Đặc điểm hình thái, phân tử và đặc tính xâm nhiễm, sinh học của tác nhân gây bệnh đốm lá nha đam tại Ninh Thuận.pdf

ĐẠI HOC NGUYỄN TÁT THÀNH NGUYEN TAT THANH THỤC HỌC - THỤC HÀNH - THỤC DANH - THỤC NGHIỆP KHOA CƠNG NGHỆ SINH HỌC KHĨA LUẬN TĨT NGHIỆP ĐẶC ĐIẾM HÌNH THÁI, PHÂN TỬ VÀ ĐẶC TÍNH XÂM NHIỄM, SINH HỌC CỦA TÁC NHÂN GÂY BỆNH ĐÓM LÁ NHA DAM TẠI NINH THUẬN Sinh viên thực : Đoàn cẫm Tiên MSSV : GVHD : TS Thân Văn Thái 1511536327 ThS Nguyễn Thị Nhà TP HỊ CHÍ MINH, 2019 ĐẠI HOC NGUYỄN TÁT THÀNH NGUYEN TAT THANH THỤC HỌC - THỤC HÀNH - THỤC DANH - THỤC NGHIỆP KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC KHĨA LUẬN TĨT NGHIỆP ĐẶC ĐIẾM HÌNH THÁI, PHÂN TỬ VÀ ĐẶC TÍNH XÂM NHIỄM, SINH HỌC CỦA TÁC NHÂN GÂY BỆNH ĐÓM LÁ NHA DAM TẠI NINH THUẬN Sinh viên thực : Đoàn cầm Tiên Mã sổ sinh viên : 1511536327 Chuyên ngành : Công nghệ Sinh học Giảng viên hướng dẫn : TS Thân Văn Thái ThS Nguyễn Thị Nhã TP HỒ CHÍ MINH, 2019 TRƯỜNG ĐẠI HỌC NGUYỀN TÁT THÀNH KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC CỘNG HÒA XÀ HÒI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc Lập - Tự Do - Hạnh Phúc - -oOo - NHIỆM VỤ KHÓA LUẬN TÓT NGHIỆP Họ tên: Đồn cầm Tiên MSSV: 1511536327 Chun ngành: Cơng nghệ sinh học Lớp: 15DSH1A Đầu đề khóa luận: Đặc điểm hình thái, phân tử đặc tính xâm nhiễm, sinh học tác nhân gây bệnh đốm nha đam Ninh Thuận Mục tiêu - Định danh tác nhân gây bệnh đốm nha đam - Nghiên cứu đặc tính sinh học, đường xâm nhiễm lan truyền tác nhân gây bệnh đốm nha đam Nội dung: - Xác định đặc điếm hình thái, đặc điểm ni cấy tác nhân gây bệnh đốm nha dam Ninh Thuận - Xác định đường xâm nhiễm, lan truyền tác nhân gây bệnh đốm thông qua lây nhiễm nhân tạo - Định danh phân tử tác nhân gây bệnh đốm nha dam - Khảo sát ảnh hưởng cùa nhiệt độ, ánh sáng lên sinh trưởng phát trien tác nhân gây bệnh đốm nha dam Thời gian thực hiện: tháng 02/2019 đến tháng 8/2019 Người hướng dẫn chính: TS Thân Văn Thái Người hướng dần phụ: ThS Nguyền Thị Nhã Nội dung yêu cầu KLTN thông qua Bộ môn TP HCM, ngày thảng năm20 Bộ MÔN (Ký ghi rõ họ tên) CÁN Bộ HƯỚNG DẲN (Ký ghi rõ họ tên) LỜI CẢM ƠN Đe hồn thành tốt khóa luận tốt nghiệp Đại học này, Tôi xin chân thành gửi lời cảm on đến: Ban giám hiệu, Ban chù nhiệm Khoa, Quý thầy cô khoa Công nghệ Sinh học, Trường Đại Học Nguyền Tất Thành tạo điều kiện, nhiệt tình giảng dạy truyền đạt kiến thức chun mơn cho tơi suốt q trình học tập trường Thầy Thân Văn Thái cô Nguyền Thị Nhà, khoa Công nghệ Sinh học, Trường Đại Học Nguyền Tất Thành tạo điều kiện tốt hồ trợ tơi suốt q trình thực tập nghiên cứu, hồn thành tốt đề tài Các bạn sinh viên phịng thí nghiệm Sinh học Phân tử khoa Công nghệ Sinh học, Trường Đại Học Nguyền Tất Thành phối hợp, động viên tơi hồn thành tốt đề tài Anh Son Thành phố Phan Rang - Tháp Chàm, tỉnh Ninh Thuận tạo điều kiện cho tơi hồn thành nghiên cứu Xin cảm ơn gia đình bạn bè động viên, khuyến khích, hồ trợ cho tơi suốt trình học tập thực đề tài Đồn Cầm Tiên Khoa Cơng nghệ Sinh học Trường Đại Học Nguyễn Tất Thành MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN i MỤC LỤC iỉ TÓM TẮT V SUMMARY vi DANH MỤC HÌNH ẢNH vii DANH MỤC BẢNG BIẾU viii DANH MỤC CHŨ VIẾT TẮT ix ĐẶT VẤN ĐỀ X CHƯƠNG TÓNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Tình hình sản xuất nha đam Thế giới Việt Nam 1.1.1 Tình hình sản xuất sử dụng nha đam Thế giới 1.1.2 Thực trạng trồng che biến nha đam Việt Nam 1.2 Bệnh hại nha đam 1.3 Bệnh đốm nha đam .6 1.4 Xác định tác nhân gây bệnh thông qua đặc điếm hình thái 1.5 Xác định tác nhân gây bệnh thông qua đặc điểm phân tử 1.5.1 Phản ứng PCR 1.5.2 Mồi - Primer .8 1.5.3 Vùng trình tự ITS .8 1.5.4 Điện di 1.6 Nghiên cứu yếu tố ảnh hưởng đen quy luật phát sinh, phát triển bệnh hại CHƯƠNG NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN cứu 11 2.1 Nơi thực 11 2.2 Nội dung nghiên cứu 11 ii 2.3 Phương pháp nghiên cứu 11 2.3.1 Xác định đặc điểm hình thái, đặc điểm nuôi cấy tác nhân gây bệnh đốm nha đam Ninh Thuận 11 2.3.2 Xác định đường xâm nhiễm, lan truyền tác nhân gây bệnh đốm thông qua lây nhiễm nhân tạo 14 2.3.3 Xác định tác nhân gây bệnh phương pháp định danh phân tử 15 2.4 Khảo sát ảnh hưởng nhiệt độ, ánh sáng lên sinh trưởng phát triến tác nhân gây bệnh 19 2.4.1 Khảo sát ảnh hưởng nhiệt độ lên sinh trưởng phát triên tác nhân gây bệnh .19 2.4.2 Khảo sát ảnh hưởng ánh sáng lên sinh trưởng phát triển tác nhân gây bệnh 19 CHƯƠNG KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN .21 3.1 Xác định đặc điểm hình thái, đặc điếm ni cấy tác nhân gây bệnh đốm nha đam Ninh Thuận 21 3.1.1 Triệu chứng bệnh 21 3.1.2 Phân lập làm tác nhân gây bệnh 23 3.1.3 Quan sát mầu kính hiển vi 25 3.2 Xác định đường lây nhiễm thông qua lây nhiễm, lan truyền tác nhân gây bệnh đốm thông qua lây nhiễm nhân tạo 26 3.3 Xác định tác nhân gây bệnh phương pháp định danh phân tử 29 3.3.1 PCR vùng trình tự ITS 18S rRNA 29 3.3.2 Giải trình tự sản phẩm PCR 30 3.3.3 BLAST trình tự chủng nấm phân lập 31 3.3.4 Xây dựng phát sinh loài 31 3.4 Khảo sát ảnh hưởng nhiệt độ, ánh sáng lên sinh trưởng phát triến nấm Alternaria sp 34 iii 3.4.1 Khảo sát ảnh hưởng nhiệt độ lên sinh trưởng phát triển nấm Alternaria sp 34 3.4.2 Khảo sát ảnh hưởng ánh sáng lên sinh trưởng phát triển nấm Alternaria sp 37 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 40 TÀI LIỆU THAM KHẢO 41 PHỤ LỤC 43 IV TÓM TẤT Đe tài: “Đặc điểm hình thái, phân tử đặc tính xâm nhiễm, sinh học tác nhân gây bệnh đốm nha đam Ninh Thuận.” thực từ tháng 2/2019 đến 8/2019 Phòng Sinh học Phân tử Thực vật, Khoa Công nghệ Sinh học với mục tiêu định danh tác nhân gây bệnh đốm nha đam xác định đường xâm nhiễm lan truyền tác nhân gây bệnh Đe tài có bốn nội dung: Xác định đặc điểm hình thái, đặc điểm nuôi cấy tác nhân gây bệnh đốm nha dam Ninh Thuận; Xác định đường xâm nhiễm, lan truyền cùa tác nhân gây bệnh thông qua lây nhiễm nhân tạo; Định danh phân tử tác nhân gây bệnh khảo sát ảnh hưởng nhiệt độ, ánh sáng lên sinh trưởng phát triển tác nhân gây bệnh Những kết đạt sau tháng nghiên cứu: Phân lập tác nhân gây bệnh đốm mơi trường PDA nhiệt độ phịng ngày, sợi nấm có màu xám đen, tơ phồng xốp Bào tử nấm có màu nâu sáng, có vách ngăn, phân nhánh Điều kiện tiên đe có phát triển bệnh bào tử bám vào nha dam Sau tái phân lập sợi nấm môi trường PDA giống với sợi nấm phân lập làm Đặc điểm di truyền dựa trình tự gen 18S rRNA cho thấy chủng nấm Alternaria sp nghiên cứu phân bố nhóm với chủng nấm Alternaria