Hiện tại, có 2 cơ quan chính quản lý hoạt động du lịch tại tỉnh Khánh Hòa là Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch Khánh Hòa và Trung tâm Thông tin Xúc tiến Du lịch Khánh Hòa trực thuộc Sở. (Sở VH,TT&DL Khánh Hòa, 2009B; 2009C)
Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch là cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh, tham mưu và giúp Ủy ban nhân dân cấp tỉnh thực hiện chức năng quản lý nhà nước về: văn hóa; thể dục; thể thao và du lịch; gia đình; quảng cáo (trừ quảng cáo trên các phương tiện báo chí, mạng thông tin máy tính và xuẩt bản phẩm),...
Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch chịu sự quản lý, chỉ đạo về tổ chức, biên chế và công tác của Ủy ban nhân dân tỉnh, đồng thời chịu sự chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra về chuyên môn nghiệp vụ của Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch.
Dưới sự quản lý của các cơ quan ban ngành kể trên, trong thời gian vừa qua, hoạt động du lịch tiếp tục đạt được những kết quả khả quan và có nhiều mặt tiến bộ rõ rệt. Điểm nổi bật là các mục tiêu chủ yếu phát triển du lịch đều có mức tăng trưởng bình quân cao hơn so với kế hoạch đề ra. Cơ sở vật chất kỹ thuật được nâng cấp và đầu tư với tiêu chuẩn chất lượng cao, đặc biệt một số điều kiện cơ sở hạ tầng cho loại hình Du lịch MICE tiếp tục được đầu tư, tạo điều kiện tổ chức thành công các sự kiện, lễ hội có quy mô Quốc gia và Quốc tế, làm nổi bật các hoạt động văn hóa du lịch, góp phần quảng bá mạnh mẽ hình ảnh Khánh Hòa trong và ngoài nước. Công tác quản lý nhà nước về địa bàn tỉnh tiếp tục được tăng cường. Công tác quy hoạch, đầu tư xây dựng, phát triển năng lực kinh doanh; công tác thông tin, quảng bá, xúc tiến du lịch và phát triển du lịch văn hóa; công tác an ninh trật tự, vệ sinh môi trường; công tác
tổ chức đào tạo nguồn nhân lực du lịch đã được quan tâm và đẩy mạnh (Sở VH,TT&DL Khánh Hòa, 2012A).
Bên cạnh đó còn có sự liên kết hợp tác giữa các chính quyền trong việc phát triển du lịch. Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch Khánh Hòa cùng với Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch TP.HCM đã ký kết Chương trình hợp tác phát triển du lịch giai đoạn 2005 – 2010 và đã đạt được một số kết quả đáng ghi nhận. Sở VH,TT&DL TP.HCM đã tổ chức các đoàn famtrip khảo sát du lịch, tổ chức cho các doanh nghiệp tìm hiểu cơ hội đầu tư tại Khánh Hòa. Đến nay, trên địa bàn Khánh Hòa có 26 dự án du lịch do các nhà đầu tư TP.HCM làm chủ đầu tư với tổng số vốn trên 6.000 tỷ đồng, trong đó có 5 dự án đã đi vào hoạt động kinh doanh và đạt hiệu quả cao. Ngoài ra, ngành du lịch hai địa phương cũng đã trao đổi kinh nghiệm trong công tác quản lý, hợp tác bồi dưỡng, đào tạo nguồn nhân lực du lịch, hợp tác xây dựng, phát triển các sản phẩm du lịch như tổ chức đón khách du lịch tàu biển,... Tại hội nghị vào tháng 12 năm 2011, lãnh đạo hai Sở đã ký kết Chương trình hợp tác phát triển du lịch giai đoạn 2012 – 2017. Theo đó, việc hợp tác phát triển du lịch giữa hai địa phương sẽ tập trung vào 5 lĩnh vực: trao đổi thông tin về tình hình phát triển du lịch; xúc tiến, quảng bá du lịch; bồi dưỡng, đào tạo nguồn nhân lực du lịch; phát triển sản phẩm du lịch; quy hoạch, kêu gọi đầu tư. Sở VH,TT&DL Khánh Hòa và TP.HCM sẽ tổ chức họp sơ kết định kỳ hai năm một lần để đánh giá tình hình hợp tác phát triển du lịch giữa hai địa phương.
Có thể thấy công tác quản lý nhà nước về du lịch tại Khánh Hòa được củng cố và tăng cường, ngày càng đi vào chiều sâu, góp phần thúc đẩy kinh tế xã hội phát triển, giữ vững an ninh, quốc phòng địa phương. Tuy nhiên, xét về mặt chuyên môn hóa theo loại hình du lịch, thì việc quản lý của cơ quan chính quyền vẫn chưa thực sự sâu sát, đặc biệt là đối với loại hình du lịch MICE.
Mặc dù nhận thức được những lợi thế để phát triển loại hình du lịch MICE và định hướng chính theo loại hình này, nhưng các cơ quan quản lý đến nay chưa có một bộ phận chuyên biệt nào phụ trách loại hình này, tại Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch Khánh Hòa cũng chưa có một cơ sở dữ liệu nào thống kê số liệu về loại hình này cũng như chưa có những chính sách đặc biệt nào để đầu tư phát triển cho loại hình này. Đến nay, chỉ có Tổng cục Thống kê Việt Nam tổ chức những cuộc điều tra về chi tiêu và lưu trú của khách du lịch quốc tế, nhưng những cuộc điều tra này không thường xuyên và cập nhật theo thời gian. Điều này khiến các hoạt động về MICE của
các tổ chức, doanh nghiệp còn riêng lẻ và chưa có sự liên kết mạnh mẽ với nhau, và thể hiện sự quan tâm chưa đúng mức của chính quyền địa phương trong việc định hướng phát triển loại hình du lịch giàu tiềm năng này. Thêm vào đó, các văn bản pháp quy dành cho loại hình này, những chiến lược phát triển MICE cũng chưa được hoàn chỉnh hay phổ biến rộng rãi, khiến các doanh nghiệp, tổ chức dịch vụ MICE chưa nhận thức được định hướng cụ thể của ngành du lịch.