Hướng dẫn tham khảo phần mềm dành cho MiSeqDx - ILLUMINA

Local Run Manager v3 Hướng dẫn tham khảo phần mềm dành cho MiSeqDx QUYỀN SỞ HỮU CỦA ILLUMINA Tài liệu số 200003931 v00 VIE Tháng 11 năm 2021 DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM Hướng dẫn tham khảo phần mềm Local Run Manager (Trình quản lý lần chạy cục bộ) v3 dành cho MiSeqDx Tài liệu nội dung thuộc quyền sở hữu Illumina, Inc công ty liên kết Illumina, Inc ("Illumina") dành cho việc sử dụng theo hợp đồng với khách hàng Illumina liên quan đến việc sử dụng (các) sản phẩm mô tả tài liệu khơng dành cho mục đích khác Tài liệu nội dung khơng sử dụng hay phân phối mục đích khác và/hoặc khơng truyền tải, tiết lộ hay chép hình thức khác mà khơng có cho phép trước văn Illumina Illumina không chuyển nhượng giấy phép theo sáng chế, nhãn hiệu, quyền quyền theo thông luật quyền tương tự bên thứ ba thông qua tài liệu Các hướng dẫn nêu tài liệu phải tuân thủ nghiêm ngặt rõ ràng cá nhân đào tạo phù hợp có đủ trình độ nhằm đảm bảo sử dụng an tồn cách (các) sản phẩm mơ tả tài liệu Phải đọc hiểu hoàn toàn tất nội dung tài liệu trước sử dụng (các) sản phẩm VIỆC KHƠNG ĐỌC TOÀN BỘ VÀ TUÂN THỦ RÕ RÀNG TẤT CẢ CÁC HƯỚNG DẪN NÊU TRONG TÀI LIỆU NÀY CÓ THỂ DẪN ĐẾN GÂY HƯ HỎNG (CÁC) SẢN PHẨM, GÂY TỔN THƯƠNG CHO CON NGƯỜI, BAO GỒM NGƯỜI DÙNG HOẶC NHỮNG NGƯỜI KHÁC VÀ GÂY THIỆT HẠI TÀI SẢN KHÁC, VÀ SẼ LÀM MẤT HIỆU LỰC BẢO HÀNH ÁP DỤNG CHO (CÁC) SẢN PHẨM ĐĨ ILLUMINA KHƠNG CHỊU BẤT KỲ TRÁCH NHIỆM NÀO PHÁT SINH TỪ VIỆC SỬ DỤNG KHÔNG ĐÚNG CÁCH (CÁC) SẢN PHẨM ĐƯỢC MÔ TẢ TRONG TÀI LIỆU NÀY (BAO GỒM CẢ CÁC BỘ PHẬN CỦA SẢN PHẨM HOẶC PHẦN MỀM) © 2021 Illumina, Inc Bảo lưu quyền Tất nhãn hiệu tài sản Illumina, Inc chủ sở hữu tương ứng Để biết thông tin cụ thể nhãn hiệu, truy cập www.illumina.com/company/legal.html Tài liệu số 200003931 v00 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM ii Hướng dẫn tham khảo phần mềm Local Run Manager (Trình quản lý lần chạy cục bộ) v3 dành cho MiSeqDx Lịch sử sửa đổi Tài liệu Tài liệu số 200003931 v00 Tài liệu số 200003931 v00 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM Ngày Tháng 11 năm 2021 Mô tả thay đổi Phát hành lần đầu iii Hướng dẫn tham khảo phần mềm Local Run Manager (Trình quản lý lần chạy cục bộ) v3 dành cho MiSeqDx Mục lục Tổng quan Local Run Manager Cách xem Local Run Manager Giải trình tự q trình phân tích Mật người dùng 1 Tổng quan trang tổng quan Trang Active Runs (Các lần chạy hoạt động) Chỉnh sửa lần chạy Dừng phân tích Xếp lại hàng đợi phân tích Các chế độ cài đặt quản trị tác vụ Quản lý tài khoản Nhật ký hoạt động Các chế độ cài đặt mô-đun Các chế độ cài đặt hệ thống Tổng quan quy trình làm việc Quy trình cơng việc Local Run Manager Tổng quan việc thiết lập thông số Xem liệu lần chạy mẫu Những trạng thái mà lần chạy có Hỗ trợ kỹ thuật Tài liệu số 200003931 v00 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM 6 8 11 13 13 17 17 17 18 21 23 iv Hướng dẫn tham khảo phần mềm Local Run Manager (Trình quản lý lần chạy cục bộ) v3 dành cho MiSeqDx Tổng quan Local Run Manager Phần mềm Local Run Manager giải pháp tích hợp thiết bị, phục vụ mục đích ghi lại mẫu cho lần chạy, định thông số lần chạy, giám sát trạng thái, phân tích liệu giải trình tự xem kết Chỉ dẫn Local Run Manager tờ hướng dẫn áp dụng thiết bị chế độ chẩn đốn Thơng tin chi tiết liệt kê mục đề cập đến chức chung Local Run Manager Khơng phải tính áp dụng với mơ-đun phân tích Để biết tính cụ thể áp dụng với mô-đun, xem tờ hướng dẫn Local Run Manager tương ứng Local Run Manager có tính sau: • Chạy máy tính thiết bị tích hợp với phần mềm điều khiển thiết bị • Ghi lại mẫu cần giải trình tự • Cung cấp giao diện thiết lập lần chạy dành riêng cho mơ-đun phân tích • Tự động phân tích liệu thiết bị sau lần chạy giải trình tự hồn tất • Thực loạt bước phân tích dành riêng cho mơ-đun phân tích chọn • Hiển thị số liệu phân tích sau phân tích xong Cách xem Local Run Manager Bạn xem giao diện Local Run Manager thơng qua trình duyệt web Trình duyệt web hỗ trợ Chromium phiên 84.0.4147.89 hệ điều hành Windows 10 Hãy kết nối phương thức sau: • Mở trình duyệt web máy tính có quyền truy cập vào mạng với thiết bị kết nối tên thiết bị Ví dụ: https://thietbicuatoi • Để xem giao diện Local Run Manager hình thiết bị, mở trình duyệt web nhập https://localhost vào địa Giải trình tự q trình phân tích Các tài ngun điện tốn MiSeqDx dành riêng cho trình giải trình tự phân tích Nếu bạn bắt đầu lần chạy giải trình tự MiSeqDx