Thứ nhất, sự phối hợp giữa các cấp chính quyền trong cải cách thủ tục
hành chính còn chậm nguyên nhân cơ bản là do thủ tục hành chính vốn đa dạng, phức tạp có mặt ở mọi cấp, mọi ngành, lĩnh vực quản lý nên nó đòi hỏi sự phối hợp đồng bộ nhưng trên thực tế sự phối hợp giải quyết giữa các cấp chính quyền chưa tốt. Chẳng hạn tính riêng lĩnh vực đất đai, xây dựng là lĩnh vực khá nhạy cảm ở cơ sở, nhiều quy định vẫn chưa rõ ràng, chưa có sự phối hợp liên cấp nên thời gian giải quyết có khi vượt quá quy định do đó nhiều khi trở thành nguyên nhân làm phát sinh khiếu tố, khiếu kiện kéo dài. Thực tế một số xã ở xa trung tâm huyện chỉ giải quyết những phần việc thuộc thẩm quyền, sau đó trả lại cho cá nhân, tổ chức để họ tự lên huyện giải quyết tiếp. Cách giải quyết này là sai với quy trình giải quyết theo cơ chế một cửa, một cửa liên thông và nên coi đây chỉ là một biện pháp tình thế.
Thứ hai, về cơ sở vật chất thì đầu tư cơ sở vật chất là việc làm cần được
quan tâm và chú ý đầu tiên. Theo yêu cầu nơi làm việc của Bộ phận "một cửa" phải có không gian hợp lý với những phương tiện cần thiết và bố trí những phương tiện này hài hoà đảm bảo yêu cầu lịch sự và thuận lợi cho cả cán bộ làm việc và công dân, tổ chức đến yêu cầu phục vụ. Nhưng thực tế đây lại là khó khăn ban đầu cho các địa phương bởi trụ sở làm việc nhiều nơi nhất là cấp xã hiện nay còn quá cũ kỹ, xây dựng từ những năm 70 – 80, có nơi không có phòng tiếp dân riêng. Riêng các phường ở thành phố Nam định, việc có phòng làm việc cho Bộ phận “một cửa” này là chưa thể làm được, ví dụ như ở phường Phan Đình Phùng, thành phố Nam Định phòng làm việc chưa đầy 10m2, so với yêu cầu 30m2
– 40m2 là vượt qúa khả năng, được quây bằng khung nhựa đủ cho cán bộ ngồi cùng bàn đựng giấy tờ sổ sách, công dân đến phải ngồi bên ngoài cùng lối ra vào.
Thứ ba, Về phía người dân và doanh nghiệp: một bộ phận không nhỏ
người dân và doanh nghiệp chưa thực sự chủ động chung tay cải cách thủ tục hành chính, không dám hoặc không muốn phản ánh những bất cập phiền hà trong giải quyết thủ tục hành chính. Đôi khi vì muốn nhanh chóng được việc cho mình họ đã chấp nhận việc lót tay, hối lộ cho cán bộ, công chức giải quyết thủ tục hành chính và vô hình chung đã tiếp tay cho sự nhũng nhiễu của cán bộ công chức,
Thứ tư, về công tác ứng dụng công nghệ thông tin: việc ứng dụng công
nghệ thông tin trong cải cách thủ tục hành chính chưa thực sự hiệu quả, ngoài các doanh nghiệp, số đông người dân chưa tiếp cận được thông tin từ phương tiện này. Đề án 112 của Chính phủ khi triển khai ở Nam Định hiệu quả chưa thực sự phát huy, nhiều UBND cấp xã (chủ yếu là các xã vùng sâu, vùng xa) chưa kết nối mạng Internet, hoặc nếu có thì hiệu quả khai thác còn thấp vì thực tế trình độ tin học của đội ngũ cán bộ, công chức cấp xã nhìn chung còn hạn chế, chưa phục vụ đắc lực cho công cuộc cải cách thủ tục hành chính.
Thứ năm, về công tác thông tin tuyên truyền: công tác thông tin, tuyên
truyền chưa thường xuyên, chưa xây dựng được kế hoạch phối hợp giữa Sở Tư pháp với các cơ quan thông tin đại chúng (Sở Thông tin truyền thông, Báo, Đài Phát thanh – truyền hình...), các đoàn thể cũng như đảm bảo các điều kiện khác để công tác thông tin tuyên truyền về cải cách thủ tục hành chính hành chính được phổ biến rộng rãi đến đông đảo quần chúng nhân dân và doanh nghiệp