Để bảo vệ uy tín của mình, chính quyền Nhật Bản qui định những tàu thuyền nào mang giấy phép có đóng Châu Ấn thì mới đƣợc đến các hải cảng ở nƣớc ngoài, nếu không có giấy phép thì họ không đƣợc tham gia vào công việc kinh doanh trên. Trong bức thƣ của Tokugawa Ieyasu gửi cho Nguyễn Hoàng năm 1601, ông viết:
Thƣơng gia Nhật Bản khi vƣợt biển đi buôn bán xa xôi, không đƣợc vi phạm chính trị ở những quốc gia đi đến. Vì tôi suy nghĩ nhƣ thế nên xin Ngài yên tâm. Thƣơng thuyền của quốc gia chúng tôi, khi đến Quý quốc đều mang theo văn thƣ có áp dấu Châu Ấn. Đây là bằng chứng mà tôi công nhận là thƣơng thuyền [48, tr.15].
Cơ quan cấp giấy phép cho các Shuinjo này là Roju (Lão trung), có trách nhiệm điều tra kĩ lý lịch các chủ tàu trƣớc khi quyết định cấp giấy phép. Ngƣời viết các giấy phép này thƣờng là các Trƣởng lão, nhà sƣ trụ trì các chùa Thiền (Zen) ở Kyoto đảm trách. Khi viết xong, Trƣởng lão trình lên Roju và đƣợc đóng dấu đỏ của Shogun thì Shuinjo mới có hiệu lực.
Trong thƣ Ieyasu viết vào tháng 5 năm 1603:
Các dân buôn vƣợt biển xin với tôi rằng: Xin cho có ấn trát sau này khi đến nƣớc ngoài, dù ở bãi biển, hải đảo đến phủ huyện, thôn ấp nào, thuyền chủ ở đâu cũng đƣợc, dám mong ra lệnh cho sĩ dân nƣớc ngoài, dân buôn đƣợc tùy chọn nơi ở và cấp cho họ ấn trát, rằng tài hóa trong thuyền không đƣợc cƣớp lấy, cốt cho khách trọ đƣợc yên [49, tr.20].
Để tỏ thái độ thân thiện và nhằm “bảo hộ” cho thƣơng nhân Nhật Bản đến Đàng Trong buôn bán tránh gặp phải những rắc rối, xung đột và cạnh
tranh với thƣơng nhân của các nƣớc khác, trong thƣ của Ieyasu gửi chúa Nguyễn vào tháng 9 năm 1605 có đoạn:
Khách buôn nƣớc tôi, hằng năm đến Quý quốc, không ngại xa xôi, không sợ sóng gió, tham lợi nhỏ, khinh tấm thân. Cũng có những lũ vô đạo ở xứ xa lạ không ngƣời tộc loại, không biết tiếng nói. Nếu chúng có lời ác, làm điều xấu, xin xét hết lẽ chính hay tà, phân biệt tội nặng hay nhẹ, dùng hình phạt để phục những ngƣời xa, là chí đức đó [49, tr.23].
Trong giao lƣu buôn bán, thƣơng nhân Nhật luôn “khiêm cung, lễ độ, tự tin, tín nghĩa” nên đƣợc chúa Nguyễn rất ƣu ái. Năm 1605, Nguyễn Hoàng đã nhận Di Thất Lang là ngƣời “có đức thật trung hậu” làm con nuôi và đề nghị với Mạc Phủ “Đến năm sau lại cho Di Thất Lang sắm 3 chiếc thuyền, lại
sang nước tôi buôn bán như thường, cho ân nghĩa hưởng toàn” [49, tr.23]. Điều này chứng tỏ rằng, thƣơng nhân Nhật Bản ở Đàng Trong đƣợc chúa Nguyễn hết sức tạo điều kiện. Quan hệ hai bên giữa Đàng Trong và Nhật Bản là hết sức tốt đẹp.
Có thể nói rằng, chính quyền Mạc phủ rất quan tâm tới thƣơng mại của Nhật Bản với các quốc gia khác, trong đó có vùng đất Đàng Trong của chính quyền chúa Nguyễn. Những chính sách của Mạc phủ đã có tác dụng tăng cƣờng, củng cố mối quan hệ tốt đẹp, tin cậy với chính quyền Đàng Trong, thúc đẩy trao đổi thƣơng mại phát triển mạnh mẽ và hạn chế đƣợc nạn “hải tặc Nhật” gây rối ren tình hình buôn bán giống nhƣ nạn “Nụy khấu” từng diễn ra vùng biển Trung Hoa.