Phân tích hệ gen phiên mã transcriptome của cá rô phi đỏ oreochromis spp nhằm sàng lọc các chỉ thị phân tử tiềm năng có liên quan đến tính kháng virus tilv tilapia lake virus

SỞ NÔNG NGHIỆP VÀ PHÁT TRIỂN NÔNG THÔN TRUNG TÂM CÔNG NGHỆ SINH HỌC BÁO CÁO TỔNG HỢP KẾT QUẢ NHIỆM VỤ KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ PHÂN TÍCH HỆ GEN PHIÊN MÃ (TRANSCRIPTOME) CỦA CÁ RÔ PHI ĐỎ (Oreochromis spp.) NHẰM SÀNG LỌC CÁC CHỈ THỊ PHÂN TỬ TIỀM NĂNG CĨ LIÊN QUAN ĐẾN TÍNH KHÁNG VIRUS TiLV (Tilapia Lake Virus) Mã số: TS01/19-21 Cơ quan chủ trì nhiệm vụ: Trung tâm Công nghệ Sinh học Chủ nhiệm nhiệm vụ: TS Ngơ Huỳnh Phương Thảo Thành phố Hồ Chí Minh - năm 2022 S(^ NONG NGHIEP VA PHAT TRIEN NONG THON TRUNG TAM CONG NGHE SINH HOC BAO CAO TONG HOP KET QUA NHIEM VU KHOA HOC VA CONG NGHE PHAN TICH HE GEN PHIEN MA (TRANSCRIPTOME) CUA CA RO PHI DO {Oreochromis spp.) NHAM SANG LOC CAC CHI THI PHAN TU" TlEM NANG CO LIEN QUAN DEN TINH KHANG VIRUS TiLV (Tilapia Lake Virus) (Da chinh sfra theo kit Iuan cua Hgi dong nghiem thu 30/6/2022) Chu nhiem nhiem v\i: (kyten) Ngo Huynh Phirong Thao Ca quan chu tri nhiem vu Nguyen Dang Quan Thanh ph6 H6 Chi Minh - n^m 2022 SỞ NÔNG NGHIỆP VÀ CỘNG HOÀ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM PHÁT TRIỂN NÔNG THÔN Độc lập - Tự - Hạnh phúc TRUNG TÂM CƠNG NGHỆ SINH HỌC Thành phố Hồ Chí Minh, ngày 23 tháng năm 2022 BÁO CÁO THỐNG KÊ KẾT QUẢ THỰC HIỆN NHIỆM VỤ NGHIÊN CỨU KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ I THÔNG TIN CHUNG Tên nhiệm vụ: Phân tích hệ gen phiên mã (Transcriptome) cá rô phi đỏ (Oreochromis spp.) nhằm sàng lọc thị phân tử tiềm có liên quan đến tính kháng virus TiLV (Tilapia Lake Virus) Thuộc: Chương trình “Ứng dụng phát triển công nghệ sinh học phục vụ nông nghiệp - nông thôn địa bàn TP.HCM đến năm 2020 tầm nhìn đến năm 2025” (Quyết định số 446/QĐ-UBND ngày 27/01/2011 UBND TP.HCM) Chương trình giống cây, giống chất lượng cao giai đoạn 2021-2025 Chủ nhiệm nhiệm vụ: Họ tên: Ngô Huỳnh Phương Thảo Ngày, tháng, năm sinh: 01/08/1982 Nam/ Nữ: Nữ Học hàm, học vị: Tiến sĩ Chức danh khoa học: khơng Chức vụ: Trưởng phịng Điện thoại: Tổ chức: (84-28) 37 153 792 Mobile: 0909242053 Fax: E-mail: nhpthao.snn@tphcm.gov.vn Tên tổ chức công tác: Trung tâm Cơng nghệ sinh học Tp Hồ Chí Minh Địa tổ chức: 2374 Quốc lộ 1, Khu phố 2, phường Trung Mỹ Tây, quận 12, Tp Hồ Chí Minh Địa nhà riêng: 75A Đặng Dung, phường Tân Định, quận 1, Tp Hồ Chí Minh Tổ chức chủ trì nhiệm vụ: Tên tổ chức chủ trì nhiệm vụ: Trung tâm Cơng nghệ sinh học Tp Hồ Chí Minh Điện thoại: (84-28) 37 153 792 Fax: E-mail: ttcnsh.snn@tphcm.gov.vn Website: http://www.hcmbiotech.com.vn Địa chỉ: 2374 Quốc lộ 1, Khu phố 2, phường Trung Mỹ Tây, quận 12, Tp Hồ Chí Minh Họ tên thủ trưởng tổ chức: TS Nguyễn Đăng Quân Số tài khoản: 3713.0.1007645.00000 Kho bạc: Kho bạc nhà nước TP HCM Tên quan chủ quản đề tài: Sở Nông nghiệp Phát triển Nơng thơn Tp Hồ Chí Minh II TÌNH HÌNH THỰC HIỆN Thời gian thực nhiệm vụ: - Theo Hợp đồng ký kết: từ tháng 04/2019 đến