giám sát sự lưu hành của virus cúm a h5n1 trên gia cầm sống bán tại các chợ thuộc một số tỉnh phía bắc bằng phương pháp rt pcr

BỘ GIÁO DỤC VÀ ðÀO TẠO TRƯỜNG ðẠI HỌC NÔNG NGHIỆP HÀ NỘI VÕ MẠNH CƯỜNG GIÁM SÁT SỰ LƯU HÀNH CỦA VIRUS CÚM A/H5N1 TRÊN GIA CẦM SỐNG BÁN TẠI CÁC CHỢ THUỘC MỘT SỐ TỈNH PHÍA BẮC BẰNG PHƯƠNG PHÁP RT - PCR LUẬN VĂN THẠC SĨ HÀ NỘI - 2013 BỘ GIÁO DỤC VÀ ðÀO TẠO TRƯỜNG ðẠI HỌC NÔNG NGHIỆP HÀ NỘI VÕ MẠNH CƯỜNG GIÁM SÁT SỰ LƯU HÀNH CỦA VIRUS CÚM A/H5N1 TRÊN GIA CẦM SỐNG BÁN TẠI CÁC CHỢ THUỘC MỘT SỐ TỈNH PHÍA BẮC BẰNG PHƯƠNG PHÁP RT - PCR CHUYÊN NGÀNH : THÚ Y Mà SỐ : 60.64.01.01 NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: TS NGUYỄN BÁ TIẾP HÀ NỘI - 2013 LỜI CAM ðOAN Tôi xin cam ñoan ñây công trình nghiên cứu riêng Các số liệu, kết nêu luận văn trung thực chưa ñược công bố công trình khác Tôi xin cam ñoan thông tin trích dẫn luận văn ñều ñã ñược rõ nguồn gốc Hà Nội, ngày tháng năm 2013 Tác giả luận văn Võ Mạnh Cường Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận văn thạc sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… i LỜI CÁM ƠN Trong trình thực ñề tài ñã nhận ñược giúp ñỡ nhiệt tình Thầy, Cô giáo Bộ môn Giải phẫu - Tổ chức; Thầy, Cô giáo khoa Thú y, Ban quản lý ñào tạo - Trường ñại học Nông nghiệp Hà Nội, dự án FAO tập thể ñã tạo ñiều kiện ñể hoàn thành luận văn Trước hết xin nói lời cảm ơn chân thành tới Thầy giáo TS Nguyễn Bá Tiếp ñã giúp ñỡ tận tình trực tiếp hướng dẫn suốt thời gian thực luận văn Tôi xin chân thành cảm ơn dạy dỗ, bảo ân cần Thầy, Cô giáo khoa Thú y, Ban quản lý ñào tạo Thầy, Cô giáo trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội, thời gian học tập trường Tôi xin chân thành cảm ơn Ban Giám ñốc, cán công chức Cơ quan Thú y vùng I, Chi cục Thú y tỉnh nghiên cứu ñã tạo ñiều kiện giúp ñỡ hoàn thành luận văn Cuối xin chân thành cảm ơn bạn bè ñồng nghiệp gia ñình ñã ñộng viên giúp ñỡ trình học tập, nghiên cứu ñể hoàn thành luận văn Tự ñáy lòng mình, Tôi chân thành cảm ơn giúp ñỡ quý báu ñó Hà Nội, ngày tháng năm 2013 Tác giả luận văn Võ Mạnh Cường Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận văn thạc sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… ii MỤC LỤC Lời cam ñoan i Lời cám ơn ii Mục lục iii Danh mục chữ viết tắt vi Danh mục bảng vii Danh mục hình ix MỞ ðẦU Chương TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Khái niệm bệnh cúm gia cầm 1.2 Tình hình dịch cúm gia cầm giới Việt Nam 1.2.1 Tình hình dịch cúm gia cầm giới 1.2.2 Tình hình dịch cúm Việt Nam 1.3 Virus học bệnh cúm gia cầm type A 10 1.3.1 Cấu trúc virus cúm gia cầm 10 1.3.2 Nét ñặc trưng cấu trúc hệ gen virus cúm gia cầm 11 1.3.3 Kháng nguyên virus cúm gia cầm 14 1.3.4 ðộc lực virus cúm gia cầm 17 1.3.5 Cơ chế xâm nhập, nhân lên gây bệnh virus 17 1.3.6 Sức ñề kháng virus 19 1.4 Truyền nhiễm học 20 1.4.1 ðộng vật cảm nhiễm 20 1.4.2 Con ñường truyền lây 20 1.4.3 Mùa phát bệnh 21 1.5 Triệu chứng bệnh tích 22 1.5.1 Triệu chứng 22 1.5.2 Bệnh tích 22 1.6 Các phương pháp chẩn ñoán 23 1.6.1 Dựa vào ñặc ñiểm dịch tễ 23 Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận văn thạc sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… iii 1.6.2 Dựa vào triệu chứng, bệnh tích 23 1.6.3 Phân lập virus 24 1.7 Phòng bệnh 24 1.7.1 Vệ sinh phòng bệnh 24 1.7.2 Sử dụng vaccine phòng bệnh 25 1.8 Công tác chống dịch bệnh 27 Chương NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 29 2.1 Nội dung nghiên cứu 29 2.2 ðịa ñiểm thời gian nghiên cứu 29 2.3 Nguyên liệu 29 2.3.1 ðối tượng nghiên cứu 29 2.3.2 Các loại môi trường, hóa chất sử dụng 29 2.3.3 Thiết bị, dụng cụ phòng thí nghiệm 29 2.4 Phương pháp nghiên cứu 30 2.4.1 Phương pháp ñiều tra hồi cứu 30 2.4.2 Phương pháp lấy mẫu 30 2.4.3 Phương pháp xử lý mẫu 31 2.4.4 Phản ứng Real Time PCR (RT - PCR) 31 2.5 Xử lý số liệu 36 Chương KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 3.1 37 Tình hình chăn nuôi gia cầm, tỷ lệ tiêm vaccine phòng bệnh, tình hình dịch cúm gia cầm H5N1 ñịa bàn nghiên cứu 37 3.1.1 Tình hình chăn nuôi gia cầm ñịa bàn nghiên cứu 37 3.1.2 Kết tiêm phòng vaccine cúm gia cầm ñịa bàn tỉnh/thành phố từ năm 2010 ñến 6/2013 3.1.3 Tình hình dịch cúm gia cầm ñịa bàn tỉnh/thành phố từ năm 2010 ñến 6/2013 3.2 41 45 Kết giám sát cúm type A/H5N1 gia cầm sống bán chợ ñầu mối tỉnh/thành phố Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận văn thạc sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… 49 iv 3.2.1 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A/H5N1 gia cầm sống bán chợ ñầu mối tỉnh Ninh Nình 3.2.2 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A/H5N1 gia cầm sống bán chợ ñầu mối tỉnh Nam ðịnh 3.2.3 62 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A/H5N1 gia cầm sống bán chợ ñầu mối tỉnh ðiện Biên 3.2.6 58 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A/H5N1 gia cầm sống bán chợ ñầu mối tỉnh Phú Thọ 3.2.5 55 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A/H5N1 gia cầm sống bán chợ ñầu mối thành phố Hà Nội 3.2.4 51 65 Tổng hợp kết giám sát cúm type A/H5N1 gia cầm sống bán chợ ñầu mối tỉnh/thành phố 68 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 71 TÀI LIỆU THAM KHẢO 73 PHỤ LỤC 78 Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận văn thạc sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… v DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT AIV : Avian Influenza Virus BNN & PTNT : Bộ Nông nghiệp Phát triển nông thôn FAO : The United Nations Food and Agricalture Organnization HA : Hemagglutination HPAI : Highly Pathogenicity Avian Influenza HI : Hemagglutination Inhibition LPAI : Low Pathogenicity Avian Influenza M : Matrix NA : Neuraminidase NS : Nonstructural protein OIE : Office Internationale des Epizooties PB : Polymerase Basic PBS : Phosphate Buffered Saline RNP : Ribonucleoprotein RT - PCR : Real Time - Polymerase Chain Reaction WHO : World Health Organization Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận văn thạc sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… vi DANH MỤC BẢNG STT Tên bảng Trang 1.1 Số lượng ca nhiễm cúm gia cầm type A/H5N1 người 1.2 Tình hình dịch cúm gia cầm năm (2008 - 2012) 10 2.1 Primer probe dùng phản ứng RT - PCR 32 2.2 Các thành phần Master mix 35 2.3 Bảng chu trình nhiệt cho phản ứng Real Time RT - PCR 36 3.1 Tổng ñàn gà vịt ñịa bàn tỉnh/thành phố 39 3.2 Kết tiêm phòng vaccine cúm gia cầm ñịa bàn tỉnh/thành phố từ năm 2010 ñến 6/2013 3.3 61 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A/H5N1 gia cầm sống bán chợ tỉnh Phú Thọ 3.11 59 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A/H5N1 gia cầm sống bán chợ thành phố Hà Nội qua tháng 3.10 57 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A/H5N1 gia cầm sống bán chợ thành phố Hà Nội 3.9 55 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A/H5N1 gia cầm sống bán chợ tỉnh Nam ðịnh qua tháng 3.8 54 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A/H5N1 gia cầm sống bán chợ tỉnh Nam ðịnh 3.7 52 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A/H5N1 gia cầm sống bán chợ tỉnh Ninh Bình qua tháng 3.6 47 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A/H5N1 gia cầm sống bán chợ tỉnh Ninh Bình 3.5 42 Tình hình dịch cúm gia cầm ñịa bàn tỉnh/thành phố từ năm 2010 ñến 6/2013 3.4 63 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A/H5N1 gia cầm sống bán chợ tỉnh Thú Thọ qua tháng 65 Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận văn thạc sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… vii 3.12 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A/H5N1 ñàn gia cầm sống bán chợ tỉnh ðiện Biên 3.13 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A/H5N1 gia cầm sống bán chợ tỉnh ðiện Biên qua tháng 3.14 66 68 Tổng hợp kết giám sát cúm type A/H5N1 gia cầm sống bán chợ tỉnh/thành phố 69 Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận văn thạc sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… viii Bảng 3.11 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A/H5N1 gia cầm sống bán chợ tỉnh Thú Thọ qua tháng Kết xét nghiệm STT Tháng lấy mẫu Số mẫu xét nghiệm M Số mẫu (+) H5 Tỷ lệ % Số mẫu (+) N1 Tỷ lệ % Số mẫu (+) Tỷ lệ % Năm Tháng 11 24 16,67 0 0 2011 Tháng 12 24 12,50 8,33 0 Tháng 01 24 20,83 0 0 Tháng 02 24 12,50 0 0 Năm Tháng 03 24 12,50 0 0 2012 Tháng 04 24 4,17 0 0 Tháng 11 24 8,33 0 0 Tháng 12 24 16,67 4,17 0 Tháng 01 24 12,50 0 0 Năm Tháng 02 24 12,50 0 0 2013 Tháng 03 24 4,17 0 0 Tháng 04 24 8,33 0 0 288 34 11,81 1,04 0 Tổng 3.2.5 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A/H5N1 gia cầm sống bán chợ ñầu mối tỉnh ðiện Biên ðiện Biên tỉnh nằm vùng Tây Bắc ðiều kiện cho chăn nuôi không thuận lợi, tổng lượng ñàn gia cầm khoảng 2,5 triệu gia cầm năm, nhiên tình hình dịch cúm gia cầm thường xuyên xảy xảy lẻ tẻ, không bùng phát thành ñại dịch Vì theo chương trình giám sát cúm gia cầm, tiến hành lấy mẫu swabs gộp chợ ñầu mối Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận văn thạc sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… 65 tỉnh bao gồm: chợ thành phố ðiện Biên, Mường Ẳng, chợ Tuần Giáo, chợ lấy 96 mẫu gộp, tổng số mẫu lấy nghiên cứu 288 mẫu Tỷ lệ dương tính với virus cúm type A/H5N1 ñược trình bày bảng 3.12 Bảng 3.12 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A/H5N1 ñàn gia cầm sống bán chợ tỉnh ðiện Biên Kết xét nghiệm STT Chợ ñầu mối Số mẫu xét nghiệm M Số mẫu (+) H5 Tỷ lệ % Số mẫu (+) N1 Tỷ lệ % Số mẫu (+) Tỷ lệ % Chợ TP ðiện Biên 96 17 17,71 5,21 3,13 Chợ Mường Ẳng 96 8,33 2,08 1,04 Chợ Tuần Giáo 96 14 14,58 1,04 0 Tổng 288 39 13,54 2,78 1,39 Qua bảng 3.12 có nhận xét sau: Với 288 mẫu xét nghiệm có 39/288 mẫu dương tính với cúm type A (chiếm tỷ lệ 13,54%), 39 mẫu dương tính ñó có mẫu dương tính với H5 (chiếm tỷ lệ 2,78%), mẫu dương tính với N1 (chiếm tỷ lệ 1,39%) Trong ñó mẫu dương tính với H5 chợ thành phố ðiện Biên tổng số 96 mẫu swabs gộp ñược lấy chợ có 17 mẫu dương tính với cúm type A (chiếm tỷ lệ 17,71%), mẫu dương tính với H5 (chiếm tỷ lệ 5,21%), có mẫu dương tính với N1 (chiếm tỷ lệ 3,13%); chợ Mường Ẳng có mẫu dương tính với cúm type A (chiếm tỷ lệ 8,33%), mẫu dương tính với H5 (chiếm tỷ lệ 2,08%), mẫu dương tính với N1 (tỷ lệ 1,04%); chợ Tuần Giáo với 96 mẫu swabs gộp có 14 mẫu dương tính với cúm type A (chiếm tỷ lệ 14,58%), mẫu dương tính với H5 (tỷ lệ 1,04%), mẫu dương tính với N1 (hình 3.8) Như tỉnh ðiện Biên tồn virus cúm gia cầm type A/H5N1 Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận văn thạc sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… 66 Hình 3.8 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A/H5N1 gia cầm sống bán chợ tỉnh ðiện Biên ðể thấy rõ tỷ lệ lưu hành cúm tupe A/H5N1 gia cầm sống bán chợ ñầu mối tỉnh ðiện Biên, tiến hành phân tích tỷ lệ lưu hành theo tháng lấy mẫu xét nghiệm trình bày bảng 3.13 Khác với kết kiểm tra xác ñịnh xuất virus cúm tỉnh/thành phố trên, không phát ñược virus cúm type A từ tất mẫu thu thập dịp tết Nguyên ðán năm 2012 (những tháng cuối năm 2011 ñầu năm 2012) tỉnh ðiện Biên Tuy nhiên sang ñến tháng năm 2012, phát 4/24 mẫu dương tính với cúm type A (tỷ lệ 16,67%), tháng năm 2012 có 4/24 mẫu, không mẫu dương tính với H5 N1 Tuy nhiên sang ñến dịp tết Nguyên ðán năm 2013, phát có virus cúm type A (21/144 mẫu xét nghiệm chiếm tỷ lệ 14,58%), H5 (8/144 mẫu dương tính chiếm tỷ lệ 5,56%), N1 (4/144 mẫu dương tính chiếm tỷ lệ 2,78%); ñó tháng cao tháng 12 năm 2012 có 13/24 mẫu dương tính với cúm type A (tỷ lệ 54,12%), 3/24 mẫu dương tính với H5 (tỷ lệ 12,50%), 2/24 mẫu dương tính với N1 (tỷ lệ 8,33%) Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận văn thạc sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… 67 Bảng 3.13 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A/H5N1 gia cầm