Mô hình tổ chức của Ngân hàng Quân đội cũng giống như mô hình hình chung của các Ngân hàng thương mại khác ở Việt Nam, với Đại hội cổ đông là cơ quan quyền lực cao nhất quyết định những vấn đề quan trọng nhất có tính chiến lược cho hoạt động của ngân hàng. Tiếp sau đó là Hội đồng quản trị với chức năng
nhiệm vụ là quản lý chung tất cả mọi mặt của ngân hàng, đưa ra các quyết định mang tính chủ trường định hướng cho hoạt động của Ngân hàng trong từng thời kỳ. Vận hành hoạt động của Ngân hàng là Ban điều hành với Tổng giám đốc và các phó tổng giám đốc chuyên trách với sự giúp đỡ của các Kiểm tra, Kiểm soát và các Ủy ban cao cấp. Ngân hàng tổ chức mô hình hoạt động thành các khối với chức năng nhiệm vụ chuyên biệt nhằm tạo ra mô hình quản lý tập trung, chuyên nghiệp cho từng vị trí như: Khối kinh doanh với nhiệm vụ chính là phát triển hoạt động kinh doanh và dịch vụ, đưa các sản phẩm của Ngân hàng đến với người dân, Khối Hỗ trợ kinh doanh với chức năng giúp đỡ, hoàn thiện thủ tục, kết nối khách hàng và hướng khách hàng sử dụng sản phẩm dịch vụ của ngân hàng. Khối quản trị rủi ro với chức năng quản lý hoạt động, phát hiện và ngăn ngừa cũng cảnh báo sớm các rủi ro có thể xảy ra với hoạt động ngân hàng. Khối hành chính, Khối tổ chức nhân sự… các khối này ngoài chức năng giúp cho Ban điều hành có được các quyết định nhanh và chính xác thông qua công tác báo cáo còn thực hiện chức năng quản lý các Chi nhánh, hỗ trợ các chi nhánh trong hoạt động các Chi nhánh, các phòng giao dịch rộng khắp tại nhiều địa phương trên cả nước. Đây chính là các điểm hoạt động của ngân hàng từ các chi nhánh, điểm giao dịch các sản phẩm dịch vụ sẽ được đưa đến cho khách hàng.
Nhìn mô hình dưới có thể thấy đây vẫn là mô hình còn mang tính đơn giản, chưa theo kịp được so với các Ngân hàng Quốc doanh và các ngân hàng hiện đại trên thế giới, trong thời gian tới để nâng cao hơn nữa chất lượng hoạt động Ngân hàng cần nghiên cứu, tham khảo các mô hình ngân hàng hiện đại trên thế giới và ý kiến của các chuyên gia để từng bước chuyển đổi mô hình nhằm tạo ra tính hiệu quả cao hơn nữa cho hoạt động của Ngân hàng.
Sơ đồ 2.1: Mô hình tổ chức của Ngân hàng Quân đội
Kiểm toán nội bộ
Ban kiểm
soát Hội đồng quản trị Đại hội cổ đông Các ủy ban cao cấp Ban điều hành Văn phòng HĐQT
Cơ quan nghiên cứu phát triển
Khối Kiểm tra - Kiểm soát nội bộ
Ủy ban Alco
Khối Tài Chính Kế Toán
Khối tổ chức nhân sự
Phòng Chính trị Khối Thẩm định Khối Quản Trị rủi ro
Văn phòng CEO
Văn phòng triển khai chiến lược
Ban đầu tư Ban xây dựng cơ bản
Khối Khách hàng lớn Khối Doanh nghiệp vừa và nhỏ Khối Nguồn Vốn và kinh doan tiền tệ Khối Công nghệ thông tin Khối Khách hàng cá nhân nhân Khối Mạng lưới và Phân phối Khối Vận hành