alternata phân lập từ nhiều nước khác giới Trung Quốc, Án Độ, Pakistan Ba Lan Ngưỡng nhiệt độ thích hợp cho sợi nấm sinh trưởng phát trien tốt 25 - 35 °C 40 °C sợi nấm bị ức chế số sáng ảnh hưởng không rõ ràng đến sinh trưởng phát triển tác nhân gây bệnh V SUMMARY Thesis title “Identification of the morphological, molecular, infection and biology of the pathogen causes leaf spot diseases on Aloe vera in Ninh Thuan province” was performed in - 8/2019 in Plant molecular biology laboratory, Faculty of Biotechnology with the intent to identify the pathogen causes leaf spot diseases on Aloe vera, as well as the infection and spread pathway of this pathogen The project has four contents: Detennination of morphological, culture charaterization of the pathogen caused by leaf spot diseases on Aloe vera in Ninh Thuan; Determination the path of infection, spread of the pathogens through artificial infection; Molecular identification of the pathogen and the thermal investigation of temperature and light on the growth and development of the pathogen Results achieved: Isolation of the pathogen causes leaf spot disease on Potato Dextrose Agar medium at room temperature for days, mycelia is dark gray, spongy silk Fungal spores are light brown, bulge, and branches Prerequisite for the development of disease is spores clinging to Aloe vera leaves After isolation of hyphae on PDA medium similar to hyphae that was isolated and purified Genetic characterzation based on the sequence of 18S rRNA gene indicated that Alternaria sp were clustered into the group of Alternaria alternata strains isolated from different countries in the world such as China, India, Pakistan, and Poland Suitable temperature threshold for hyphae growth showed the best condition at 25 - 35 °C, but was attenuated at 40 °C The intensity of light does not clearly affect the growth of the Alternaria sp vi DANH MỤC HÌNH ẢNH Hình 1.1 Vùng trình tự ITS rRNA1Q Hình 3.1 Triệu chứng bệnh đốm nha đam trênđồng ruộng Ninh Thuận 22 Hình 3.2 Ba mầu thu vùng Văn Hải 22 Hình 3.3 Ba mầu thu vùng Mỹ Hải 23 Hình 3.4 Ba mầu thu vùng Mỹ Bình 23 Hình 3.5 Hình thái nấm mơi trường PDA 24 Hình 3.6 Kết soi nấm kính hiển vi 25 Hình 3.7 Lây nhiễm tác nhân gây bệnh 27 Hình 3.8 Hình thái bào tử nấm sau tái phânlập 28 Hình 3.9 Kết điện di sản phẩm PCR 30 Hình 3.10 Kết đọc trình file phần mem BioEdit 30 Hình 3.11 Kết BLAST chủng phân lập ngân hàng gen 31 Hình 3.12 Cây phát sinh loài chủng nấm Alternaria sp 33 Hình 3.13 Sự phát triển Alternaria sp từ 18 - 40 °C 36 Hình 3.14 Sự phát trien nấm Alternaria sp điều kiện ánh sáng 38 vii ... luận: Đặc điểm hình thái, phân tử đặc tính xâm nhiễm, sinh học tác nhân gây bệnh đốm nha đam Ninh Thuận Mục tiêu - Định danh tác nhân gây bệnh đốm nha đam - Nghiên cứu đặc tính sinh học, đường xâm. .. truyền tác nhân gây bệnh đốm nha đam Nội dung: - Xác định đặc điếm hình thái, đặc điểm ni cấy tác nhân gây bệnh đốm nha dam Ninh Thuận - Xác định đường xâm nhiễm, lan truyền tác nhân gây bệnh đốm. .. tài: ? ?Đặc điểm hình thái, phân tử đặc tính xâm nhiễm, sinh học tác nhân gây bệnh đốm nha đam Ninh Thuận.” thực từ tháng 2/2019 đến 8/2019 Phòng Sinh học Phân tử Thực vật, Khoa Công nghệ Sinh học