Quan hệ thƣơng mại Đàng Trong - Nhật Bản là quan hệ giữa hai chính quyền, mà chủ yếu là giao lƣu trực tiếp với Đàng Trong do thƣơng nhân Nhật Bản tiến hành. Các thƣơng nhân Nhật chủ động tới buôn bán ở Đàng Trong, đƣợc sự đồng ý và giúp đỡ của chúa Nguyễn họ đã lƣu lại và lập phố, buôn bán ở Hội An. Nhiều thƣơng gia Nhật còn lấy vợ là ngƣời Việt để tiện việc làm ăn, sinh sống. Xứ Đàng Trong có rất nhiều thứ thuận lợi cho sinh hoạt của con ngƣời nhƣng ngƣời Việt nơi đất Đàng Trong thì “không ưa và không có khuynh hướng đi các nơi khác để buôn bán, cũng như không bao giờ ra khơi quá xa đến độ không còn trông thấy bờ biển và lãnh thổ của tổ quốc yêu quý của họ, mặc dầu họ dễ dàng cho người ngoại quốc vào hải cảng của họ và họ thích thú khi thấy người ta buôn bán trong lãnh thổ của họ” [43, tr.176]. Trên
đất Đàng Trong, ngƣời Tàu và ngƣời Nhật là những ngƣời làm thƣơng mại chính yếu. Họ chủ động tới và buôn bán Đàng Trong trong vòng 6 tháng đầu năm, những tháng cuối mùa hè, họ lại theo gió mùa về phƣơng Bắc, mang theo những thuyền đầy hàng hóa về Nhật Bản. Năm sau, những thƣơng nhân ấy lại dong buồm tới mang theo những thứ hàng hóa mà Đàng Trong không có nhƣ tiền đồng, vũ khí để bán cho Đàng Trong.
Tuy nhiên, mối quan hệ hai bên Đàng Trong - Nhật Bản không mang tính chất thần thuộc mà chỉ phụ thuộc lẫn nhau, có tính tƣơng đối và chủ yếu là quan hệ kinh tế.
Trong bối cảnh kinh tế, chính trị - xã hội Đàng Trong và Nhật Bản lúc bấy giờ, để đảm bảo những nhu cầu thiết yếu nên việc phát triển hàng hải, ngoại thƣơng không đặt ra cấp bách. Hoạt động ngoại thƣơng thời kì này chủ yếu là trao đổi những sản phẩm tự nhiên chứ không phải là trao đổi những hàng hóa đƣợc sản xuất. Bên cạnh đó, ở Đàng Trong nói riêng, ở Việt Nam nói chung, đất nƣớc bị chia cắt, nội chiến liên miên là trở ngại lớn cho việc ra nƣớc ngoài của ngƣời Việt Nam.
Mặt khác, các chính sách của chính quyền Đàng Trong chỉ mang tính hƣớng nội. Các chúa Nguyễn cho phép ngƣời dân tự do buôn bán, đồng thời cử các hoàng tử trực tiếp tham gia vào hoạt động thƣơng mại góp phần thúc đẩy giao lƣu buôn bán Đàng Trong thêm phần sôi động. Tuy nhiên, chính quyền không cử thƣơng nhân, tàu bè của mình đi buôn bán với các nƣớc xung quanh.
Quan hệ thƣơng mại Đàng Trong - Nhật Bản cũng giống nhƣ quan hệ thƣơng mại Đàng Trong với Trung Quốc, phƣơng Tây và với các quốc gia khác. Các thƣơng nhân Trung Quốc, Nhật Bản, phƣơng Tây... thƣờng lui tới Đàng Trong buôn bán, trao đổi hàng hóa mà không thấy các chúa Nguyễn cử các thƣơng thuyền, thƣơng nhân của mình tới buôn bán ở các quốc gia khác. Các nƣớc nhƣ Xiêm xuất gạo, da đanh tới Đàng Trong, các thƣơng nhân Brunei mang tới long não, tơ lụa sản xuất ở Trung Hoa cũng đƣợc đƣa tới Đàng Trong... Đàng Trong với vị trí thuận lợi đã hấp dẫn thƣơng gia các nƣớc nhờ vai trò “chuyển khẩu”. Ngƣời dân nơi đây có thể hoàn toàn sống bằng thƣơng mại. Trong khi quan hệ thƣơng mại Đàng Trong - Nhật Bản chỉ diễn ra một chiều trong suốt thời kỳ các chúa Nguyễn (1558 - 1777) thì thƣơng mại Nhật Bản với các nƣớc khác nhƣ Nhật Bản - Trung Quốc, Nhật Bản - Xiêm... diễn ra hai chiều và vô cùng sôi động.