sống bán chợ tỉnh ðiện Biên qua tháng Kết xét nghiệm STT Tháng lấy mẫu Số mẫu xét M Số nghiệm mẫu (+) H5 Tỷ lệ % Số mẫu (+) N1 Tỷ lệ % Số mẫu (+) Tỷ lệ % Năm Tháng 11 24 0 0 0 2011 Tháng 12 24 0 0 0 Tháng 01 24 0 0 0 Tháng 02 24 0 0 0 Năm Tháng 03 24 16,67 0 0 2012 Tháng 04 24 16,67 0 0 Tháng 11 24 37,50 8,33 4,17 Tháng 12 24 13 54,12 12,50 8,33 Tháng 01 24 20,83 8,33 4,17 Năm Tháng 02 24 12,50 4,17 0 2013 Tháng 03 24 4,17 0 0 Tháng 04 24 0 0 0 288 39 13,54 2,78 1,39 Tổng So sánh với bảng 3.3 tình hình dịch cúm gia cầm tỉnh ðiện Biên, thấy phù hợp, năm 2012 có số mẫu dương tính với cúm type A/H5N1 cao dịch cúm gia cầm ñã xảy xã/phường huyện/thị trấn, làm chết tiêu hủy 16.509 gia cầm 3.2.6 Tổng hợp kết giám sát cúm type A/H5N1 gia cầm sống bán chợ ñầu mối tỉnh/thành phố Từ kết giám sát cúm type A/H5N1 tỉnh/thành phố tiến hành tổng hợp kết giám sát ñịa bàn nghiên cứu ñể thấy rõ tỷ lệ lưu hành virus cúm type A/H5N1 Chi tiết trình bày bảng 3.14 Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận văn thạc sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… 68 Bảng 3.14 Tổng hợp kết giám sát cúm type A/H5N1 gia cầm sống bán chợ tỉnh/thành phố Kết xét nghiệm Số mẫu STT Tỉnh xét nghiệm M Số mẫu (+) H5 Tỷ lệ % Số mẫu (+) N1 Tỷ lệ % Số mẫu (+) Tỷ lệ % 2011 48 11 22,92 6,25 2,08 Ninh 2012 144 32 22,22 4,17 1,39 Bình 2013 96 34 35,42 10 10,42 4,17 Tổng 288 77 26,74 19 6,60 2,43 2011 48 18,75 4,17 4,17 Nam 2012 144 49 34,03 11 7,64 2,08 ðịnh 2013 96 12 12,50 2,08 1,04 Tổng 288 70 24,31 15 5,21 2,03 2011 144 46 31,94 3,47 1,39 Hà 2012 432 44 10,19 1,85 0,93 Nội 2013 288 34 11,81 1,39 1,04 Tổng 864 124 14,35 17 1,97 1,04 2011 48 14,58 4,17 0 Phú 2012 144 18 12,50 0,69 0 Thọ 2013 96 9,38 0 0 Tổng 288 34 11,81 1,04 0 2011 48 0 0 0 ðiện 2012 144 30 20,83 3,47 2,08 Biên 2013 96 9,38 3,13 1,04 Tổng 288 39 13,54 2,78 1,39 2.016 344 17,06 62 3,08 26 1,29 Tổng chung Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận văn thạc sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… 69 Qua bảng tổng hợp kết xét nghiệm 3.14 nhận thấy: Trong tỉnh/thành phố nghiên cứu Ninh Bình có tỷ lệ lưu hành virus cúm type A cao (77/288 mẫu dương tính chiếm tỷ lệ 26,74%), tiếp ñó tỉnh Nam ðịnh (70/288 mẫu dương tính chiếm tỷ lệ 24,31%), thành phố Hà Nội (124/864 mẫu dương tính chiếm tỷ lệ 14,35%), tỉnh ðiện Biên (39/288 mẫu dương tính chiếm tỷ lệ 13,54%) cuối tỉnh Phú Thọ (34/288 mẫu dương tính chiếm tỷ lệ 11,81%) Tỷ lệ dương tính với virus cúm type A mẫu thu thập vào dịp tết năm 2012 cao mẫu thu thập dịp tết năm 2013 tỉnh Nam ðịnh, thành phố Hà Nội, tỉnh Phú Thọ, nhiên tỉnh Ninh Bình dịp tết năm 2013 (42/144 mẫu chiếm tỷ lệ 29,17%) lại cao tết năm 2012 (35/144 mẫu chiếm tỷ lệ 24,31%), riêng tỉnh ðiện Biên dịp tết năm 2013 phát có dương tính với virus cúm type A (21/144 mẫu dương tính chiếm tỷ lệ 14,58%) Mẫu thu thập tháng cận tết (tháng 11 năm trước ñến tháng năm sau) có tỷ lệ dương tính với gen M cao mẫu thu thập tháng tháng Như nhận xét tăng vận chuyển, tiêu thụ liên quan ñến chợ gia cầm, thủy cầm dịp tết Nguyên ðán có ảnh hưởng trực tiếp ñến lưu hành virus cúm Tổng số mẫu swabs gộp tỉnh/thành phố thời gian nghiên cứu 2.016 mẫu gộp, ñó số mẫu dương tính với cúm type A 344/2.016 mẫu xét nghiệm (chiếm tỷ lệ 17,06%), 62/2.016 mẫu dương tính với H5 (chiếm tỷ lệ 3,08%), 26/2.016 mẫu dương tính với N1 (chiếm tỷ lệ 1,29%) Như tỷ lệ lưu hành virus cúm type A ñịa bàn số tỉnh/thành phố phía Bắc 17,06% (P < 0,05), tồn mầm bệnh H5N1 ñàn gia cầm sống bán chợ ñầu mối, ñó nguy bùng phát dịch lúc gặp ñiều kiện thuận lợi Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận văn thạc sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… 70 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ KẾT LUẬN Từ kết nghiên cứu, rút số kết luận sau: Tình hình chăn nuôi gia cầm thành phố Hà Nội cao dao ñộng khoảng 18 triệu con, tỉnh Nam ðịnh, Phú Thọ với triệu con, tỉnh Ninh