Xác nhận giá trị sử dụng của phương pháp định danh vi khuẩn và kỹ thuật kháng sinh đồ tự động trên thiết bị bd phoenixtm m50 tại bệnh viện đa khoa trung tâm an giang

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO - BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y TẾ CÔNG CỘNG NGUYỄN THỊ MINH HIẾU XÁC NHẬN GIÁ TRỊ SỬ DỤNG CỦA PHƯƠNG PHÁP ĐỊNH DANH VI KHUẨN VÀ KỸ THUẬT KHÁNG SINH ĐỒ TỰ ĐỘNG TRÊN H P THIẾT BỊ BD PHOENIXTM M50 TẠI BỆNH VIỆN ĐA KHOA TRUNG TÂM AN GIANG U LUẬN VĂN THẠC SĨ KỸ THUẬT XÉT NGHIỆM Y HỌC MÃ SỐ CHUYÊN NGÀNH: 8720601 H HÀ NỘI – 2022 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO - BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y TẾ CÔNG CỘNG NGUYỄN THỊ MINH HIẾU XÁC NHẬN GIÁ TRỊ SỬ DỤNG CỦA PHƯƠNG PHÁP ĐỊNH DANH VI KHUẨN VÀ KỸ THUẬT KHÁNG SINH ĐỒ TỰ ĐỘNG TRÊN H P THIẾT BỊ BD PHOENIXTM M50 TẠI BỆNH VIỆN ĐA KHOA TRUNG TÂM AN GIANG U LUẬN VĂN THẠC SĨ KỸ THUẬT XÉT NGHIỆM Y HỌC MÃ SỐ CHUYÊN NGÀNH: 8720601 H GIẢNG VIÊN HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: TS TRẦN MINH CHÂU HÀ NỘI – 2022 i LỜI CẢM ƠN Trong suốt trình học tập hoàn thành luận văn này, bên cạnh nỗ lực thân, nhận quan tâm, hỗ trợ động viên từ quý thầy/cô, đồng nghiệp, bạn bè gia đình Lời đầu tiên, xin trân trọng cảm ơn Ban giám hiệu trường Đại học Y tế Cơng cộng, phịng Quản lý đào tạo sau đại học tạo điều kiện giúp đỡ tơi suốt q trình học tập nghiên cứu Xin cảm ơn q thầy/cơ tận tình hướng dẫn tơi suốt q trình học tập, nghiên cứu Đặc biệt, xin tỏ lòng biết ơn sâu sắc trân trọng đến H P TS Trần Minh Châu ThS Nguyễn Thị Thanh Nhiệm người đồng hành với tất lòng nhiệt huyết hướng dẫn, bảo tận tình, giúp cho tơi hiểu nhiều kiến thức, kỹ để tơi hồn thành luận văn Sau cùng, xin cảm ơn đến gia đình ln dành cho tơi tất tin tưởng, yêu thương, động viên, khích lệ chia sẻ khó khăn suốt thời U gian qua Một lần nữa, xin chân thành cảm ơn! H ii MỤC LỤC ĐẶT VẤN ĐỀ MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU .3 Chương TỔNG QUAN TÀI LIỆU .4 1.1 Định danh vi khuẩn 1.1.1 Khái niệm 1.1.2 Định danh sơ hình thái vi khuẩn, khuẩn lạc 1.1.3 Định danh vi khuẩn tinh chất sinh vật hóa học 1.1.4 Định danh vi khuẩn kỹ thuật miễn dịch 1.1.5 Định danh vi khuẩn phương pháp sinh học phân tử H P 1.1.6 Định danh phương pháp khối phổ 10 1.2 Kháng sinh đồ 11 1.2.1 Khái niệm 11 1.2.2 Các phương pháp thực kháng sinh đồ .12 1.3 Xác nhận giá trị sử dụng phương pháp .18 U 1.3.1 Định nghĩa xác nhận giá trị sử dụng phương pháp 18 1.3.2 Mục đích xác nhận giá trị sử dụng phương pháp .19 1.3.3 Các thông số xác nhận giá trị sử dụng nghiên cứu 19 H 1.4 Các nghiên cứu tương tự: 20 1.5 Sơ lược Bệnh viện Đa Khoa Trung Tâm An Giang 21 Chương ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 23 2.1 Đối tượng nghiên cứu 23 2.2 Thời gian thu thập số liệu địa điểm nghiên cứu: 24 2.3 Thiết kế nghiên cứu 24 2.4 Cỡ mẫu 