tháng 12/2021 - Thực tế thực hiện: từ tháng 11/2019 đến tháng 10/2021 - Được gia hạn (nếu có): gia hạn thêm 06 tháng, đến tháng 06/2022 Kinh phí sử dụng kinh phí: a) Tổng số kinh phí thực hiện: 1.500 triệu đồng, đó: + Kính phí hỗ trợ từ ngân sách khoa học: 1.500 triệu đồng + Kinh phí từ nguồn khác: triệu đồng b) Tình hình cấp sử dụng kinh phí từ nguồn ngân sách khoa học: Theo kế hoạch Thực tế đạt Ghi Số (Số đề nghị Thời gian Kinh phí Thời gian Kinh phí TT toán) (Tháng, năm) (Tr.đ) (Tháng, năm) (Tr.đ) 04/2019500 04/2019489,775 489,775 Tr.đ 12/2019 12/2019 01/2020 – 500 01/2020 – 443,451 443,451 Tr.đ 12/2020 12/2020 01/2021500 01/2021 – 422,530 422,530 Tr.đ 12/2021 12/2021 c) Kết sử dụng kinh phí theo khoản chi: Đơn vị tính: Triệu đồng Số T T Nội dung khoản chi Theo kế hoạch Tổng Trả công 85,15696 lao động (khoa học, phổ thông) Nguyên, vật 775,095167 liệu, lượng Dịch vụ 451,252855 thuê Thiết bị, máy móc Xây dựng, sửa chữa nhỏ Chi khác 188,495018 Tổng cộng 1.500 Thực tế đạt Nguồn khác NSKH Tổng Nguồn khác NSKH 46,23696 81,265 81,265 366,575767 724,715 724,715 54,997273 443,967 443,967 0 0 0 32,190 1.500 105,809 1.355,756 105,809 1.355,756 3 Các văn hành q trình thực đề tài/dự án: (Liệt kê định, văn quan quản lý từ công đoạn xét duyệt, phê duyệt kinh phí, hợp đồng, đi7ều chỉnh (thời gian, nội dung, kinh phí thực có); văn tổ chức chủ trì nhiệm vụ (đơn, kiến nghị điều chỉnh có) Số Số, thời gian ban TT hành văn Số 352/QĐ-SNN ngày 29/10/2019 Sở Nông nghiệp PTNT Tp HCM Số 356/QĐ-SNN ngày 31/10/2019 Sở Nông nghiệp PTNT Tp HCM Số 10/2019/HĐSNN ngày 31/10/2019 Sở Nông nghiệp PTNT Tp HCM Số 42/HĐGVCNSH ngày 15/4/2019 Trung tâm Cơng nghệ sinh học Tp Hồ Chí Minh Số 352/QĐ-SNN ngày 08/10/2021 Sở Nông nghiệp PTNT Tp Hồ Chí Minh Số 1077/SNNKHTC ngày 12/5/2022 Sở Nơng nghiệp PTNT Tp Hồ Chí Minh Tên văn Quyết định việc phê duyệt danh mục giao thực nhiệm vụ khoa học công nghệ cấp sở năm 2019 Đơn vị: Trung tâm Công nghệ Sinh học Quyết định phê duyệt thuyết minh tổng dự toán nhiệm vụ khoa học công nghệ cấp sở giai đoạn 2019 - 2021 Trung tâm Công nghệ sinh học Hợp đồng thực nhiệm vụ Khoa học – Công nghệ cấp sở năm 2019 Nhiệm vụ “Phân tích hệ gen phiên mã (Transcriptome) cá rô phi đỏ (Oreochromis spp.) nhằm sàng lọc thị phân tử tiềm có liên quan đến tính kháng virus TiLV (Tilapia Lake Virus)” Hợp đồng giao việc thực nhiệm vụ Khoa học – Công nghệ cấp sở năm 2019 Nhiệm vụ “Phân tích hệ gen phiên mã (Transcriptome) cá rơ phi đỏ (Oreochromis spp.) nhằm sàng lọc thị phân tử tiềm có liên quan đến tính kháng virus TiLV (Tilapia Lake Virus)” Quyết định việc gia hạn thời gian thực nhiệm vụ khoa học công nghệ sở Đơn vị: Trung tâm Công nghệ sinh học Cơng văn việc cấp kinh phí cho nhiệm vụ khoa học công nghệ cấp sở thực báo cáo giám định Ghi 4 Tổ chức phối hợp thực nhiệm vụ (tính đến thời điểm báo cáo): Số TT Tên tổ chức đăng ký theo Thuyết minh Chi cục Thú y Tp Hồ Chí Minh Tên tổ chức tham gia thực Khoa Khoa học Công nghệ, trường Đại học Suan Sunandha Rajabhat, Thái Lan Trung