Phân tích đa dạng di truyền các giống mít artocarpus heterophyllus ở đồng bằng sông cửu long bằng chỉ thị phân tử

ỦY BAN NHÂN DÂN THÀNH ĐỒN TP HỒ CHÍ MINH THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH SỞ KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ TRUNG TÂM PHÁT TRIỂN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ TRẺ CHƯƠNG TRÌNH KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ CẤP THÀNH PHỐ BÁO CÁO TỔNG HỢP KẾT QUẢ NHIỆM VỤ NGHIÊN CỨU KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ PHÂN TÍCH ĐA DẠNG DI TRUYỀN CÁC GIỐNG MÍT (Artocarpus heterophyllus) Ở ĐỒNG BẰNG SÔNG CỬU LONG BẰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ Cơ quan chủ trì nhiệm vụ: Trung tâm Phát triển Khoa học Công nghệ Trẻ Chủ nhiệm nhiệm vụ: Ngô Thị Kim Anh Thành phố Hồ Chí Minh- 2021 Thành phố Hồ Chí Minh - 20… ỦY BAN NHÂN DÂN THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH SỞ KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ THÀNH ĐỒN TP HỒ CHÍ MINH TRUNG TÂM PHÁT TRIỂN KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ TRẺ CHƯƠNG TRÌNH KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ CẤP THÀNH PHỐ BÁO CÁO TỔNG HỢP KẾT QUẢ NHIỆM VỤ NGHIÊN CỨU KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ PHÂN TÍCH ĐA DẠNG DI TRUYỀN CÁC GIỐNG MÍT (Artocarpus heterophyllus) Ở ĐỒNG BẰNG SÔNG CỬU LONG BẰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ (Đã chỉnh sửa theo kết luận Hội đồng nghiệm thu ngày 01/12/2021) Chủ nhiệm nhiệm vụ: (ký tên) Chủ tịch Hội đồng nghiệm thu (Ký ghi rõ họ tên) Ngô Thị Kim Anh Cơ quan chủ trì nhiệm vụ TS Đinh Minh Hiệp Đồn Kim Thành Thành phố Hồ Chí Minh- 2021 MỤC LỤC BÁO CÁO THỐNG KÊ 1 ĐẶT VẤN ĐỀ 11 1.1 Đặt vấn đề 11 1.2 Mục đích 12 1.3 Mục tiêu 12 1.4 Nội dung nghiên cứu 13 TỔNG QUAN TÀI LIỆU 13 2.1 Thông tin chung mít 13 2.2 Hiện trạng cơng trình nghiên cứu liên quan đến nhiệm vụ 19 2.2.1 Các nghiên cứu nước 19 2.2.2 Các nghiên cứu nước 20 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 21 3.1 Nội dung 1: Thu thập mẫu mít 21 3.2 Nội dung 2: Xác định điều kiện phản ứng PCR phù hợp cho thị RAPD, ISSR ITS 21 3.3 Nội dung 3: Phân tích đa dạng di truyền 22 3.4 Nội dung 4: Định danh mẫu mít mã vạch ITS 24 KẾT QUẢ 24 4.1 Nội dung 1: Thu thập mẫu mít 24 4.2 Nội dung 2: Xác định điều kiện phản ứng PCR phù hợp cho thị RAPD, ISSR ITS 28 4.2.1 Cơng việc 1: Ly trích DNA từ mẫu mít 28 4.2.2 Cơng việc 2: Tối ưu quy trình PCR-RAPD 30 4.2.3 Cơng việc 3: Tối ưu quy trình PCR-ISSR 31 4.2.4 Công việc 4: Tối ưu quy trình PCR- ITS 32 4.3 Nội dung 3: Phân tích đa dạng di truyền 34 4.3.1 Cơng việc 1: Phân tích đa dạng di truyền thị RAPD 34 4.3.2 Công việc 2: Phân tích đa dạng di truyền thị ISSR 38 4.3.3 Công việc 3: Phân tích đa dạng di truyền thị ITS 41 4.4 Nội dung 4: Định danh mẫu mít mã vạch DNA-ITS 45 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 47 5.1 Kết luận 47 5.2 Kiến nghị 47 Kết đăng báo khoa học 48 DANH MỤC TÀI LIỆU THAM KHẢO 48 DANH MỤC BẢNG Bảng 3.1 Tỉ lệ nồng độ DNA nồng độ primer thí nghiệm 22 Bảng 3.2 Danh sách primer cho phản ứng RAPD ISSR 23 Bảng 4.1 Danh sách mẫu mít sử dụng nghiên cứu 24 Bảng 4.2 Kết đo mật độ quang mẫu DNA ly trích từ mít 28 Bảng 4.3 Thành phần hóa chất phản ứng PCR-RAPD 30 Bảng 4.4 Chu kỳ nhiệt phản ứng RAPD 30 Bảng 4.5 Thành phần hóa chất cho phản ứng ISSR 31 Bảng 4.6 Chu kỳ nhiệt phản ứng ISSR 31 Bảng 4.7 Thành phần hóa chất phản ứng PCR- ITS 32 Bảng 4.8 Chu kỳ nhiệt phản ứng PCR-ITS 33 Bảng 4.9 Đặc điểm khuếch đại band DNA từ thị RAPD 34 Bảng 4.10 Bảng hệ số tương đồng 20 mẫu mít dựa vào thị RAPD 36 Bảng 4.11 Đặc điểm khuếch đại band DNA từ thị RAPD 38 Bảng 4.12 Bảng hệ số tương đồng 20 mẫu mít dựa vào thị ISSR 39 Bảng 4.13 Bảng hệ số tương đồng 20 mẫu mít dựa vào vùng ITS 43 Bảng 4.14 Kết định danh 20 mẫu mít dựa vùng ITS 45 DANH MỤC HÌNH Hình 4.1: Hình mẫu mít dùng nghiên cứu 27 Hình 4.2 Kết ly trích DNA từ mẫu mít 29 Hình 4.3 Kết RAPD với primer OPM18 30 Hình 4.4 Kết ISSR với primer UBC809 32 Hình 4.5 Kết PCR cho vùng ITS 33 Hình 4.6 Cây quan hệ di truyền 20 mẫu mít dựa thị RAPD 37 Hình 4.7 Cây quan hệ di truyền 20 mẫu mít dựa thị ISSR 40 Hình 4.8 Hình ảnh đại diện kết giải trình tự vùng ITS mít 42 Hình 4.9 Cây quan hệ di truyền 20 mẫu mít dựa trình tự ITS 44 THÀNH ĐỒN TP HỒ CHÍ MINH TRUNG TÂM PHÁT TRIỂN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ TRẺ CỘNG HOÀ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự - Hạnh phúc Tp Hồ Chí Minh, ngày 28 tháng 10 năm 2021 BÁO CÁO THỐNG KÊ KẾT QUẢ THỰC HIỆN NHIỆM VỤ NGHIÊN CỨU KH&CN I THÔNG TIN CHUNG Tên nhiệm vụ: Thuộc: Chương trình/lĩnh vực (tên chương trình/lĩnh vực): Vườn ươm Sáng tạo Khoa học Công nghệ trẻ Chủ nhiệm nhiệm vụ: Họ tên: Ngô Thị Kim Anh Ngày, tháng, năm sinh: 19/02/1986 Nam/ Nữ: Nữ Học hàm, học vị: Thạc sĩ Chức danh khoa học: Chức vụ: giảng viên Điện thoại: Tổ chức: 028.38161673 Nhà riêng: Mobile: 0937855100 Fax: 028.38163320 E-mail: anhntk@hufi.edu.vn Tên tổ chức công tác: Trường ĐH Công nghiệp Thực phẩm Tp Hồ Chí Minh Địa tổ chức: 140 Lê Trọng Tấn, Phường Tây Thạnh, Quận Tân Phú, TP Hồ Chí Minh Địa nhà riêng: 143/84/32/52 Liên Khu 5-6, P Bình Hưng Hịa B, Q Bình Tân, TP HCM Tổ chức chủ trì nhiệm vụ: Tên tổ chức chủ trì nhiệm vụ: Trung tâm Phát triển Khoa học Công nghệ Trẻ Điện thoại: 028.38.230.780 Fax: E-mail: khoahoctre@gmail.com Website: khoahoctre.com.vn Địa chỉ: Số 01 Phạm Ngọc Thạch, Phường Bến Nghé, Quận 1, TP Hồ Chí Minh Họ tên thủ trưởng tổ chức: Đoàn Kim Thành Số tài khoản: 3713.0.1083277.00000 Kho bạc: Kho bạc Nhà nước Quận Tên quan chủ quản đề tài: Trường ĐH Công nghiệp Thực phẩm Tp Hồ Chí Minh II TÌNH HÌNH THỰC HIỆN Thời gian thực nhiệm vụ: - Theo Hợp đồng ký kết: từ 30 tháng 12 năm 2020 đến 29 tháng 12 năm 2021 - Thực tế thực hiện: từ 30 tháng 12 năm 2020 đến 29 tháng 12 năm 2021 - Được gia hạn (nếu có): - Lần từ tháng… năm… đến tháng… năm… - Lần … Kinh phí sử dụng kinh phí: a) Tổng số kinh phí thực hiện: 90 tr.đ, đó: + Kính phí hỗ trợ từ ngân sách khoa học: 90 tr.đ + Kinh phí từ nguồn khác: tr.đ b) Tình hình cấp sử dụng kinh phí từ nguồn ngân sách khoa học: Theo kế hoạch Thời gian Kinh phí Số (Tháng, (Tr.đ) TT năm) 30/12/2020 45 30/6/2021 27 … Thực tế đạt Thời gian Kinh phí (Tháng, năm) (Tr.