24 2.4.1 Mục tiêu 24 2.4.2 Mục tiêu 24 2.5 Phương pháp thu thập 25 2.6 Xử lý số liệu 25 2.7 Các khái niệm, quy trình kỹ thuật thực hiện: 25 iii 2.7.1 Mẫu 25 2.7.2 Vật liệu thiết bị nghiện cứu 26 2.8 Kiểm tra chất lượng 27 2.8.1 Mục tiêu 28 2.8.2 Mục tiêu 28 2.9 Tiêu chuẩn chấp nhận hệ thống AST .28 2.9.1 Định danh 28 2.9.2 Kháng sinh đồ 28 2.10 Đạo đức nghiên cứu .30 Chương KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 31 3.1 H P Kết xác nhận giá trị sử dụng phương pháp định danh thống tự động BD PhoenixTM M50 phòng xét nghiệm .31 3.1.1 Kết QC định danh .31 3.1.2 Độ xác phương pháp định danh vi khuẩn .32 3.1.3 Độ tái lặp phương pháp định danh vi khuẩn .34 U 3.1.4 Kết xác nhận giá trị sử dụng phương pháp định danh vi khuẩn 36 3.2 Kết xác nhận giá trị sử dụng phương pháp kháng sinh đồ hệ H thống tự động BD PhoenixTM M50 phòng xét nghiệm .37 3.2.1 Kết QC kháng sinh đồ 37 3.2.2 Độ xác kháng sinh đồ 40 3.2.3 Độ tái lặp kháng sinh đồ 44 Chương BÀN LUẬN 48 4.1 Định danh vi khuẩn 48 4.2 Kỹ thuật kháng sinh đồ 49 Chương KẾT LUẬN 53 Chương KHUYẾN NGHỊ 54 TÀI LIỆU THAM KHẢO 55 PHỤ LỤC 57 iv DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT ATCC : American Type Culture Collection (Bộ sưu tập chủng chuẩn Mỹ) AST Antimicrobial Susceptibility Testing (Thử nghiệm xác định mức độ : nhạy cảm kháng sinh) API : Analytical profile index BYT : Bộ Y tế CA : Categorical Agreement (Đồng thuận loại) CLSI : Clinical & Laboratory Standard Institute (Viện chuẩn thức lâm sàng xét nghiệm Hoa Kỳ) ĐKTT : Đa khoa trung tâm EA : Essential Agreement (Đồng thuận giá trị) EQA : External Quality Assessment (Ngoại kiểm tra chất lượng) FDA : Food and Drug Administration (Cục quản lý thực phẩm dược phẩm H P Hoa Kỳ) I : Intermediate (Trung gian) ID : Identification (Định danh) IQC : Internal Quality Control (Nội kiểm tra chất lượng) KSĐ : Kháng sinh đồ ME : Major error (Sai sót lớn) mE : Mini error (Sai sót nhỏ) MIC : Minimum Inhibitory Concentration (Nồng độ ức chế tối thiểu) NID : Negative Identification (Định danh gram âm) NMIC : U H Negative Minimum Inhibitory Concentration (Nồng độ ức chế tối thiểu gram âm) PCA : Precision Categorical Agreement (Tỷ lệ trùng khớp kết định danh) PEA : Precision essential agreement (Tỷ lệ trùng khớp giá trị MIC) PID : Positive Identification (Định danh gram dương) PMIC : Positive Minimum Inhibitory Concentration (Nồng độ ức chế tối thiểu v gram dương) PPSS : Phương pháp so sánh QA : Quality Assessment (Đảm bảo chất lượng) QC : Quality control (Kiểm soát chất lượng) QĐ : Quyết định R : Resistan (Đề kháng) S : Sensitivity (Nhạy cảm) SIR : Sensitivity- Intermediate-Resistan (Nhạy-Trung gian-Kháng) VME : Very major errors (Sai sót lớn) VSV : Vi sinh vật H U H P vi DANH MỤC BẢNG Bảng 2.1: Chủng vi sinh vật thực QC cho loại bảng 23 Bảng 2.2: Mẫu thực nghiên cứu 26 Bảng 3.1: Kết QC định danh vi