Phân lập và tuyển chọn chủng vi khuẩn phân giải canxi oxalat nguyên nhân chính gây sỏi thận

B GIÁO DC VÀ ÀO TO TRNG I HC M TP. H CHÍ MINH KHÓA LUN TT NGHIP Tên đ tài: PHÂN LP VÀ TUYN CHN CHNG VI KHUN PHÂN GII CANXI OXALAT - NGUYÊN NHÂN CHÍNH GÂY SI THN KHOA CÔNG NGH SINH HC CHUYÊN NGÀNH: VI SINH – SINH HC PHÂN T GVHD: ThS. DNG NHT LINH SVTH : LÊ TH YN NHI MSSV : 1053010531 KHOÁ: 2010 – 2014 Tp.H Chí Minh, tháng 05 nm 2014 LI CM N Khong thi gian ti phòng thí nghiêm vi sinh, là khong thi gian tôi s không bao gi quên. Ni đã cho tôi tht nhiu kin thc và nhng k nim đp.  tài đc thc hin vi s giúp đ ca rt nhiu ngi dù trc tip hay gián tip. Tôi xin đc gi li cm n chân thành thành đn tt c nhng ngi đã giúp đ tôi thc hin đ tài này. u tiên cho phép em đc g i li cm n chân thành và s tri ân sâu sc ti cô Dng Nht Linh và thy Nguyn Vn Minh. Thy, cô không ch truyn đt nhng kin thc quý báu mà còn dy em nhng bài hc trong cuc sng, giúp em hoàn thin nhân cách cng nh tri thc. c bit, thy cô đã cho em c hi tìm thy đam mê tht s và đc làm vic ht mình cho nhng điu mình yêu thích. Vi lòng bit  n sâu sc nht, em xin gi đn quý thy cô  Khoa Công ngh sinh hc nói chung và các thy cô trong t chuyên ngành Vi sinh nói riêng đã truyn đt cho em vn kin thc quý báu. Em xin gi li cm n đn thy an Duy Pháp đã luôn giúp đ, đng viên, truyn đt cho em nhng kin thc và kinh nghim quý báu. Ch Võ Ngc Yn Nhi, ch Nguyn Th M Linh đã luôn bên cnh, chia s vui bun, giúp em tìm ra cách gii quy t nhng vn đ, nhng khó khn gp phi trong quá trình làm đ tài. Bên cnh đó, xin gi li cm n đn các anh/ ch, các bn và các em  phòng thí nghim đã luôn giúp đ và đng viên tôi trong sut quá trình thc hin đ tài. Cui cùng, con xin gi li cm đn cha m, đã dy d, yêu thng, nuôi nng con khôn ln nh ngày hôm nay. Gia đình là ch da tinh thn giúp con vt qua nhng khó khn trong cuc s ng. Em xin chúc quý thy cô di dào sc khe, gt hái nhiu thành công. Bình Dng, tháng 5 nm 2014 Lê Th Yn Nhi MC LC MC LC i DANH MC CH VIT TT iv DANH MC BNG iv DANH MC HÌNH NH v DANH MC S  v DANH MC BIU  v T VN  1 CHNG 1. TNG QUAN TÀI LIU 4 1.1. SI TIT NIU 5 1.2. T L MC BNH 5 1.2.1. Trên th gii 5 1.2.2. Ti Vit Nam 5 1.3. THÀNH PHN HÓA HC CA SI 6 1.3.1. Trên th gii 6 1.3.2. Ti Vit Nam 7 1.4. C CH HÌNH THÀNH SI 8 1.5. NGUYÊN NHÂN SINH BNH 9 1.5.1. Tng cô đc nc tiu do gim bài tit niu 9 1.5.2. Tng canxi niu (hypercalciuria) 9 1.5.3. Tng oxalat ni u 10 1.5.4. Tng acid uric niu 10 1.5.5. Tng cystein niu 11 1.5.6. Tng xanthine niu 11 1.5.7. Mt s nguyên nhân khác 11 1.6. CÁC GIAI ON PHÁT SINH SI 11 1.7. SI TÁC NG TI H TIT NIU 12 1.7.1. è ép và tc nghn đng