Tìm hiểu các kiểu đột biến liên quan đến sự kháng fluoroquinolone ở vi khuẩn lao và xác định nhanh vi khuẩn lao kháng fluoroquinolone bằng kỹ thuật real time pcr thông qua đột biến gene gyr

- Trang - 1.1 Bệnh lao Bệnh lao bệnh truyền nhiễm gây tác nhân gây bệnh thuộc phức hợp Mycobacterium tuberculosis, bao gồm: vi khuẩn lao (Mycobacterium tuberculosis), Mycobacterium bovis, Mycobacterium africanum Mycobacterium microti (22) Để xác định xác ca lao, tác nhân phải phân lập từ quan hay quan bị nhiễm Tuy nhiên, việc định nghĩa ca lao lại phụ thuộc vào mức độ xác chẩn đốn khác tùy theo quốc gia Ở Việt Nam, việc chẩn đoán bệnh lao thực theo hướng dẫn tổ chức Y tế giới (WHO) Bộ Y tế Việt Nam 1.1.1 Tình hình bệnh lao Thế giới Việt Nam Bệnh lao bệnh phổ biến có tỷ lệ tử vong cao toàn giới, đặc biệt Châu Á Châu Phi WHO ước tính có 9,2 triệu ca lao phát (incidence, 139/100.000 dân/năm) năm 2006, đó, bao gồm 4,1 triệu (44% tổng số ca lao phát hiện) ca smear-dương (new smear-positive cases) 0,7 triệu ca HIV-dương tính (chiếm 8% tổng số) (68) Hình 1.1 trình bày tỷ lệ ca lao phát toàn cầu theo số liệu thu nhận từ năm 2007 Hình 1.1 Tỷ lệ ca lao phát toàn cầu năm 2007 (67) Chương – TỔNG QUAN - Trang - Cũng theo số liệu năm 2006, số ca lao lưu hành giới ước tính khoảng 14,4 triệu ca có 1,7 triệu ca tử vong lao tồn cầu (68) Trong 1,7 triệu ca tử vong có 0,2 triệu ca bệnh nhân đồng nhiễm HIV Ngồi ra, có khoảng 0,5 triệu ca lao đa kháng thuốc (multidrug-resistant tuberculosis, MDR-TB) ước tính dựa số liệu từ 202 quốc gia vùng lãnh thổ năm 2006 (68) Việt Nam xếp hạng thứ 12 22 nước có dịch tễ lao cao theo báo cáo WHO năm 2008 (68) Theo đó, tỷ lệ lao Việt Nam ước tính 173/100.000 dân/năm; tỷ lệ lao lưu hành ước tính 225/100.000 dân/năm; tỷ lệ tử vong lao ước tính 23/100.000 dân/năm với dân số 86.206.000 Tỷ lệ lao đa kháng thuốc ước tính 2,7% ca lao 19% ca lao tái trị Tuy nhiên, VOVNews/VNA đưa tin Thứ trưởng Y tế, bác sỹ Nguyễn Thị Xuyến phát biểu hội nghị diễn Hà Nội ngày 16/01/2009 số bệnh nhân lao Việt Nam thực tế cao ước tính WHO đến 60%, nghĩa xấp xỉ 277/100.000 dân/năm Bên cạnh đó, lao đa kháng thuốc bệnh lao bệnh nhân HIV gia tăng Việt Nam (67-69) Đây thách thức to lớn lĩnh vực y tế nước ta 1.1.2 Các thể lao Biểu lâm sàng việc nhiễm vi khuẩn lao đa dạng phụ thuộc vào nhiều yếu tố xuất phát từ ký chủ, vi khuẩn tương tác ký chủ vi khuẩn Đối với cá thể khỏe mạnh việc nhiễm khuẩn lao thường khơng có triệu chứng Dữ liệu từ nhiều nguồn khác cho thấy nguy trọn đời việc phát triển thành bệnh lao sau nhiễm trùng xấp xỉ 10% (20) Tuy nhiên, tỷ lệ tăng lên cá thể có hệ miễn dịch suy yếu hay trẻ sơ sinh Chương – TỔNG QUAN -Trang 94 - 4.1 Kết giải trình tự vùng QRDR gene gyrA Kết giải trình tự vùng QRDR gene gyrA cho thấy 100% (109/109) chủng kháng FQ có điểm đa hình S95T so với trình tự hoang dại vùng gene tương ứng chủng chuẩn H37Rv Điểm đa hình khơng liên quan đến tính kháng FQ diện chủng kháng nhạy với FQ Ngồi ra, điểm đa hình codon 95 gene gyrA kết hợp với điểm đa hình codon 463 gene katG sử dụng để phân nhóm cho phức hợp M tuberculosis (61) 78% (85/109) chủng kháng FQ phát có mang đột biến liên quan đến tính kháng FQ vùng QRDR gene gyrA Các đột biến tập trung vị trí: G88A (n=1), D89N (n=1), S91P (n=3), A90V (n=32) D94X (n=59) Aspartic acid (D) vị trí 94 chủng kháng FQ bị đột biến thành glycine (G), alanine (A), tyrosine (Y), asparagine (N) histidine (H) Các kiểu đột biến codon 90, 91 94 phát đề tài tương đồng với đột biến tìm thấy chủng kháng FQ lâm sàng thực nghiệm chọn lọc thể đột biến giới (36, 40, 41, 45, 53, 63) Các nghiên cứu chức