookmark not defined Chƣơng 2: VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU Error! Bookmark not defined 2.1 Thời gian địa điểm nghiên cứu Error! Bookmark not defined 2.2 Vật liệu nghiên cứu Error! Bookmark not defined 2.2.1 Chủng giống vi sinh vật Error! Bookmark not defined 2.2.2 Mồi PCR Error! Bookmark not defined 2.3 Hóa chất thiêt bị Error! Bookmark not defined 2.3.1 Hóa chất Error! Bookmark not defined 2.3.2 Thiết bị Error! Bookmark not defined 2.3.3 Môi trường nuôi cấy dung dịch đệm Error! Bookmark not defined 2.4 Phương pháp nghiên cứu Error! Bookmark not defined 2.4.1 Phương pháp mô tả Error! Bookmark not defined 2.4.1.1 Cỡ mẫu cách chọn mẫu Error! Bookmark not defined 2.4.1.2 Các kỹ thuật lấy mẫu vận chuyển bệnh phẩm Error! Bookmark not defined 2.4.2 Phương pháp cấy truyền giữ giống vi sinh vật Error! Bookmark not defined 2.4.3 Thiết kế mồi đặc hiệu cho gen appA phyC Error! Bookmark not defined 2.4.4 Tách chiết ADN khuôn mẫu KIT QIAGEN Error! Bookmark not defined 2.4.5 Phương pháp m-PCR dùng để xác định nhanh serogroup O1, O139 hai biotype V cholerae serogroup O1 Error! Bookmark not defined 2.4.5.1 Phản ứng m-PCR1 Error! Bookmark not defined 2.4.5.1 Phản ứng m-PCR2 Error! Bookmark not defined 2.4.6 Điện di sản phẩm PCR Error! Bookmark not defined CHƢƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN Error! Bookmark not defined 3.1 Đặc điểm chung đối tượng nghiên cứu Error! Bookmark not defined 3.1.1 Phân bố đối tượng nghiên cứu theo giới tính, lứa tuổi Error! Bookmark not defined Chuyên ngành Vi sinh vật học Khóa 2011-2013 Luận văn thạc sĩ khoa học Trương Thị Lan Hương 3.2 Thiết kế mồi đặc hiệu cho gen mã hóa cholera toxin ctxA, rfbQ, IS1358, tcpA rstR Error! Bookmark not defined 3.2.1 Phân tích trình tự gen ctxA, rfbQ, IS1358, tcpA rstR Error! Bookmark not defined 3.1.2 Thiết kế mồi nhân gen ctxA, rfbQ, IS1358, tcpA rstR từ V Cholerae Error! Bookmark not defined 3.3 Khuếch đại gen ctxA, rfb từ V Cholerae phản ứng m-PCR1 Error! Bookmark not defined 3.4 Khuếch đại gen tcpA, rstR từ V Cholerae m-PCR2 Error! Bookmark not defined 3.5 So sánh phương pháp chẩn đoán tả kĩ PCR với kĩ thuật chẩn đoán tả kĩ thuật nuôi cấy kết hợp sử dụng kháng huyết 63 KẾT LUẬN Error! Bookmark not defined KIẾN NGHỊ Error! Bookmark not defined TÀI LIỆU THAM KHẢO Chuyên ngành Vi sinh vật học Khóa 2011-2013 Luận văn thạc sĩ khoa học Trương Thị Lan Hương DANH MỤC BẢNG BIỂU Bảng Phân lập V cholerae týp cổ điển týp El Tor Bảng 2.1 Các đoạn mồi dùng kỹ thuật m-PCR phát gen đặc hiệu V cholerae 27 Bảng 2 Hỗn hợp phản ứng cho m-PCR1 đa mồi Master-Mix (promega) 32 Bảng Hỗn hợp phản ứng cho m-PCR2 đa mồi Master-Mix (promega) 33 Bảng 3.1 Phân bố đối tượng nghiên cứu theo giới, tuổi 35 Bảng 3.2 Tỷ lệ bệnh nhân theo tuổi 36 Bảng 3.3 Phân bố bệnh nhân dương tính V cholerae theo giới tính 37 Bảng 3.4 Danh sách chủng V Cholerae nghiên cứu để thiết kế mồi 38 Bảng 3.5 Danh sách chủng V cholera O1 sử dụng để thiết kế mồi 40 Bảng 3.6 Danh sách chủng V cholera O139 sử dụng để thiết kế mồi 41 Bảng 3.7 Danh sách chủng V cholera O1 El Tor sử dụng để thiết kế mồi 42 Bảng 3.8 Danh sách chủng V cholera O1 nghiên cứu để thiết kế mồi nhân gen rstR 44 Bảng 3.9 Ảnh hưởng thông số chu kỳ nhiệt đến phản ứng PCR khuếch đại gen ctxA, rfb 48 Bảng 3.10 Ảnh hưởng thông số chu