Hoạt tính xâm nhiễm và đặc điểm bộ gene của thực khuẩn thể nhằm kiểm soát vi khuẩn xanthomonas oryzae pv oryzae gây bệnh cháy bìa lá lúa

ĐẠI HỌC QUỐC GIA TP HCM TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA PHAN ĐÌNH HẢI HOẠT TÍNH XÂM NHIỄM VÀ ĐẶC ĐIỂM BỘ GENE CỦA THỰC KHUẨN THỂ NHẰM KIỂM SOÁT VI KHUẨN XANTHOMONAS ORYZAE PV ORYZAE GÂY BỆNH CHÁY BÌA LÁ LÚA Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Mã số: 8420201 LUẬN VĂN THẠC SĨ TP HỒ CHÍ MINH, tháng 01 năm 2023 Cơng trình hồn thành tại: Trường Đại Học Bách Khoa – ĐHQG – TP-HCM Cán hướng dẫn khoa học: PGS.TS Hoàng Anh Hoàng Cán chấm nhận xét 1: TS Nguyễn Thị Lệ Thuỷ Cán chấm nhận xét 2: TS Nguyễn Tiến Dũng Luận văn thạc sĩ bảo vệ Trường Đại Học Bách Khoa, ĐHQG TP HCM ngày 06 tháng 01 năm 2023 Thành phần Hội đồng đánh giá luận văn thạc sĩ gồm: PGS.TS Nguyễn Tiến Thắng – Chủ tịch TS Phan Thị Huyền – Thư ký TS Nguyễn Thị Lệ Thuỷ – Phản biện TS Nguyễn Tiến Dũng – Phản biện PGS.TS Hoàng Anh Hoàng – Uỷ viên Xác nhận Chủ tịch Hội đồng đánh giá LV Trưởng Khoa quản lý chuyên ngành sau luận văn sửa chữa (nếu có) CHỦ TỊCH HỘI ĐỒNG PGS.TS Nguyễn Tiến Thắng TRƯỞNG KHOA KỸ THUẬT HÓA HỌC PGS.TS Nguyễn Quang Long ĐẠI HỌC QUỐC GIA TP.HCM CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA Độc lập - Tự - Hạnh phúc NHIỆM VỤ LUẬN VĂN THẠC SĨ Họ tên học viên: Phan Đình Hải MSHV: 2070075 Ngày, tháng, năm sinh: 27/04/1994 Nơi sinh: Đồng Nai Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Mã số: 8420201 I TÊN ĐỀ TÀI: Hoạt tính xâm nhiễm đặc điểm gene thực khuẩn thể nhằm kiểm soát vi khuẩn Xanthomonas oryzae pv oryzae gây bệnh cháy bìa lúa NHIỆM VỤ VÀ NỘI DUNG: Khảo sát đặc tính thực khuẩn thể xâm nhiễm vi khuẩn Xanthomonas oryzae pv oryzae gây bệnh cháy bìa lúa  Xác định hoạt tính xâm nhiễm thực khuẩn thể  Khảo sát khả kiểm soát vi khuẩn thực khuẩn thể điều kiện in vitro Phân tích đặc điểm genome thực khuẩn thể  Phân tích genome đánh giá tính an tồn thực khuẩn thể kháng Xanthomonas oryzae pv oryzae II NGÀY GIAO NHIỆM VỤ: 14/02/2022 III NGÀY HOÀN THÀNH NHIỆM VỤ: 05/12/2022 IV.CÁN BỘ HƯỚNG DẪN: PGS.TS Hoàng Anh Hoàng Tp HCM, ngày tháng năm 20 CÁN BỘ HƯỚNG DẪN (Họ tên chữ ký) CHỦ NHIỆM BỘ MÔN ĐÀO TẠO (Họ tên chữ ký) TRƯỞNG KHOA KỸ THUẬT HÓA HỌC (Họ tên chữ ký) i LỜI CẢM ƠN Trong q trình tìm hiểu học hỏi để hồn thành luận văn giao Tôi gặp nhiều vướng mắc, giúp đỡ tận tình giáo viên hướng dẫn, thầy quản lý phịng thí nghiệm, anh chị bạn lab tạo điều kiện tốt nhất, giúp tơi thực tốt luận văn, nhử giải đáp vướng mắc q trình nghiên cứu để hồn thành luận văn Tôi xin chân thành cảm ơn thầy cô anh chị giúp đỡ hồn thành luận văn ii TĨM TẮT Bệnh cháy bìa lúa (bacterial blight of rice) vi khuẩn Xanthomonas oryzae pathovar oryzae loại bệnh gây hại thiệt hại nặng nề lúa, đặc biệt vùng đồng Sông Cửu Long – Việt Nam Với định hướng sử dụng thực khuẩn thể để kiểm sốt bệnh cháy bìa vi khuẩn gây lúa Tôi thực đánh giá hoạt tính xâm nhiễm phân tích genome ba thực khuẩn thể M223, M624, M625 Cả ba thực khuẩn thể có thời gian tiềm ẩn khoảng 25 – 35 phút, M625 có hệ số