đ) 30/12/2020 30/6/2021 Ghi (Số đề nghị toán) 45 45 tr c) Kết sử dụng kinh phí theo khoản chi: Đối với đề tài: Đơn vị tính: Triệu đồng Theo kế hoạch Số TT Nội dung khoản chi Tổng Trả công lao động (khoa học, phổ 84,0240 NSKH Nguồn khác 84,024 08 Thực tế đạt Tổng 45 NSKH Nguồn khác 45 thông) Nguyên, vật liệu, lượng Thiết bị, máy móc Xây dựng, sửa chữa nhỏ Chi khác Tổng cộng 0 0 0 0 5,97592 5,9759 90,000,0 00 - Lý thay đổi (nếu có): Đối với dự án: Đơn vị tính: Triệu đồng Số TT Nội dung khoản chi Thiết bị, máy móc mua Nhà xưởng xây dựng mới, cải tạo Kinh phí hỗ trợ cơng nghệ Chi phí lao động Nguyên vật liệu, lượng Thuê thiết bị, nhà xưởng Khác Tổng cộng Theo kế hoạch Tổng NSKH Nguồn khác Thực tế đạt Tổng NSKH Nguồn khác - Lý thay đổi (nếu có): Các văn hành trình thực đề tài/dự án: (Liệt kê định, văn quan quản lý từ cơng đoạn xét duyệt, phê duyệt kinh phí, hợp đồng, điều chỉnh (thời gian, nội dung, kinh phí thực có); văn tổ chức chủ trì nhiệm vụ (đơn, kiến nghị điều chỉnh có) Số Số, thời gian ban Tên văn Ghi TT hành văn 22/2020/HĐKHCNT-VƯ ngày 30/12/2020 … Hợp đồng thuê khoán Tổ chức phối hợp thực nhiệm vụ: Số TT Tên tổ chức Tên tổ chức đăng ký theo tham gia thực Thuyết minh Nội dung tham gia chủ yếu Sản phẩm chủ yếu đạt Ghi chú* - Lý thay đổi (nếu có): Cá nhân tham gia thực nhiệm vụ: (Người tham gia thực đề tài thuộc tổ chức chủ trì quan phối hợp, không 10 người kể chủ nhiệm) Nội dung tham gia Tên cá nhân đăng ký theo Thuyết minh Ngô Thị Kim Anh Tên cá nhân tham gia thực Ngô Thị Kim Anh Toàn nội dung đề tài Nguyễn Minh Phương Nguyễn Minh Phương Toàn nội dung đề tài Trần Thị Anh Thoa Trần Thị Anh Thoa Toàn nội dung đề tài Số TT Sản phẩm chủ yếu đạt Thuyết minh đề tài, Kết đánh giá đa dạng di truyền giống mít Kết đánh giá đa dạng di truyền giống mít Kết đánh giá đa dạng di truyền giống mít Ghi chú* CNĐT TVC TVC Hồ Viết Thế Hồ Viết Thế Toàn nội dung đề tài TVC Nội dung Kết đánh giá đa dạng di truyền giống mít Mẫu mít DNA mít Đỗ Thị Hải Yến Đỗ Thị Hải Yến Nguyễn Thị Thanh Thúy Nguyễn Thị Thanh Thúy Nội dung Mẫu mít DNA mít TV TV - Lý thay đổi ( có): Tình hình hợp tác quốc tế: Theo kế hoạch (Nội dung, thời gian, kinh Số phí, địa điểm, tên tổ chức TT hợp tác, số đoàn, số lượng người tham gia ) Thực tế đạt (Nội dung, thời gian, kinh phí, địa điểm, tên tổ chức hợp tác, số đoàn, số lượng người tham gia ) Ghi chú* - Lý thay đổi (nếu có): Tình hình tổ chức hội thảo, hội nghị: Theo kế hoạch Thực tế đạt Số (Nội dung, thời gian, kinh (Nội dung, thời gian, TT phí, địa điểm ) kinh phí, địa điểm ) Tổ chức hội thảo khoa Tổ chức hội thảo học vào tháng 11/2021, kinh khoa học vào tháng phí 4,9 triệu đồng, Thành 11/2021, kinh phí 4,9 đồn triệu đồng Ghi chú* Sử dụng hình thức trực tuyến - Lý thay đổi (nếu có): Tóm tắt nội dung, công việc chủ yếu: (Nêu mục 15 thuyết minh, không bao gồm: Hội thảo khoa học, điều tra khảo sát nước nước ngoài) Số TT Các nội dung, công việc chủ yếu Thời gian (Bắt đầu, kết thúc Người, quan 4.3.2 Công việc 2: Phân tích đa dạng di truyền thị ISSR Sau thực phản ứng PCR cho thị ISSR Tổng cộng có 57 band DNA khuếch đại tạo từ 10 primer ISSR 77,1% số đa hình Trong đó, primer UBC834 tạo số band cao (8 band), primer UBC825 tạo số band (mỗi dải band) Hệ số PIC primer