tâm chẩn đoán thú ý Trung ương Học viện Nông nghiệp Việt Nam Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản Nội dung tham gia chủ yếu Cung cấp mẫu cá nhiễm virus TiLV Cung cấp quy trình phân lập nuôi cấy virus TiLV Cung cấp mẫu cá nhiễm virus TiLV Cung cấp mẫu cá nhiễm virus TiLV Cung cấp mẫu cá nhiễm virus TiLV Sản phẩm chủ yếu đạt Ghi chú* 01 mẫu cá dương tính TiLV (bảo quản -80oC) - Dòng tế bào E11 - 01 mẫu virus TiLV phân lập Thái Lan (bảo quản -80oC) 11 mẫu cá dương tính TiLV (bảo quản -80oC) 04 mẫu cá dương tính TiLV (bảo quản -80oC) 01 mẫu cá dương tính TiLV (bảo quản cồn 95o) Cá nhân tham gia thực nhiệm vụ (tính đến thời điểm báo cáo): (Người tham gia thực đề tài thuộc tổ chức chủ trì quan phối hợp, không 10 người kể chủ nhiệm) Số TT Tên cá nhân đăng ký theo Thuyết minh TS Ngô Huỳnh Phương Thảo (Chủ nhiệm đề tài) Tên cá nhân tham gia thực Nội dung tham gia - Chịu trách nhiệm thực nội dung đề tài - Viết báo cáo giám định nghiệm thu đề tài theo định kỳ Sản phẩm chủ yếu đạt - Đã giải trình tự 02 gen virus TiLV phân lập Việt Nam - Báo cáo giám định năm 2019, 2021 - Báo cáo nghiệm thu năm 2022 - Viết 02 báo nước - Viết 01 báo quốc tế Ghi chú* CN Nguyễn Hoàng Thụy Vy (Thành viên chính) - Phân lập virus TiLV từ mẫu cá bệnh - Nuôi cấy virus TiLV - Thử nghiệm virus TiLV cá rô phi - Tách RNA mẫu mô gửi giải trình tự RNA ThS Vũ Thị Thanh Hương (Thành viên chính) ThS Lê Thị Thu Thảo (Thành viên ThS Mai Thu Thảo (Thành viên) - Thử nghiệm virus TiLV cá rơ phi KS Bùi Nguyễn Chí Hiếu Ương nuôi cá rô phi phục vụ thử nghiệm công độc KS Trần Thị Thanh Hương - Thử nghiệm virus TiLV cá rô phi - Tách RNA mẫu mơ gửi giải trình tự RNA - Phân lập virus TiLV từ mẫu cá bệnh - Thử nghiệm virus TiLV cá rô phi - Phân lập virus TiLV từ mẫu cá bệnh - Nuôi cấy virus TiLV ThS Trần Hạnh Triết - Đã thu mẫu TiLV từ cá rơ phi Việt Nam có khả trì dịng tế bào E-11 - Tách RNA mẫu mơ cá để giải trình tự - Báo cáo giám định năm 2019, 2021 - Báo cáo nghiệm thu năm 2022 - Viết 02 báo nước - Viết 01 báo quốc tế - Đã đánh giá độc lực chủng TiLV Việt Nam - Đã đánh giá độc lực chủng TiLV Việt Nam - Đã nuôi cấy tế bào E-11 - Đã nuôi cấy virus TiLV Thái Lan dịng tế bào E-11 - Đã ương ni đàn cá rô phi đỏ cho thử nghiệm công độc - Đã đánh giá độc lực chủng TiLV Việt Nam - Đã đánh giá độc lực chủng TiLV Việt Nam - Đã chọn phương pháp tách chiết RNA tối ưu để giải trình tự - Đã giải trình tự 02 gen virus TiLV phân lập Việt Nam Cộng tác viên đề tài - Ni cấy virus TiLV - Giải trình tự gen virus TiLV TS Nguyễn Việt Tuấn Phân tích gen virus TiLV - Đã đánh giá độc lực chủng TiLV Việt Nam - Đã nuôi cấy thành công TiLV Việt Nam TiLV Thái Lan dòng tế bào E-11 - Báo cáo giám định năm 2019, 2021 - Báo cáo nghiệm thu năm 2022 - 02 báo nước - 01 báo quốc tế - Phân tích thị phân tử microsatellite từ liệu RNA-seq mẫu mơ cá Tình hình hợp tác quốc tế: Số TT Theo kế hoạch (Nội dung, thời gian, kinh phí, địa điểm, tên tổ chức hợp tác, số đoàn, số lượng người tham gia ) Tình hình tổ chức hội thảo, hội