Trong nghiên cứu này, DNA plasmid đƣợc tinh sạch theo kit Qiaprep- miniprep của Qiagen với các dung dịch (đệm) kèm theo: N3, PB, PE, EB. Quy trình thực hiện nhƣ sau:
Một khuẩn lạc (E. coli) đƣợc cấy vào 2 ml LB lỏng có bổ sung ampicillin 50 g/ml và đƣợc nuôi lắc qua đêm ở 37oC khoảng 200 vòng/phút 14-16 giờ. Dịch nuôi cấy đƣợc ly tâm với tốc độ 6.000 vòng/phút trong 10 phút để thu tế bào. Sau đó, tế bào đƣợc hoà trở lại trong 250 l đệm P1 có chứa RNase A 10 mg/ml, trộn đều bằng vortex. Tiếp đó 250 l đệm P2 đƣợc bổ sung vào hỗn hợp trên, đảo nhẹ 4- 6 lần và đặt ở nhiệt độ phòng 5 phút để phá vỡ tế bào giải phóng plasmid. Hỗn hợp đƣợc trung hoà bằng 350 l đệm N3 đã đƣợc làm lạnh, đảo nhẹ 4-6 lần, đặt trên đá 5 phút. Dịch nổi đƣợc thu lại bằng ly tâm 13.000 vòng/phút trong 10 phút và đƣợc chuyển lên cột Qiagen đã cung cấp sn trong kit, tiếp tục ly tâm 13.000 vòng/phút trong 1 phút, loại bỏ dịch chảy qua. Cột Qiagen đƣợc rửa 2 lần, lần thứ nhất bằng 500 l đệm PB, ly tâm 13.000 vòng/phút/1 phút loại bỏ dịch chảy qua; lần thứ 2 bằng 750 l đệm PE và tiếp tục ly tâm để loại bỏ dịch chảy qua. Để loại bỏ hoàn toàn thành phần ethanol có trong đệm PE, cột đƣợc ly tâm thêm 1 lần nữa ở 13.000 vòng/phút/1 phút. DNA trên cột sau đó đƣợc thu lại bằng cách bổ sung 100 l đệm EB (Tris-HCl 10 mM pH 8,5) hoặc nƣớc cất khử ion khử trùng vào giữa cột và để cột đứng trong 1 phút, tiến hành ly tâm 13.000 vòng/phút/1 phút thu dịch. Để thu đƣợc DNA nhiều nhất có thể chiết cột hai lần, mỗi lần bằng 50 l đệm EB với các bƣớc tiến hành tƣơng tự.
DNA plasmid sau tinh sạch đƣợc định lƣợng bằng cách đo độ hấp thụ ánh sáng tử ngoại của các axit nucleic ở bƣớc sóng 260nm (A260). A260 =1 tƣơng đƣơng với hàm lƣợng DNA là 50 μg/ml và tƣơng đƣơng với hàm lƣợng RNA là 40 μg/ml. DNA plasmid đƣợc cho là sạch khi giá trị A260/A280 nằm trong khoảng 1,8-2,0.