Mặc dù đã đạt được những kết quả khả quan và đóng góp không nhỏ cho sự phát triển của nền kinh tế nước ta trong nhiều lĩnh vực, nhưng qua 15 năm hoạt động, FDI đã bộc lộ một số vấn đề cần giải quyết:
Thứ nhất, tốc độ thu hút và thực hiện nguồn vốn FDI đã bị chững lại và có xu hướng giảm từ 1997 đến nay. Cả năm 1997 chỉ có 331 dự án được cấp phép đầu
tư với số vốn đăng ký là 4,649 tỷ USD, bằng 89% về tổng số dự án và chỉ tương đương 53% về số vốn đăng ký so với năm 1996 và số vốn thực hiện là 3,250 tỷ USD. Năm 1998, FDI đăng ký mới đạt 3,897 tỷ USD, thấp hơn năm 1997 khoảng 16% và vốn thực hiện chỉ đạt 1,900 tỷ USD giảm tới 42% so với năm 1997. Năm 1999, vốn FDI đăng ký chỉ bằng 40,2% so với năm 1998.
Thứ hai, cơ cấu vốn FDI chưa đáp ứng tốt nhu cầu chuyển dịch cơ cấu kinh tế của Việt Nam. Vốn FDI vào lĩnh vực Nông - Lâm - Ngư nghiệp còn quá nhỏ
bé. Vì vậy, việc phát huy lợi thế tiềm năng của đất nước là đất đai, lao động còn rất hạn chế. Vốn FDI phân bố mất cân đối lớn giữa các vùng và địa phương.
Thứ ba, việc chuyển giao công nghệ chưa đạt như mong muốn, chuyển giao công nghệ chưa gắn với mục tiêu bảo vệ môi trường. Đây là vấn đề đáng kể mà
FDI đã gây ra trong những năm qua. Trong quá trình góp vốn thực hiện không ít những công nghệ và thiết bị lạc hậu đã bị thải loại được nhập vào Việt Nam với
giá đắt hơn giá thị trường từ 15 đến 20%.
Thứ tư, người lao động bị khai thác và đối xử không đúng qui định của pháp luật. Các chủ đầu tư nước ngoài đã lợi dụng sơ hở của pháp luật, sự yếu kém trong quản lý điều hành và thậm chí cả sự tha hoá của một số cán bộ phía Việt Nam để khai thác nguồn lao động. Thí dụ:
- Vi phạm về trả lương: Theo qui định mức lương tối thiểu (trước tháng 5/ 1992) là 35 USD/ người/ tháng, sau đó đã điều chỉnh lên 45 USD. Thế nhưng đến nay nhiều chủ xí nghiệp vẫn trả lương dưới mức tối thiểu 35 USD cho công nhân lao động giản đơn và cho cả những người lao động kỹ thuật.
- Vi phạm về ký kết hợp đồng và sử dụng lao động: Theo điều tra đến nay vẫn còn 30 - 40% doanh nghiệp chưa ký hợp đồng lao động, hoặc ký hợp đồng với nội dung sơ sài, không rõ ràng để giới chủ lợi dụng gây thiệt thòi cho công nhân. Có hơn 10% số doanh nghiệp được kiểm tra vi phạm thời gian lao động và nghỉ ngơi của công nhân, đặc biệt trong các doanh nghiệp ngành may, giày da.
- Vi phạm về nhân phẩm: Trong nhiều doanh nghiệp giới chủ tự đưa ra những kỷ luật hà khắc, vô đạo lý như: phạt tiền quá cao, không có chế độ nghỉ ốm đau, thai sản, nghỉ tang lễ... nhiều chủ doanh nghiệp còn xỉ nhục đánh đập công nhân. Những vi phạm của giới chủ đã là nguyên nhân dẫn đến nhiều cuộc đình công của công nhân ở các doanh nghiệp FDI.
Thứ năm, hoạt động sản xuất kinh doanh của các doanh nghiệp FDI chưa theo đúng yêu cầu của chiến lược công nghiệp hoá hướng về xuất khẩu. Năm 1999, trong cơ cấu mặt hàng xuất khẩu của Việt Nam nhóm mặt hàng nông lâm thuỷ hải sản đạt 4,4 tỷ USD chiếm 38,2%, nhóm hàng công nghiệp nhẹ và tiểu thủ công nghiệp đạt 4,243 tỷ USD, chiếm 36,8%, còn nhóm hàng công nghiệp nặng, khai thác dầu thô và than đá đạt 2,880 tỷ USD chiếm 25%. Như vậy cơ cấu mặt hàng xuất khẩu của Việt Nam vẫn chủ yếu là các mặt hàng khai thác lợi thế so sánh tĩnh và tài nguyên rừng, biển và sức lao động. Giá trị kim ngạch xuất
chính thức của Bộ Thương Mại, tổng giá trị kim ngạch xuất khẩu của FDI là 2,577 tỷ USD so với doanh thu 4,600 tỷ USD thì tỷ lệ giá trị kim ngạch xuất khẩu chiếm 56% so với doanh thu. Nhưng trong tổng kim ngạch xuất khẩu thì xuất khẩu dầu thô là 2,019 tỷ USD. Như vậy tỷ lệ xuất khẩu các mặt hàng còn lại 0,558 tỷ USD chỉ đạt 21,6%. Như vậy gần 80% sản phẩm (trừ dầu thô) của các doanh nghiệp FDI được tiêu thụ trên thị trường nội địa.
Thứ sáu, vấn đề tài chính và ngoại hối trong khu vực có vốn FDI còn có những vấn đề bất cập. Việc định giá quá cao các thiết bị máy móc, công nghệ chuyển vào Việt Nam dưới hình thức góp vốn, đã gây ra sự thiệt hại của bên Việt Nam. Nhiều dự án, đặc biệt là các dự án liên doanh bị thua lỗ, tình trạng trốn thuế kê giá để thu trước lợi nhuận chuyển về công ty mẹ, lãng phí, trong việc trả lương với mức không bị hạn chế cho người nước ngoài làm việc tại liên doanh với chức danh “chuyên gia”, trong việc quảng cáo nhằm tạo ra uy tín thương mại, chủ động đẩy “giá đầu vào” ... để thu trước lợi nhuận. Điều đó tất yếu dẫn tới thua lỗ, đến mất hết vốn pháp định của doanh nghiệp.
Những điều trên là những thách thức đối với công tác quản lý Nhà nước, kể cả đối với công tác lựa chọn đối tác trong hoạt động FDI.