Kiến nghị chính sách thống nhất áp dụng cho nhiều bộ ngành. Rà soát, hoàn chỉnh hệ thống pháp luật về hải quan tránh chồng chéo, mâu thuẫn giữa các văn bản tạo thuận lợi cho ngành hải quan khi thực thi, đồng thời đảm bảo đơn giản hóa các thủ tục theo hƣớng phù hợp với thông lệ quốc tế.
Các bộ ngành cần đồng bộ hóa cùng cơ quan hải quan nghiên cứu thực hiện đơn giản hóa thủ tục nhất là các thủ tục sử dụng chứng từ chung, không yêu cầu doanh nghiệp xuất trình nhiều lần sau khi xuất trình cho một cơ quan
nhà nƣớc qua việc sử dụng chung hệ thống trao đổi dữ liệu, rà soát qui định giảm thiểu thấp nhất đi đến xóa bỏ các giấy phép con gây khó khăn cho doanh nghiệp; thực hiện cấp giấy phép điện tử và đồng bộ với các cơ quan để theo dõi, quản lý việc thực hiện giấy phép đã cấp. Các bộ, ngành chuẩn hóa các mặt hàng theo danh mục HS tạo điều kiện cho doanh nghiệp dễ thực hiện, thuận lợi cho hải quan chuyển hóa thống nhất theo biểu thuế xuất nhập khẩu.
Các bộ, ngành nhanh chóng mã hóa danh mục các mặt hàng thuộc diện quản lý theo chuyên ngành để cơ quan hải quan đƣa vào hệ thống xử lý dữ liệu điện tử thực hiện phân luồng tự động và công khai minh bạch cho DN dễ thực hiện.
Thực hiện trao đổi dữ liệu C/O điện tử với các nƣớc để quản lý chặt chẽ, tạo điều kiện thuận lợi cho việc triển khai thu thuế, hoàn thuế, miễm giảm thuế điện tử.
Triển khai áp dụng Manifest điện tử sẽ góp phần nâng cao hiệu qủa công tác quản lý hải quan và tạo thuận lợi thƣơng mại, tạo tiền đền cơ chế một cửa quốc gia để chia sẻ thông tin với các bộ ngành trong quản lý phƣơng tiện vận tải xuất nhập cảnh và thông quan hàng hóa xuất nhập khẩu.
Xây dựng chế độ đãi ngộ, chính sách tiền lƣơng hợp lý để khuyến khích động viên cán bộ công chức nhà nƣớc nói chung và cán bộ công chức hải quan nói riêng làm việc trong môi trƣờng nhạy cảm, tạo tâm lý yên tâm, ổn định công tác, hạn chế tình trạng nhũng nhiễu, tiêu cực.
Tập trung đầu tƣ, hiện đại hóa các trụ sở làm việc, địa điểm kiểm tra tập trung; các trang thiết bị kỹ thuật, công cụ hỗ trợ; hạ tầng truyền thông và ứng dụng công nghệ thông tin phục vụ cho các mặt hoạt động cơ quan hải quan đồng bộ, thống nhất và phù hợp với từng địa phƣơng.
Mở rộng đối tƣợng doanh nghiệp đƣợc ƣu tiên trong lĩnh vực quản lý nhà nƣớc về hải quan. Doanh nghiệp ƣu tiên sẽ đƣợc ƣu tiên miễn kiểm tra
chi tiết hồ sơ, miễn kiểm tra thực tế hàng hóa, không thực hiện kiểm tra sau thông quan tại trụ sở doanh nghiệp….
Từng bƣớc chuyển đổi hệ thống thành dịch vụ công có thu phí với mô hình quản lý theo mô hình doanh nghiệp công ích có sự tham gia quản lý, điều hành của cả khu vực công và khu vực tƣ nhân để vừa đảm bảo khả năng kiểm soát vừa nâng cao hiệu quả đầu tƣ và đáp ứng nhu cầu phát triển của xã hội, định hƣớng xây dựng nguồn nhân lực thích hợp để duy trì, vận hành và nâng cấp hệ thống nhằm đảm bảo tính sẵn sàng, linh hoạt cũng nhƣ khả năng thích ứng nhanh của hệ thống với các thay đổi từ chính sách và nghiệp vụ.