protein mang đột biến tương đối Một nghiên cứu chức protein mang đột biến T80A, A90G, T80A/A90G, A90V, D94G, D94H, A90V/D94G gene gyrA công bố vào đầu năm 2006 Alexandra Aubry cộng (8) Nghiên cứu cho thấy đột biến A90V, D94G, D94H, A90V/D94G làm tăng khả trì hoạt tính enzyme diện FQ, nghĩa chúng kháng FQ Trong đó, đột biến T80A, A90G, T80A/A90G lại làm giảm khả enzyme so sánh với enzyme hoang dại Như vậy, tất loại đột biến gene gyrA liên quan đến tính kháng FQ chủng vi khuẩn lao Chương –BÀN LUẬN -Trang 95 - Vào cuối năm 2006, nhóm tác giả Stéphanie Matrat cơng bố việc phân tích chức kiểu đột biến codon 88 gene gyrA vi khuẩn lao: G88A G88C Cả hai kiểu đột biến làm tăng nồng độ ức chế tối thiểu FQ xét nghiệm so với enzyme hoang dại (43) Như vậy, nghiên cứu chức đột biến S91P D89N chưa công bố Điều lý giải tần số xuất đột biến thấp nên chưa quan tâm hay khơng có chủng để tiến hành nghiên cứu Tỷ lệ kiểu đột biến vùng QRDR gene gyrA 85 chủng kháng FQ có đột biến vùng gene gyrA khảo sát đề tài là: 1.2% (1/85) G88A/A90V; 1.2% (1/85) D89N; 25,9% (22/85) A90V; 2,4% (2/85) S91P; 57,6% (49/85) D94X 11,8%(10/85) đột biến kết hợp gồm A90V/D94A, A90V/D94G, A90V/S91P/D94G-A S91P/D94G-A Sự phân bố tỷ lệ đột biến vùng QRDR gene gyrA phát chủng kháng FQ đề tài tương đồng với nghiên cứu Thái Lan (53) Nga (45) Cả nghiên cứu sử dụng ofloxacin nồng độ µg/ml để xác định chủng kháng FQ Tuy nhiên, nghiên cứu Thái Lan Nga có số lượng chủng thấp số chủng sử dụng đề tài: 35 chủng nghiên cứu Thái 48 chủng nghiên cứu Nga Có thể số lượng mẫu hạn chế nên nghiên cứu Thái chưa thấy xuất chủng có hai hay ba đột biến kháng FQ gene gyrA Tương tự, đột biến S91P không phát nghiên cứu Nga lại xuất với tần suất 9,1% (2/22) nghiên cứu Thái Kết giải trình tự vùng QRDR gene gyrA cho 109 chủng kháng FQ cho thấy có đến 22% (24/109) chủng không mang đột biến vùng gene Kết tương tự nghiên cứu khảo sát đột biến gene Chương –BÀN LUẬN -Trang 96 - gyrA cho chủng kháng FQ quốc gia khác giới (6, 7, 45, 53, 64) Điều cho thấy, chế chi phối tính kháng FQ nằm ngồi vùng gene Điểm bật kết giải trình tự vùng QRDR gene gyrA đề tài diện chủng mang nhiều đột biến có kiểu đột biến dị hợp (có peak hoang dại đột biến vị trí) Vì có 11 chủng mang hai hay ba kiểu đột biến nên tổng số đột biến phát 109 chủng kháng FQ lên đến 121 điểm đột biến Bên cạnh đó, số lượng peak dị hợp tìm thấy chủng kháng FQ 48 số 121 điểm đột biến Nguyên nhân đột biến dị hợp chưa thật hiểu rõ Một số khả dẫn đến tượng liệt kê là: siêu nhiễm (super-infection) lúc nhiều chủng lao; tạp nhiễm thao tác phịng thí nghiệm; chủng có số tế bào vi khuẩn bắt đầu phát sinh đột biến kháng FQ áp lực chọn lọc thuốc 4.2 Kết giải trình tự vùng QRDR gene gyrB Tương tự nghiên cứu giới, 109 chủng kháng FQ đề tài có 96 chủng (88,1%) khơng tìm thấy đột biến vùng QRDR gene gyrB (41, 45, 53, 64) Chỉ khoảng 11,9% chủng kháng FQ đề tài có mang đột biến vị trí codon Các đột biến phân bố rải rác từ codon 486 đến codon 540: S486F (n=1), D500A (n=1), D500N (n=3), D500H-G509A (n=1), N538T (n=4), T539P (n=1), E540D (n=1), E540V (n=1) Các đột biến phát đề tài Bên cạnh đó, kiểu đột biến cơng bố (D495N (53), D495R, D495H (41), N510D (65), N510K, A515V, A515T, Q549H (45), N533T (7)) lại không xuất chủng kháng FQ Việt Nam Các trình tự đột biến đơn gene gyrB phát đề tài đăng ký ngân hàng liệu có mã truy cập là: GU111541 (gyrB- Chương –BÀN LUẬN -Trang 97 - T539P), GU111542 (gyrB-D500N), GU111543 (gyrB-E540D), GU111544 (gyrBE540V), GU111545 (gyrB-S486F) Tuy phát đột biến QRDR gene gyrB chủng kháng FQ nghiên cứu chức cho kiểu đột biến cịn hạn chế Chỉ có đột biến N510D gene gyrB tiến hành nghiên cứu chức (8) công bố tăng MIC ofloxacin moxifloxacin (65) Hai nghiên cứu cho thấy đột biến gene gyrB thực ảnh hưởng lên tính kháng FQ vi khuẩn lao Tuy nhiên, nghiên cứu MIC chức protein cho kiểu đột biến cần thiết để khẳng định hoạt tính kháng FQ đột biến cịn lại 4.3 Kết giải trình tự vùng QRDR gene gyrA gene gyrB Các kết thu nhận cho thấy 78% chủng kháng FQ có mang đột biến vùng QRDR gene gyrA có 11,9% chủng kháng FQ mang đột biến điểm vùng QRDR gyrB Kết hợp hai vùng gene phát thấy có 82,6% chủng kháng FQ có đột biến vùng QRDR gyrA hay gyrB Trong đó, 7,3% chủng có đột biến hai vùng QRDR gene gyrA gyrB Tỷ lệ đột biến vùng QRDR gene gyrA gyrB đề tài (82,6%) xếp vào loại cao so với nghiên cứu Thái Lan (60% (22/35), (53)), Đài Loan (50% (5/10) (64)) thấp tỷ lệ nghiên cứu Nga (91,6% (44/48) (45) Nguyên nhân khác biệt chưa rõ ràng mang tính đặc thù địa phương, quốc gia hay khu vực Như vậy, 17,4% chủng kháng FQ đề tài không chứa đột biến hai vùng gene gyrA gyrB Các chủng kháng FQ thơng qua chế khác tác động hệ thống bơm đẩy thuốc khỏi tế bào (26) hay loại protein đặc biệt (24, 35) Chương –BÀN LUẬN -Trang 98 - 4.4 Kết phát triển phản ứng real-time PCR phát đột biến kháng FQ Sau tạo dòng tối ưu hóa thành cơng phản ứng real-time PCR, kiểm tra khả phát đột biến phản ứng 42 chủng kháng FQ biết trình tự vùng QRDR gene gyrA Sau đó, chúng tơi cịn đánh giá hiệu phản ứng DNA tách chiết 40 chủng có kết giải trình tự vùng QRDR gene gyrA hoang dại thu 100% tín hiệu hoang dại Dùng kết giải trình tự 82 chủng nói làm tiêu chuẩn, chúng tơi tính độ nhạy độ đặc hiệu phản ứng real-time PCR tương ứng 75% 100% Độ nhạy phản ứng tương đối thấp Nguyên nhân độ nhạy thấp đặc thù đột biến tập hợp chủng đánh giá có nhiều kiểu đột biến dị hợp Ngoài ra, nguyên nhân khác phản ứng real-time PCR không thiết kế để phát đột biến D89N mà giới hạn đột biến vị trí khảo sát (A90V, S91P D94X) Do vậy, phản ứng cải thiện với chứng dương DNA gene khảo sát toàn 109 chủng kháng FQ để xác định cách phân tích kết cho khả phát đột biến (kể đột biến dị hợp) tăng lên Sử dụng kết giải trình tự làm chuẩn, chúng tơi tính độ nhạy độ đặc hiệu phản ứng real-time PCR với chứng dương DNA gene 90% 100% Như vậy, độ đặc hiệu phản ứng trì mức 100% độ nhạy phản ứng tăng lên đáng kể Việc tăng độ nhạy phản ứng giải thích phần thay đổi cấu trúc tập hợp mẫu đánh nhờ sử dụng chứng dương DNA gene Vì đường chuẩn (baseline) cho tín hiệu huỳnh quang xác định mẫu chứng dương sử dụng để ghi nhận Chương –BÀN LUẬN -Trang 99 - tín hiệu mẫu xét nghiệm nên tương đồng chứng mẫu quan trọng Tóm lại, phản ứng real-time PCR phát triển có độ nhạy độ đặc hiệu cao Ngoài ra, ưu điểm phương pháp sàng lọc nhanh đột biến kháng FQ với lượng lớn nhờ thao tác đơn giản thuận tiện Hơn nữa, việc phân tích tín hiệu huỳnh quang máy thực cách tự động nên rút ngắn thời gian thao tác tránh việc thao tác với ethidium bromide (là tác nhân gây ung thư) để phát sản phẩm khuếch đại Nhược điểm phương pháp cần sử dụng thiết bị đắt tiền tương tự phương pháp sử dụng PCR khác nguy nhiễm thao tác xảy Tuy nhiên, nhiễm thao tác hạn chế nhờ thao tác cẩn thận Chương –BÀN LUẬN -Trang 100 - 5.1 Kết luận Từ kết thu đề tài, rút số kết luận: - 78% (85/109) chủng kháng FQ phát có mang đột biến liên quan đến tính kháng FQ vùng QRDR gene gyrA Các đột biến tập trung vị trí: G88A, D89N, S91P, A90V D94X Các kiểu đột biến phát - Tỷ lệ kiểu đột biến vùng QRDR gene gyrA 85 chủng kháng FQ có đột biến vùng gene gyrA là: G88A/A90V-1.2%; D89N-1.2%; A90V-25,9%; S91P-2,4%; D94X-57,6% 11,8%(10/85) đột biến kết hợp (A90V/D94A, A90V/D94G, A90V/S91P/D94G-A S91P/D94G-A) - 11,9% chủng kháng FQ đề tài có mang đột biến vị trí codon vùng QRDR gene gyrB: S486F, D500A, D500N, D500H-G509A, N538T, T539P, E540D, E540V Các đột biến phát lần giới Việt Nam Một số trình tự đăng ký ngân hàng liệu có mã truy cập là: GU111541 (gyrB-T539P), GU111542 (gyrB-D500N), GU111543 (gyrBE540D), GU111544 (gyrB-E540V), GU111545 (gyrB-S486F) - 82,6% chủng kháng FQ có đột biến vùng QRDR gyrA hay gyrB - 7,3% chủng có đột biến hai vùng QRDR gene gyrA gyrB - 17,4% chủng kháng FQ đề tài không chứa đột biến hai vùng QRDR gene gyrA gyrB - Kết giải trình tự vùng QRDR gene gyrA gyrB đặt tảng cho nghiên cứu sâu tính kháng fluoroquinolone vi khuẩn lao Việt Nam - Đề tài thiết lập thành cơng quy trình sử dụng phản ứng real-time PCR phát đột biến kháng FQ vi khuẩn lao với độ nhạy độ đặc hiệu 90% 100% so với phương pháp giải trình tự Chương – KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ -Trang 101 - - Phản ứng real-time PCR phát triển đề tài có độ nhạy độ đặc hiệu cao, sàng lọc nhanh đột biến kháng FQ với lượng lớn, thao tác đơn giản thuận tiện Như vậy, đề tài thực thành công mục tiêu đề 5.2 Đề nghị Để mở rộng phát triển đề tài, đề nghị tiếp tục tiến hành nghiên cứu sau: - Khảo sát chế kháng fluoroquinolone khác đột biến gene gyrA gyrB tập hợp chủng kháng fluoroquinolone, đặc biệt chủng khơng có đột biến vùng QRDR gene gyrA gyrB - Khảo sát tính ứng dụng phản ứng real-time PCR thiết lập trực tiếp loại bệnh phẩm (đàm, dịch não tủy …) - Khảo sát tỷ lệ kháng fluoroquinolone Việt Nam, đặc biệt nhóm bệnh nhân nguy cao bệnh nhân lao đa kháng thuốc, bệnh nhân lao màng não, bệnh nhân lao tái trị … Chương – KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ -Trang 102 - TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng Việt Bộ Y Tế, C t c l q g., Dự án quản lý bệnh lao kháng thuốc 2008 Tập huấn triển khai dự án quản lý bệnh lao kháng thuốc Tp Hồ Chí Minh Dương Duy An 2006 Tìm hiểu kháng thuốc vi khuẩn lao Mycobacterium tuberculosis mức phân tử Đại học quốc gia thành phố Hồ Chí Minh-Đại học khoa học tự nhiên, Thành phố Hồ Chí Minh Tài liệu tiếng Anh 10 A.N Umubyeyyi, L R., I.C.Shamputa, K Fissette, Y Elkrim, P W B de Rijk, M J Strulens, F Portaels 2007 Limited fluoroquinolone resistance among Mycobacterium tuberculosis isolates from Rwanda: redults of a national survey Journal of Antimicrobial Chemotherapy 59:1031-1033 Alangaden GJ, M E., Vakulenko SB, et al 1995 Characterization of fluoroquinolone-resistant mutant strains of Mycobacterium tuberculosis selected in the laboratory and isolated from patients Antimicrobial Agents Chemotherapy 39:1700-03 Alvirez-Freites EJ, C J., Cynamon MH 2002 In vitro and in vivo activities of gatifloxacin against Mycobacterium tuberculosis Antimicrob Agents Chemother 46:1022-25 Amy Sarah Ginsburg, Jacques H Grosset, and W R Bishai 2003 Fluoroquinolones, tuberculosis, and resistance The LANCET Infectious Diseases 3:432-441 Andrea Von Groll, A M., Pontus Jureen, Sven Hoffner, Peter Vandamme, Francoise Portaels, Juan Carlos Palomino, Pedro Almeida Da Silva 2009 Fluoroquinolone resistance in Mycobacterium tuberculosis and mutations in gyrA and gyrB Antimicrob Agents Chemother doi:10.1128/AAC.00287-09 Aubry, A., N Veziris, E Cambau, C Truffot-Pernot, V Jarlier, and L M Fisher 2006 Novel gyrase mutations in quinolone-resistant and hypersusceptible clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis: functional analysis of mutant enzymes Antimicrob Agents Chemother 50:104-12 Ben Yang Zhao, R P., John Domagala, Karl Drlica 1999 