q trình phân tích phụ lần chạy trước chưa hồn tất, hộp thoại xác nhận xuất Sau xác nhận bạn muốn bắt đầu lần chạy giải trình tự mới, Local Run Manager dừng trình phân tích phụ lần chạy trước lần chạy giải trình tự xong Sau lần chạy giải trình tự xong, trình phân tích phụ lần chạy trước tự động bắt đầu lại từ đầu Tài liệu số 200003931 v00 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM Hướng dẫn tham khảo phần mềm Local Run Manager (Trình quản lý lần chạy cục bộ) v3 dành cho MiSeqDx Mật người dùng Tùy chọn quản lý tài khoản yêu cầu xác minh mật để sử dụng Local Run Manager bật theo mặc định Bạn cần có tên người dùng mật hợp lệ để đăng nhập vào hệ thống truy cập giao diện Local Run Manager Chỉ người dùng có vai trị Quản trị viên định thơng tin đăng nhập người dùng Để biết thêm thông tin chế độ quản lý tài khoản vai trò, xem mục Quản lý tài khoản trang LƯU Ý Tài khoản người dùng dành riêng cho thiết bị Bạn dùng chung mật người dùng nhiều thiết bị Khi mật gần đến ngày hết hạn, thông báo xuất đầu giao diện, nhắc bạn đặt lại mật Tài khoản tơi Bạn đặt lại mật lúc thông qua cửa sổ My Account (Tài khoản tôi) Trên cửa sổ My Account (Tài khoản tơi), bạn xem tên người dùng, vai trò bạn định quyền bạn Bạn thiết lập câu hỏi bảo mật để lấy lại quyền truy cập vào tài khoản trường hợp bị khóa quyền truy cập vào Illumina Để thay đổi mật khẩu, bạn phải biết mật Nếu quên mật khẩu, bạn trả lời câu hỏi bảo mật gắn liền với tài khoản bạn Nếu bạn khơng thể trả lời xác câu hỏi bảo mật, Quản trị viên định mật tạm thời để bạn cập nhật mật Trạng thái mật Dưới trạng thái mà mật có: • Temporary password (Mật tạm thời): Khi tạo tài khoản người dùng, Quản trị viên định mật tạm thời cho người dùng • User password (Mật người dùng): Ở lần truy cập đầu tiên, hình đăng nhập, người dùng nhắc đổi mật tạm thời sang mật người dùng định Người dùng phải thiết lập câu hỏi bảo mật Các câu hỏi bảo mật sử dụng nhằm đảm bảo người dùng người yêu cầu quyền truy cập vào tài khoản • Forgotten password (Mật quên): Nếu người dùng quên mật khẩu, Quản trị viên định lại mật tạm thời người dùng thay đổi mật lần truy cập • Used password (Mật sử dụng): Người dùng sử dụng lại mật tối đa năm chu kỳ đổi mật • User lockout (Khóa người dùng): Quản trị viên thay đổi số lần tối đa người dùng đăng nhập mật không hợp lệ Giá trị mặc định năm Nếu số lần đăng nhập vượt số lượng cho phép, tài khoản bị khóa Quản trị viên mở khóa tài khoản định mật tạm thời Tài liệu số 200003931 v00 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM Hướng dẫn tham khảo phần mềm Local Run Manager (Trình quản lý lần chạy cục bộ) v3 dành cho MiSeqDx Đặt lại mật bạn Từ điều hướng, chọn biểu tượng User (Người dùng) bên cạnh tên bạn Từ danh sách thả xuống, chọn My Account (Tài khoản tôi) LƯU Ý Tùy thuộc vào kích thước hình bạn dùng để xem phần mềm, mục My Account (Tài khoản tôi) menu nằm phần More Options (Tùy chọn khác) Trong mục Password (Mật khẩu), chọn Reset (Đặt lại) Trong trường Old Password (Mật cũ), nhập mật cũ bạn Trong trường Password (Mật khẩu), nhập mật Trong trường Confirm Password (Xác nhận mật khẩu), nhập lại mật Chọn Reset Password (Đặt lại mật khẩu) Thiết lập câu hỏi bảo mật Khi đăng nhập vào Local Run Manager lần đầu tiên, người dùng cần thiết lập câu hỏi bảo mật Nếu quên mật khẩu, người dùng trả lời câu hỏi bảo mật gắn liền với tài khoản để mở khóa tài khoản Quá trình thiết lập câu hỏi bảo mật cho tài khoản sau Từ menu thả xuống Question (Câu hỏi) đầu tiên, chọn câu hỏi bảo mật Bạn tự nhập câu hỏi riêng cách chọn Create my own question (Tạo câu hỏi riêng) nhập câu hỏi riêng bạn Nhập câu trả lời vào trường Answer (Câu trả lời) Câu trả lời không phân biệt chữ hoa chữ thường Lặp lại bước cho trường câu hỏi câu trả lời lại Chọn Update Security Questions (Cập nhật câu hỏi bảo mật) để lưu thông tin bảo mật vào tài khoản bạn Bạn thay đổi thơng tin câu hỏi bảo mật sau Cách thực hiện: truy cập vào menu My Account (Tài khoản tôi) chọn Reset (Đặt lại) mục Security Questions (Các câu hỏi bảo mật) Tài liệu số 200003931 v00 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM Hướng dẫn tham khảo phần mềm Local Run Manager (Trình quản lý lần chạy cục bộ) v3 dành cho MiSeqDx Tổng quan trang tổng quan Sau bạn đăng nhập vào phần mềm Local Run Manager, trang tổng quan mở Từ trang tổng quan, bạn thực tác vụ sau: • Theo dõi trạng thái giải trình tự phân tích • Sắp xếp lọc lần chạy • Tạo chỉnh sửa lần chạy • Dừng xếp lại hàng đợi phân