kiểm tra nằm khoảng từ 0,76 (UBC841) đến 0,94 (UBC880) (Bảng 4.11), với tổng trung bình 0,84 Hệ số tương đồng thay đổi từ 0,41 đến 0,81 (Bảng 4.12) Giá trị cho thấy độ đa dạng di truyền quần thể mít nghiên cứu cao quần thể mít nghiên cứu Trung Quốc năm 2009 nhóm Ye cộng thực [30] Cấu trúc đa dạng di truyền giống mít Ấn Độ cho thấp qua nghiên cứu Aswini cộng với độ tương đồng mức 70-100% [1] Bảng 4.11 Đặc điểm khuếch đại band DNA từ thị ISSR Primer ISSR UBC880 UBC825 UBC841 UBC810 UBC855 UBC809 UBC834 UBC814 UBC868 UBC890 Tổng Trung bình Số band 5 3 42 4.2 Số band đa hình 5 7 6 57 5.7 38 Tỉ lệ band đa hình (%) 80.0 100 100 71.4 57.1 100 62.5 50.0 50.0 100 77.1 Chỉ số PIC 0.94 0.89 0.76 0.87 0.81 0.85 0.80 0.87 0.78 0.83 0.84 Bảng 4.12: Bảng hệ số tương đồng 20 mẫu mít dựa vào thị ISSR LA1 LA2 TG1 TG2 DT1 DT2 BT1 BT2 AG1 VL1 VL2 TV1 CT1 CT2 KG1 ST1 ST2 BL1 CM1 LA2 0.59 TG1 0.57 0.54 TG2 0.52 0.63 0.57 DT1 0.61 0.46 0.48 0.61 DT2 0.54 0.65 0.67 0.63 0.59 BT1 0.52 0.59 0.61 0.57 0.70 0.59 BT2 0.57 0.41 0.52 0.57 0.65 0.50 0.61 AG1 0.61 0.54 0.65 0.52 0.61 0.63 0.57 0.61 VL1 0.61 0.59 0.61 0.48 0.52 0.50 0.70 0.57 0.52 VL2 0.74 0.50 0.61 0.70 0.70 0.50 0.57 0.65 0.65 0.52 TV1 0.59 0.43 0.59 0.54 0.50 0.52 0.46 0.63 0.59 0.63 0.63 CT1 0.57 0.54 0.48 0.61 0.57 0.54 0.61 0.57 0.74 0.52 0.52 0.54 CT2 0.63 0.43 0.50 0.41 0.46 0.52 0.54 0.50 0.54 0.50 0.54 0.43 0.59 KG1 0.43 0.46 0.48 0.61 0.48 0.46 0.52 0.61 0.52 0.48 0.65 0.54 0.52 0.63 ST1 0.59 0.52 0.59 0.50 0.59 0.52 0.59 0.59 0.72 0.59 0.63 0.57 0.59 0.57 0.63 ST2 0.54 0.52 0.63 0.59 0.50 0.61 0.67 0.50 0.63 0.76 0.50 0.70 0.63 0.57 0.54 0.57 BL1 0.67 0.57 0.54 0.67 0.54 0.57 0.46 0.63 0.63 0.50 0.67 0.70 0.63 0.57 0.63 0.70 0.65 CM1 0.63 0.48 0.54 0.50 0.59 0.52 0.54 0.59 0.63 0.63 0.67 0.83 0.54 0.57 0.50 0.57 0.65 0.61 CM2 0.74 0.72 0.61 0.65 0.57 0.67 0.65 0.61 0.57 0.65 0.61 0.63 0.65 0.59 0.48 0.59 0.63 0.67 0.59 39 Dựa kết độ tương đồng thu từ Bảng 4.11 Chúng xây dựng quan hệ di truyền 20 mẫu mít thể Hình 4.7 Hình 4.7: Cây quan hệ di truyền 20 mẫu mít dựa thị ISSR Ghi chú: LA1: Mít cao sản Long An; LA2: Mít Thái Long An; TG1: Mít nghệ Tiền Giang; TG2: Mít Thái Tiền Giang; DT1: Mít Thái Đồng Tháp; DT2: Mít nghệ Đồng Tháp; BT1: Mít nghệ Bến Tre; BT2: Mít nghệ Bến Tre; AG1: Mít Thái An Giang; VL1: Mít nghệ Vĩnh Long; VL2: Mít siêu sớm Vĩnh Long; TV1: Mít Thái Trà Vinh; CT1: Mít Thái Cần Thơ; CT2: Mít Thái Cần Thơ; KG1: Mít Thái Kiên Giang; ST1: Mít nghệ Sóc Trăng; ST2: Mít nghệ Sóc Trăng; BL1: Mít Thái Bạc Liêu; CM1: Mít Thái Cà Mau; CM2: Mít nghệ Cà Mau Khả tạo nhiều band đa hình primer quan trọng phân tích đa dạng di truyền cung cấp lượng thông tin cấu trúc di truyền mẫu mít phân tích Chúng tơi thấy primer ISSR cho band DNA đa hình chiếm tới 77,1% Điều chứng tỏ primer ISSR sử dụng nghiên cứu có khả khuếch đại vùng khác biệt cao mặt di truyền mẫu mít 40 Dựa vào kết cho thấy thị RAPD có ưu so với thị ISSR phân tích đa dạng di truyền mít Cụ thể số lượng band vạch khuếch đại tỉ lệ band đa hình kỹ thuật RAPD 10,1 band/ primer 100% số band đa hình, thị ISSR cho 5,7 band/primer tỉ lệ band đa hình 77,1% Kết đánh giá mối quan hệ di truyền cho