Nhìn chung các ngân hàng đều có mô hình tổ chức giống nhau bao gồm Hội sở chính, các chi nhánh ở các tỉnh thành phố cùng với mạng lưới các phòng giao dịch trực thuộc chi nhánh rộng khắp. Các chi nhánh thực sự là các ngân hàng nhỏ trong ngân hàng với đầy đủ chức năng như một NHTM độc lập như cân đối nguồn vốn sử dụng vốn, đảm bảo khả năng thanh khoản, quản lý rủi ro, trích lập dự phòng… Với mô hình đó khi nguồn vốn tạm thời nhàn rỗi, chi nhánh gửi hội sở chính, ngược lại thì đi vay. Thực tế tại các chi nhánh khi việc tính toán chưa được kịp thời và chính xác nên gây ra tình trạng dư thừa hoặc thiếu hụt nguồn vốn không đáng có. Bên cạnh đó, mỗi phòng ban lại chỉ kiểm soát phần rủi ro liên quan đến nghiệp vụ của phòng mình vì dụ như phòng kế toán và dịch vụ khách hàng chỉ lo về phần khách hàng gửi tiền và rút tiền mặt, các khoản số tiết kiệm đến hạn hoặc gửi mới, còn phòng tín dụng chỉ lo về phần các khách hàng sử dụng hay hoàn trả tín dụng… do đó chức năng quản lý rủi ro bị phân tán. Muốn kiểm soát được một cách chính xác và hiệu quả nhất đòi hỏi phải tập trung về một đầu mối tại mỗi chi nhánh và một đơn vị tập trung tại hội sở để có một kênh liên lạc thống nhất từ trên xuống nhằm quản lý tốt nguồn vốn. Trong thời gian tới Ngân hàng nên tham khảo thêm
các mô hình tổ chức của các ngân hàng lớn ở Việt Nam cũng như các ngân hàng hiện đại trên thế giới để hoàn thiện hơn nữa mô hình của đơn vị. Sử dụng các đơn vị tư vấn chuyên nghiệp để có cái nhìn bao quát, thấy được điểm chưa hoàn thiện... từ đó chuyển đổi mô hình hoạt động nhằm nâng cao hơn nữa hiệu quả kinh doanh.