Các phương pháp phân tích vi sinh 2015

ng các chi Aspergillus, Fusarius, Rhizopus Bacillus, Cytophaga, Pseudomonas Aspergillus candidus, A.niger, A.oryzae, Bacillus subtilis, B.. trình amơn hố.. Q trình amơn hoá urea enzyme u

TÍCH VI SINH

I V

TRONG PHÂN TÍCH VI S 1

1.1 VAI TRÒ PHÂN TÍCH VI SINH 1

1.2 YÊU HÓA 2

2

3

3

3

4

4

5

TÓM 5

CÂU ÔN 5

N HÌNH 6

2.1 VI SINH GÂY TRONG VÀ 6

2.1.1 Salmonella 6

2.1.2 Campylobacter 7

2.1.3 Clostridium perfringens 7

2.1.4 Clostridium botulinum 8

2.1.5 Vibrio spp 8

2.1.6 Escherichia Coli 9

2.1.7 Listeria monocytogenes 10

2.1.8 Staphylococcus aureus 11

2.1.9 Shigella spp 11

2.1.10 Coliforms 11

2.1.11 Bacillus cereus 12

2.1.12 Neisseria gonorrhoeae 12

2.1.13 Haemophilus influenza 13

2.1.14 Pseudomonas aeruginosa 14

2.2 VI SINH LÝ MÔI 14

14

17

TÓM 25

CÂU ÔN 25

26

3.1 M U TRONG PHÂN TÍCH VI SINH 26

3.2 THU VÀ 27

II

27

27

27

28

3.3 THU VÀ 28

28

29

31

31

3.4 THU VÀ 32

32

32

33

34

35

35

36

37

37

3.5 THU VÀ 38

38

38

TÓM 44

CÂU ÔN 44

45

4.1 PHÁP 45

45

46

47

4.2 M KHU N L C 47

48

48

49

50

50

50

4.3 PHÁP MÀNG 51

4.4 PHÁP MPN 51

4.5 PHÁP LAI 52

TÓM 54

CÂU ÔN 55

SINH HÓA TRONG PHÂN 56

5.1 K HÁI 56

5.2 CÁC LIÊN QUAN CARBOHYDRATE 56

56

57

61

- galactosidase 62

63

5.3 M LIÊN QUAN PROTEIN, ACID AMIN, ENZYME 64

2 S 64

65

67

68

69

70

72

73

74

75

76

78

79

80

82

83

5.4 PHÂN LIPID 84

5.5 KHÁC 85

85

87

88

89

TÓM 91

CÂU ÔN 91

92

6.1 PHÁP PHÁT QUANG SINH 92

92

6.2 PHÁP PETRIFILM 94

6.3 PHÁP ELISA 95

95

6.3.2 Nguyên lý 95

96

6.4 PHÁP PCR ( POLYMERASE CHAIN REACTION ) 100

101

102

IV

6.5 PHÁP RFLP 104

104

105

105

6.6 PHÁP SEQUENCING 106

106

NA 107

TÓM 113

CÂU ÔN 114

TRÌNH PHÂN TÍCH VI S 115

7.1 XÁC VÀ THU 115

115

115

115

7.2 PHÂN VI SINH 116

116

116

117

7.3 XÁC HÌNH THÁI VI SINH 117

117

118

7.4 XÁC TRÚC VI SINH 120

m Gram 120

Nelsen) 121

123

124

ng (capsule) 125

7.5 DANH VI SINH CÁC SINH HÓA 126

7.6 QUY TRÌNH XÁC VI SINH GÂY HÌNH 126

E Coli 126

7.6.2 Salmonella 129

Listeria monocytogenes 136

7.7 XÁC CÓ VI SINH 139

139

7.7 140

7.8 DANH VI SINH CÁC SINH PHÂN 142

TÓM 143

CÂU ÔN 143

TÀI THAM 144

VI

i quy

Salmonella 7 ngày

Salmonella

0C và cao nhât là 500C

Clostridium perfringens

Clostridium perfringens

Campylobacter

Clostridium perfringens

V parahaemolyticus, V vulnificus, V hollisae, V furnsii, V

minicus, V fluvialis, V alginolyticus

Escherichia Coli

10 BÀI 2:

Enterotocigenic E.Coli (ETEC)

Enteroinvasive E.Coli (EIEC)