tích • Xem trạng thái phân tích • Ẩn lần chạy Trang tổng quan liệt kê tất lần chạy thực thiết bị, trang liệt kê 10 lần chạy Sử dụng mũi tên điều hướng cuối danh sách để cuộn qua trang Mỗi lần chạy liệt kê bao gồm tên lần chạy, mô-đun phân tích, trạng thái lần chạy ngày gần mà lần chạy sửa đổi Để xếp lần chạy, chọn tên cột • Run Name/ID (Tên/ID lần chạy): Liệt kê tên lần chạy định liên kết đến trang kết lần chạy • Module (Mơ-đun): Liệt kê mơ-đun phân tích định cho lần chạy • Status (Trạng thái): Liệt kê trạng thái lần chạy bao gồm trạng thái tiến độ Để biết thêm thông tin, xem mục Những trạng thái mà lần chạy có trang 21 • Last Modified (Lần sửa đổi gần nhất): Liệt kê ngày gần mà lần chạy phiên phân tích sửa đổi Theo mặc định, trang Active Runs (Các lần chạy hoạt động) xếp theo cột Trang Active Runs (Các lần chạy hoạt động) Trang tổng quan mở hiển thị trang Active Runs (Các lần chạy hoạt động) Ở phần đầu trang Active Runs (Các lần chạy hoạt động), tóm tắt lần chạy hoạt động cho biết số lần chạy danh mục trạng thái lần chạy Để lọc lần chạy hoạt động theo trạng thái, chọn số • Ready (Sẵn sàng): Cho biết lần chạy sẵn sàng giải trình tự • In Progress (Đang tiến hành): Cho biết lần chạy trình giải trình tự phân tích liệu • Stopped or Unsuccessful (Đã dừng không thành công): Cho biết q trình phân tích bị dừng theo cách thủ cơng khơng thành cơng • Complete (Hồn tất): Cho biết q trình phân tích hồn tất thành cơng Tài liệu số 200003931 v00 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM Hướng dẫn tham khảo phần mềm Local Run Manager (Trình quản lý lần chạy cục bộ) v3 dành cho MiSeqDx • Total (Tổng): Tổng số lần chạy trang Active Runs (Các lần chạy hoạt động) Lọc lần chạy • Chọn danh mục trạng thái lần chạy tóm tắt lần chạy hoạt động để lọc trang Active Runs (Các lần chạy hoạt động) sau • Ready (Sẵn sàng): Lọc danh sách để hiển thị lần chạy sẵn sàng giải trình tự • In Progress (Đang tiến hành): Lọc danh sách để hiển thị lần chạy tiến hành • Stopped or Unsuccessful (Đã dừng không thành công): Lọc danh sách để hiển thị lần chạy dừng không thành cơng • Complete (Hồn tất): Lọc danh sách để hiển thị lần chạy hồn tất • Total (Tổng): Xóa lọc hiển thị tất lần chạy hoạt động Ẩn khôi phục lần chạy Từ trang Active Runs (Các lần chạy hoạt động), chọn Actions (Hành động) bên cạnh tên lần chạy bạn muốn ẩn Chọn Hide (Ẩn) Khi nhắc xác nhận hành động, chọn Hide (Ẩn) Lần chạy chuyển đến trang Hidden Runs (Các lần chạy bị ẩn) Để mở trang Hidden Runs (Các lần chạy bị ẩn), chọn mũi tên thả xuống Active Runs (Các lần chạy hoạt động) chọn Hidden Runs (Các lần chạy bị ẩn) Để đưa lần chạy trở lại trang Active Runs (Các lần chạy hoạt động), chọn Actions (Hành động) bên cạnh tên lần chạy bạn muốn khôi phục Chọn Restore (Khôi phục) Khi nhắc xác nhận hành động, chọn Restore (Khôi phục) Để mở trang Active Runs (Các lần chạy hoạt động), chọn mũi tên thả xuống Hidden Runs (Các lần chạy bị ẩn) chọn Active Runs (Các lần chạy hoạt động) Tìm kiếm lần chạy mẫu Từ điều hướng, chọn biểu tượng Search (Tìm kiếm) LƯU Ý Tùy thuộc vào kích thước hình bạn dùng để xem phần mềm, mục Search (Tìm kiếm) menu nằm phần More Options (Tùy chọn khác) Trong trường tìm kiếm, nhập tên lần chạy ID mẫu Trong lúc bạn nhập, danh sách kết phù hợp xuất hiện, giúp bạn tìm kiếm dễ dàng Tài liệu số 200003931 v00 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM Hướng dẫn tham khảo phần mềm Local Run Manager (Trình quản lý lần chạy cục bộ) v3 dành cho MiSeqDx Chọn kết phù hợp từ danh sách nhấn Enter • Nếu bạn tìm kiếm tên lần chạy, tab Run Overview (Tổng quan lần chạy) mở • Nếu bạn tìm kiếm ID mẫu, tab Samples and Results (Mẫu kết quả) mở Để biết thêm thông tin, xem mục Xem liệu lần chạy mẫu trang 18 Chỉnh sửa lần chạy Từ trang Active Runs (Các lần chạy hoạt động), chọn Actions (Hành động) bên cạnh tên lần chạy bạn muốn chỉnh sửa Chọn Edit (Chỉnh sửa) Khi nhắc xác nhận hành động, chọn Continue (Tiếp tục) Chỉnh sửa thông số lần chạy theo nhu cầu Khi xong, chọn Save Run (Lưu lần chạy) Ngày Last Modified (Lần sửa đổi gần nhất) lần chạy cập nhật trang Active Runs (Các lần chạy hoạt động) Dừng phân tích Từ trang Active Runs (Các lần chạy hoạt động), chọn Actions (Hành động) bên cạnh tên lần chạy bạn muốn dừng Chọn Stop Analysis (Dừng phân tích) Lệnh Stop Analysis (Dừng phân tích) xuất cho lần chạy trạng thái Analysis Queue (Đã đưa q trình phân tích vào hàng đợi) Analysis Running (Đang chạy trình phân tích) Khi nhắc xác