Tỷ lệ mắc bệnh do thực phẩm sinh ra có thể xảy ra do thiếu các biện pháp vệ sinh. Các vi sinh vật có thể xâm nhập và phát triển trong môi trường xử lý và chế biến thực phẩm thông qua nguyên liệu, sinh vật gây hại, không khí, nước và nhân viên. Thực hành vệ sinh tốt thường xuyên là đủ để kiểm soát vi sinh vật trong môi trường chế biến và xử lý thực phẩm. Tuy nhiên, nếu mức độ ô nhiễm tăng lên hoặc các quy trình vệ sinh không đây đủ, vi sinh vật có thể phát triển và gây ra các bệnh từ thực phẩm. Tỷ lệ mắc bệnh do thực phẩm sinh ra có thể xảy ra do thiếu các biện pháp vệ sinh. Trong lịch sử, các vi sinh vật gây bệnh khác nhau như E.coli, Listeria monocytogens và Salmonella spp được biết là có khả năng gây ô nhiễm môi trường chế biến thực phẩm. Vì vậy, việc thực hiện giám sát vệ sinh môi trường là rất quan trọng. Thông qua chương trình giám sát môi trường, việc đánh giá hiệu quả của các biện pháp vệ sinh tổng thể trong nhà máy sẽ được thực hiện và cung cấp thông tin về cách ngăn ngừa ô nhiễm vi sinh vật vào thực phẩm. Chương trình giám sát môi trường không được thiết kế để xác nhận tính hiệu quả của các phương pháp làm sạch và vệ sinh, mà tập trung và việc xác nhận tần suất làm sạch và vệ sinh.