nhân tốt 28 ± 5, chu kỳ xâm nhiễm 100 phút Khả kiểm soát vi khuẩn Xanthomonas oryzae pathovar oryzae môi trường in vitro thực khuẩn thể M223, M624, M625 kiểm sốt tốt, mơi trường trở nên suốt sau – giờ, vi khuẩn không huyền phù trở lại suốt thời gian thí nghiệm Kích thước gen ba thực khuẩn thể M223, M624, M625 46.226bp Số khung đọc mở (orf) thực khuẩn thể M223, M624, M625 74 (orf), 76 (orf), 75 (orf) Tất khơng phát có chứa gen kháng thuốc kháng sinh, yếu tố độc lực, gen độc tố gen tích hợp gen ba thực khuẩn thể Kết cho thấy ba thực khuẩn thể có tiềm ứng dụng kiểm soát vi khuẩn Xanthomonas oryzae pathovar oryzae iii ABSTRACT Bacterial blight of rice caused by bacteria Xanthomonas oryzae pathovar oryzae is one of the most devastating diseases to rice, especially in the Mekong Delta - Vietnam With practical use it is possible to control bacterial leaf blight disease on rice plants I performed a survey to evaluate the infective activity and genome analysis of three bacteriophages M223, M624, M625 All three bacteriophages have a latent periods of about 25-35 minutes, including M625 has the best multiplier of 28 ± 5, infectivity cycle of 100 minutes The ability to control Xanthomonas oryzae pathovar oryzae in the in vitro medium of three bacteriophages M223, M624, M625 were well controlled, the medium became transparent after - hours, maintain bacterial population at a relatively low level The genome sizes of the three bacteriophages M223, M624, and M625 are all 46,226bp The number of open read frames (orf) of bacteriophages M223, M624, M625 is 74 (orf), 76 (orf), 75 (orf), respectively All were not found to contain antibiotic resistance genes, virulence factors, toxins genes and integrated genes in the genomes of the three genome phage This results introduced that all three phages as a potential biological agent in the control of Xanthomonas oryzae pathovar oryzae iv LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan luận văn “Hoạt tính xâm nhiễm đặc điểm gene thực khuẩn thể nhằm kiểm soát vi khuẩn Xanthomonas oryzae pv oryzae gây bệnh cháy bìa lúa” cơng trình nghiên cứu tơi với hướng dẫn PGS TS Hoàng Anh Hoàng Các số liệu kết trình bày luận văn trung thực chưa người khác cơng bố cơng trình khác TÁC GIẢ LUẬN VĂN PHAN ĐÌNH HẢI v MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN i TÓM TẮT ii LỜI CAM ĐOAN iv MỤC LỤC v DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT vii DANH MỤC HÌNH ẢNH viii DANH MỤC BẢNG x MỞ ĐẦU……………………………………………………………………………….1 Chương 1: TỔNG QUAN VỀ VẤN ĐỀ NGHIÊN CỨU 1.1 Bệnh cháy bìa lúa 1.2 Vi khuẩn Xanthomonas oryzae pv oryzae 1.3 Nghiên cứu thực khuẩn thể lây nhiễm Xanthomonas oryzae pv oryzae 1.4 Các phương pháp giải trình tự gene hệ 1.5 Cơng nghệ giải trình tự gene hệ Illumina 10 1.6 Mục tiêu nghiên cứu 12 Chương VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP .14 2.1 VẬT LIỆU 14 2.2 PHƯƠNG PHÁP 14 2.2.1 Xác định hoạt tính xâm nhiễm 14 2.2.2 Phương pháp xác định chu kỳ lây nghiễm 14 2.2.3 Khảo sát khả kiểm soát vi khuẩn in vitro 15 2.2.4 Xác định đặc