nhận, chọn Stop Analysis (Dừng phân tích) Xếp lại hàng đợi phân tích Bạn xếp lại hàng đợi phân tích q trình phân tích bị ngừng lại, khơng thành cơng bạn muốn phân tích lại lần chạy chế độ cài đặt khác Bạn xếp lại hàng đợi phân tích từ trang tổng quan Local Run Manager từ tab Sample and Results (Mẫu kết quả) Nếu bạn nhận thông báo “Run Folder Not Found” (Khơng tìm thấy thư mục lần chạy) xếp lại hàng đợi, chuyển chép lần chạy lại thư mục D:\Illumina\MiSeqAnalysis Tài liệu số 200003931 v00 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM Hướng dẫn tham khảo phần mềm Local Run Manager (Trình quản lý lần chạy cục bộ) v3 dành cho MiSeqDx Trong danh sách thả xuống Active Users (Người dùng hoạt động), tìm tên người dùng bạn vừa khôi phục nhấp vào Edit (Chỉnh sửa) Trong hộp thoại Edit User (Chỉnh sửa người dùng), trường Password (Mật khẩu), nhập mật tạm thời Trong trường Confirm Password (Xác nhận mật khẩu), nhập lại mật tạm thời Chọn Update User (Cập nhật người dùng) Thay đổi quyền người dùng Từ điều hướng trang tổng quan, chọn danh sách thả xuống Tools (Công cụ) chọn Account Management (Quản lý tài khoản) Tìm tên người dùng bạn muốn chỉnh sửa quyền chọn Edit (Chỉnh sửa) Để thay đổi vai trò, chuyển vai trò cách chọn Admin (Quản trị viên) User (Người dùng) Chọn quyền người dùng dựa vai trò người dùng định Chọn Update User (Cập nhật người dùng) Nhật ký hoạt động Nhật ký hoạt động ghi lại thông tin hành động cụ thể, chẳng hạn hoạt động truy cập người dùng, thay đổi hồ sơ người dùng thay đổi thông số hệ thống, lần chạy q trình phân tích Mỗi mục nhật ký hoạt động bao gồm thơng tin sau: • When (Thời điểm): trình bày theo ngày định dạng YYYY-MM-DD định dạng 24 • Who (Người thực hiện): tên người dùng khởi tạo hành động • What (Hành động): nội dung mô tả ngắn, thiết lập trước hành động người dùng thực • Affected Item (Mục chịu ảnh hưởng): trình bày theo bốn danh mục mục chịu ảnh hưởng, gồm User (Người dùng), Run (Lần chạy), Analysis (Q trình phân tích) System (Hệ thống) • Nếu bạn muốn xếp danh sách nhật ký hoạt động, chọn tiêu đề cột để xếp theo thứ tự tăng dần giảm dần Chỉ Quản trị viên xem trang Audit Trails (Nhật ký hoạt động) Lọc liệu nhật ký hoạt động Từ điều hướng trang tổng quan, chọn danh sách thả xuống Tools (Công cụ) chọn Audit Trails (Nhật ký hoạt động) Chọn Filter (Lọc) Bạn áp dụng lọc cho kết lọc trước để lọc danh sách kỹ Để áp dụng lọc cho toàn sở liệu nhật ký hoạt động, xóa lọc trước tiến hành Tài liệu số 200003931 v00 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM 11 Hướng dẫn tham khảo phần mềm Local Run Manager (Trình quản lý lần chạy cục bộ) v3 dành cho MiSeqDx Lọc theo ngày Trong trường From (Ngày bắt đầu), nhập ngày (ở định dạng yyyy-mm-dd) để định ngày bắt đầu cho kết lọc Hoặc, bạn chọn biểu tượng Calendar (Lịch) chọn ngày From (Ngày bắt đầu) Trong trường To (Ngày kết thúc), nhập ngày (ở định dạng yyyy-mm-dd) để định ngày kết thúc cho kết lọc Hoặc, bạn chọn biểu tượng Calendar (Lịch) chọn ngày To (Ngày kết thúc) Chọn Filter (Lọc) Lọc theo tên người dùng Trong trường Who (Người thực hiện), nhập tên người dùng Bạn nhập phần tên người dùng Không cần nhập dấu (*) Chọn Filter (Lọc) Lọc theo hành động Trong trường What (Hành động), nhập nội dung mô tả hành động Bạn nhập phần nội dung mô tả hành động Không cần nhập dấu (*) Chọn Filter (Lọc) Lọc theo nội dung mô tả mục chịu ảnh hưởng Trong trường văn Affected Item (Mục chịu ảnh hưởng), nhập phần nội dung mô tả mục chịu ảnh hưởng Ví dụ: nội dung mơ tả tên lần chạy, tên người dùng, tên mơ-đun phân tích tên báo cáo Bạn nhập phần nội dung mô tả Không cần nhập dấu (*) Chọn Filter (Lọc) Lọc theo danh mục mục chịu ảnh hưởng Để lọc theo danh mục mục chịu ảnh hưởng, chọn biểu tượng Affected Item (Mục chịu ảnh hưởng) chọn tùy chọn sau: • Analysis (Q trình phân tích): Lọc danh sách để hiển thị thay đổi thơng số phân tích trạng thái phân tích • Run (Lần chạy): Lọc danh sách để hiển thị thay đổi thông số lần chạy trạng thái lần chạy • System (Hệ thống): Lọc danh sách để hiển thị hành động cấp độ hệ thống, chẳng hạn tải tệp lên, bảo trì hệ thống cài đặt bảo mật Tài liệu số 200003931 v00 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM 12 Hướng dẫn tham khảo phần mềm Local Run Manager (Trình quản lý lần chạy cục bộ) v3 dành cho MiSeqDx • User (Người dùng): Lọc danh sách để hiển thị hành động người dùng hành động xác thực người dùng Chọn Filter (Lọc) Xuất liệu nhật ký hoạt động Từ điều hướng trang tổng