khuẩn .31 Bảng 3.2: Độ xác phương pháp định danh vi khuẩn gram âm 32 Bảng 3.3: Độ xác phương pháp định danh vi khuẩn gram dương 33 Bảng 3.4: Độ tái lặp phương pháp định danh vi khuẩn gram âm .34 Bảng 3.5: Độ tái lặp phương pháp định danh vi khuẩn gram dương 35 Bảng 3.6: Kết xác nhận phương pháp định danh vi khuẩn 36 H P Bảng 3.7: Kết QC kháng sinh đồ gram âm 37 Bảng 3.8: Kết QC kháng sinh đồ gram dương 38 Bảng 3.9: Độ xác kháng sinh Amikacin vi khuẩn gram âm 40 Bảng 3.10: Bảng tóm tắt kết độ xác kháng sinh đồ gram âm 41 Bảng 3.11: Kết xác định độ xác cho thử nghiệm kháng sinh U Cefoxitin vi khuẩn gram dương 42 Bảng 3.12: Bảng tóm tắt kết độ xác kháng sinh đồ gram dương .43 Bảng 3.13: Độ tái lặp kháng sinh Amikacin vi khuẩn gram âm 44 H Bảng 3.14: Bảng tóm tắt kết độ tái lặp kháng sinh đồ gram âm 45 Bảng 3.15: Kết độ tái lặp thử nghiệm kháng sinh Cefoxitin vi khuẩn gram dương 46 Bảng 3.16: Tóm tắt kết độ tái lặp kháng sinh đồ gram dương 47 vii DANH MỤC HÌNH Hình 1.1: Phản ứng lên men Hình 1.2: Phản ứng Catalase .5 Hình 1.3: Phản ứng Oxidase .6 Hình 1.4: Phản ứng Coagulase Hình 1.5: Phản ứng CAMP Hình 1.6: Định danh phương pháp API 20, A-API 20 E B-API 20 NE Hình 1.7: Máy định danh vi khuẩn MALDI-TOF MS 11 Hình 1.8: Kết kháng sinh đồ khoanh giấy khuếch tán .13 Hình 1.9: Kết kháng sinh đồ phương pháp ETest 14 H P Hình 1.10: Pha lỗng kháng sinh đồ khuếch tán .14 Hình 1.11: Hệ thống Vitek® Compact (bioMérieux, USA) 15 Hình 1.12: Thẻ kháng sinh đồ dùng Vitek .16 Hình 1.13: Minh họa cách đưa kết MIC Vitek 16 Hình 1.14: Máy định danh kháng sinh đồ vi khuẩn BD PhoenixTM M50 17 U Hình 1.15: Thẻ hóa chất sử dụng hệ thống BD Phoenix™ M50 18 H viii DANH MỤC SƠ ĐỒ Sơ đồ 1: Sơ đồ nghiên cứu tổng quát 27 H P H U 122 Bảng PL 57: Kết độ tái lặp thử nghiệm kháng sinh Penicillin vi khuẩn gram dương Loại Thẻ: PMIC Kháng sinh: Penicillin Ngày thử nghiệm Chủng 09/06/2022 SA 29213 11/06/2022 SA 1795 11/06/2022 Loài Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus Slug Staphylococcus 1712 lugdunensis 09/06/2022 EF 29212 11/06/2022 EF 7891 Enterococcus faecalis Enterococcus faecalis Giá trị MIC hệ Kết thống đánh giá SIR tham hệ thống thống khớp với (kết lần lặp lại) chiếu đánh giá liệu tham chiếu 0.5 ; 0.5 ; 0.5 R R;R;R CÓ R R;R;R CÓ R R;R;R CÓ 2;2;2 S S;S;S CÓ 2;2;2 S S;S;S CÓ H P >1 ; >1 ; >1 U 1;1;1 H Kết SIR Kết SIR hệ 123 Bảng PL 58: Kết độ tái lặp thử nghiệm kháng sinh Rifampin vi khuẩn gram dương Loại Thẻ: PMIC Kháng sinh: Rifampin Ngày thử nghiệm Chủng 09/06/2022 SA 29213 11/06/2022 SA 1795 11/06/2022 Loài Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus Slug Staphylococcus 1712 lugdunensis 09/06/2022 EF 29212 11/06/2022 EF 7891 Enterococcus faecalis Enterococcus faecalis Giá trị MIC hệ thống đánh giá (kết lần lặp lại) Kết SIR tham chiếu Kết SIR hệ thống đánh giá Kết SIR hệ thống khớp với liệu tham chiếu