dn niu 12 KHÓA LUN TT NGHIP SVTH: LÊ TH YN NHI  1.7.2. Kích thích c xát 12 1.7.3. Nhim khun 13 1.8. CÁC PHNG PHÁP IU TR SI 14 1.8.1. Phng pháp ít xâm ln 14 1.8.2. Phu thut ly si 15 1.8.3. iu tr ni khoa 15 1.8.4. S dng vi khun có kh nng phân gii mui canxi oxalat 16 1.9. MT S NGHIÊN CU V VI KHUN CÓ KH NNG PHÂN GII MUI CANXI OXALT 17 CHNG 2. V T LIU VÀ PHNG PHÁP 19 2.1. VT LIU 20 2.1.1. a đim và thi gian nghiên cu 20 2.1.2. i tng nghiên cu 20 2.1.3. Thit b, dng c, môi trng 20 2.2. PHNG PHÁP NGHIÊN CU 21 2.2.1. B trí thí nghim 21 2.2.2. Quy trình ly mu và phân lp 22 2.2.3. Xác đnh lng oxalat b phân hy 24 2.2.4. nh danh 27 CHNG 3. KT QU VÀ THO LU N 38 3.1. KT QU PHÂN LP 39 3.2. Kt qu đnh lng mui oxalat 42 3.2.1. nh lng oxalat bng phng pháp oxi hóa kh (KMnO 4 ). 43 3.2.2. nh lng oxalat bng phng pháp sc kí trao đi ion 45 3.3. Kt qu đnh danh 46 CHNG 4. KT LUN VÀ  NGH 50 4.1. KT LUN 51 4.2.  NGH 51 TÀI LIU THAM KHO 52 PH LC 55 KHÓA LUN TT NGHIP SVTH: LÊ TH YN NHI  KHÓA LUN TT NGHIP SVTH: LÊ TH YN NHI  DANH MC CH VIT TT o C Celsius degree Cs Cng s g Gam µm Micrometer pH Puisauce de Hydrogen NA Nutrient Agar NB Nutrient Broth C i chng V Th tích dung dch (mL) N Nng đ đng lng (đng lng/ L) E ng lng gam (g/ đng lng) DANH MC BNG Bng 1.1. Tn sut (%) thành phn chính trong si tit niu  Pháp 7 Bng 1.2. Thành phn si thn 8 Bng 3.1. Kt qu phân lp vi khun phân gii canxi oxalat t nhiu ngun mu khác nhau 39 Bng 3.2. Kt qu quan sát hình thái khun lc và nhum gram ca các chng phân lp trong điu kin hiu khí. 40 Bng 3.3. Kt qu quan sát hình thái khun lc và nhum gram c a các chng phân lp trong điu kin k khí. 41 Bng 3.4. Kt qu đnh lng mui oxalat bng phng pháp oxi hóa kh (KMnO 4 ) 43 Bng 3.5. Kt qu đnh lng mui oxalat bng phng pháp sc ký trao đi ion 45 Bng 3.6. Kt qu th nghim sinh hóa nhóm cu khun gram âm 47 Bng 3.7. Kt qu th nghim sinh hóa nhóm trc khun gram dng có bào t 48 KHÓA LUN TT NGHIP SVTH: LÊ TH YN NHI  DANH MC HÌNH NH Hình 3.1. Phân lp mu đt ti Bình Dng trên môi trng 1 42 Hình 3.2. Hình thái khun lc ca mt s chng vi khun trên môi trng 1 42 Hình 3.3. Kt qu nhum gram ca mt s chng vi khun 42 DANH MC S  S đ 2.1. S đ thí nghim 22 S đ 2.2. S đ ly mu và phân lp 23 DANH MC BIU  Biu đ 3.1. Lng mui oxalat gim (%) sau 24 gi nuôi cy 44 Biu đ 3.2. Lng mui oxalat gim (%) sau 24 gi nuôi cy 46 KHÓA LUN TT NGHIP T VN  SVTH: LÊ TH YN NHI 1  T VN  K S V  k  g â c h n g T 2 8 T h t h đ  c ó c  h  ti  s  h i n h P h ph t h t h l à n h s  n h ( C K HÓA LU  V TH: LÊ T Si ti   t thành c  â y nghn t h c thn, g g i bnh. Ti M  i Vit N a 8 ,3%, si n h  Bay, 2 0 h ng kê kh á Trên 