quan, chọn menu Tools (Công cụ) chọn Audit Trails (Nhật ký hoạt động) Chọn Filter (Bộ lọc) Áp dụng lọc bạn muốn Chọn Export (Xuất) Phần mềm tạo báo cáo định dạng tệp PDF Báo cáo gồm tên người dùng, ngày xuất thông số lọc Các chế độ cài đặt mô-đun Trang Module Settings (Các chế độ cài đặt mô-đun) cung cấp danh sách gồm mô-đun phân tích cài đặt bảng điều hướng bên trái Tên mơ-đun phân tích mở trang liệt kê phiên mô-đun ngày sửa đổi gần Các chế độ cài đặt hệ thống Chế độ cài đặt hệ thống thơng số tồn cục cho tính bảo mật người dùng, bảo trì liệu tự động, tài khoản dịch vụ chứng chương trình Bạn quản lý tác vụ sau phần cài đặt hệ thống: • Chế độ cài đặt bảo mật hệ thống bao gồm thời hạn mật khẩu, số lần đăng nhập tối đa khoảng thời gian chờ không hoạt động Áp dụng chế độ Account Management (Quản lý tài khoản) bật • Chế độ bảo trì hệ thống bao gồm tự động dọn dẹp thư mục lần chạy không hoạt động, tần suất lưu sở liệu lệnh lưu sở liệu • Chế độ cài đặt tài khoản dịch vụ bao gồm thay đổi tài khoản người dùng để phân tích liệu, thực lưu lưu trữ liệu • Quản lý tải chứng Local Run Manager xuống Hầu hết chế độ cài đặt số hiển thị với Quản trị viên, người dùng tải chứng máy chủ xuống để truy cập Local Run Manager thông qua giao thức HTTPS Chỉ định chế độ cài đặt bảo mật hệ thống Từ điều hướng trang tổng quan, chọn danh sách thả xuống Tools (Công cụ) chọn System Settings (Các chế độ cài đặt hệ thống) Chọn tab Security (Bảo mật) Tài liệu số 200003931 v00 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM 13 Hướng dẫn tham khảo phần mềm Local Run Manager (Trình quản lý lần chạy cục bộ) v3 dành cho MiSeqDx Từ mục Password Expiration (Thời hạn mật khẩu), định số ngày trước mật hết hạn phải đặt lại Chỉ định số ngày để hệ thống nhắc người dùng đặt lại mật trước mật hết hạn Từ mục User Lockout (Khóa người dùng), định số lần tối đa mà người dùng nhập thơng tin đăng nhập khơng hợp lệ trước bị khóa quyền truy cập hệ thống Từ mục Auto Logout (Tự động đăng xuất), định số phút mà hệ thống trì trạng thái khơng hoạt động trước tự động đăng xuất người dùng Chọn Save (Lưu) Chỉ định chế độ cài đặt bảo trì hệ thống Từ điều hướng trang tổng quan, chọn danh sách thả xuống Tools (Công cụ) chọn System Settings (Các chế độ cài đặt hệ thống) Chọn tab Maintenance (Bảo trì) [Khơng bắt buộc] Chọn hộp kiểm Enable Automatic Deletion (Bật tính xóa tự động) để hệ thống tự động xóa tệp phân tích cũ Khi tính bật, hệ thống lưu giữ thơng tin phân tích gần xóa tất tệp tạm thời khác để cải thiện hiệu suất Nếu chọn hộp kiểm Enable Automatic Deletion (Bật tính xóa tự động), định số ngày không hoạt động trước lệnh xóa tự động kích hoạt Nhập đường dẫn đến vị trí lưu mà bạn muốn (khơng phải máy tính thiết bị cục bộ), chẳng hạn vị trí mạng máy tính kết nối mạng khác Để khôi phục sở liệu lưu, liên hệ với phận hỗ trợ kỹ thuật Illumina Trong trường Backup Period (Thời hạn lưu), nhập khoảng thời gian theo ngày lần lưu Để tạo lưu ngay, chọn Backup Now (Sao lưu ngay) Chọn Save (Lưu) Chỉ định chế độ cài đặt tài khoản dịch vụ Từ điều hướng trang tổng quan, chọn danh sách thả xuống Tools (Công cụ) chọn System Settings (Các chế độ cài đặt hệ thống) Chọn tab Service Accounts (Tài khoản dịch vụ) Để bật thiết lập thông tin đăng nhập cho tài khoản Analysis Service (Dịch vụ phân tích) Job Service (Dịch vụ cơng việc) Windows, chọn Windows Account (Tài khoản Windows) Thông tin đăng nhập tài khoản có quyền truy nhập vào ổ đĩa mạng phải lưu Windows Credential Manager (Trình quản lý thơng tin đăng nhập Windows) LƯU Ý Tài khoản dịch vụ bạn nhập phải có quyền đọc ghi thư mục đầu lần chạy Tài liệu số 200003931 v00 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM 14 Hướng dẫn tham khảo phần mềm Local Run Manager (Trình quản lý lần chạy cục bộ) v3 dành cho MiSeqDx Trong trường User Name (Tên người dùng), nhập tên người dùng Thêm \ vào tên người dùng (ví dụ: \tennguoidung) Với người dùng miền, thêm tên miền thêm dấu gạch chéo ngược vào tên người dùng (ví dụ: mien\tennguoidung) Trong trường Password (Mật khẩu), nhập mật Hệ điều hành Windows 10 yêu cầu thay đổi mật Windows sau 180 ngày Bạn cần cập nhật cho Windows Account (Tài khoản Windows) Local Run Manager có mật với hệ điều hành Windows Chọn Save (Lưu) Thiết lập ngôn ngữ cho ứng dụng Local Run Manager cài đặt gói ngơn ngữ tiếng Anh Các ngôn ngữ khác chưa hỗ trợ Chỉ định chứng Local Run Manager sử dụng giao thức HTTPS để mã hóa kết nối liệu, đảm bảo thông tin liệu lần chạy giữ kín an tồn Bạn nên thay đổi chế độ cài đặt chứng bảo mật tình sau: • Truy cập Local Run Manager thiết bị từ xa • Sử dụng chứng bảo mật tùy chỉnh riêng bạn • Lấy lại quyền truy cập vào Local Run Manager sau thay đổi tên hệ thống di chuyển hệ thống sang miền Cài đặt chứng bảo mật cho quyền truy cập từ xa Trên thiết bị từ xa, đăng nhập vào Local Run Manager Từ điều hướng trang tổng quan, chọn danh sách thả xuống Tools (Công cụ) chọn System Settings (Các chế độ cài đặt hệ thống) Chọn tab Certificates (Chứng chỉ) Chọn Download (Tải xuống) để tải tệp zip chứa chứng Local Run Manager Giải nén nội dung tệp zip Nhấp chuột phải vào tệp BAT chọn Run as administrator (Chạy với tư cách quản trị viên) Làm theo lời nhắc để hồn thành q trình cài đặt khởi động lại trình duyệt Tải chứng bảo mật tùy chỉnh lên Để thay chứng Local Run Manager có, làm sau Từ điều hướng trang tổng quan, chọn danh sách thả xuống Tools (Công cụ) chọn System Settings (Các chế độ cài đặt hệ thống) Chọn tab Certificates (Chứng chỉ) Chọn Browse (Duyệt), chọn tệp chứng (*.pfx) chọn Open (Mở) Tài liệu số 200003931 v00 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM 15 Hướng dẫn tham khảo phần mềm Local Run Manager (Trình quản lý lần chạy cục bộ) v3 dành cho MiSeqDx Nhập mật cho tệp chứng chọn Set Certificate (Thiết lập chứng chỉ) Khởi động lại trình duyệt Tạo lại chứng bảo mật Nếu thay đổi tên hệ thống gần chuyển hệ thống sang miền mới, bạn phải tạo lại chứng bảo mật để lấy lại quyền truy cập vào Local Run Manager Khởi chạy Local Run Manager thông qua giao thức HTTPS Nếu chế độ quản lý tài khoản bật máy tính, đăng nhập vào Local Run Manager tài khoản người dùng có vai trị Quản trị viên Từ điều hướng trang tổng quan, chọn danh sách thả xuống Tools (Công cụ) chọn System Settings (Các chế độ cài đặt hệ thống) Chọn tab Certificates (Chứng chỉ) Chọn Regenerate the Certificate (Tạo lại chứng chỉ) Chọn Download (Tải xuống) để tải tệp zip chứa chứng phần mềm Local Run Manager Giải nén nội dung tệp zip Nhấp chuột phải vào tệp BAT chọn Run as administrator (Chạy với tư cách quản trị viên) Làm theo lời nhắc để hồn thành q trình cài đặt khởi động lại trình duyệt Tài liệu số 200003931 v00 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM 16 Hướng dẫn tham khảo phần mềm Local Run Manager (Trình quản lý lần chạy cục bộ) v3 dành cho MiSeqDx Tổng quan quy trình làm việc Mục cung cấp thơng tin tổng quan quy trình làm việc để tạo lần chạy xem kết phân tích phần mềm Local Run Manager Mỗi mơ-đun phân tích lại có bước cụ thể khác Để biết hướng dẫn bước, xem hướng dẫn sử dụng mơ-đun phân tích mà bạn dùng Quy trình cơng việc Local Run Manager Sử dụng giao diện Local Run Manager, thiết lập thông số lần chạy thơng số phân tích dựa loại thư viện cần giải trình tự Sử dụng phần mềm vận hành thiết bị, chọn lần chạy mà bạn thiết lập Local Run Manager, nạp vật tư tiêu hao dùng giải trình tự bắt đầu chạy giải trình tự Q trình phân tích tự động bắt đầu q trình giải trình tự hồn tất Local Run Manager tải mơ-đun phân tích định thực phân tích liệu theo thơng số định cho lần chạy Từ trang tổng quan Local Run Manager, chọn lần chạy hoàn tất để xem trang kết Tổng quan việc thiết lập thông số Để thiết lập lần chạy, sử dụng lệnh Create Run (Tạo lần chạy) từ trang tổng quan Local Run Manager chọn mơ-đun phân tích từ danh sách thả xuống Trang Create Run (Tạo lần chạy) cung cấp tùy chọn cho mơ-đun phân tích chọn Trang Create Run (Tạo lần chạy) chứa trường văn bản, danh sách thả xuống bảng mẫu dành riêng cho mơ-đun phân tích Trang Create Run (Tạo lần chạy) bao gồm mục sau: • Run Name (Tên lần chạy) • Samples (Mẫu) Tên nội dung mô tả lần chạy Tên lần chạy tên giúp xác định lần chạy từ bước giải trình tự đến bước phân tích Tên lần chạy có tối đa 40 ký tự chữ số Cho phép sử dụng dấu cách, dấu gạch dấu gạch ngang Tên lần chạy phải Bạn không lấy tên sử dụng thiết lập lần chạy trước Nội dung mơ tả lần chạy phần khơng bắt buộc Bạn nhập tối đa 150 ký tự chữ số Tài liệu số 200003931 v00 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM 17 Hướng dẫn tham khảo phần mềm Local Run Manager (Trình quản lý lần chạy cục bộ) v3 dành cho MiSeqDx Các chế độ cài đặt lần chạy Các chế độ cài đặt lần chạy xác định thơng số sau cho lần chạy: • Loại đoạn đọc: đoạn đọc đơn kết đơi • Số chu kỳ cho đoạn đọc Các chế độ cài đặt dành riêng cho mô-đun Các chế độ cài đặt dành riêng cho mô-đun xuất mục tùy thuộc vào mơ-đun phân tích chọn cho lần chạy Một số mơ-đun