kỳ nhiệt đến phản ứng PCR khuếch đại gen tcpA, rstR từ V Cholerae m-PCR2 51 Chuyên ngành Vi sinh vật học Khóa 2011-2013 Luận văn thạc sĩ khoa học Trương Thị Lan Hương DANH MỤC HÌNH VẼ Hình 1.1 Tình hình bệnh tả Việt Nam từ năm 2002 – 2011 Hình 1.2 Phân bố ca bệnh tả Việt Nam, 2007 – 2011 Hình 1.3 Hình thái vi khuẩn tả V cholerae Hình 1.4 Biểu đồ khu trú vi khuẩn ruột 13 Hình 1.5 Cơ chế gây bệnh Vibrio bên thể người 14 Hình Các bước thực phản ứng PCR chu kỳ 20 Hình 3.1 Biểu đồ phân bố đối tượng nghiên cứu theo giới tính 35 Hình 3.2 Biểu đồ đánh giá độ tuổi thu thập mẫu 37 Hình 3.3 Kết so sánh trình tự nucleotide (đầu 5’ 3’) gen mã hóa cholera toxin có nguồn gốc từ V cholerae 39 Hình 3.4 Trình tự gen ctxA mã hóa cholera toxin từ V cholerae sử dụng để thiết kế mồi 39 Hình 3.5 Kết so sánh trình tự nucleotide (đầu 5’ 3’) gen rfbQ có nguồn gốc từ V cholerae O1 40 Hình 3.6 Trình tự gen rfbQ từ V cholerae O1 sử dụng để thiết kế mồi 41 Hình 3.7 Kết so sánh trình tự nucleotide (đầu 5’ 3’) gen IS1358 từ chủng V cholera O139 41 Hình 3.8 Trình tự gen IS1358 từ V cholerae O139 sử dụng để thiết kế mồi 42 Hình 3.9 Kết so sánh trình tự nucleotide (đầu 5’ 3’) gen tcpA từ chủng V cholera O1 biotype El Tor 43 Hình 3.10 Trình tự gen tcpA từ V cholerae O1 sử dụng để thiết kế mồi 44 Hình 3.11 Kết so sánh trình tự nucleotide (đầu 5’ 3’) gen mã hóa toxin coregulated pilus có nguồn gốc từ V cholera O1 biotype Classical 45 Hình 3.12 Trình tự gen rstR từ V cholerae O1 sử dụng để thiết kế mồi]…………46 Hình 3.13 Kết điện di sản phẩm m-PCR1 nhân gen ctxA, gen rfb O1 rfb O139………….… … 49 Hình 3.14 Kết điện di sản phẩm m-PCR2 nhân gen tcpA, rstR từ V Cholerae 52 Chuyên ngành Vi sinh vật học Khóa 2011-2013 Luận văn thạc sĩ khoa học Trương Thị Lan Hương DANH MỤC CÁC KÍ HIỆU, CÁC CHỮ VIẾT TẮT Viết tắt Tên đầy đủ AOX Alcohol Oxidase bp Base pair CS Cộng TCBS Thiosulfate Citrate Bile Salts Sucrose ( Môi trường chọn lọc nuôi cấy vi khuẩn tả ) V.cholerae Vibriocholerae (Vi khuẩn tả ) Kb Kilo base KDa Kilo Dalton IU International Unit PCR Polymerase Chain Reaction SDS Sodium Dodecyl Sulfate VSV Vi sinh vật CT Cholerae Toxin ( Độc tố tả ) N.A.G Non Aglutinable Vibrios NCBI National Center for Biomedical Informatics m- PCR Multiplex Polymerase Chain Reaction Chuyên ngành Vi sinh vật học Khóa 2011-2013 Luận văn thạc sĩ khoa học Trương Thị Lan Hương MỞ ĐẦU Lí chọn đề tài Vibrio cholerae tác nhân quan trọng gây bệnh dịch tả người, đặc biệt hai serogroup O1, O139 [49], gây chết hàng triệu người năm giới [60] Dịch tiêu chảy cấp có chiều hướng gia tăng địa phương nhiều địa phương Khống chế dịch tả mục tiêu lớn chương trình quốc gia phòng chống bệnh tiêu chảy Việt Nam Với thành tựu kinh nghiệm phòng chống dịch tả nhiều năm qua, ngày bệnh tả không nỗi khiếp đảm người dân, tổ chức quyền xã hội Các điều kiện chuẩn mực kiểm soát môi trường nước ta lạc hậu Các vấn đề cung cấp nước, vệ sinh thực phẩm, dinh dưỡng an toàn vấn đề xử lý vệ sinh chất thải chưa làm bao nhiêu, nhiều nơi bị buông lỏng quên lãng Bệnh nhân mắc bệnh tả không phát sớm điều trị kịp thời bị nước chất điện giải dẫn đến tử vong [53] Bệnh tả lây truyền nhanh qua đường tiêu hoá môi trường (nước, chất nôn, phân, rác) việc phát sàng lọc mẫu âm tính nhanh có ý nghĩa quan trọng, giúp đỡ bệnh nhân có phác đồ điều trị mà giúp nhà dịch