Fluoroquinolone Action against Clinical Isolates of Mycobacterium tuberculosis: Effects of a C8 Methoxyl Group on Survival in Liquid Media and in Human Macrophages ANTIMICROBIAL AGENTS AND CHEMOTHERAPY 43:66-666 Berning, S E 2001 The Role of Fluoroquinolones in Tuberculosis Today Drugs 61:9-18 TÀI LIỆU THAM KHẢO -Trang 103 - 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 Bloom, B R 1994 Tuberculosis - Pathogenesis, Protection, and Control ASM Press, Washington, DC, USA Blower S M., C T 2004 Modeling the emergence of the "hot zones": tuberculosis and the amplification dynamics of drug resistance Nature Medicine 10:1111-1116 Bozeman L, B W., Metchock B, et al 2002 Fluoroquinolone susceptibility among selected Mycobacterium tuberculosis isolates from the United States and Canada American Journal of Respiratory Criteria Care Medicine 165:(suppl): A18 Brock, T D 1999 Robert Koch, A life in Medicine and Bacteriology ASM Press, Washington, DC, USA Cambau E, J V 1996 Resistance to quinolones in mycobacteria Respiratory Microbiology 147:52-59 Cambau E, W S., M.Basson, C Truffot-Pernot, J Grosset, V Jarlier 1994 Selection of a gyrA mutant of Mycobacterium tuberculosis resistant to fluoroquinolones during treatment with ofloxacin Journal of Infectiuos Diseases 170:479-483 Camus Jean-Christophe, M J P., Claudine Mdigue, and Stewart T Cole 2002 Re-annotation of the genome sequence of Mycobacterium tuberculosis H37Rv Microbiology 148:2967 - 2973 Cheng, A F., W W Yew, E W Chan, M L Chin, M M Hui, and R C Chan 2004 Multiplex PCR amplimer conformation analysis for rapid detection of gyrA mutations in fluoroquinolone-resistant Mycobacterium tuberculosis clinical isolates Antimicrob Agents Chemother 48:596-601 CLEMENTE MONTERO, G M., ROSALVA RODRIGUEZ, AND HOWARD TAKIFF 2001 Intrinsic Resistance of Mycobacterium smegmatis to Fluoroquinolones May Be Influenced by New Pentapeptide Protein MfpA ANTIMICROBIAL AGENTS AND CHEMOTHERAPY 45:3387–3392 Comstock, G W 1982 Epidemiology of tuberculosis Am Rev Respir Dis 125(Suppl):8-16 D Agrawal, Z F U., C Rodriguez, A Mehta 2009 Increasing incidence of fluoroquinolone-resistant Mycobacterium tuberculosis in Mumbai, India International Journal of Tuberculosis and Lung Diseases 13:79-83 Davies, P D O 2003 Clinical tuberculosis Arnold, London, UK Dryden, D T F 2006 DNA mimicry by proteins and the control of enzymatic activity on DNA TRENDS in Biotechnology 24:378-382 Dryden, D T F 2006 DNA mimicry by proteins and the control of enzymatic activity on DNA TRENDS in Biotechnology 24:378-382 Ellen M Zager, R M 2008 Multidrug-resistant tuberculosis BMC Infectious Diseases 2008, 8:10 8:10-14 TÀI LIỆU THAM KHẢO -Trang 104 - 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 Escribano, I., J C Rodriguez, B Llorca, E Garcia-Pachon, M Ruiz, and G Royo 2007 Importance of the efflux pump systems in the resistance of Mycobacterium tuberculosis to fluoroquinolones and linezolid Chemotherapy 53:397-401 Farer, L S., L M Lowell, M P Meador 1979 Extrapulmonary tuberculosis in the United States Am J Epideniol 109:205-217 Faye M Barnard, A M 2001 Interaction between DNA Gyrase and Quinolones: Effects of Alanine Mutations at GyrA Subunit Residues Ser83 and Asp87 Antimicrobial Agents and Chemotherapy 45:1994-2000 G.B Migliori, G B., E Girardi, K Kliiman, C Lange, O.S Toungoussovae, G Ferrara, D.M Cirillo, A Gori, A Matteelli, A Spanevelloe, L.R Codecasa, M.C Raviglioneee and SMIRA/TBNET Study Group 2007 Clinical and operational value of the extensively drug-resistant tuberculosis definition European Respiratory