Xuất phát từ các kiến nghị của doanh nghiệp đối với ngành hải quan rất đa dạng, nhƣng tựu trung phản ánh sự kỳ vọng khá lớn của doanh nghiệp vào việc ngành Hải quan cần có những cải cách thủ tục hải quan mạnh mẽ hơn nữa, lắng nghe, thấu hiểu, giải quyết đƣợc những khó khăn trở ngại của các doanh nghiệp. Đó chính là những hỗ trợ thiết thực đối với các doanh nghiệp trong hoạt động xuất nhập, trong đó kiến nghị liên quan đến việc cải tiến quy trình thủ tục, nghiệp vụ hải quan là khá lớn. Nội dung các kiến nghị tập trung vào yêu cầu cần đơn giản hóa các thủ tục, rút ngắn hơn nữa thời gian thực hiện dịch vụ thông quan điện tử của doanh nghiệp, và coi đây sẽ là những hỗ trợ hiệu quả cho doanh nghiệp trong hoạt động xuất nhập khẩu, mặc dù thực hiện hải quan điện tử nhƣng số lƣợng giấy tờ cần ký và đóng dấu vẫn còn quá nhiều. Cần giảm thiểu, đơn giản hóa các yêu cầu về chứng từ cần ký, đóng dấu, đặc biệt là bản sao các chứng từ. Do vậy về phía cơ quan Ngành hải quan nói chung các Cục hải quan địa phƣơng nói riêng cần xây dựng bƣớc đi cụ thể áp dụng rộng rãi và hiệu quả việc thực hiện thủ tục, kiểm tra, giám sát hải quan bằng phƣơng thức điện tử để tiến tới môi trƣờng làm việc không sử dụng giấy tờ trên các mặt: khai và tiếp nhận thông tin khai hải quan; trao đổi thông
tin cấp phép và các chứng từ liên quan giữa các cơ quan nhà nƣớc.
Tham mƣu, kiến nghị sửa đổi bổ sung hoàn thiện chính sách pháp luật Hệ thống hóa và xây dựng cơ sở dữ liệu pháp luật quản lý nhà nƣớc về hải quan đƣa lên mạng trực tuyến, tạo thuận lợi cho việc tra cứu, tiếp cận hệ thống pháp luật hải quan của ngƣời dân và doanh nghiệp.
Khi doanh nghiệp đã khai báo hải quan điện tử, hồ sơ xuất nhập khẩu đã truyền dữ liệu cho cơ quan hải quan rồi thì doanh nghiệp sẽ không cần xuất trình hồ sơ giấy cho cơ quan hải quan nữa đối với cả trƣờng hợp luồng vàng và luồng đỏ, chỉ cần tập kết, xuất trình hàng hóa để kiểm tra. Các yêu cầu quy định doanh nghiệp phải thực hiện cần có hƣớng dẫn cụ thể rõ ràng hơn, và có ví dụ minh họa cần thiết để doanh nghiệp hiểu và thực hiện đúng.
Cần cải thiện phong cách làm việc của cán bộ hải quan. Theo đó, phong cách làm việc của công chức hải quan cần chuyên nghiệp hóa để phục vụ khách hàng/doanh nghiệp, đồng thời cũng là vì sự phát triển chung của đất nƣớc. Cán bộ hải quan cần hợp tác tốt với doanh nghiệp, căn cứ vào tình hình xuất nhập, ngành nghề tạo điều kiện cho doanh nghiệp làm thủ tục phục vụ và duy trì sản xuất kinh doanh. Từ đó việc hợp tác giúp DN phát triển thuận lợi, tháo gỡ khó khăn, thúc đẩy nền kinh tế Việt Nam phát triển.
Các cán bộ hải quan cần đƣợc nâng cao trình độ nghiệp vụ, có thể nắm vững thủ tục hành chính và các văn bản pháp luật chuyên ngành, tránh việc cố tình hiểu một cách cứng nhắc các văn bản pháp luật về các loại hàng hóa mà họ không nắm rõ, gây khó khăn vô lý cho doanh nghiệp. Cán bộ hải quan phải có kiến thức về luật hải quan tránh trƣờng hợp hƣớng dẫn sai doanh nghiệp. Các quy định pháp luật ban hành phải đƣợc thống nhất áp dụng trong toàn ngành, tránh trƣờng hợp mỗi chi cục hải quan lại hiểu và áp dụng một cách khác nhau. Cần nâng cao trình độ anh ngữ, vi tính cho cán bộ hải quan, để có thể xem xét hồ sơ, chứng từ một cách nhanh chóng hiểu quả