Enterohaemorrhagic E.Coli E.Coli (VTEC) hay E.Coli

Listeria monocytogenes hoàn toàn khác

Listeria monocytogenes

Listeria monocytogenes

12 BÀI 2: HÌNH

n

Escherichia, Klebsiella, Enterobacter

Neisseria gonorrhoeae Neisseria

2.2.1 Vi sinh v t phân gi i các h p ch t ch a carbon

2.2.1.1 Vi sinh v t phân gi i cellulose

a

khác nhau Enzym C1

cellobiose dehydrolase

- 1,4 bên

phân gi cellobiase e endo

và exo gluca x Enzyme -

phân cellobiose thành glucose

b

Tricoderma

chi Tricoderma

Tricoderma Aspergillus, Fusarium Mucor

acetobutilicum -

2.2.2 Vi sinh v t phân gi i các h p ch t ch a nitrogen

2.2.2.1 Quá trình amon hóa

hoá

thành NH4+ 3

a

trình amôn hoá Quá trình amôn hoá urea

enzyme urease sinh ra

3, CO2 và H2O CO(NH2)2 + 2 H2O (NH4)2CO3

(NH4)2CO3 2NH3 + CO2 + H2O

3

18 BÀI 2:

3 CN-NCa + 2 H2O CN-NH2 + Ca(OH)2

R-CH(NH2)COOH + ½ O2 R-CO-COOH + NH3

có Bacillus mycoides, B.mesentericus, B subtilis, Pseudomonas fluorescens, Clostridium sporogenes Streptomyces griseus Aspergillus oryzae, A flavus, A niger, Penicilium camemberti

2.2.2.2 Quá trình nitrate hóa

Sau quá trình amôn hoá NH3

a

- 300 -

không k

nhómAzotobacter

Azotobacter Azotobacter u,

Azotobacter

Ngoài ra, calci

Azotobacter

Azotobacter Azotobacter -

- Quá trình amon hóa

- Quá trình nitrate hóa

- m b o vô khu n khi l y b nh ph m

- D ng c l y b nh ph xét nghi m ph i do phòng xét nghi m vi sinh cung c p

- T t c b nh ph m, v t ph m ph i có phi u yêu c u xét nghi m kèm theo và ph i

thông tin trên phi u xét nghi m

3.4.2 Thu m u và c y máu

a Yêu c u

- D ng c : chai c y máu Bactec

- L c khi b nh nhân dùng kháng sinh và t t nh t khi b nh nhân b n

- Th tích máu càng nhi u, t l -5ml cho tr em

b Cách l y

- Ch ch rõ nh t

- Dùng gòn nhúng vào dung d ch sát khu n (Povidine), sát khu n theo hình xo n c

t trong ra ngoài (n u da b nh nhân không s ch thì ph i r a b c

r i r c th m khô b ng bông s ch r m i sát khu n)

- L p l i thao tác 1 l n n a

- i cho dung d ch Povidine khô

- Lau s ch Povidine b ng bông gòn th m c i cho dung d ch sát khu n khô

- y máu, không nên l y ngón tay s n

m y máu s b nhi m khu n tr l i

- Sát trùng m t nút chai b ng c

- L c dây garô cho n ch và l y máu

b c khi rút kim ra kh ch, n i l ng dây garô Thay

34 BÀI 3:

3.4.3.2 Cách l y

a ng h p m

- Lau s ch vùng da lành xung quanh v i c n 70%

- Lau s ch m trên v ng g c vô trùng th c mu i sinh lý vô trùng

y nh t v tình tr ng s c kh e th c v t c a m c H ch h i baog m m u tiêu b n và d li iêu b n g m l y m u, ngày l y

u ho c gi a c a b nh, khi vi sinh v t h i v tr ng thái ho t

ng Nh ng m u b nh b nhi m quá n ng không s d c vì n này vi sinh v t h i có th không ho ng n t ho i sinh xâm nh p vào các các mô b t ho i Vì v y, phân l p vi sinh v t h i t các m u b nh ng r t khó Vi c l a ch n v trí l y m u trên cây

b t quan tr i thu th p m u b nh c n ph i có ki n th n v tri u ch ng b nh và nguyên nhân gây b b m r ng m u l c có vi sinh

v t h i Trong m t s ng h p, tri u ch ng có th xu t hi n v trí này c a cây

l y v chính là cây ký ch c bi t quan tr ng khi l y m u b nh than

t s b nh phá h y hoa c a m t s loài trong h Hòa th o vì nh ng b nh

ng phát tri n trên nh ng t khác nhau

- S d ng túi gi l y gi m u b nh Không bao gi s d gi m u

u v n có th hô h p, làm m túi t u ki n cho vi sinh v t ho i sinh xâm nh p và phát tri n nhanh, phá h y các mô th c v t Túi nilon ch có th c

s d gi các m t trong th i gian ng n

- u c n th B m t m s t o

u ki n cho vi sinh v t ho i sinh phát tri n, khi n cho m u b nh không th s

d c

40 BÀI 3:

- S d vi t nhãn (m c s không thích h p vì có th b nhòe khi t)