điểm gene 16 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 23 3.1 Hình thái thực khuẩn thể 23 3.2 Hoạt tính xâm nhiễm 24 3.3 Khả kiểm soát vi khuẩn in vitro 26 vi 3.4 Đặc điểm genome thực khuẩn thể: 27 3.4.1 Kiểm tra xử lý liệu thô 27 3.4.2 Lắp ráp hệ gen 32 3.4.3 Chú giải cấu trúc 36 3.4.4 Chú giải chức 36 3.4.5 Phân tích phát sinh lồi 39 3.4.6 Tính an tồn thực khuẩn thể 40 CHƯƠNG 4: KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 42 4.1 Kết luận 42 4.2 Kiến nghị 42 TÀI LIỆU THAM KHẢO 43 PHỤ LỤC 46 PHỤ LỤC 57 PHỤ LỤC 65 PHỤ LỤC 74 LÝ LỊCH TRÍCH NGANG 76 vii DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT Xoo: Xanthomonas oryzae pv oryzae PFU: Plaque Forming Units CFU: Colony Forming Unit EBI: European Bioinformatics Institute ENA: European Nucleotide Archive MCP: Major Capsid Protein MSA: Multiple sequence alignment NCBI: National Center for Biotechnology Information NCBI CDD: NCBI Conserved Domains Database (CDD) NGS: Next Generation Sequencing ORF: Open Reading Frame sRNA: Soluble Ribonucleic Acid TerL: Terminase Large Subunit 62 orf45 29475 30014 179 orf46 30239 30853 204 orf47 30927 31328 133 orf48 31325 31708 127 orf49 32016 32138 40 orf50 32223 34736 837 orf51 34804 35013 69 orf52 35038 35352 104 orf53 35362 35634 90 orf54 35651 36040 129 orf55 36074 36526 150 hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPP3] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPP9] hypothetical protein [Xanthomonas phage pXoo2107] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] ypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] 100% 1.00E123 100.00 % hypothetical protein 100% 7.00E136 99.51 % hypothetical protein 100% 3.00E88 100.00 % hypothetical protein 100% 2.00E83 100.00 % hypothetical protein 100% 3.00E19 100.00 % hypothetical protein 100% 100.00 % 100% 4.00E42 100.00 % hypothetical protein 100% 7.00E66 99.04 % hypothetical protein 100% 6.00E59 100.00 % hypothetical protein 100% 9.00E92 100.00 % hypothetical protein 100% 1.00E106 100.00 % hypothetical protein VirE superfamily 8.40E38 hypothetical protein 63 orf56 36531 37097 188 orf57 37094 37342 82 orf58 37339 37524 61 orf59 37637 37780 47 orf60 37777 38019 80 orf61 38016 38519 167 orf62 38906 39109 67 orf63 39106 39294 62 orf64 39291 39482 63 hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] hypothetical protein KEM12_gp14 [Xanthomonas phage XPV1] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] hypothetical protein KEM11_gp52 [Xanthomonas phage XPP1] hypothetical protein KEM11_gp51 [Xanthomonas phage XPP1] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] hypothetical protein KEM12_gp07 [Xanthomonas phage XPV1] hypothetical protein KEM12_gp06 [Xanthomonas phage XPV1] hypothetical protein KEM11_gp48 [Xanthomonas phage XPP1] 100% 1.00E137 100.00 % hypothetical protein 100% 2.00E51 100.00 % hypothetical protein 100% 5.00E36 100.00 % hypothetical protein 100% 9.00E23 100.00 % hypothetical protein 100% 2.00E49 100.00 % hypothetical protein 100% 5.00E111 100.00 % hypothetical protein 100% 4.00E42 