Bộ máy tổ chức của Công ty được chuyển đổi từ Công ty nhà nước sang Công ty cổ phần kể từ năm 2001 và chính thức mang tên Công ty cổ phần xây dựng giao thông Yên Bái từ tháng 11 năm 2001.
Cũng như các công ty cổ phần khác, đứng đầu bộ máy tổ chức Công ty cổ phần xây dựng giao thông Yên Bái là Hội đồng quản trị. Hội đồng quản trị có 07 thành viên bao gồm 01 Chủ tịch, 01 Phó chỉ tịch và 05 thành viên. Hội đồng quản trị có trách nhiệm bầu ra Ban kiểm soát, Giám đốc, Phó giám đốc và thực hiện các chức năng khác theo thẩm quyền. Hội đồng quản trị họp 01 lần/ năm,
thông thường vào tháng 04 hăng năm. Cuộc họp này được tổ chức nhằm tổng hợp kết quả hoạt động về mọi mặt của Công ty trong năm trước, đưa ra những thành tựu đạt được, những mặt còn tồn tại, từ đó tìm hiểu nguyên nhân và đưa ra giải pháp cải thiện trong năm tới.
Ban kiểm soát gồm 03 thành viên. Ban kiểm soát có chức năng giám sát hoạt động của Hội Đồng quả trị.
Ngoài ra tổ chức cơ sở đảng, đoàn thể gồm:
- Đảng bộ công ty thuộc Đảng bộ TP Yên Bái gồm 7 Chi bộ trực thuộc. - Công đoàn cơ sở trực thuộc công đoàn ngành GTVT với 279 đoàn viên gồm 7 công đoàn bộ phận
Sơ đồ 2.1. Sơ đồ bộ máy tổ chức công ty cổ phần xây dựng giao thông Yên Bái
Đại hội đồng cổ đông
Hội đồng quản trị Ban kiểm soát
Giám Đốc Phó giám đốc phụ trách kế hoạch Phó giám đốc phụ trách nội chính Phòng tổ chức hành chính Phòng kế hoạch Phòng kế toán
Xí nghiệp sản xuất kinh doanh vật liệu số 2
Xí nghiệp sản xuất kinh doanh vật liệu xây dựng
Xí nghiệp xây lắp số 5
Xí nghiệp xây lắp số 6
Xí nghiệp xây lắp số 8
Xí nghiệp xây lắp số 10
Xí nghiệp bê tông nhựa