Bình dao ñộng triệu con, ðiện Biên 2,5 triệu Thành phố Hà Nội tỷ lệ tiêm phòng vaccine ñạt tỷ lệ cao (luôn vượt kế hoạch tiêm phòng), tỉnh khác có năm tiến hành tiêm phòng, có năm tiến hành cho ñàn vịt hay tiêm phòng bao vây ổ dịch, chí có năm không tiến hành tiêm phòng bệnh cúm gia cầm tỉnh Nam ðịnh vào năm 2011, 2012, tháng ñầu năm 2013 Tình hình dịch cúm gia cầm tỉnh/thành phố nghiên cứu hàng năm xảy ra, cao tỉnh Ninh Bình 79 xã/phường 18 huyện/thị trấn có dịch, tổng số gia cầm chết tiêu hủy 126.676 con; tỉnh Nam ðịnh 35 xã/phường 13 huyện/thị trấn có dịch, tổng số gia cầm chết tiêu hủy 47.100 con, nhiên dịch xảy lẻ tẻ, chưa thành ñại dịch ðối tượng mắc bệnh, chết tiêu hủy chủ yếu ñàn vịt nuôi thả rông Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A tỉnh Ninh Bình cao (26,74%), sau ñó tỉnh Nam ðịnh (24,31%), tiếp ñến thành phố Hà Nội (14,35%), tỉnh ðiện Biên (13,54%), sau tỉnh Phú Thọ (11,81%) Phát mẫu dương tính với H5 N1 hầu hết tỉnh/thành phố nghiên cứu, cao tỉnh Ninh Bình, H5 19/288 mẫu (tỷ lệ 6,60%) N1 7/288 mẫu (tỷ lệ 2,43%); tiếp ñến tỉnh Nam ðịnh, H5 15/288 mẫu (tỷ lệ 5,21%) N1 6/288 mẫu (tỷ lệ 2,03) Không phát N1 tỉnh Phú Thọ thời gian nghiên cứu Tỷ lệ dương tính với virus cúm type A mẫu thu thập vào dịp tết năm 2012 cao mẫu thu thập dịp tết năm 2013 tỉnh Nam ðịnh, thành phố Hà Nội, tỉnh Phú Thọ, nhiên tỉnh Ninh Bình dịp tết năm 2013 lại cao tết năm 2012, riêng tỉnh ðiện Biên dịp tết năm 2013 phát Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận văn thạc sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… 71 có dương tính với virus cúm type A Tỷ lệ lưu hành virus cúm type A ñịa bàn số tỉnh/thành phố phía Bắc 17,06% (P < 0,05), tồn mầm bệnh H5N1 gia cầm sống bán chợ ñầu mối, ñó nguy bùng phát dịch lúc gặp ñiều kiện thuận lợi KIẾN NGHỊ Tiến hành tiếp tục chương trình giám sát lưu hành virus cúm type A/H5N1 gia cầm sống bán chợ ñầu mối phía Bắc năm Tiến hành phân lập, giải mã trình tự gen với mẫu xét nghiệm dương tính với cúm gia cầm type A/H5N1 nhằm mục ñích sử dụng vaccine hiệu Tiến hành nghiên cứu subtype H N khác virus cúm type A gia cầm sống bán chợ Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận văn thạc sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… 72 TÀI LIỆU THAM KHẢO I TÀI LIỆU TIẾNG VIỆT : Bùi Quang Anh (2005), Báo cáo dịch cúm gia cầm Hội nghị kiểm soát dịch cúm gia cầm khu vực Châu Á Hồ Chí Minh, - 10 : Nguyễn Tuấn Anh (2006), Dịch cúm gia cầm hai năm qua - nguyên nhân, tính chất dịch tồn NXB Nông nghiệp, Hà Nội, - : Ban ñạo Quốc gia phòng chống dịch cúm gia cầm (2005), Báo cáo tổng kết năm (2004 - 2005) phòng chống dịch cúm gia cầm, Hội nghị tổng kết năm phòng chống dịch cúm gà Hà Nội, - : BNN & PTNT (2005), ðổi hệ thống chăn nuôi gia cầm NXB Nông nghiệp, Hà Nội : BNN & PTNT (2005), Dự án sử dụng vaccine nhằm khống chế toán bệnh cúm gia cầm thể ñộc lực cao H5N1 Hà Nội : BNN & PTNT (2005), Hướng dẫn tạp thời dừng ấp trứng sản xuất giống, nuôi vịt, ngan, ngỗng chim cút Hướng dẫn số 321/BNNCN, Hà Nội : BNN & PTNT (2012), Hướng dẫn giám sát cúm gia cầm chợ năm 2012 Hà Nội : BNN & PTNT (2005), Hướng dẫn thực số biện pháp phòng, chống dịch cúm gia cầm (H5N1) gia cầm Thông tư số 69/2005/TTBNN, Hà Nội : Trần Hữu Cổn Bùi Quang Anh (2004), Bệnh cúm gia cầm biện pháp phòng chống NXB Nông nghiệp, Hà Nội 10 : Nguyễn Tiến Dũng (2004), Bệnh cúm gia cầm, hội thảo số biện pháp khôi phục ñàn gia cầm sau dập dịch Hà Nội, - 11 : Nguyễn Tiến Dũng cs (2005), Giám sát bệnh cúm gia cầm Thái Bình, Tạp chí Khoa học kỹ thuật Thú y XII, 2, - 12 Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận văn thạc sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… 73 12 : Nguyễn Tiến Dũng cs (2005), Giám sát tình trạng nhiễm virus cúm gia cầm ñồng sông Cửu Long cuối năm 2004, Tạp chí Khoa học kỹ thuật Thú y XII, 3, 13 - 18 13 : Cấn Xuân Minh (2012), Một số ñặc ñiểm dịch tễ học bệnh cúm gia cầm