tễ có hướng xử lý khoanh vùng, chủ động phòng chống dịch, không để dịch lây lan rộng cộng đồng Trong phương pháp nuôi cấy phân lập thực phổ biến để định danh loài vi khuẩn xem tiêu chuẩn vàng Tuy nhiên chi phí cao, tốn nhiều thời gian nhân công đồng thời phân biệt cách xác V cholerae chủng sinh độc tố không sinh độc tố [15] Vấn đề phát nhanh xác V cholerae việc làm cần thiết Cho nên mPCR xem công cụ hữu hiệu để giúp xác định nhanh Vibrio gây bệnh, xác định nhanh serogroup biotype V cholerae [38] Đáp ứng với tình hình thực tiễn kể trên, tiến hành thực đề tài: "Chẩn đoán vi khuẩn tả ngƣời đến xét nghiệm bệnh viện Quân y 103 năm 2013 kỹ thuật PCR" Mục đích nghiên cứu  Xác định tỷ lệ bệnh nhân dương tính với Vibrio cholerae (V cholerae) giai đoạn từ tháng năm 2013 đến tháng năm 2013 Chuyên ngành Vi sinh vật học Khóa 2011-2013 Luận văn thạc sĩ khoa học Trương Thị Lan Hương  Phát V cholerae, xác định nhanh serogroup O1, O139 hai biotype V cholerae serogroup O1 m-PCR Nội dung nghiên cứu Sử dụng đoạn mồi đặc hiệu để khuếch đại đoạn gen ctxA, rfbQ, IS1358, tcpA rstR mã hóa V.cholerae O1, O139, NAG độc tố tả (cholera toxin A) phản ứng chuỗi m-PCR Quá trình lặp lại nhiều lần để tổng hợp hàng triệu đoạn gen từ vài phân tử ADN ban đầu qua phát đoạn gen đèn UV sau điện di Chuyên ngành Vi sinh vật học Khóa 2011-2013 Luận văn thạc sĩ khoa học Trương Thị Lan Hương TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng việt Trần Linh Thước (2009), Phương pháp phân tích vi sinh vật nước, thực phẩm mỹ phẩm, NXB Giáo dục Nguyễn Vũ Trung Nguyễn Thị Hồng Nhung (2008), Hoàn thiện kỹ thuật tách chiết ADN Shigella EIEC trực tiếp từ phân, Nghiên cứu y học, 55(3): p.104-109 Nguyễn Vũ Trung Nguyễn Thị Tuyết Trinh (2008), Phát triển hoàn thiện qui trình tách chiết AND xác định trực tiếp Escherichia coli gây tiêu chảy PCR, Nghiên cứu y học, 56(4): p 92-97 Phạm Thế Vũ (2008), Nghiên cứu ứng dụng số kỹ thuật chẩn đoán nhanh Vibrio cholerae gây dịch tiêu chảy cấp tỉnh Thái Nguyên năm 2008, Luận văn thạc sĩ Sinh học: 29 – 31 Tài liệu tiếng Anh Agarwal, V., et al., 1995 Rapid detection of Vibriocholerae 0139 in faecal specimens by coagglutination Indian J Med Res 101: p 55-6 Albert, M J (1993) Personal reflections on the discovery of Vibrio cholerae 0139 synonym Bengal: a tribute to team work and international collaboration J Diarrhoeal Dis Res 11:207-210 Alvarez, J., et al., 2004 Development of a multiplex PCR technique for detection and epidemiological typing of salmonella in human clinical samples J Clin Microbiol 42(4): p 1734-8 Bani, S., et al., (2007) Molecular characterization of ICEVchVie0 and its disappearance in Vibrio cholerae O1 strains isolated in 2003 in Vietnam FEMS Microbiol Lett 266(1): 42-88 Bauer A and L.M Rørvik, (2003) A novel multiplex PCR for the identification of Vibrio parahaemolyticus, Vibrio cholerae and Vibrio vulnificus, Letters in Applied Microbiology ISSN 0266-8254 Chuyên ngành Vi sinh vật học Khóa 2011-2013 Luận văn thạc sĩ khoa học Trương Thị Lan Hương 10 Beltran, P., Delgado, G., Navarro, A., Trujillo, F., Selander, R K & Cravioto, A (1999) Genetic diversity and population structure of Vibrio cholerae J Clin Microbiol 37, 581–590 11 Bhanumathi R, Sabeena F, Isac SR, Radhakutty G & Singh DV, (2002) Characterization of a toxigenic Vibrio cholerae O139 strain belonging to a new ribotype and isolated from a diarrheal patient J Clin Microbiol 40: 4779–4781 12 Bik EM, Bunschoten AE, Gouw RD & Mooi FR, (1995) Genesis of the novel epidemic Vibrio cholerae O139 strain: evidence for horizontal transfer of genes involved in polysaccharide synthesis EMBO J 14: 209–216 13 Bik, E M., A E Bunschoten, R D Gouw, and F R Mooi, (1995) Genesis of the novel epidemic Vibrio cholerae O139 strain: evidence for horizontal transfer of genes involved in polysaccharide synthesis EMBO J 14:209–216 14 Calia KE, Murtagh M, Ferraro MJ & Calderwood SB, (1994) Comparison of Vibrio cholerae O139 with V cholerae O1 classical and El Tor biotypes Infect Immun 62: 1504–1506 15 Chakraborty S, Garg P, Ramamurthy T et al (2001) Comparison of antibiogram, virulence genes, ribotypes and DNA fingerprints of Vibrio cholerae of matching serogroups isolated from hospitalised diarrhoea cases and from the environment during 1997–1998 in Calcutta, India J Med Microbiol 50: 879–888 16 Chakraborty S, Mukhopadhyay AK, Bhadra RK et al, (2000) Virulence genes in environmental strains of Vibrio cholerae Appl Environ Microbiol 66: 4022–4028 17 Chow, K H., Ng, T K., Yuen, K Y & Yam, W C (2001) Detection of RTX toxin gene in Vibrio cholerae by PCR J Clin Microbiol 39, 2594–2597 18 Chow, K.H., et al., 2001 Detection of RTX toxin gene in Vibrio cholerae by PCR J Clin Microbiol 39(7): p 2594-7 19 Comstock, L E., J A Johnson, J M Michalski, J G Morris, Jr., and J B Kaper, (1996) Cloning and sequencing of a region encoding a surface polysaccharide of Vibrio cholerae O139 and characterisation of the insertion site in the chromosome of Vibrio cholerae O1 Mol Microbiol 19:815–826 Chuyên ngành Vi sinh vật học Khóa 2011-2013 Luận văn thạc sĩ khoa học Trương Thị Lan Hương 20 DePaola, A (1981) Vibrio cholerae in marine foods and environmen-tal waters: a literature review J Food Sci, 66-70 21 Devarati Dutta, Goutam Chowdhury, Gururaja P Pazhani, Sucharita Guin, Sanjucta Dutta, et al (2013) Vibrio cholerae Non-O1, Non-O139 Serogroups and Cholera-like Diarrhea, Kolkata, India www.cdc.gov/eid, Vol 19, No 3, March 2013 22 Dong Tu Nguyen, Tuan Cuong Ngo, Huy Hoang Tran, Thanh Huong Le, Hoai Thu Nguyen, (2012), Characterization of Vibrio cholerae O139 of an Aquatic Isolate in Northern Vietnam Open Microbiol J, 6: 14-21 23 Dutta B, Ghosh R, Sharma NC, Pazhani GP, Taneja N, Raychowdhuri A, et al (2006) Spread of cholera with newer clones of Vibrio cholerae O1 El Tor, serotype Inaba, in India J Clin Microbiol; 44 : 3391-3 24 Faruque SM, Roy SK, Alim ARMA, Siddique AK, Albert MJ (1995) Molecular epidemiology of toxigenic Vibrio cholera in Bangladesh studied by numerical analysis of rRNA gene restriction patterns J Clin Microbiol; 33 : 2833-8 25 Faruque SM, Sack DA, Sack RB, Colwell RR, Takeda Y & Nair GB (2000).Emergence and evolution of Vibrio cholerae O139 Proc Natl Acad Sci USA 100: 1304–1309 26 Faruque, S M., Tam, V C., Chowdhury, N., Diraphat, P., Dziejman, M., Heidelberg, J F., Clemens, J D., Mekalanos, J J & Nair, G B (2007) Genomic analysis of the Mozambique strain of Vibrio cholera O1 reveals the origin of El Tor strains carrying classical CTX prophage Proc Natl Acad Sci USA 104, 5151– 5156 27 Fields, P.I., et al., 1992 Use of polymerase