thấy thị RAPD phân chia 20 mẫu mít thành nhóm, thị ISSR có khả phân chia 20 mẫu mít thành nhóm Mặc dù có hạn chế định kết thí nghiệm dễ bị sai lệch điều kiện phản ứng khơng kiểm sốt chặt chẽ, RAPD nghiên cứu tin dùng cho loại trồng chưa có nhiều nghiên cứu nhiều gen Khả cho nhiều band vạch kỹ thuật tiền đề quan trọng để tìm band vạch đặc trưng có khả nhận diện giống phát triển thành thị chuyên biệt thông qua kỹ thuật SCAR (Sequence Characterized Amplified Region) Nhiều nghiên cứu trước ưu điểm vượt trội thị RAPD so với thị ISSR Năm 2008, nhóm nghiên cứu từ Ấn Độ thực dầu mè (Jatropha curcas) cho thấy RAPD có tỉ lệ band đa hình cao [28] Kết nghiên cứu khác đậu nho (Vigna umbellate) cho thấy hiệu phân biệt mặt di truyền thị RAPD tốt thị ISSR [29] 4.3.3 Cơng việc 3: Phân tích đa dạng di truyền thị ITS Sản phẩm PCR vùng ITS đạt tiêu chuẩn tinh giải trình tự Kết thu 20 đoạn trình có tín hiệu giải trình tự có peak nét, khơng chồng chéo lên tách đều, hiển thị vùng kết có độ tin cậy tương đối cao (Hình 4.8) 41 Hình 4.8 Hình ảnh đại diện kết giải trình tự vùng ITS mít Kết giải trình tự DNA vùng ITS 20 mẫu mít so sánh thẳng hàng phần mềm MEGA 6, kết tương đồng trình tự vùng thể Bảng 3.13 Kết Bảng 3.13 cho thấy có tương đồng cao trình tự với biến động nucleotide nằm khoảng từ tới 0.01% 42 Bảng 4.13: Bảng hệ số tương đồng 20 mẫu mít dựa vào vùng ITS LA2 TG1 TG2 DT1 DT2 BT1 BT2 AG1 VL1 VL2 TV1 CT1 CT2 KG1 ST1 ST2 BL1 CM1 CM2 LA1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 LA2 TG1 TG2 DT1 DT2 BT1 BT2 AG1 VL1 VL2 TV1 CT1 CT2 KG1 ST1 ST2 BL1 CM1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 43 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 Dựa kết độ tương đồng thu từ Bảng 3.13 Chúng xây dựng quan hệ di truyền 20 mẫu mít thể Hình 4.9 Hình 4.9: Cây quan hệ di truyền 20 mẫu mít dựa trình tự ITS Ghi chú: LA1: Mít cao sản Long An; LA2: Mít Thái Long An; TG1: Mít nghệ Tiền Giang; TG2: Mít Thái Tiền Giang; DT1: Mít Thái Đồng Tháp; DT2: Mít nghệ Đồng Tháp; BT1: Mít nghệ Bến Tre; BT2: Mít nghệ Bến Tre; AG1: Mít Thái An Giang; VL1: Mít nghệ Vĩnh Long; VL2: Mít siêu sớm Vĩnh Long; TV1: Mít Thái Trà Vinh; CT1: Mít Thái Cần Thơ; CT2: Mít Thái Cần Thơ; KG1: Mít Thái Kiên Giang; ST1: Mít nghệ Sóc Trăng; ST2: Mít nghệ Sóc Trăng; BL1: Mít Thái Bạc Liêu; CM1: Mít Thái Cà Mau; CM2: Mít nghệ Cà Mau 44 Kết từ Hình 3.9 cho thấy 20 mẫu mít chia thành nhóm, nhiên độ tin cậy việc phân nhóm chưa cao giá trị bootstrap đa phần mức thấp, dao động từ đến 65% 4.4 Nội dung 4: Định danh mẫu mít mã vạch DNA-ITS Qua sử dụng công cụ NCBI BLAST để định danh 20 mẫu mít dựa trình tự ITS, chúng tơi thấy mẫu lồi mít ta (Artocarpus heterophyllus) Kết định danh trình bày Bảng 4.14 Bảng 4.14 Kết định danh 20 mẫu mít dựa vùng ITS STT Tên mẫu LA1 LA2 TG1 TG2 DT1 DT2 BT1 BT2 AG1 10 VL1 11 VL2 12 TV1 13 CT1 Tên địa phương Mít cao sản Kết định danh Artocarpus heterophyllus Mít Thái Artocarpus heterophyllus Mít nghệ Artocarpus heterophyllus Mít Thái Artocarpus heterophyllus Mít Thái Artocarpus heterophyllus Mít nghệ Artocarpus heterophyllus Mít nghệ Artocarpus heterophyllus Mít nghệ Artocarpus heterophyllus Mít Thái Artocarpus