Journal 30:623–626 Garcia-Rodriguez JA, G G A 1993 In-vitro activities of quinolones against mycobacteria Journal of Antimicrobiological Chemotherapy 32: 797–808 GEORGE J ALANGADEN, E K M., SERGEI B VAKULENKO,NIKOLAI M ZVONOK, AND STEPHEN A LERNER 1995 Characterization of Fluoroquinolone-Resistant Mutant Strains of Mycobacterium tuberculosis Selected in the Laboratory and Isolated from Patients ANTIMICROBIAL AGENTS AND CHEMOTHERAPY:1700–1703 Giannoni, F., E Iona, F Sementilli, L Brunori, M Pardini, G B Migliori, G Orefici, and L Fattorini 2005 Evaluation of a new line probe assay for rapid identification of gyrA mutations in Mycobacterium tuberculosis Antimicrob Agents Chemother 49:2928-33 Giovanni Di Perri, S B 2004 Which agent should we use for the treatment of multidrug-resitant Mycobacterium tuberculosis? Journal of Antimicrobial Chemotherapy 54:593-602 Hatfull, G F., and J William R Jacobs 2000 Molecular Genetics of Mycobacteria ASM Press, Washington, D.C, USA Hegde SS, V M., Roderick SL, Mitchenall LA, Maxwell A, Takiff HE, Blanchard JS 2005 A fluoroquinolone resistance protein from Mycobacterium tuberculosis that mimics DNA Science 308:1393 HOWARD E TAKIFF, L S., CARMEN GUERRERO, WOLFGANG PHILIPP,WAI MUN HUANG, BARRY KREISWIRTH, STEWART T COLE,WILLIAM R JACOBS, JR., AND AMALIO TELENTI 1994 Cloning and Nucleotide Sequence of Mycobacterium tuberculosis gyrA and gyrB Genes and Detection of Quinolone Resistance Mutations ANTIMICROBIAL AGENTS AND CHEMOTHERAPY 773-780 TÀI LIỆU THAM KHẢO -Trang 105 - 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 Isabelle Guillemin, V J., Emmanuelle Cambau 1998 Correlation between Quinolone Susceptibility Patterns and Sequences in the A and B Subunits of DNA Gyrase in Mycobacteria Antimicrobial Agents and Chemotherapy:20842088 Jacobs, M R 1999 Activity of quinolones against mycobacteria Drugs 58 (suppl):19–22 Ji B, L N., Maslo C, et al 1998 In vitro and in vivo activities of moxifloxacin and clinafloxacin against Mycobacterium tuberculosis Antimicrobial Agents Chemotherapy 42:2066-69 Kaplan, G., F A Post, A L Moreira, H Wainwright, B N Kreiswirth, M Tanverdi, B Mathema, S V Ramaswamy, G Walther, L M Steyn, C E Barry, 3rd, and L G Bekker 2003 Mycobacterium tuberculosis growth at the cavity surface: a microenvironment with failed immunity Infect Immun 71:7099-108 Kocagoz, T., C J Hackbarth, I Unsal, E Y Rosenberg, H Nikaido, and H F Chambers 1996 Gyrase mutations in laboratory-selected, fluoroquinolone-resistant mutants of Mycobacterium tuberculosis H37Ra Antimicrob Agents Chemother 40:1768-74 Mandell GL, B J., Dolin R 2000 Principles and practice of infectious diseases, ed Churchill Livingstone, Philadelphia, USA Matrat, S., N Veziris, C Mayer, V Jarlier, C Truffot-Pernot, J Camuset, E Bouvet, E Cambau, and A Aubry 2006 Functional analysis of DNA gyrase mutant enzymes carrying mutations at position 88 in the A subunit found in clinical strains of Mycobacterium tuberculosis resistant to fluoroquinolones Antimicrob Agents Chemother 50:4170-3 Mitchison, D 2000 Role of individual drugs in the chemotherapy of tuberculosis The International Journal of Tuberculosis and Lung Disease 4:796-806 Mokrousov, I., T Otten, O Manicheva, Y Potapova, B Vishnevsky, O Narvskaya, and N Rastogi 2008 Molecular characterization of ofloxacinresistant Mycobacterium tuberculosis strains from Russia Antimicrob Agents Chemother 52:2937-9 Muhammad Malik, X Z., Karl Drlica 2006 Lethal fragmentation of bacterial chromosomes mediated by DNA gyrase and quinolones Molecular Microbiology 61:810–825 N Sarita Shah, A