- Xin các gi y phép c n thi thu th p và v n chuy n m u b nh m t s khu

v c vi c l y m u sinh v t có th b h n ch , ví d n Qu c gia ho c các khu v n lý Vi c v n chuy n m u t c khác

các

Clorua Calci (CaCl2 tinh

- 5 mm,

-

hypochlorite

p

= N x 4 x 10

4 2

4.1.3 m tr c ti p b ng kính hi n vi hu nh quang

g -dianidino-phenyl-indol (DAPI), fluorescent isothiocyanate (FITC)

Hìn

ính

52 BÀI 4:

càng cao

32

-

-

-

58 BÀI 5:

b sinh hóa

oligosaccharide; 3 polyhydric alcohol

- Glucose- Arabinose- Trehalose- Sorbitol

- Galactose - Raffinose- Melibiose- Adonitol

- Fructose - Rhamnose- Salicin- Dulcitol

- Lactose - Xylose- Mannitol- Inulin

- Saccharose - Cellobiose- Inositol

2

2

Hình 5.2

d c k t qu

-

Hình 5.3

(-)

sinh gas

as gas và sinh H 2 S

b sinh hóa

thích H2S khi chún

2

2 4

5.3.8 Th nghi m th y phân gelatin

-tetramethyl-p-phenylenediamin, quan sát sau vài phút

86 BÀI 5:

b sinh hóa

Esculin (C15H16O9)Esculetine (aglucon) ,D-glucose

Serratia marcescens Edwardsiella tarda

L monocytogenes và L innocua

0C trong 20

d c k t qu

S aureus R equi

TPase và ình 6.1)

94 BÀI 6:

b ELISA gián ti p

] = Ag + Ab + AAb E ] = Ag Ab AAb E

c Sandwich ELISA

] = Ab 1 + Ag + Ab 2 E ] = Ab 1 Ag Ab 2 E

- -equilibrium saturarion):

vc

-

E coli (McPherson và Moller, 2000)

hông có MgCl

8,3 Taq

-6.6.2 i trình t DNA

a

Hình 6.6

-108 BÀI 6:

b

Hình 6.7

y các

32P hay

35

110 BÀI 6:

Hình 6.8

c Gi i trình t b ng máy gi i t ng

Hình 6.9

không c

112 BÀI 6:

Hình 6.10

118 BÀI 7: XÂY

7.4.3 K thu t nhu m bào t

+ +

Salmonella

Salmonella

Môi

Salmonella

Canh Rappaport Vasilliadis Soya (RV)

Canh Malachite Green Magnesium Chloride

Canh Selennite Cystein

Canh Ornithin Decarboxylase (ODC)

Canh Mannitol Phenol Red broth base

- -)

b

Dùng kháng

Salmonella Salmonella Salmonella

th c ph m

7.6.3.1 Nguyên t c

Listeria monocytogenes

sinh

th c ph m

7.6.3.1 Nguyên t c

Listeria monocytogenes

sinh

- Rhamnose Phenol Red broth base

- Xylose Phenol Red broth base

L.moncytogenes trên môi

Hình 7.20

Listeria

S aureus và R equi L monocytogenes

b i kháng c a d ch nuôi c y vi khu n kh o sát sau ly tâm

Ho t tính kháng khu n (mm2/ml)

T Lz: di n tích vòng kháng khu n, bao g m c di n tích l (mm2)

Ls: di n tích l (mm2)

V: th tích m u cho vào (ml)

142 BÀI 7:

Các ch ng vi khu n n b ng

c c th c hi

Ti ng vi khu n kh o sát trong erlen ch a 10 ml môi

ng phù h p 300C trong 24 gi lo i b sinh kh i, thu

l y d ch trong Chu n b các ng nghi m m i ng ch a 2 ml TSB vô trùng Hút 2 ml

d ch sau ly tâm cho vào ng nghi m ch n

ch th ng TSB trong 24 gi và ch nh v m 107 cfu/ml cho vào ng nghi a s n d ch sau ly tâm vi khu n và ng TSB Ti n hành 370C trong 24 gi 600nm nh t l c ch vi khu n ch th

l c ch vi khu n ch th c tính theo công th c sau

% t l c ch

7.8 NH DANH VI SINH V T B NG CÁC K

THU T SINH H C PHÂN T

144

1 Dworkin M., Falkow S., Rosenberg E., Schleifer K., Stackebrandt E., 2006.The

Prokaryotes, A handbook on the Biology of Bacteria Springer Science and

Business Media, New York, USA

2 Wiley J M., Sherwood L M., Woolverton C J., 2009

Microbiology Mc Graw Hill Higher Education, New York, USA

3