phân tích khơng kèm chế độ cài đặt dành riêng cho mô-đun Để biết thêm thông tin, xem hướng dẫn quy trình cơng việc cho mơ-đun phân tích tương ứng Mục Samples (Mẫu) Với lần chạy, xác định mẫu cần giải trình tự bảng mẫu Bảng mẫu bao gồm ID mẫu, nội dung mô tả (không bắt buộc) thị sử dụng với mẫu Cột thị cung cấp danh sách thả xuống gồm adapter thị tương thích CẢNH BÁO Nếu dịch vụ giám sát Illumina Proactive bật, sử dụng ID mẫu khơng trực tiếp xác định danh tính bệnh nhân (ví dụ: mã định danh bệnh nhân) Để tìm hiểu lợi ích dịch vụ giám sát Proactive, xem Phiếu kỹ thuật Illumina Proactive (tài liệu số 1000000052503) Nhập xuất mẫu Mục Samples (Mẫu) bao gồm lệnh để nhập mẫu Để thực việc này, tạo bảng mẫu tệp giá trị phân tách dấu phẩy (*.csv) từ bên ngồi Tab Import Samples (Nhập mẫu) có sẵn mẫu cho bạn tải xuống Xem liệu lần chạy mẫu Để xem kết lần chạy, chọn tên lần chạy từ trang tổng quan Local Run Manager Bản tóm tắt kết có tab sau: • Run Overview (Tổng quan lần chạy) • Sequencing Information (Thơng tin giải trình tự) • Samples and Results (Mẫu kết quả) Tài liệu số 200003931 v00 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM 18 Hướng dẫn tham khảo phần mềm Local Run Manager (Trình quản lý lần chạy cục bộ) v3 dành cho MiSeqDx Tab Run Overview (Tổng quan lần chạy) Tab Run Overview (Tổng quan lần chạy) liệt kê thông tin lần chạy, tóm tắt số liệu giải trình tự liệt kê vị trí thư mục lần chạy Tiêu đề mục Mô tả Run Name/Run ID Tên lần chạy mà người dùng định tạo lần chạy (Tên lần chạy/ID lần chạy) Created By (Người Tên người dùng tạo lần chạy tạo) Description (Mô tả) Nội dung mơ tả lần chạy, có Output Run Folder (Thư mục đầu Đường dẫn đến thư mục đầu lần chạy giải trình tự Chọn Copy to Clipboard (Sao chép vào bảng nhớ tạm) để truy cập vào lần chạy) thư mục đầu cách nhanh chóng Total Clusters (Tổng Số lượng cụm lần chạy số cụm) % Clusters PF Tỷ lệ phần trăm cụm qua lọc (% cụm PF) % ≥ Q30 (Read 1) Tỷ lệ phần trăm đoạn đọc Đoạn đọc có điểm chất lượng từ 30 (Đoạn đọc 1) (Q30) trở lên % ≥ Q30 (Read 2) Tỷ lệ phần trăm đoạn đọc Đoạn đọc có điểm chất lượng từ 30 (Đoạn đọc 2) (Q30) trở lên Last Scored Cycle Chu kỳ gần lần chạy có điểm chất lượng Trừ lần chạy (Chu kỳ tính điểm gần kết thúc sớm, giá trị thể chu kỳ cuối lần chạy nhất) Tab Sequencing Information (Thơng tin giải trình tự) Tab Sequencing Information (Thơng tin giải trình tự) cung cấp tóm tắt thơng số chạy giải trình tự Tab Sequencing Information (Thơng tin giải trình tự) cung cấp thông tin sau Tiêu đề mục Mô tả Instrument Name (Tên Tên thiết bị thực lần chạy thiết bị) Sequenced By (Người giải Tên người dùng bắt đầu lần chạy trình tự) Tài liệu số 200003931 v00 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM 19 Hướng dẫn tham khảo phần mềm Local Run Manager (Trình quản lý lần chạy cục bộ) v3 dành cho MiSeqDx Tiêu đề mục Mô tả Sequencing Start (Thời Ngày bắt đầu chạy giải trình tự điểm bắt đầu giải trình tự) Read Lengths (Độ dài Số đoạn đọc số chu kỳ đoạn đọc thực đoạn đọc) lần chạy Flow Cell Information Mã vạch, mã phận, số lô ngày hết hạn tế bào dịng chảy (Thơng tin tế bào dịng sử dụng cho lần chạy chảy) Reagent Cartridge Mã vạch, mã phận, số lô ngày hết hạn hộp thuốc thử Information (Thông tin hộp sử dụng cho lần chạy thuốc thử) Chemistry Type (Loại hóa Loại hóa chất chuẩn bị thư viện chất) Chemistry Version (Phiên Phiên hóa chất kit thuốc thử MiSeqDx hóa chất) RTA Version (Phiên Phiên phần mềm RTA sử dụng cho lần chạy RTA) Module Version (Phiên Phiên phần mềm mô-đun Local Run Manager định mô-đun) cho lần chạy PR2 Information (Thông Mã vạch, mã phận, số lô ngày hết hạn chai PR2 sử tin PR2) dụng cho lần chạy Tab Samples and Results (Mẫu kết quả) Thông tin cung cấp tab Samples and Results (Mẫu kết quả) dành riêng cho mơ-đun phân tích sử dụng cho lần chạy Tab Samples and Results (Mẫu kết quả) chứa trường thơng tin sau Tiêu đề mục Mô tả Select Analysis (Chọn Danh sách thả xuống q trình phân tích thực cho q trình phân tích) liệu tạo từ lần chạy giải trình tự Với lần chạy q trình phân tích đó, số theo định Kết liệt kê riêng rẽ Analysis Folder (Thư mục phân tích) Đường dẫn đến thư mục phân tích Chọn Copy to Clipboard (Sao chép vào bảng nhớ tạm) để truy cập vào thư mục phân tích cách nhanh chóng Requeue Analysis (Xếp lại hàng đợi phân tích) Lệnh phân tích lại liệu chạy giải trình tự Lệnh cung cấp tùy chọn chỉnh sửa thơng số phân tích tiếp tục mà không thay đổi Tài liệu số 200003931 v00 