W., Gill-Han Bai, Lucia Barrera,Fadila Boulahbal, Nuria Martín-Casabona, Francis Drobniewski, Chris Gilpin, Marta Havelková, Rosario Lepe, Richard Lumb, Beverly Metchock, Franỗoise Portaels, Maria Filomena Rodrigues, Sabine Rỹsch-Gerdes, Armand Van Deun, Veronique Vincent, Kayla Laserson, Charles Wells, J Peter TÀI LIỆU THAM KHẢO -Trang 106 - 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 Cegielski 2007 Worldwide Emergence of Extensively Drug-resistant Tuberculosis Emerging Infectious Diseases 13:380-7 National_Committee_for_Clinical_Laboratory_Standards 2003 Susceptibility Testing of Mycobacteria, Nocardiae, and Other Aerobic Actinomycetes: Approved Standard M24-A NCCLS, Wayne, PA, USA Neel R Gandhi, A M., A Willem Sturm, Robert Pawinski, Thiloshini Govender, Umesh Lalloo, Kimberly Zeller, Jason Andrews, Gerald Friedland 2006 Extensively drug-resistant tuberculosis as a cause of death in patients co-infected with tuberculosis and HIV in a rural area of South Africa Lancet 368:1575-80 Nikki M Parrish, J D D., and William R.Bishai 1998 Mechanisms of latency in Mycobacterium tuberculosis Trends in Microbiology 6:107-112 P.G Higgins, A C F., F-J Schmitz 2003 Fluoroquinolones: Structure and Target Sites Current Drug Targets 4:181-190 Peng Xu, X L., Ming Zhao, Xiaohong Gui, Kathryn DeRiemer, Sebastien Gagneux, Jian Mei, Qian Gao 2009 Prevalence of Fluoroquinolone Resistance among Tuberculosis Patients in Shanghai, China Antimicrobial Agents and Chemotherapy 53:3170-3172 Pitaksajjakul, P., W Wongwit, W Punprasit, B Eampokalap, S Peacock, and P Ramasoota 2005 Mutations in the gyrA and gyrB genes of fluoroquinolone-resistant Mycobacterium tuberculosis from TB patients in Thailand Southeast Asian J Trop Med Public Health 36 Suppl 4:228-37 Rastogi N, L V., Goh KS 1996 In vitro activities of fourteen antimicrobial agents against drug susceptible and resistant clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis and comparative intracellular activities against the virulent H37Rv strain in human macrophages Current Microbiology 33:167–75 Rose A Devasia, A B., Carolyn May, Svetlana Eden, Teresa Smith, Nancy Hooper, Fernanda Maruri Charles Stratton, Ayumi Shintani, Timothy R Sterling 2009 Fluoroquinolone resistance in Mycobacterium tuberculosis: an assessment of MGIT 960, MODS and nitrate reductase assay and fluoroquinolone cross-resistance Journal of Antimicrobial Chemotherapy 63:1173–1178 Ruiz, J 2003 Mechanisms of resistsance to quinolones: target alterations, decreased accummulation and DNA gyrase protection Journal of Antimicrobial Chemotherapy 51:1109-1117 S T Cole, R B., J Parkhill, T Garnier, C Churcher, D Harris, S V Gordon, K Eiglmeier, S Gas, C E Barry, III, F Tekaia, K Badcock, D Basham, D Brown, T Chillingworth, R Connor, R Davies, K Devlin, T Feltwell, S Gentles, N Hamlin, S Holroyd, T Hornsby, K Jagels, A Krogh, J McLean, S Moule, L Murphy, K Oliver, J Osborne, M A TÀI LIỆU THAM KHẢO -Trang 107 - 58 59 60 61 62 63 64 65 66 Quail, M.-A Rajandream, J Rogers, S Rutter, K Seeger, J Skelton, R Squares, S Squares, J E Sulston, K Taylor, S Whitehead & B G Barrell 1998 Deciphering the biology of Mycobacterium tuberculosis from the complete genome sequence Nature 393:537-544 Saito H, S K., Tomioka H, Dekio S 1995 In vitro antimycobacterial activity of a new quinolone, levofloxacin (DR-3355) Tuberculosis and Lung Disease 76: 377–80 Scholar, E M 2003 Fluoroquinolones: Part, Present and Future of a Novel Group of Antibacterial Agents American Journal of Pharmaceutical Education 66:164-172 Shi, R., J Zhang, C Li, Y