8  c tìm th  ó màu xan h  si thn.  p thu t t  u gi là h  i niu tái p Hin n i u qu tri  h t tái phá t h ng ph á h át ca s i h  gii. N h h iu các c h à mt la c h iu nghiê n  dng h n h ân thì l  C ampieri v  N TT N T H YN N  t niu là m  a mt s t t c đng g ây nhim (Nguyn T  , bnh s  a m si th n n iu đo c 0 07). T l á c nhau. (  8 0% si t h  y trong n h h đm. Nh  Trong đi u t hc phm h yperoxalu r p hát. (Sasi k n ay, vic đ  t đ, mt t 1 ln tro n á p điu tr i thn ngà y h ng vi c h h t dinh d  c hn điu n cu dùn g n h p các  ng oxala t v à cs, 20 0 N GHIP N HI m t bnh t h t hành ph n tit niu m khun và g T h Bay, 2  i thn chi  n chim 4 c him 5,4 % suy thn   Gia Tu y h n liên q u h iu loi t h  ng ngi u kin bìn h đc th n r ia. Hyper o k umar, 20 1 đ iu tr nh  s ngi v n g vòng 5 n bng ch y càng th u h  đ n u  ng cn t h t r  mi c h g vi khu n vi khun l t gim t 0 1), s d  h ng g p n trong n m à hu qu  g ây đau,  n 007)  m khon g 0%, si n i % trong t n mn  b n y n, 2006) u an đn c a h c phm có ch đ h thng, o n bài tit h o xaluria là 1 3)  ng viên s v n phi s  n m chi m đ n u n u hút nhi u u ng thiu h it. iu t h o bnh n h n có li là m l actic đôn g 55,5 19,  ng trc t i p và hay t á c tiu  đ  có th g â n h hng đ g 5% - 15 % i u qun c n g s bn h n h nhân s  a nxi oxalat nh ht ti ê n ung g o xalat đ c h oàn toàn. mt tron g i thn l n  ng chung v m 43,75%. ( n g nhm n u s quan t oxalat tro n tr  bng v i h ân hypero m gim ca n g khô sau , 6 mg/ 24 i p t b à o á i phát  đ đ iu kin l â y  nc đ n sc k h % dân s ( K c him 28, 2 h nhân s i  i thn t (CaOx) ( K ê u, ca cao, g iàu oxalat c sinh ra t  S tng c a g nhng ng u n không p h v i cn b  ( Caudarell a gn nga t âm ca c á n g thc p h i khun là m xaluria và n xi oxalat mt tháng gi - 28, 3 o sng vi  T đ ng tit n l ý hóa nh t thn và h h e và tín h K iriaki và 2 7%, si b à i nói chun g 31% - 44 % K han, 19 9 chè, mt có th d n  b ên tron g a o oxalat t u yên nhâ n h i lúc nà o  nh này su  a và cs, 20 1 s hình t h á c nhà kh o h m dn đ  m gim ox canxi ox a đt kt qu  điu tr t r 3 14.6 m khun O x T VN   2 n iu do s  t đnh. S i h y hoi t  h mng c a cs, 2003) . à ng quan g g (Nguy n % qua cá c 9 7). Oxala t s loi ra u n đn ngu y g c th v à tr ong n c n chính gâ y o cng đ t  t đi và í t 1 1) h ành và tá i o a hc trê n  n nguy c  alat có th  a lat. ã c ó  cao nh: r ên 6 bn h m g/ 24 gi  x alobacte r  2  i  a . g n c t u y à c y t t i n   ó h  r KHÓA LUN TT NGHIP T VN  SVTH: LÊ TH YN NHI 3  formigenes sau mt tháng thì ba trong s nm bnh nhân vi chc nng thn bình thng có lng oxalat trong nc tiu gim t 22% - 48% (Hoppe và cs, 2006). Vì nhng lý do trên, chúng tôi thc hin đ tài: “Phân lp và tuyn chn vi khun có kh nng phân gii canxi oxalat- nguyên nhân chính gây si thn”.  