giám sát kháng thể kháng virus cúm A/H5N1 ñàn gà nuôi số huyện ngoại thành Hà Nội Luận văn thạc sĩ nông nghiệp, Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội, 46 - 51 14 : Lê Thanh Hoà (2004), Họ Orthomyxoviridae nhóm virus cúm A gây bệnh cúm gà người Viện khoa học công nghệ, 15 - 22 15 : Nguyễn Thị Bích Nga (2006), Phân lập, lưu giữ nghiên cứu ñặc tính phân tử gen HA (H5) NA (N1) số chủng virus cúm A/H5N1 phân lập Việt Nam Luận văn Thạc sĩ Sinh học, Viện Sinh thái tài nguyên sinh vật, 34 16 : Lê Văn Năm (2004), Bệnh cúm gia cầm, Tạp chí Khoa học kỹ thuật Thú y XI, 01, 81 - 86 17 : Lê Văn Năm (2007), ðại dịch cúm gia cầm nguyên tắc phòng chống, Tạp chí Khoa học kỹ thuật Thú y XIV, 2, 91 - 94 18 : Phạm Sỹ Lăng (2004), Diễn biến bệnh cúm gà giới, hội thảo số biện pháp khôi phục ñàn gia cầm sau dập dịch Hà Nội, 33 - 38 19 : Tô Long Thành (2006), Thông tin cập nhật bệnh cúm gia cầm vaccine phòng chống, Tạp chí Khoa học kỹ thuật Thú y XIII, 01, 66 - 76 20 : Tô Long Thành (2004), Thông tin cập nhật tái xuất bệnh cúm gia cầm nước Châu Á, Tạp chí Khoa học kỹ thuật Thú y XI, 04, 87 93 21 : Nguyễn Ngọc Tiến (2013), Tình hình dịch cúm gia cầm giai ñoạn 2008 2012 biện pháp phòng chống, Tạp chí Khoa học kỹ thuật Thú y XX, 01, 82 - 90 Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận văn thạc sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… 74 II TÀI LIỆU TIẾNG ANH 22 : Alexander DJ (2007), An overview of the epidemiology of avian influenza Vaccine 25 (30), 5637 - 5644 23 : Alexander D.J (1996), Highly Pathogenic Avian Influenza (fowl plague) In OIE Manual of standards for diagnostic tests and vaccine List A and B diseases of mammals, birds and bees, 3rd ed, Office International des Epizooties, Paris, 155 - 160 24 : Alexander D.J (1993), Orthomyxovirus Infections, In Viral Infections of Vertebrates, Volume 3: Viral Infections of Birds McFerran J.B & McNulty M S., eds Horzinek M.C., Series editor Elserviers, Amsterdam, the Netherlands, 287 - 316 25 : Baigent SJ, McCauley JW (2001), Glycosylation of haemagglutinin and stalk-length of neuraminidase combine to regulate the growth of avian influenza viruses in tissue culture Virus Res 79 (1 - 2), 177 - 185 26 : Basler CF (2007), Influenza viruses: basic biology and potential drug targets Infect Disord Drug Targets (4), 282 - 293 27 : Bosch FX, Orlich M, Klenk HD, Root R (1979), The structure of the hemagglutinin: a determinant for the pathgencity of Influenza virus Virology 95, 197 - 207 28 : Capua I & Marrangon S (2000), Review article: The avian influenza epidermic in Italy Avian Pathol, 29, 289 - 294 29 : Capua I., Marrangon S., Dalla Pozza M., Santucci U (2000), Vaccination for Avian influenza in Italy Vet Rec, 147 - 175 30 : Castrucci MR, Kawaoka Y 1993, Biologic importance of neuraminidase stalk length in influenza A virus J Virol 67, 759 - 764 31 : Gambotto A, Barratt-Boyes SM, de Jong MD, Neumann G, Kawaoka Y (2008), Human infection with highly pathogenic H5N1 influenza virus Lancet 371 (9622), 1464 - 1475 Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận văn thạc sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… 75 32 Keawcharoen J, Amonsin AY (2005), Characterization of the hemagglutinin and neuraminidase genes of recent influenza virus isolates from different avian species in Thailand Acta Virol 49 (4), 277 - 280 33 : Kishida N, Sakoda Y, Isoda N, Matsuda K, Eto M, sunaga Y, Umemura T, Kida H (2005) Pathogenesis of H5 influenza viruses for ducks Arch Virol Jul, 150 (7), 1383 - 1392 34 : Klenk, H D., W, H niemann, R Geyer, R T Schwarz (1983), The characterization of influenza viruses by carbohydrate analysis Curr top Microbiol Immuno, 104, 247 - 257 35 : Franklin, R M and E Wecker (1950), Innactivation of some animal viruses by hydroxylamine and the structur of ribonucleic acid Nature 84, 343 - 345 36 : Luong G, Palese P (1992), Genetic analysis