Kazumi, and I Sugawara 2006 Emergence of ofloxacin resistance in Mycobacterium tuberculosis clinical isolates from China as determined by gyrA mutation analysis using denaturing high-pressure liquid chromatography and DNA sequencing J Clin Microbiol 44:4566-8 Sreevatsan, S., X Pan, K E Stockbauer, N D Connell, B N Kreiswirth, T S Whittam, and J M Musser 1997 Restricted structural gene polymorphism in the Mycobacterium tuberculosis complex indicates evolutionarily recent global dissemination Proc Natl Acad Sci U S A 94:986974 Susanne Moadebi, C K H., Mark J Fitzgerald, Kevin R Elwood and Fawziah Marra 2007 Fluoroquinolones for the Treatment of Pulmonary Tuberculosis Drugs:2077-2099 Timm, J., N Kurepina, B N Kreiswirth, F A Post, G B Walther, H C Wainwright, L G Bekker, G Kaplan, and J D McKinney 2006 A multidrug-resistant, acr1-deficient clinical isolate of Mycobacterium tuberculosis is unimpaired for replication in macrophages J Infect Dis 193:1703-10 Tsi-Shu Huang, C M K., Susan Shin-Jung Lee, Yao-Shen Chen, Hui-Zin Tu, Yung-Ching Liu 2005 Trends in fluoroquinolone resistance of Mycobacterium tuberculosis complex in a Taiwanese medical centre: 19952003 Journal of Antimicrobial Chemotherapy 56:1058-1062 Veziris, N., C Martin, F Brossier, F Bonnaud, F Denis, and A Aubry 2007 Treatment failure in a case of extensively drug-resistant tuberculosis associated with selection of a GyrB mutant causing fluoroquinolone resistance Eur J Clin Microbiol Infect Dis 26:423-5 World_Health_Organization 2004 Anti-tuberculosis drug resistance in the world Third global report The WHO/IUATLD global project on antituberculosis drug resistance surveillance, 1999-2002.WHO/HTM/TB/2004.343 TÀI LIỆU THAM KHẢO -Trang 108 - 67 68 69 70 71 72 World_Health_Organization 2009 Global tuberculosis control: epidemiology, strategy, financing: WHO report 2009.:WHO/HTM/TB/2009.411 World_Health_Organization 2008 Global tuberculosis control: surveillance, planning, financing: WHO report 2008.WHO/HTM/TB/2008.393 World_Health_Organization 2006 Global tuberculosis control: surveillance, planning, financing: WHO report 2008.WHO/HTM/TB/2006.362 World_Health_Organization 2006 Guidelines for the programmatic management of drug-resistant tuberculosis.WHO/HTM/TB/2006/361 Yoshikuni Onodera, M T., Kenichi Sato 2001 Inhibitory activity of quinolones against DNA gyrase of Mycobacterium tuberculosis Journal of Antimicrobial Chemotherapy 47:447-450 Zhou, J., et al 2000 Selection of Antibiotic-Resistant Bacterial Mutants: Allelic Diversity among Fluoroquinolone-Resistant Mutations The Journal of Infectiuos Diseases 182:517-525 Các trang web tham khảo http://bioweb.uwlax.edu/bio203/s2007/millard_ashl/ http://pathport.vbi.vt.edu/pathinfo/pathogens/Tuberculosis_2.html http://the-half-decent-pharmaceutical-chemistry-blog.chemblogs.org/page/36 http://www.ijpr-online.com/Docs/20053/IJPR323.htm http://www.pharmainfo.net/reviews/fluoroquinolones-overview TÀI LIỆU THAM KHẢO ... vi khuẩn lao Vi? ??t Nam Mục tiêu đề tài Tìm hiểu đột biến liên quan đến tính kháng fluoroquinolone vi khuẩn lao gene gyrA gyrB Phát triển quy trình Real- time PCR phát nhanh vi khuẩn lao kháng fluoroquinolone. .. 1.1.2.4 Bệnh lao phổi Lao phổi tên gọi chung bệnh lao biểu quan khác phổi Các bệnh bao gồm: lao kê (bệnh lao lan tỏa, đa quan) , lao hạch, lao màng phổi, lao sinh dục – niệu, lao xương, lao hệ thần... QRDR gene gyrA gene gyrB Phân tích kết giải trình tự so sánh với trình tự gene gyrA gene gyrB chủng H37Rv ngân hàng gene Hình 2.1 Sơ đồ thực vi? ??c giải trình tự vùng QRDR gene gyrA gene gyrB chủng