BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH BÁO CÁO KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP Tên đề tài: KHẢO SÁT SỰ XUẤT HIỆN BIẾN THỂ A1298C GEN MTHFR VÀ A66G GEN MTRR ĐỐI VỚI MỘT SỐ MẪ
VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
VẬT LIỆU
II.1.1 Công cụ phần mềm
II.1.2 Công cụ trực tuyến
− BLAST (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/blast.cgi)
− GeneCards (http://www.genecards.org/)
− Google (https://www.google.com.vn/)
− Google Scholar (https://scholar.google.com.vn/)
− NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)
− Oligo analyzer IDT phiên bản 3.1
II.1.3 Bộ mẫu bệnh phẩm
Thực hiện quy trình PCR-giải trình tự phát hiện đột biến A1298C xuất hiện trên gen
MTHFR A1298C (2 mẫu bệnh phẩm) và đột biến A66G xuất hiện trên gen MTRR (3 mẫu bệnh phẩm) có chỉ số cholesterol trong máu >5mmol/L.
PHƯƠNG PHÁP
II.2.1 Khai thác dữ liệu (Data-mining)
- Khai thác dữ liệu khoa học trên ngân hàng dữ liệu NCBI (PubMeb, PubMeb central (PMC) và dữ liệu trực tuyến khác Google, Google Scholar…
- Sử dụng một số từ khóa: Familial Hypercholesterolemia (FH), gene MTRR, gene MTHFR, Autosomal Dominant Hypercholesterolemia (ADH),
- Thu thập và trích xuất dữ liệu để đưa vào phân tích tổng hợp: đặc điểm phân tử và tần suất xuất hiện của các dạng biến thể (tính chất biến thể hoặc tính chất đột biến điểm) trên gen mục tiêu: MTHFR (đột biến A1298C), MTRR (đột biến
A66G) ở bệnh nhân mắc bệnh tăng cholesterol trong máu có tính gia đình hoặc một số bệnh lý về tim mạch, bệnh xơ vữa động mạch, bệnh mạch vành…
II.2.2 Phân tích tổng hợp (Meta-analysis) Đưa bộ dữ liệu vào phân tích tổng hợp nhằm tìm hiểu sự tương quan giữa đặc điểm phân tử và tần suất xuất hiện của các dạng biến thể (tính chất biến thể hoặc tính chất đột biến điểm) trên gen mục tiêu: MTHFR (biến thể A1298C), MTRR (biến thể A66G) và bệnh tăng cholesterol trong máu có tính gia đình hoặc một số bệnh lý về tim mạch, bệnh xơ vữa động mạch, bệnh mạch vành
Quá trình phân tích tổng hợp dựa vào phân tích tần suất đột biến (Proportion), chỉ số tỷ suất chênh (Odds ratio-OR) và chỉ số nguy cơ (Relative risk-RR) với khoảng tin cậy
95% (Confidence intervals-CIs) và giá trị pG, 1253T>C, 1254G>T,
1255A>G Các dạng biến thể này đều đột biến thay thế nucleotide chưa có công bố trên hệ thống LOVD
Xét trên gen MTRR với trình tự tham chiếu NC_000005.10 và NM_002454.2 (LOVD) bao quanh vị trí đột biến trên gen MTRR chúng tôi có ghi nhận vị trí các đột biến/biến thể trên các mẫu bệnh phẩm M1, M2, M3, kết quả được ghi nhận ở Bảng III.20, Hình III.21- Hình III.22:
− Dạng biến thể A66G trên gen MTRR (dạng thay thể nucleotide đã công bố) xuất hiện trên 2 mẫu bệnh phẩm với tỷ lệ 75% so với tổng số mẫu bệnh phẩm: 3 mẫu Dạng biến thể A66G xuất hiện ở mẫu M1 là thể dị hợp: AG và mẫu M2 là thể đồng hợp GG Công bố khoa học của Gaughan và cộng sự (2001) và dữ liệu trên hệ thống LOVD cho thấy dạng đột biến thay thế nucleotide tại vị trí c.66 trên trình tự gen MTRR ở thể AG hoặc GG là một trong những nguyên nhân di truyền dẫn đến bệnh huyết khối, khuyết tật ống thần kinh (Gaughan et al., 2001)
Bảng III.18 Các dạng biến thể/đột biến xuất hiện trên bộ mẫu bệnh phẩm trên gen mục tiêu
Kí hiệu sản phẩm giải trình tự
Kí hiệu sản phẩm giải trình tự
1st_BASE_3543872_M74_MTF2 1st_BASE_3543872_M75_MTR2
Chú thích: quy ước xác định (tên) biến thể/đột biến được xác định theo hướng dẫn của
“HGVS nomenclature” (https://www.hgvs.org/)
Các công bố khoa học của Van der Put và cộng sự (1998), Li và cộng sự (2015), Gaughan và cộng sự (2001) đều sử dụng phương pháp PCR-RPLF để ghi nhận đặc điểm biến thể trên trình tự mục tiêu: gen MTHFR với biến thể A1298C hoặc gen mục tiêu
