Để thực hiện tốt chức năng, nhiệm vụ của cơ quan, đơn vị cần phải xác định con người là yếu tố quyết định của mọi công việc, sử dụng cán bộ, công chức như thế nào, họ nhận thức về công việc này ra sao? Ở Nam Định hiện vẫn còn khoảng 20% công chức làm việc tại Bộ phận một cửa chưa được đào
tạo, chưa thành thạo về nghiệp vụ và kỹ năng hành chính, làm việc chủ yếu dựa vào kinh nghiệm. Trong khi yêu cầu giải quyết công việc về thủ tục hành chính phải đảm bảo nhanh chóng, rõ ràng, đúng pháp luật, việc cập nhật văn bản mới, áp dụng linh hoạt trong từng lĩnh vực cụ thể là nhược điểm của những cán bộ này. Bên cạnh đó một bộ phận không nhỏ cán bộ làm nhiệm vụ tiếp nhận và trả kết quả thái độ tiếp xúc với nhân dân còn hách dịch, gây khó khăn, phiền hà cho tổ chức và công dân.
Một vấn đề còn đang tồn tại hiện nay đối với cán bộ, công chức nói chung trong đó có công chức làm việc ở Bộ phận "một cửa" đó là sự không cân đối giữa khối lượng công việc phải giải quyết và chế độ ưu đãi. Hiện chưa có chế độ ưu đãi riêng đối với bộ phận “một cửa”. Do vậy đã ảnh hưởng không nhỏ đến tâm lý của người cán bộ.
Ngoài các nguyên nhân mang tính chủ quan trên những tồn tại trong cải cách thủ tục hành chính hiện nay ở tỉnh Nam Định còn do nguyên nhân khách quan: cải cách hành chính nói chung và cải cách thủ tục hành chính nói riêng là một công việc khó khăn, phức tạp và ảnh hưởng, đụng chạm đến lợi ích của các cơ quan, đơn vị, cá nhân đồng thời kinh nghiệm thực tiễn chưa nhiều. Hệ thống văn bản hướng dẫn còn nhiều bất cập, chậm chưa thường xuyên sửa đổi, bổ sung cho phù hợp; thiếu sự chỉ đạo sát sao, đồng bộ từ Trung ương đến địa phương. Hơn nữa do tác động của mặt trái kinh tế thị trường khiến cho tính chất phục vụ của nền hành chính công bị lệch lạc, khó khắc phục trong thời gian ngắn.