100.00 % hypothetical protein 100% 1.00E36 100.00 % hypothetical protein 100% 4.00E38 100.00 % hypothetical protein 64 orf65 39479 39670 63 orf66 39778 41607 609 orf67 41675 42055 126 orf68 42119 44095 658 orf69 44200 44439 79 orf70 44450 44653 67 orf71 44676 44843 55 orf72 44840 45031 63 orf73 45028 45543 171 hypothetical protein KEM12_gp04 [Xanthomonas phage XPV1] DNA helicase [Xanthomonas phage XPV1] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] DNA polymerase I [Xanthomonas phage XPV2] hypothetical protein KEM12_gp76 [Xanthomonas phage XPV1] hypothetical protein KEM12_gp75 [Xanthomonas phage XPV1] hypothetical protein KEM12_gp74 [Xanthomonas phage XPV1] hypothetical protein KEM12_gp73 [Xanthomonas phage XPV1] hypothetical protein KEM12_gp72 [Xanthomonas phage XPV1] 100% 3.00E37 100.00 % hypothetical protein 100% 99.84 % 100% 6.00E88 100.00 % 100% 99.70 % 100% 2.00E47 100.00 % hypothetical protein 100% 4.00E37 100.00 % hypothetical protein 100% 4.00E31 100.00 % hypothetical protein 100% 2.00E37 100.00 % hypothetical protein 100% 7.00E121 100.00 % hypothetical protein SSL2 superfamily 2.64E43 hypothetical protein hypothetical protein DNA_pol_ A superfamily 6.05E36 hypothetical protein 65 orf74 45596 45889 97 orf75 45911 46090 60 orf76 133 44 hypothetical protein KEM12_gp71 [Xanthomonas phage XPV1] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV3] hypothetical protein KEM12_gp70 [Xanthomonas phage XPV1] 100% 2.00E64 100.00 % hypothetical protein 100% 5.00E31 100.00 % hypothetical protein 100% 3.00E20 100.00 % hypothetical protein PHỤ LỤC BẢNG KẾT QUẢ CHÚ GIẢI CHỨC NĂNG THỰC KHUẨN THỂ M625 CDS START (bp) END (bp) LENGT H (aa) BLASTP NCBI conserved domains GENE PRODUCT %Query Cover E value % Match DOMAIN Evalue - - orf1 53 622 185 - - - - orf2 855 1031 58 hypothetical protein KEM12_gp69 100% 3.00E34 100.00 % FINAL PREDICTED hypothetical protein 66 [Xanthomonas phage XPV1] orf3 1031 1588 185 orf4 1575 2105 176 orf5 2102 2299 65 orf6 2356 2790 144 orf7 2803 4287 494 orf8 4311 4838 175 orf9 4835 5260 141 orf10 5257 5763 168 orf11 5760 6263 167 hypothetical protein KEM12_gp68 [Xanthomonas phage XPV1] hypothetical protein KEM12_gp67 [Xanthomonas phage XPV1] hypothetical protein KEM12_gp66 [Xanthomonas phage XPV1] hypothetical protein KEM11_gp32 [Xanthomonas phage XPP1] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV3] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] Hypothetical protein KEM12_gp62 [Xanthomonas phage XPV1] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] 100% 1.00E128 100.00 % hypothetical protein 100% 5.00E126 100.00 % hypothetical protein 100% 3.00E39 100.00 % hypothetical protein 100% 3.00E100 100.00 % hypothetical protein 100% 100.00 % 100% 2.00E124 100.00 % hypothetical protein 100% 1.00E96 100.00 % hypothetical protein 100% 8.00E121 100.00 % hypothetical protein 100% 2.00E115 100.00 % DUF3383 superfamily DUF4054 superfamily 1.95E101 1.02E18 hypothetical protein hypothetical protein 67 orf12 6276 6665 129 orf13 6827 7846 339 orf14 7880 8413 177 orf15 