Mc tiêu Phân lp và tuyn chn nhóm vi khun có kh nng phân gii mui canxi oxalat- nguyên nhân chính gây si thn.  Ni dung thc hin Phân lp chng vi khun phân gii canxi oxalat t nhiu ngun mu khác nhau: phân em bé, rut gà, mu đt. (Bhat và Barker, 1947; Allison và cs, 1985; Chandra và Shethna, 1975 ) nh lng kh nng phân gii canxi oxalat ca nhng chng phân lp đc nh danh vi khun bng phng pháp truyn thng. [...]... - 60% b nh nhân có s i canxi oxalat th n có t ng canxi ni u mà không t ng canxi máu Có th có m t s nguyên nhân gây t ng canxi ni u (Tr n V n Hinh, 2013) T ng canxi ni u do h p th : s t ng h p thu canxi ni u t i ru t nguyên phát ho c th phát do t ng 1,25 dihydrodroxy vitamin D3 ho c do gi m nh phospho máu K t qu c a s t ng h p th này ch làm t ng canxi ni u mà không làm t ng canxi máu T ng canxi ni u... ch phân h y oxalat c a vi khu n C ch phân h y oxalat c a vi khu n Ph n ng (2) là t ng h p c a ph n ng (3), (4), (5) SVTH: LÊ TH Y N NHI 16 KHÓA LU N T T NGHI P 1.9 M T S T NG QUAN TÀI LI U NGHIÊN C U V VI KHU N CÓ KH N NG PHÂN GI I MU I CAnxI OXALT Bhat và Barber (1947) mô t quá trình phân l p và c i m c a vi khu n Vibrio oxaliticus, có kh n ng phân gi i oxalae Vibrio oxaliticus m u tv n và c nuôi c... pháp d a vào gen 16sRNA, tác gi hi n di n c a O formigenes trong phân ng ã xác i b ng k nh cs i Murphy và cs (2008) nghiên c u kh n ng phân h y oxalat c a các loài vi khu n Lactobacillus và Bifidobacteria c phân l p t ng tiêu hóa c a chó, mèo K t qu có 11/18 Lactobacillus có kh n ng phân gi i oxalat và không có loài nào trong 13 loài Bifidobateria phân l p c có kh n ng phân gi i oxalat Sasikumar và cs... format Allison và cs (1985) mô t chi và loài c a m t nhóm vi khu n m i: O formigenes, có kh n ng phân h y oxalat Vi khu n c ng nh ru t già c a ng i và c tìm th y trong d c , ng v t khác O formigenes là tr c khu n gram âm, k khí b t bu c, oxalat là ngu n carbon duy nh t Kodama và cs (2002) mô t nghiên c u c b n v xác nh và phát hi n vi khu n O formigenes, có kh n ng phân h y oxalat trong m u phân ng thu... QUAN TÀI LI U c u th n và t ng bài ti t canxi ni u ng th n, gây nên tình tr ng t ng canxi nh ng b nh nhân có s i canxi th phát, n ng prostaglandin E2 t ng T ng canxi ni u do tiêu h y: do s t ng phân h y x canxi t i ru t H i ch ng này gi ng b nh lý c T ng canxi ni u t phát: 5% - 10% ng nhân có hi n t hay g p ng và t ng h p thu ng ch c n ng c n giáp i bình th ng và 50% s b nh ng t ng canxi