chain reaction for detection of toxigenic Vibrio cholerae O1 strains from the Latin American cholera epidemic J Clin Microbiol 30(8): p 2118-21 28 Garg P, Nandy RK, Chaudhry P, Chaudhry NR, De K, Ramamurthy T, et al (2003) Emergence of V cholerae O1 biotype EI Tor serotype Inaba from prevailing O1 ogawa serotype strains in India J Clin Microbiol; 4249-53 Chuyên ngành Vi sinh vật học Khóa 2011-2013 Luận văn thạc sĩ khoa học Trương Thị Lan Hương 29 Goel, A K., Jain, M., Kumar, P., Sarguna, P., Bai, M., Ghosh, N & Gopalan, N (2011) Molecular characterization reveals involvement of altered El Tor biotype Vibrio cholerae O1 strains in cholera outbreak at Hyderabad, India J Microbiol 49, 280–284 30 Hemant Kumar Khuntia, Bibhuti Bhusan Pal and Guru Prasada Chhotray, (2008) Quadruplex PCR for Simultaneous Detection of Serotype, Biotype, Toxigenic Potential, and Central Regulating Factor of Vibrio cholera J Clin Microbiol vol 46 no 2399-2401 31 Hoshino, K., Yamasaki, S., Mukhopadhyay, A K., Chakraborty, S., Basu, A., Bhattacharya, S K., Nair, G B., Shimada, T & Takeda, Y (1998) Development and evaluation of a multiplex PCR assay for rapid detection of toxigenic Vibrio c cholerae O1 and O139 FEMS Immunol Med Microbiol 20, 201–207 32 Jacob John T, Mary V Jesudason (1972) The First Epidemic of Vibrio cholerae O139 J Clin Microbiol; Vol 33, No 7, 49-53 33 Jiang SC, Matte M, Matte G, Huq A & Colwell RR (2012) Genetic diversity of clinical and environmental isolates of Vibrio cholerae determined by amplified fragment length polymorphism fingerprinting Appl Environ Microbiol 66: 148– 153 34 Joao P.S Cabral (2010) International Journal of Environmental Research and Public Health, 1660-4601 35 Joao P.S Cabral (2010) Water Microbiology Bacterial Pathogens and Water Int J Environ Res Public Health 7: 3657-3703 36 Johnson, J A., C A Salles, P Panigrahi, M J Albert, R J Johnson, and J G Morris, Jr, (1994) Vibrio cholerae O139 synonym Bengal is closely related to Vibrio cholerae El Tor but has important differences Infect Immun 62: 2108– 2110 37 Karaolis, D K., R Lan, and P R Reeves, (1994) Molecular evolution of the seventh pandemic clone of Vibrio cholerae and its relationship to other pandemic and epidemic V cholerae isolates J Bacteriol 176:6199–6206 Chuyên ngành Vi sinh vật học Khóa 2011-2013 Luận văn thạc sĩ khoa học Trương Thị Lan Hương 38 Knirel, Y A., L Paredes, P E Jansson, A Weintraub, G Widmalm, and M J Albert, (1995) Structure of the capsular polysaccharide of Vibrio cholera O139 synonym Bengal containing D-galactose 4,6-cyclophosphate Eur J Biochem 232:391–396 39 Kumar, P., Peter, W A & Thomas, S (2010b) Rapid detection of virulenceassociated genes in environmental strains of Vibrio cholera by multiplex PCR Curr Microbiol 60, 199–202 40 Kwang, J., E.T Littledike, and J.E Keen, 1996 Use of the polymerase chain reaction for Salmonella detection Lett Appl Microbiol 22(1): p 46-51 41 Lee JH, Han KH, Choi SYet al, (2006) Multilocus sequence typing (MLST) analysis of Vibrio cholerae O1 El Tor isolates from Mozambique that harbour the classical CTX prophage J Med Microbiol 55: 165–170 42 Lesmana M, Subekti DS, Tjaniadi P, Simanjuntak CH, Punjabi NH, Campbell JR, et al (2002) Spectrum of Vibrio species associated with acute diarrhea in North Jakarta, Indonesia