8427 9602 391 orf16 9689 10486 265 orf17 10527 12125 532 orf18 12168 13619 483 orf19 13616 14083 155 orf20 14082 14300 72 orf21 14576 15835 419 hypothetical protein KEM12_gp59 [Xanthomonas phage XPV1] capsid and scaffold protein [Xanthomonas phage XPV2] minor structural protein [Xanthomonas phage XPV1] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] minor capsid protein [Xanthomonas phage XPV2] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] terminase large subunit [Xanthomonas phage XPV2] integrase [Xanthomonas phage XPV2] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPP3] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] 100% 3.00E89 100.00 % hypothetical protein 100% 97.94 % Phage capsid and scaffold 100% 9.00E120 100.00 % Phage head protein 100% 99.49 % DUF2213 superfamily 2.35E49 100% 97.36 % COG2369 superfamily 2.25E15 100% 99.06 % DUF1073 superfamily 5.60E106 Phage protein 100% 100.00 % COG5410 superfamily 7.28E18 100% 7.00E109 100.00 % anti-TRAP superfamily 1.94E05 Phage terminase, large subunit hypothetical protein 52% 2.00E12 81.58 % 100% 99.52 % Phage head and packaging protein Phage minor capsid protein hypothetical protein Cas4_I-A_IB_I-C_ID_II-B superfamily 9.50E23 hypothetical protein 68 orf22 15839 16003 54 orf23 15990 16427 145 orf24 16487 17116 209 orf25 17170 17319 49 orf26 17336 17923 195 orf27 17947 18297 116 orf28 18290 18670 126 orf29 18681 18863 60 orf30 18860 19468 202 hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] hypothetical protein KEM12_gp47 [Xanthomonas phage XPV1] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] hypothetical protein KEM11_gp12 [Xanthomonas phage XPP1] holliday junction resolvase / crossover junction endodeoxyribonucleas e [Xanthomonas phage XPV2] hypothetical protein KEM12_gp43 [Xanthomonas phage XPV1] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] 100% 9.00E31 100.00 % hypothetical protein 100% 2.00E101 99.31 % hypothetical protein 100% 4.00E146 100.00 % hypothetical protein 100% 6.00E26 100.00 % hypothetical protein 100% 1.00E137 100.00 % hypothetical protein 100% 6.00E77 99.14 % hypothetical protein 100% 3.00E84 100.00 % 100% 7.00E36 100.00 % 100% 2.00E146 100.00 % RusA superfamily 5.83E18 Phage Holliday junction resolvase RusA hypothetical protein DUF5664 superfamily 7.40E27 hypothetical protein 69 orf31 19461 19694 77 orf32 19687 20067 126 orf33 20057 20581 174 orf34 20578 20805 75 orf35 20906 21313 135 orf36 21355 22770 471 orf37 22779 23465 228 orf38 23465 24739 424 orf39 24757 25419 220 hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] hypothetical protein KEM12_gp39 [Xanthomonas phage XPV1] membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor [Xanthomonas phage XPV2] hypothetical protein KEM11_gp04 [Xanthomonas phage XPP1] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPP2] hypothetical protein KEM12_gp35 [Xanthomonas phage XPV1] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPP9] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV3] hypothetical protein KEM12_gp32 [Xanthomonas phage XPV1] 100% 9.00E49 98.70 % hypothetical protein 100% 9.00E85 100.00 % hypothetical protein 100% 3.00E122 99.43 % 100% 7.00E44 100.00 % hypothetical protein 100% 3.00E93 100.00 % hypothetical protein 100% 99.79 % hypothetical protein 100% 8.00E168 100.00 % DUF2612 superfamily 1.45E62 Transposon or IS 100% 100.00 % Baseplate_J superfamily 2.81E20 hypothetical protein 100% 4.00E154 100.00 % Phage_base _V superfamily 0.0017 4013 hypothetical protein COG3179 superfamily 8.59E28 Membranebound lytic murein transglycosylase D precursor 70 orf40 25412 25654 80 orf41 25638 26537 299 orf42 26542 28374 610 orf43 28381 29055 224 orf44 29059 29454 131 orf45 29478 30017 179 orf46 30242 30856 204 orf47 30930 31331 133 orf48 31328 31711 127 orf49 32019 32141 40 hypothetical protein OP2_ORF32 [Xanthomonas phage OP2] hypothetical protein KEM12_gp30 [Xanthomonas phage XPV1] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] hypothetical protein KEM12_gp28 [Xanthomonas phage XPV1] hypothetical protein KEM11_gp66 [Xanthomonas phage XPP1] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPP3] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPP9] hypothetical protein [Xanthomonas phage pXoo2107] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] 100% 9.00E50 100.00 % hypothetical protein 100% 99.67 % hypothetical protein 100% 99.84 % 100% 3.00E157 100.00 % hypothetical protein 100% 3.00E89 100.00 % hypothetical protein 100% 1.00E123 100.00 % hypothetical protein 100% 7.00E136 99.51 % hypothetical protein 100% 3.00E88 100.00 % hypothetical protein 100% 2.00E83 100.00 % hypothetical protein 100% 3.00E19 100.00 % hypothetical protein Phage_lysoz yme2 superfamily 1.50E20 hypothetical protein 71 orf50 32226 34739 837 orf51 34807 35016 69 orf52 35041 35355 104 orf53 35365 35637 90 orf54 35654 36043 129 orf55 36077 36529 150 orf56 36534 37100 188 orf57 37097 37345 82 orf58 37342 37527 61 orf59 37640 37783 47 orf60 37780 38022 80 hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] hypothetical protein KEM12_gp14 [Xanthomonas phage XPV1] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] hypothetical protein KEM11_gp52 [Xanthomonas phage XPP1] hypothetical protein KEM11_gp51 100% 100.00 % VirE superfamily 8.40E38 hypothetical protein 100% 4.00E42 100.00 % hypothetical protein 100% 7.00E66 99.04 % hypothetical protein 100% 6.00E59 100.00 % hypothetical protein 100% 9.00E92 100.00 % hypothetical protein 100% 1.00E106 100.00 % hypothetical protein 100% 1.00E137 100.00 % hypothetical protein 100% 2.00E51 100.00 % hypothetical protein 100% 5.00E36 100.00 % hypothetical protein 100% 9.00E23 100.00 % hypothetical protein 100% 2.00E49 100.00 % hypothetical protein 72 [Xanthomonas phage XPP1] orf61 38019 38522 167 orf62 38909 39112 67 orf63 39109 39297 62 orf64 39294 39485 63 orf65 39482 39673 63 orf66 39781 41610 609 orf67 41678 42058 126 orf68 42122 44098 658 orf69 44203 44442 79 hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] hypothetical protein KEM12_gp07 [Xanthomonas phage XPV1] hypothetical