nghị: Theo kế hoạch Số (Nội dung, thời gian, kinh phí, TT địa điểm ) Khơng có Thực tế đạt (Nội dung, thời gian, kinh phí, địa điểm, tên tổ chức hợp tác, số đoàn, số lượng người tham gia ) Thực tế đạt (Nội dung, thời gian, kinh phí, địa điểm ) Ghi chú* Ghi chú* Tóm tắt nội dung, cơng việc chủ yếu: (Nêu mục 15 thuyết minh, không bao gồm: Hội thảo khoa học, điều tra khảo sát nước nước ngoài) Số TT Các nội dung, công việc chủ yếu (Các mốc đánh giá chủ yếu) Thời gian (Bắt đầu, kết thúc - tháng … năm) Theo kế Thực tế đạt hoạch 04/2019 – 11/2019 – 09/2019 06/2020 Phân lập, nuôi cấy giải trình tự gen chủng TiLV từ mẫu cá rơ phi bị bệnh Công độc cá rô phi với virus TiLV liều LD70 Giải mã hệ gen phiên mã 04/2020 – (transcriptome) từ mô 09/2020 cá rơ phi sau cơng độc 03/202206/2022 Phân tích hệ gen phiên mã cá rô phi chết sống sau q trình cơng độc Xác định thị phân tử (SNP microsatellite) liên quan đến tính trạng kháng virus TiLV từ sở liệu hệ phiên mã Viết báo cáo nghiệm thu 10/2020 – 06/2021 05/2022 – 06/2022 07/202109/2021 05/2022 – 06/2022 10/2021 – 12/2021 06/2022 08/2019 – 03/2020 12/2020 – 09/2021 Người, quan thực TS Ngô Huỳnh Phương Thảo ThS Mai Thu Thảo CN Nguyễn Hoàng Thụy Vy ThS Trần Hạnh Triết TS Ngơ Huỳnh Phương Thảo CN Nguyễn Hồng Thụy Vy ThS Vũ Thị Thanh Hương KS Bùi Nguyễn Chí Hiếu KS Trần Thị Thanh Hương ThS Lê Thị Thu Thảo ThS Trần Hạnh Triết TS Ngô Huỳnh Phương Thảo CN Nguyễn Hoàng Thụy Vy KS Trần Thị Thanh Hương TS Ngô Huỳnh Phương Thảo TS Ngô Huỳnh Phương Thảo TS Nguyễn Việt Tuấn CN Nguyễn Hoàng Thụy Vy TS Ngơ Huỳnh Phương Thảo CN Nguyễn Hồng Thụy Vy III SẢN PHẨM KH&CN CỦA NHIỆM VỤ Sản phẩm KH&CN tạo ra: a) Sản phẩm Dạng I: Số TT Tên sản phẩm tiêu chất lượng chủ yếu Đơn vị đo Số lượng Theo kế hoạch Thực tế đạt Dữ liệu hệ gen phiên mã cá rô phi đỏ sau công độc với TiLV Bộ 04 10/2020 – 06/2021 03 Các microsatellite liên quan đến tính kháng TiLV cá rô phi Bộ 01 07/202109/2021 01 Các SNP liên quan đến tính kháng TiLV cá rơ phi Bộ 01 07/202109/2021 01 Bộ gen virus TiLV phân lập Việt Nam Bộ 01 04/2019 – 09/2019 02 b) Sản phẩm Dạng III: Số TT Tên sản phẩm Yêu cầu khoa học cần đạt Theo Thực tế kế hoạch đạt Bài báo nước 02 02 Bài báo quốc tế 01 01 Báo cáo Hội nghị khoa học quốc tế - 01 Báo cáo Hội nghị khoa học nước - 01 Số lượng, nơi cơng bố (Tạp chí, nhà xuất bản) 1/ Tạp chí nghề cá sơng Cửu Long, số 18, tháng 12/2020 (Phụ lục 15) 2/ Tạp chí nghề cá sơng Cửu Long (đã gửi lại sửa cho Tạp chí sau phản biện) Journal of Fish Diseases (Q1) Báo cáo oral Hội nghị trực tuyến “2nd Edition of World Aquaculture and Fisheries Conference” (18-19/5/2022) Báo cáo poster Hội nghị khoa học trẻ toàn quốc ngành Thủy sản lần thứ 11 (ViFINET2021) (24-25/6) | 6      TRAN et al F I G U R E  Average cumulative mortalities of red hybrid tilapia post the i.p injection challenge with TiLV isolate HB196-­VN-­2020 at different virus titers and fish sizes The daily mortalities were observed and recorded for 21 days Asterisk (*) indicates a statistical difference (p