heterophyllus Mít nghệ Artocarpus heterophyllus Mít siêu sớm Artocarpus heterophyllus Mít Thái Artocarpus heterophyllus Mít Thái Artocarpus 45 E value Identity 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 14 CT2 Mít Thái 15 KG1 Mít Thái 16 ST1 Mít nghệ 17 ST2 Mít nghệ 18 BL1 Mít Thái 19 CM1 Mít Thái 20 CM2 Mít nghệ heterophyllus Artocarpus heterophyllus Artocarpus heterophyllus Artocarpus heterophyllus Artocarpus heterophyllus Artocarpus heterophyllus Artocarpus heterophyllus Artocarpus heterophyllus 100 100 100 100 100 100 100 Ghi chú: LA1: Mít cao sản Long An; LA2: Mít Thái Long An; TG1: Mít nghệ Tiền Giang; TG2: Mít Thái Tiền Giang; DT1: Mít Thái Đồng Tháp; DT2: Mít nghệ Đồng Tháp; BT1: Mít nghệ Bến Tre; BT2: Mít nghệ Bến Tre; AG1: Mít Thái An Giang; VL1: Mít nghệ Vĩnh Long; VL2: Mít siêu sớm Vĩnh Long; TV1: Mít Thái Trà Vinh; CT1: Mít Thái Cần Thơ; CT2: Mít Thái Cần Thơ; KG1: Mít Thái Kiên Giang; ST1: Mít nghệ Sóc Trăng; ST2: Mít nghệ Sóc Trăng; BL1: Mít Thái Bạc Liêu; CM1: Mít Thái Cà Mau; CM2: Mít nghệ Cà Mau Kết cho thấy tiềm vùng ITS việc định danh giống mít, vùng DNA chưa thể khả phân biệt tốt giống mít Các nghiên cứu trước cho thấy hiệu vùng mã vạch DNA khác thuộc gen lục lạp matK rbcL có hiệu cao việc phân loại thực vật [7,8] Hiện tại, tiếp tục nghiên cứu để đánh giá tiềm vùng mã vạch phân biệt sưu tập giống mít thu thập nghiên cứu 46 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 5.1 Kết luận Với kết đạt nghiên cứu, chúng tơi có số kết luận sau: Các thị RAPD ISSR có khả đánh giá xác định biến động cấu trúc di truyền quần thể mít trồng thương mại khu vực đồng sông Cửu Long Chỉ thị RAPD cho 100% số band khuếch đại đa hình phân chia mẫu mít thành nhóm Trong thị ISSR cho số lượng band khuếch đại thấp với với 77,1%, phân chia mẫu mít thành nhóm Do đó, chúng tơi thấy thị RAPD có khả phân tích đa dạng di truyền tốt Sự biến động vùng ITS mẫu nghiên cứu mức thấp, tất mẫu định danh thuộc loài Artocarpus heterophyllus Như vùng ITS phù hợp với chức định danh lồi mít mà có khả đánh giá đa dạng di truyền loại trồng 5.2 Kiến nghị Để áp dụng thị phân tử vào phân loại phục vụ công tác bảo tồn phát triển giống mít, chúng tơi kiến nghị cần thực số nghiên cứu sau: Thu thập thêm nhiều mẫu mít để mở rộng nghiên cứu kết Thực nghiên cứu với nhiều cặp primer thuộc vùng mã vạch khác để tìm dấu hiệu kết hợp dấu hiệu với nhau, nhằm nhận dạng, phân loại đánh giá cách cụ thể xác Ứng dụng vùng mã vạch DNA từ lục lạp matK rbcL để phân biệt giống mít xác 47 Kết đăng báo khoa học Trong trình làm nghiên cứu này, công bố báo khoa học: - TKA Ngo, MP Nguyen, TAT Tran, VT Ho (2021) Comparation of RAPD And ISSR markers in investigating genetic diversity of jackfruit population in Mekong Delta Region of Vietnam Agricultural Mechanization in Asia, Africa and Latin America 52(1): 2281-2291 Thuộc danh mục Scopus SCIE ISI DANH MỤC TÀI LIỆU THAM KHẢO Aswini A, Mathew KL Abidha PS 2018 Molecular characterization of jackfruit (Artocarpus heterophyllus L.) accessions using ISSR markers, International Journal of Tropical Agriculture 36 (2): 301-310 Báo Công Thương 2018 Bảo hộ quyền giống trồng: Đừng để “Mất bò lo làm chuồng” https://congthuong.vn/bao-ho-ban-quyengiong-cay-trong-dung-de-mat-bo-moi-lo-lam-chuong-108420.html Chesnokov, Y & Artemyeva, A 2015 Evaluation of the measure of polymorphism information of genetic diversity Agric Biol, 50, 571-578 Doyle JJ, Doyle JL 1987 A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue Phytochemical Bulletin 19: 11-15 Haq, N 2006 Jackfruit, Artocarpus heterophyllus Southampton Centre for Underutilised Crops, University of Southampton, Southampton, UK, 411 Herbert P, Cywinska A., Ball S L., Dewaard J 2003 Biological identification through DNA barcodes Proc Biol Sci 270(1512):313-321 Ho VT, Trang TKP, Vu TTT, Widiarsih S 2021 Comparison of matK and rbcL DNA barcodes for genetic classification of jewel orchid accessions in Vietnam Journal of Genetic Engineering and Biotechnology 19:93 48 Ho VT, Bui ST 2021 Comparison of three DNA barcode loci for distinguishing Hoan-ngoc (Pseuderanthemum palatiferum) from its relative Bioscience Research 18(2): 1277-1283 Hồ Viết Thế, Ngô Thị Kim Anh, Đỗ Thị Hải Yến, Trẫn Võ Thị Trang 2019 Bước đầu sử dụng thị phân tử để nhận diện giống mít khơng hạt Tuyển tập báo cáo tồn văn Hội nghị cơng nghệ Sinh học tồn quốc Nhà xuất Đại học quốc gia Tp Hồ Chí Minh: 473-477 10 Hoàng Đăng Hiếu 2012 Sử dụng kỹ thuật sinh học phân tử phân tích đa dạng định dạng tập đồn dó bầu (Aquilaria sp.) Hà Tĩnh Luận văn Thạc sĩ ngành Sinh học- Trường Đại học Khoa học Tự nhiên Hà Nội 11 Jagtap, U B., Panaskar, S N & Bapat, V A 2010 Evaluation of antioxidant capacity and phenol content in jackfruit (Artocarpus heterophyllus Lam.) fruit pulp Plant Foods Hum Nutr, 65, 99-104 12 Khalil OA, Youssef M 2020 Morphological, Chemical and Molecular variation among some jackfruit landraces Assiut Journal of Agricultural Sciences 51(1): 102-113 13 Krishnan AG, Sabu TS, Sible GV, Xavier L 2015 Genetic diversity analysis in jackfruit selections of Kuttanad region using RAPD technique Interntional Journal of Scientiic and Research Publications 5(4): 1-6 14 Lê Ngọc Triệu 2017 Nghiên cứu phân loại đánh giá đa dạng di truyền quần thể sâm (Panax sp.) phân bố tự nhiên Lâm Đồng, Tiến sĩ Viện khoa học nông nghiệp Việt Nam 15 Lê Trí Nhân, Trần Thị Dỗn Xn, Trần Sỹ Hiếu Trần Văn Hâu, 2016 Đặc điểm hoa, phát triển trái thời điểm xuất hiện tượng đen xơ mít Thái siêu sớm (Artocarpus heterophyllus Lam) quận Cái Răng, 49 thành phố Cần Thơ Tap chí Khoa hoc Trường Đại học Cần Thơ Số chuyên đề: Nông nghiệp (2016) (3): 79-87 16 Mishra P.K, Fox R T V., Culham, A 2003 Inter-simple sequence repeat and aggressiveness analyses revealed high genetic diversity, recombination and long-range dispersal in Fusarium culmorum Annals of Applied Biology, 143, 291-301 17 Nguyễn Đức Thành 2014 Các kỹ thuật thị DNA nghiên cứu chọn lọc thực vật Tạp chí Sinh học 36(3): 265-294 18 Nguyễn Thị Thơ, Nguyễn Thị Hải Hà, Phùng Văn Phê, Vũ Quang Nam, Đỗ Quang Trung, Hồ Hải Ninh 2014 Tính đa dạng di truyền lồi Kim tuyến đá vơi (Anoectochilus calcareus Aver.) Quản Bạ - Hà Giang Tạp chí KH&CN Lâm nghiệp, 2: 20-24 19 Phạm Quang Nghĩa, Lâm Thùy Giang, Đỗ Tấn Khang, Trần Nhân Dũng 2015 Chọn lọc dấu phân