protein KEM12_gp06 [Xanthomonas phage XPV1] hypothetical protein KEM11_gp48 [Xanthomonas phage XPP1] hypothetical protein KEM12_gp04 [Xanthomonas phage XPV1] DNA helicase [Xanthomonas phage XPV1] hypothetical protein [Xanthomonas phage XPV2] DNA polymerase I [Xanthomonas phage XPV2] hypothetical protein KEM12_gp76 [Xanthomonas phage XPV1] 100% 5.00E111 100.00 % hypothetical protein 100% 4.00E42 100.00 % hypothetical protein 100% 1.00E36 100.00 % hypothetical protein 100% 4.00E38 100.00 % hypothetical protein 100% 3.00E37 100.00 % hypothetical protein 100% 99.84 % 100% 6.00E88 100.00 % 100% 99.70 % 100% 2.00E47 100.00 % SSL2 superfamily 2.64E43 hypothetical protein hypothetical protein DNA_pol_A superfamily 6.05E36 hypothetical protein hypothetical protein 73 orf70 44453 44656 67 orf71 44679 44846 55 orf72 44843 45034 63 orf73 45031 45546 171 orf74 45599 45892 97 orf75 45914 46225 104 hypothetical protein KEM12_gp75 [Xanthomonas phage XPV1] hypothetical protein KEM12_gp74 [Xanthomonas phage XPV1] hypothetical protein KEM12_gp73 [Xanthomonas phage XPV1] hypothetical protein KEM12_gp72 [Xanthomonas phage XPV1] hypothetical protein KEM12_gp71 [Xanthomonas phage XPV1] hypothetical protein KEM12_gp70 [Xanthomonas phage XPV1] 100% 4.00E37 100.00 % hypothetical protein 100% 4.00E31 100.00 % hypothetical protein 100% 2.00E37 100.00 % hypothetical protein 100% 7.00E121 100.00 % hypothetical protein 100% 2.00E64 100.00 % hypothetical protein 100% 1.00E63 99.04 % hypothetical protein 74 PHỤ LỤC Hóa chất mơi trường Mơi trường Trytic Soy Broth (TSB) hãng Himedia-Ấn Độ Môi trường TSB 0.4% Agar (1000ml) Hóa chất Khối lượng – Thể tích Nồng độ cuối TSB 30g 3% Agar 4g 0.4% Môi trường Luria-Bertani (LB) 1.5% Agar (1000ml) chỉnh pH =7 Hóa chất Khối lượng – Thể tích Nồng độ cuối Pepton 10g 1% Cao nấm men 5g 0.5% NaCl 5g 0.5% Agar 15g 1.5% SM buffer (50ml) Hóa chất Khối lượng – Thể tích Nồng độ cuối NaCl 0.29 g 100 mM MgSO4.7H2O 0.1 g mM Tris.HCl 1M (pH = 7.5) 2.5 mL 50 mM Gelatin 2% 0.25 mL 0.002% Thiết bị dụng cụ 2.1 Thiết bị STT Tên Ký hiệu STT Tên Cân điện tử Sartorius Microway Máy lắc ổn nhiệt Máy ly tâm Nồi hấp tiệt trùng Lị vi sóng Tủ cấy vơ trùng Jisico HIRAYAMA HV85 Huy Hồng 10 Máy lắc vòng Ký hiệu SHARP 800WATT 75 Tủ lạnh Nồi hấp tiệt trùng SANYO HIRAYAMA HV85 11 Máy vortex 12 Tủ sấy MULTI – MB45 2.2 Dụng cụ STT Danh mục Ống nghiệm Cốc thủy tinh Bình erlen Giá đỡ ống nghiệm STT Danh mục Ống Falcon 15ml Đĩa petri phi 60 Đèn cồn Eppendoft 1.5ml 76 LÝ LỊCH TRÍCH NGANG Họ tên: Phan Đình Hải Ngày, tháng, năm sinh: 27/04/1994 Nơi sinh: Đồng Nai Địa liên lạc: 373/59, Tổ 15, KP4, Phường Long Bình, TP Biên Hịa, Tỉnh Đồng Nai Q TRÌNH ĐÀO TẠO Thời gian 2012 - 2016 2020 - 2022 Cơ sở đào tạo Trường Đại học Khoa Học Tự Nhiên TPHCM Trường Đại học Bách Khoa TPHCM Ngành đào tạo Hình thức đào tạo Văn Cơng nghệ sinh học Chính quy Cử nhân Cơng nghệ sinh học Chính quy Thạc sĩ Q TRÌNH CƠNG TÁC Thời gian Nơi cơng tác Chức vụ 2016 – 2020 Công Ty Cổ Phần Chăn Nuôi CP Việt Nam Nhân viên 2020 đến Công Ty TNHH Nestle Việt Nam Nhân viên