Diagn Microbiol Infect Dis 43:91–7 43 Makino S, Kurazono T, Okuyama Y, Shimada T, Okada Y & Sasakawa C, (1995) Diversity of DNA sequences among Vibrio cholerae O139 Bengal detected by PCR-based DNA fingerprinting FEMS Microbiol Lett 126: 43–48 44 Mandomando, I., Espasa, M., Valle` s, X., Sacarlal, J., Sigau´ que, B., Ruiz, J & Alonso, P (2007) Antimicrobial resistance of Vibrio cholerae O1 serotype Ogawa isolated in Manhic¸a District Hospital, southern Mozambique J Antimicrob Chemother 60, 662–664 45 Mehrabadi JF, Morsali P, Nejad HR, Imani Fooladi AA, (2012) Detection of toxigenic Vibrio cholerae with new multiplex PCR J Infect Public Health 5(3):263-7 46 Morita, M., Ohnishi, M., Arakawa, E., Bhuiyan, N A., Nusrin, S., Alam, M., Siddique, A K., Qadri, F., Izumiya, H & other authors (2008) Development and validation of a mismatch amplification mutation PCR assay to monitor the dissemination of an emerging variant of Vibrio cholerae O1 biotype El Tor Microbiol Immunol 52, 314–317 Chuyên ngành Vi sinh vật học Khóa 2011-2013 Luận văn thạc sĩ khoa học Trương Thị Lan Hương 47 Morita, M., Ohnishi, M., Arakawa, E., Yamamoto, S., Nair, G B., Matsushita, S., Yokoyama, K., Kai, A., Seto, K & other authors (2010) Emergence and genetic diversity of El Tor Vibrio cholerae O1 that possess classical biotype ctxB among travel-associated cases of cholera in Japan J Med Microbiol 59, 708–712 48 Morris JG Jr, (1994) Non-O1 Vibrio cholerae strains not associated with epidemic disease Vibrio Cholerae and Cholera: Molecular to Global Perspectives (Wachsmuth PAB & Olsvik Ø, eds), ASM Press, Washington, DC pp 103–115 49 Nair GB, Faruque SM, Bhuiyan NA, Kamruzzaman M, Siddique AK, Sack DA, (2002) New variants of Vibrio cholerae O1 biotype El Tor with attributes of the classical biotype from hospitalized patients with acute diarrhea in Bangladesh J Clin Microbiol 40(9):3296-9 50 Nair, G B., Qadri, F., Holmgren, J., Svennerholm, A M., Safa, A., Bhuiyan, N A., Ahmad, Q S., Faruque, S M., Faruque, A S G & other authors (2006) Cholera due to altered El Tor strains of Vibrio cholerae O1 in Bangladesh J Clin Microbiol 44, 4211–4213 51 Nandi B, Nandy RK, Vicente AC & Ghose AC, (2000) Molecular characterization of a new variant of toxin-coregulated pilus protein (TcpA) in a toxigenic non-O1/Non-O139 strain of Vibrio cholerae Infect Immun 68: 948–952 52 Neelam Taneja, Garima Sangar, Goutam Chowdhury, (2012) Meenakshi Singh & Meera Sharma Molecular epidemiology of Vibrio cholerae causing outbreaks & sporadic cholera in northern IndiaIndian J Med Res 136, pp 656-663 53 Nguyen BM, Higa N, Kakinohana S, Iwanaga M (2002) Characterization of Vibrio cholerae O1 isolated in Vietnam Japanese Journal of Tropical Medicine and Hygiene: 103 – 107 54 Nguyen, B M., Lee, J H., Cuong, N T., Choi, S Y., Hien, N T., Anh, D D., Lee, H R., Ansaruzzaman, M., Endtz, H P & other authors (2009) Cholera outbreaks caused by an altered Vibrio cholerae O1 El Tor biotype strain producing classical cholera toxin B in Vietnam in 2007 to 2008 J Clin Microbiol 47, 1568–1571 55 Nicholas A.Daniels, MD, MPH, Alireza Shafaie, MD (2000) A Review of Pathogenic Vibrio Infections for Clinicians Infect Med 17(10):665-685 Chuyên ngành Vi sinh vật học Khóa 2011-2013 Luận văn thạc sĩ khoa học Trương Thị Lan