ni u t phát B... phân h y oxalat t d c Tác gi b sung 10% d ch d c SVTH: LÊ TH Y N NHI 17 KHÓA LU N T T NGHI P vào môi tr T NG QUAN TÀI LI U ng ch a các khoáng ch t c n thi t cùng v i 0,6% sodium oxalat, trong i u ki n k khí, 37oC T t c ch ng vi khu n phân h y oxalat phân l p c là vi khu n gram âm, tr c h i cong, không di duy nh t c h tr t ng tr ng, không sinh bào t B m t ng là oxalat Oxalat b phân h y thành CO2 và. .. tính ch t gia ình và các b nh nhân m c các b nh ác tính nh u h ch lympho Các kh i u này kích thích ti t ra prostaglandin E2, là y u t t ng canxi ni u Ngoài ra, các b nh nh c ng ch c n ng tuy n giáp, b nh u h t (b nh sarcoid), pheochromocytoma và gi m glucocorticoid c ng có th là nguyên nhân gây t ng canxi ni u 1.5.3 T ng oxalat ni u S hình thành s i canxi oxalat liên quan t i vi c t ng oxalat trong n... sung oxalat, trong 28oC Trong vòng 24 gi môi tr ng tr nên c và pH t ng permanganat cho th y r ng h n 85% oxalat ã b phân h y Trên ng th ch b sung m t l ng nh 2 mL CaCl2 (M / 10 ) vào 100 mL môi tr Trên môi tr c phân l p t dung d ch canxi clorua vô trùng ng, d n n hình thành k t t a h i c ng th ch này, vi khu n có kh n ng phân gi i oxalat, trong vài ngày hình thành nh ng vòng trong, là k t qu c a vi c phân. .. p (phân em bé - môi tr A, ru t gà - môi tr S ng thích h p ng B, m u ât - môi tr 2.2 S ng ng C) l y m u và phân l p 2.2.2.1 L y m u Ngu n: d a trên các tài li u nghiên c u v các ch ng vi khu n có kh n ng phân h y canxi oxalat trong môi tr ng và ngu n g c c ng nh chúng, chúng tôi thu nh n m u phân em bé, ru t gà và trong i u ki n s ng c a t (Bhat và Barker, 1947; Chandra và Shethna, 1975; Allison và. .. có kh n ng phân h y canxi oxalat c nh danh b ng th nghi m sinh hóa theo khóa phân lo i Cowan và Steel (Cowan and Steel’s, 1993) Phân nhóm vi sinh v t Ti n hành nhu m gram, quan sát d (Nguy n cL i kính hi n vi xem hình d ng vi khu n ng, 2003) Nguyên t c S khác nhau gi a vách t bào Gram (+) và Gram (-) làm cho kh n ng b t màu màng t bào v i thu c nhu m khác nhau gi a hai nhóm vi khu n D a vào i m này . có kh nng phân gii canxi oxalat- nguyên nhân chính gây si thn”.  Mc tiêu Phân lp và tuyn chn nhóm vi khun có kh nng phân gii mui canxi oxalat- nguyên nhân chính gây si thn GIÁO DC VÀ ÀO TO TRNG I HC M TP. H CHÍ MINH KHÓA LUN TT NGHIP Tên đ tài: PHÂN LP VÀ TUYN CHN CHNG VI KHUN PHÂN GII CANXI OXALAT - NGUYÊN NHÂN CHÍNH GÂY SI THN. sarcoid), pheochromocytoma và gim glucocorticoid cng có th là nguyên nhân gây tng canxi niu. 1.5.3. Tng oxalat niu S hình thành si canxi oxalat liên quan ti vi c tng oxalat trong nc tiu.