tử RAPD SSR nhận diện đa dạng di truyền sáu giống lúa thơm Đồng Bằng Sông Cửu Long Tạp chí Khoa học Trường đại học Cần Thơ 40 (1): 1-7 20 Shahsavar R 2007 Characterization of citrus germplasm including unknown variants by inter-simple sequence repeat (ISSR) markers Scientia horticulturae, 112: 310-314 21 Shyamalamma S, Chandra SB, Hegde M, Naryanswamy P 2008 Evaluation of genetic diversity in jackfruit (Artocarpus heterophyllus Lam.) based on amplified fragment length polymorphism markers Genetics and Molecular Research 7: 645-56 22 Simon L, Shyamalamma S, Narayanaswamy P, 2007 Morphological and molecular analysis of genetic diversity in jackfruit Journal of Horticultural Science & Biotechnology 82 (5): 764–768 50 23 Soobrattee MA, Neergheen VS, Luximon-Ramma A, Aruoma OI., Bahorun T 2005 Phenolics as potential antioxidant therapeutic agents: mechanism and actions Mutat Res, 579, 200-13 24 Swami, S B., Thakor, N J., Haldankar, P M & Kalse, S B 2012 Jackfruit and Its Many Functional Components as Related to Human Health: A Review Comprehensive Reviews in Food Science and Food Safety, 11, 565-576 25 Tahir A, Hussain F, Ahmed N, Ghorbani A, Jamil A 2018 Assessing universality of DNA barcoding in geographically isolated selected desert medicinal species of Fabaceae and Poaceae PeerJ 6: e4499 https://doi.org/10.7717/peerj.4499 26 Trần Văn Hâu, Trần Thị Doãn Xuân Phạm Thanh Sang 2015 Ảnh hưởng liều lượng phân N-P-K-Mg đến suất phẩm chất trái mít Ba Láng hạt lép (Artocarpus heterophyllus Lam.) quận Cái Răng, thành phố Cần Thơ Tạp chí Khoa học Trường Đại học Cần Thơ 36 : 6371 27 Tripathi, A M., Tyagi, A., Kumar, A., Singh, A., Singh, S., Chaudhary, L B & Roy, S 2013 The internal transcribed spacer (ITS) region and trnH-psbA [corrected] are suitable candidate loci for DNA barcoding of tropical tree species of India PloS one, 8, e57934-e57934 28 Vũ Văn Hiếu, Nông Thị Huệ, Nguyễn Thị Oanh, Ninh Thị Thảo, Vũ Quang Sáng, Nguyễn Thị Phương Thảo 2015 Phân tích đa dạng di truyền mẫu giống cam sành Hà Giang thị RAPD ISSR Tạp chí Khoa học Phát triển 13: 867-875 29 Wu F, Li M, Liao B, Shi X, Xu Y 2019 DNA Barcoding Analysis and Phylogenetic Relation of Mangroves in Guangdong Province, China Forests2019,10, 56; doi:10.3390/f10010056 51 30 Ye C, Wang Y, Li Y, Feng F 2009 Analysis of genetic diversity of jackfruit germplasm using ISSR marking method Journal of Fruit Science 26: 659-665 31 Yonemoto, Y, Chowdhury, Kashem, A, Hidenori, K, Macha, MM (2006), "Cultivars identification and their genetic relationships in Dimocarpus longan subspecies based on RAPD markers", Scientia Horticulturae 109(2), p 147-152 32 Gupta S, Srivastava M, Mishra GP, Naik PK, Chauhan RS, Tiwari SK, Kumar M, Singh R (2008) Analogy of ISSR and RAPD markers for comparative analysis of genetic diversity among different Jatropha curcas genotypes African Journal of Biotechnology (23): 4230-4243 33 Muthusamy S, Kanagarajan S, Ponnusamy S 2008 Efficiency of RAPD and ISSR markers system in accessing genetic variation of rice bean (Vigna umbellata) landraces Electronic Journal of Biotechnology 11(3): DOI: 10.2225/vol11-issue3-fulltext-8 52