Hương 56 Pachara Senachai, Chariya Chomvarin, Wises Namwat, Warawan Wongboot, Suwin Wongwajana and Waraluk Tangkanakul, (2013) Application of tetraplex PCR for detection of Vibrio cholerae, V parahaemolyticus, V vulnificus and V minicus in cockle, Southeast Asian J Trop Med Public Health, Vol 44 No 57 Popovic T, Bopp C, Olsvik O, Wachsmuth K (1993) Epidemiologic application of a standardized ribotype scheme for Vibrio cholerae 01 J Clin Microbiol; 31 : 2474-82 58 Rivera in, Chun J, Sack Rb and Colwell Rr, (2001) Genotypes associated with virulence in environmental isolates of Vibrio cholerae Appl Environ Microbiol 67 (6) 2421–2429 59 Safa A, Bhuiyan NA, Alam M, Sack DA & Nair GB, (2005) Genomic relatedness of the new Matlab variants of Vibrio cholerae O1 to the classical and El Tor biotypes as determined by pulsed-field gel electrophoresis J Clin Microbiol 43: 1401–1404 60 Sharma C, Nair GB, Mukhopadhyay AK, Bhattacharya SK, Ghosh RK, Ghosh A (1997) Molecular characterization of Vibrio cholerae O1 biotype El Tor strains isolated between 1992 and 1995 in Calcutta, India: evidence for the emergence of a new clone of the El Tor biotype J Infect Dis; 175 : 1134-41 61 Stephanie AC, Robert JO, Louise T, Seth S (2001) PCR-Based Diagnosis of Helicobacter pylori Infection and Real-Time Determination of Clarithromycin Resistance Directly from Human Gastric Biopsy Samples Journal of clinical microbiology, p 1217–1220 62 Taneja N, Biswal M, Tarai B, Sharma M (2005) Emergence of Vibrio cholerae O1 biotype El Tor serotype Inaba in North India Jap J Infect Dis 58 : 238-40 63 Tran, H D., Alam, M., Trung, N V., Kinh, N V., Nguyen, H H., Pham, V C., Ansaruzzaman, M., Rashed, S M., Bhuiyan, N A & other authors (2012) Multidrug resistant Vibrio cholerae O1 variant El Tor isolated in northern Vietnam between 2007 and 2010 J Med Microbiol 61, 431–437 Chuyên ngành Vi sinh vật học Khóa 2011-2013 Luận văn thạc sĩ khoa học Trương Thị Lan Hương 64 Vijayalakshmi N, R S.rao and S.Badrinath (1997) Minimum inhibitory concentration (MIC) of some antibiotics against Vibrio cholerae O139 isolates from Pondicherry Epidemiology and Infection 119(1)25 Các website 65 http://swissmodel.expasy.org 66 http://www.aaes.auburn.edu/comm/pubs/highlightsonline/spring99/phytase.html 67 http://www.ebi.ac.uk 68 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 69 http://www.soyte.hanoi.gov.vn/ /Infectious%20diseases%20in%20Vietnam%2 Chuyên ngành Vi sinh vật học 10 Khóa 2011-2013 [...]... Nghiên cứu y học, 55(3): p.104-109 3 Nguyễn Vũ Trung và Nguyễn Thị Tuyết Trinh (2008), Phát triển và hoàn thiện qui trình tách chiết AND xác định trực tiếp Escherichia coli g y tiêu ch y bằng PCR, Nghiên cứu y học, 56(4): p 92-97 4 Phạm Thế Vũ (2008), Nghiên cứu ứng dụng một số kỹ thuật chẩn đoán nhanh Vibrio cholerae g y dịch tiêu ch y cấp tại tỉnh Thái Nguyên năm 2008, Luận văn thạc sĩ Sinh học: 29... 