of influenza virus Curr Opinion Gen Develop 2, 77 - 81 37 : Nayak D, Hui E, Barman S (2004), Assembly and budding of influenza virus Virus Res 106 (2), 147 - 165 38 : Nicholson KG, Wood JM, Zambon M (2003), Influenza Lancet 362 (93970), 1733 - 1745 39 : Murphy B R and R G Webter (1996), Orthomyxoviruses In B N Fields, D M Knipe, P M Howley et al (ed), Fields Virology, 3rd ed Lippincott Raven pblishers, Philadenphia, Pa, 1397 - 1445 40 : Ito T and Y Kawaoka (1998), Avian influenza In K G Nicholson, R G Webster, and A J Hay (ed) Textbook of influenza Blackwell sciences Ltd, Oxford, United Kingdom, 126 - 136 41 : Sekellick MJ, Carra SA, Bowman A, Hopkins DA, Marcus PI (2000), Transient resistance of influenza virus to interferon action attributed to random multiple packaging and activity of NS genes J Interferon Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận văn thạc sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… 76 Cytokine Res 20 (11), 963 - 970 42 : OIE, Council of European Communities (1992), Council Directive 92/40/Eec of 19 th May 1992 introducing Community measures for the control of avian influenza, Official Journal of European Communities L 167, - 15 43 : Uiprasertkul M, Kitphati R, Puthavathana P, Kriwong R, Kongchanagul A, Ungchusak K, Angkasekwinai S, Chokephaibulkit K, Srisook K, Vanprapar N (2007), Apoptosis and pathogenesis of avian influenza A (H5N1) virus in humans Emerg Infect Dis 13(5), 708 - 71 44 Wan XF, Dong L, Lan Y, Long LP, Xu C, Zou S, Li Z, Wen L, Cai Z, Wang W, Li, Yuan F, Sui H, Zhang Y, Dong J, Sun S, Gao Y, Wang M, Bai T (2011), Indications that live poultry markets are a major source of human H5N1 influenza virus infection in China Journal of Virology, 85:13432 - 45 : Webster RG (1998), Influenza: an emerging disease Emerg Infect Dis 4, 436 - 441 46 : Zhu Q, Yang H, Chen W, Cao W, Zhong G, Jiao P, Deng G, Yu K, Yang C, Bu Z, Kawaoka Y, Chen H (2008), A naturally occurring deletion in its NS gene contributes to the attenuation of an H5N1 swine influenza virus in chickens J Virol 82 (1), 220 - 228 II TÀI LIỆU TRANG WEB 48 : WHO, Avian Influanza (2013), cập nhập ngày 17/06/2013, http://www.who.int/influenza/human_animal_interface/H5N1_cumulativ e_table_archives/en/ Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận văn thạc sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… 77 PHỤ LỤC Ảnh Bộ kít chiết tách ARN hãng QIAGEN Ảnh Tiến hành chiết tách RNA Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận văn thạc sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… 78 Ảnh Máy RT - PCR hãng BIO - RAD IQ5 Ảnh Hình ảnh giá trị Ct cho mẫu xét nghiệm Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận văn thạc sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… 79 [...]... hình dịch cúm gia cầm trên ñ a bàn c a 5 tỉnh/ thành phố từ năm 2010 ñến 6/2013 49 3.3 Vị trí các chợ lấy mẫu trên ñ a bàn nghiên cứu 51 3.4 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A/ H5N1 trên gia cầm sống bán tại các chợ c a tỉnh Ninh Bình 3.5 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A/ H5N1 trên gia cầm sống bán tại các chợ c a tỉnh Nam ðịnh 3.6 60 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A/ H5N1 trên gia cầm sống bán tại các chợ c a tỉnh Phú... hành virus trong vùng, thậm chí là trên cả nước Xuất phát từ thực tế trên, chúng tôi tiến hành nghiên cứu ñề tài: Giám sát sự lưu hành c a virus cúm A/ H5N1 trên gia cầm sống bán tại các chợ thuộc một số tỉnh ph a Bắc bằng phương pháp RT - PCR Mục tiêu c a ñề tài - Xác ñịnh ñược sự lưu hành virus cúm type A/ H5N1 trên gia cầm sống bán tại các chợ c a 5 tỉnh/ thành phố bao gồm: tỉnh Ninh Bình, Nam ðịnh,... Bình, Nam ðịnh, thành phố Hà Nội, Phú Thọ và tỉnh ðiện Biên - Xác ñịnh ñược subtype virus cúm gia cầm ñang lưu hành tại 5 tỉnh/ thành phố Ý ngh a khoa học và thực tiễn - Cung cấp thông tin về sự lưu hành virus cúm A/ H5N1 trên gia cầm sống bán tại các chợ và một số yếu tố ảnh hưởng ñến mức ñộ lưu hành c a virus - Nhằm góp phần chủ ñộng trong công tác phòng chống dịch bệnh cúm gia cầm H5N1 - Là cơ sở ñịnh... 3.8 56 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A/ H5N1 trên gia cầm sống bán tại các chợ c a thành phố Hà Nội 3.7 53 64 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A/ H5N1 trên gia cầm sống bán tại các chợ c a tỉnh ðiện Biên Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận văn thạc sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… 67 ix MỞ ðẦU Tính cấp thiết Chăn nuôi gia cầm giữ một vai trò quan trọng trong nền kinh tế Nông nghiệp Việt Nam Những năm gần... mặt capsid c a virus, có khối lượng phân tử khoảng 50.000 dalton Các nghiên cứu gen NA c a virus cúm cho thấy phần ñầu 5’- c a gen này (hay phần tận cùng N c a polypeptide NA) có tính biến ñổi cao và phức tạp gi a các chủng virus cúm A, sự thay ñổi này liên quan ñến quá trình thích ứng và gây bệnh c a virus cúm trên nhiều ñối tượng vật chủ khác nhau (Castrucci và Kawaoka, 1993; Baigent và McCauley,... Tiến, 2013) 1.3 Virus học bệnh cúm gia cầm type A 1.3.1 Cấu trúc c a virus cúm gia cầm Virus cúm gia cầm (Avian Influenza Virus) thuộc họ Orthomyxoviridae Bộ gen virus cúm gồm một sợi ñơn RNA Hạt virus (virion) có dạng hình khối tròn, hình trứng hoặc hình khối kéo dài có ñường kính 80 - 120 nm ðôi khi virus có hình sợi kéo dài ñến vài µm Phân tử lượng c a hạt virus khoảng 4,6 - 6,4 dalton Virus ñược bọc... chuyển gia cầm, sản phẩm gia cầm từ các ñ a phương có dịch vào Các phương tiện giao thông ra vào phải ñược tiêu ñộc Tăng cường kiểm tra, giám sát phát hiện bệnh và tiêu hủy tất cả gia cầm, sản phẩm gia cầm có nguồn gốc từ các ñ a phương ñang có dịch ðồng thời tiến hành tổ chức dập dịch nhanh chóng khi còn ở diện hẹp Khống chế dịch ở các ñ a phương ñang có dịch xảy ra Là bệnh có tính lây lan nhanh, do... dịch cúm type A/ H5N1 xảy ra ở ñồng bằng sông Cửu Long làm 2 người mắc và 1 người chết Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận văn thạc sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… 4 Bảng 1.1 Số lượng các ca nhiễm cúm gia cầm type A/ H5N1 trên người Năm Quốc gia Ai Cập Azerbaijan Bangladesh Cambodia Indonesia Djibouti Iraq Lào Myanmar Nigeria Pakistan Thái Lan Thổ Nhĩ Kỳ Việt Nam Trung Quốc Tổng số Tổng 2003 2004... sinh học c a tế bào tổng hợp các protein c a virus và các RNA vận chuyển phụ thuộc RNA (RNA - dependent RNA transcription) Phức hợp protein RNA c a virus ñược vận chuyển vào trong nhân tế bào (Basler, 2007) Trong nhân tế bào các RNA hệ gen c a virus tổng hợp nên các sợi dương từ khuôn là sợi âm c a hệ gen virus, từ các sợi dương này chúng tổng hợp nên RNA hệ gen c a virus mới nhờ RNA - polymerase Các sợi... vaccine cúm gia cầm H5N1 ñạt hiệu quả cao Trường ðại học Nông nghiệp Hà Nội – Luận văn thạc sỹ khoa học Nông nghiệp ……………………… 2 Chương 1 TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Khái niệm về bệnh cúm gia cầm Cúm gia cầm (Avian Influenza), là một bệnh truyền nhiễm cấp tính gây ra bởi virus cúm type A thuộc họ Orthomyxoviridae với nhiều subtype khác nhau (Alexander, 1993) ðây là tác nhân gây bệnh nguy hiểm trên gia cầm, ... CƯỜNG GIÁM SÁT SỰ LƯU HÀNH C A VIRUS CÚM A/ H5N1 TRÊN GIA CẦM SỐNG BÁN TẠI CÁC CHỢ THUỘC MỘT SỐ TỈNH PH A BẮC BẰNG PHƯƠNG PHÁP RT - PCR CHUYÊN NGÀNH : THÚ Y Mà SỐ : 60.64.01.01 NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA... Forward CATGGARTGGCTAAAGACAAGACC None None Reverse AGGGCATTTTGGACAAAKCGTCTA None None H5-3S Probe TCA ACA GTG GCG AGT TCC CTA GCA HEX BHQ1 (AAHL+ Probe TCAACAGTTGCGAGTTCTCTAGCA Probe HA Forward ACG... cúm type A/ H5N1 gia cầm sống bán chợ tỉnh Phú Thọ 3.8 56 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A/ H5N1 gia cầm sống bán chợ thành phố Hà Nội 3.7 53 64 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A/ H5N1 gia cầm sống bán chợ