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM 20 Hướng dẫn tham khảo phần mềm Local Run Manager (Trình quản lý lần chạy cục bộ) v3 dành cho MiSeqDx Những trạng thái mà lần chạy có Cột Status (Trạng thái) trang tổng quan cho biết trạng thái lần chạy liệt kê Bảng sau mô tả trạng thái mà lần chạy có màu sắc trạng thái cột Status (Trạng thái) Màu sắc Trạng thái trạng Mô tả trạng thái thái Ready for Sequencing Khơng có Đang chờ q trình giải trình tự bắt đầu Xanh lam Quá trình giải trình tự diễn Đỏ Quá trình giải trình tự dừng lại Khơng có hoạt (Sẵn sàng giải trình tự) Sequencing Running (Đang chạy giải trình tự) Sequencing Stopped (Đã dừng giải trình tự) Sequencing Unsuccessful động Đỏ Có cố giải trình tự Khơng có hoạt động Xanh lam Q trình giải trình tự hoàn tất Thanh trạng thái mức 50% Đỏ Q trình phân tích RTA khơng thành cơng Thanh trạng thái mức 25% Xanh lam Quá trình giải trình tự số liệu hồn tất Thanh trạng thái mức 50% Xanh lam Đang chờ trình phân tích bắt đầu Xanh lam Q trình phân tích diễn Đỏ Đã nhận yêu cầu dừng phân tích Đỏ Q trình phân tích dừng lại Khơng có hoạt (Giải trình tự khơng thành cơng) Sequencing Completed (Đã giải trình tự xong) Primary Analysis Unsuccessful (Quá trình phân tích khơng thành cơng) Primary Analysis Completed (Đã hồn tất q trình phân tích chính) Analysis Queued (Đã đưa q trình phân tích vào hàng đợi) Analysis Running (Đang chạy q trình phân tích) Stopping Analysis (Sắp dừng phân tích) Analysis Stopped (Đã dừng phân tích) Tài liệu số 200003931 v00 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM động 21 Hướng dẫn tham khảo phần mềm Local Run Manager (Trình quản lý lần chạy cục bộ) v3 dành cho MiSeqDx Màu sắc Trạng thái trạng Mô tả trạng thái thái Analysis Unsuccessful Đỏ Có cố phân tích Khơng có hoạt động Xanh lục Hoạt động hoàn tất Thanh trạng thái mức 100% Xanh lam Q trình phân tích hồn tất Dữ liệu (Phân tích khơng thành cơng) Analysis Completed (Đã phân tích xong) Analysis Copying (Đang chép liệu phân tích) Stopping Analysis Copy chép vào thư mục đầu Đỏ (Sắp dừng chép liệu Q trình phân tích hồn tất Đã nhận yêu cầu dừng chép liệu phân tích phân tích) Copy Stopped (Đã dừng Vàng chép) Tài liệu số 200003931 v00 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐỐN TRONG ỐNG NGHIỆM Q trình phân tích hồn tất Bước chép liệu phân tích bị dừng theo cách thủ công 22 Hỗ trợ kỹ thuật Để hỗ trợ kỹ thuật, liên hệ với phận Hỗ trợ kỹ thuật Illumina Trang web: www.illumina.com Email: techsupport@illumina.com Các số điện thoại hỗ trợ kỹ thuật Illumina Khu vực Số miễn cước Quốc tế Áo +43 800 006249 +43 9286540 Ấn Độ +91 8006500375 Bỉ +32 800 77 160 Canada +1 800 809 4566 Đài Loan, Trung Quốc +886 06651752 Đan Mạch +45 80 82 01 83 +45 89 87 11 56 Đức +49 800 101 4940 +49 89 3803 5677 Hà Lan +31 800 022 2493 +31 20 713 2960 Hàn Quốc +82 80 234 5300 Hoa Kỳ +1 800 809 4566 Hồng Kông, Trung Quốc +852 800 960 230 Indonesia +32 400 29 73 +1 858 202 4566 0078036510048 Ireland +353 1800 936608 Malaysia +60 1800 80 6789 Na Uy +47 800 16 836 New Zealand +64 800 451 650 Nhật Bản +81 0800 111 5011 Pháp +33 05 10 21 93 +33 70 77 04 46 Phần Lan +358 800 918 363 +358 7479 0110 Philippines +63 180016510798 Singapore 800 5792 745 Tây Ban Nha +34 800 300 143 Tài liệu số 200003931 v00 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM +353 1 695 0506 +47 21 93 96 93 +34 911 899 417 23 Hướng dẫn tham khảo phần mềm Local Run Manager (Trình quản lý lần chạy cục bộ) v3 dành cho MiSeqDx Khu vực Số miễn cước Thái Lan +66 1800 011 304 Thụy Điển +46 00883979 +46 50619671 Thụy Sĩ +41 800 200 442 +41 56 580 00 00 Trung Quốc Quốc tế +86 400 066 5835 Úc +61 1800 775 688 Việt Nam +84 1206 5263 Vương quốc Anh +44 800 012 6019 +44 20 7305 7197 Ý +39 800 985513 +39 236003759 Các bảng liệu an tồn (SDS) — Có trang web Illumina địa support.illumina.com/sds.html Tài liệu hướng dẫn sản phẩm — Có thể tải xuống từ support.illumina.com Tài liệu số 200003931 v00 VIE DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM 24 Tài liệu số 200003931 v00 VIE Illumina 5200 Illumina Way Nhà bảo trợ Úc San Diego, California 92122 U.S.A Illumina Australia Pty Ltd +1.800.809.ILMN (4566) Nursing Association Building +1.858.202.4566 (ngoài khu vực Bắc Mỹ) Level 3, 535 Elizabeth Street techsupport@illumina.com www.illumina.com Illumina Netherlands B.V Steenoven 19 5626 DK Eindhoven Hà Lan DÙNG CHO CHẨN ĐOÁN TRONG ỐNG NGHIỆM © 2021 Illumina, Inc Bảo lưu quyền Melbourne, VIC 3000 Australia