879–888 16 Chakraborty S, Mukhopadhyay AK, Bhadra RK et al, (2000) Virulence genes in environmental strains of Vibrio cholerae Appl Environ Microbiol 66: 4022–4028 17 Chow, K H., Ng, T K., Yuen, K Y & Yam, W C (2001) Detection of RTX toxin gene in Vibrio cholerae by PCR J Clin Microbiol 39, 2594–2597 18 Chow, K.H., et al., 2001 Detection of RTX toxin gene in Vibrio cholerae by PCR J Clin Microbiol... characterization of ICEVchVie0 and its disappearance in Vibrio cholerae O1 strains isolated in 2003 in Vietnam FEMS Microbiol Lett 266(1): 42-88 9 Bauer A and L.M Rørvik, (2003) A novel multiplex PCR for the identification of Vibrio parahaemolyticus, Vibrio cholerae and Vibrio vulnificus, Letters in Applied Microbiology ISSN 0266-8254 Chuyên ngành Vi sinh vật học 3 Khóa 2011 -2013 Luận văn thạc sĩ khoa... Simultaneous Detection of Serotype, Biotype, Toxigenic Potential, and Central Regulating Factor of Vibrio cholera J Clin Microbiol vol 46 no 7 2399-2401 31 Hoshino, K., Yamasaki, S., Mukhopadhyay, A K., Chakraborty, S., Basu, A., Bhattacharya, S K., Nair, G B., Shimada, T & Takeda, Y (1998) Development and evaluation of a multiplex PCR assay for rapid detection of toxigenic Vibrio c cholerae O1 and O139... 1992 Use of polymerase chain reaction for detection of toxigenic Vibrio cholerae O1 strains from the Latin American cholera epidemic J Clin Microbiol 30(8): p 2118-21 28 Garg P, Nandy RK, Chaudhry P, Chaudhry NR, De K, Ramamurthy T, et al (2003) Emergence of V cholerae O1 biotype EI Tor serotype Inaba from prevailing O1 ogawa serotype strains in India J Clin Microbiol; 4249-53 Chuyên ngành Vi sinh vật... Genotypes associated with virulence in environmental isolates of Vibrio cholerae Appl Environ Microbiol 67 (6) 2421–2429 59 Safa A, Bhuiyan NA, Alam M, Sack DA & Nair GB, (2005) Genomic relatedness of the new Matlab variants of Vibrio cholerae O1 to the classical and El Tor biotypes as determined by pulsed-field gel electrophoresis J Clin Microbiol 43: 1401–1404 60 Sharma C, Nair GB, Mukhopadhyay AK,... northern Vietnam between 2007 and 2010 J Med Microbiol 61, 431–437 Chuyên ngành Vi sinh vật học 9 Khóa 2011 -2013 Luận văn thạc sĩ khoa học Trương Thị Lan Hương 64 Vijayalakshmi N, R S.rao and S.Badrinath (1997) Minimum inhibitory concentration (MIC) of some antibiotics against Vibrio cholerae O139 isolates from Pondicherry Epidemiology and Infection 119(1)25 Các website 65 http://swissmodel.expasy.org... Chowdhury, (2012) Meenakshi Singh & Meera Sharma Molecular epidemiology of Vibrio cholerae causing outbreaks & sporadic cholera in northern IndiaIndian J Med Res 136, pp 656-663 53 Nguyen BM, Higa N, Kakinohana S, Iwanaga M (2002) Characterization of Vibrio cholerae O1 isolated in Vietnam Japanese Journal of Tropical Medicine and Hygiene: 103 – 107 54 Nguyen, B M., Lee, J H., Cuong, N T., Choi, S Y. ,... khi điện di Chuyên ngành Vi sinh vật học 2 Khóa 2011 -2013 Luận văn thạc sĩ khoa học Trương Thị Lan Hương TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng vi t 1 Trần Linh Thước (2009), Phương pháp phân tích vi sinh vật trong nước, thực phẩm và mỹ phẩm, NXB Giáo dục 2 Nguyễn Vũ Trung và Nguyễn Thị Hồng Nhung (2008), Hoàn thiện kỹ thuật tách chiết ADN của Shigella và EIEC trực tiếp từ phân, Nghiên cứu y học, 55(3):... surface polysaccharide of Vibrio cholerae O139 and characterisation of the insertion site in the chromosome of Vibrio cholerae O1 Mol Microbiol 19:815–826 Chuyên ngành Vi sinh vật học 4 Khóa 2011 -2013 Luận văn thạc sĩ khoa học Trương Thị Lan Hương 20 DePaola, A (1981) Vibrio cholerae in marine foods and environmen-tal waters: a literature review J Food Sci, 66-70 21 Devarati Dutta, Goutam Chowdhury, Gururaja