1 ?ACTTTTCCT CTCCGTATAA ATGACTACAA TGAGGTAGCA CCATGGCGAA CACATCTGCA 6 TTTATGCAAG GAGGGGATAT GGAGAGGCGG CAGTGATCAC GAGCACCCCC ATCCATTTTA
TTGTCCAAGT CCTGCAG
Hình 3.4: So sánh trình tự gen đoạn bổ sung của Mou và cộng sự với đoạn bổ sung tìm thấy ở các giống gà Việt Nam.
Hàng chữ cái là trình tự gen tìm thấy ở bốn giống gà Việt Nam Hàng có dấu sao là trình tự gen của Mou (1995)
Số 0: không có nucleotid tại vị trí đó
*: nucleotid giống với nucleotid ở hàng trên
So với đoạn bổ sung do Mou và cộng sự phát hiện ra (1995), trong đoan bổ sung chúng tôi tìm thấy ở tất cả các mẫu đã giải trình tự của gà Việt Nam còn có một số điểm đột biến khác ở các nucleotid +318, +320, +322, +342, +358 t-ơng ứng. Kết quả này cho thấy cấu trúc intron 1 của gen hormon sinh tr-ởng của cả bốn giống gà Việt Nam là rất đặc thù.
Nh- vậy so với kết quả của Mou và cộng sự (1995), đoạn gen hormon sinh tr-ởng đ-ợc nhân lên bằng cặp mồi PM3 ở các giống gà Việt Nam không chỉ luôn có nucleotid T chèn vào vị trí +160 và nucleotid A chèn vào nucleotid +312 mà còn có 3 điểm đa hình MspI khác ở các nucleotid +441; +538 và +561.
So sánh kết quả giải trình tự gen hormon sinh tr-ởng ở gà Wai Chow vàng của Ip và cộng sự (2000) với trình tự gen hormon sinh tr-ởng do Tanaka công bố (1992), cho thấy trong intron 1 có thêm nucleotid T ở vị trí +160 và một đoạn bổ sung dài 197 bp đ-ợc chèn vào vị trí nucleotid +309 58. Vị trớ và độ dài của đoạn
bổ sung do Ip và cộng sự phỏt hiện ra hoàn toàn trựng lặp với đoạn bổ sung chỳng tụi tỡm thấy ở cỏc giống gà Việt Nam. Điều này cho thấy cú thể nguồn gốc cỏc giống gà nội của chỳng ta tương đối gần với gà Wai Chow vàng của Hồng Cụng, do vậy mà trỡnh tự intron 1 của gen hormon sinh trưởng của chỳng tương đối giống nhau. Tuy nhiờn cú một điểm khỏc biệt là trong đoạn bổ sung Ip và cộng sự tỡm thấy ở gà Wai Chow vàng khụng cú điểm cắt đa hỡnh MspI ở nucleotid +441, bởi vỡ ở vị trớ nucleotid +442 thỡ T khụng đột biến thành C.
AATACGAAGA ACAAGGCAAA CCAGAGTTGT AATGGTGATT GCTATCATAC GTGTTGCCAG
GGATATTAAA ACTCAGTTCC AAGGCTTTAA AACGGAGATC AGGATGATGT CTAATCAGAC
TCATAGAATG GCCCGGGTTG AAAAGCACTT CAAAGATCAC CTAATTTCAA CCCCTTGCAC
T
TTGTCCAAGT CCTGCAG
Hình 3.5: So sánh trình tự gen đoạn bổ sung của Ip và cộng sự với đoạn bổ sung tìm thấy ở các giống gà Việt Nam
Hàng chữ cái là trình tự gen tìm thấy ở giống gà Việt Nam Hàng có dấu sao là trình tự gen của Ip (2000)
*: nucleotid giống với nucleotid ở hàng trên
Mức độ đa hình rất cao trong intron 1 của gen hormon sinh tr-ởng ở các giống gà Việt Nam đã cho thấy khả năng có mối t-ơng quan của đa hình với các tính trạng sản xuất hữu ích.
3.2. Phân tích đa hình trong intron 4 của gen hormon sinh tr-ởng của một
số giống gà Việt Nam
Cặp mồi PS1 có mồi xuôi bắt đầu từ nucleotid +1926 và mồi ng-ợc từ nucleotid +3089. Do đó đoạn gen đ-ợc nhân lên bằng cặp mồi PS1 có kích th-ớc dự đoán là 1164 bp thuộc intron 4 của gen hormon sinh tr-ởng gà.
Kết quả trỡnh bày ở hỡnh 3.6 cho thấy đoạn gen được nhõn lờn bằng cặp mồi PS1 của cả bốn giống gà Ri, Mớa, ỏc, Hồ đều cú kớch thước phự hợp với kớch thước dự đoỏn.
1 2 3 4 5 6 7 M
Hỡnh 3.6: Kết quả nhõn đoạn gen hormon sinh trưởng bằng cặp mồi PS1
M: Marker 4, x 174 cắt bằng HaeIII
1-2: gà Ri; 3-4: gà Mớa; 5-6: gà ỏc; 7: gà Hồ
Theo kết quả nghiờn cứu của Fotouhi và cộng sự (1993); Kuhnlein và cộng sự (1994; 1997), Feng và cộng sự (1997) trong intron 4 của gen hormon sinh trưởng gà cú 2 điểm cắt bằng enzym SacI, trong đú điểm cắt ở nucleotid +2949 là khụng đa hỡnh, cũn điểm cắt ở nucleotid +2563 là đa hỡnh, [50], [69], [68], [48].
Như vậy nếu cắt đoạn gen này bằng enzym SacI thỡ tối đa là cú 4 băng, trong trường hợp dị hợp tử và tối thiểu là cú 2 băng trong trường hợp đồng hợp tử khụng cú điểm cắt đa hỡnh.
Kết quả về cỏc đoạn cắt ADN được miờu tả ở hỡnh 3.7
+2563 +2949 +1926 PS SacI +3089 5’ 3’ a) 1024 bp 140 bp b) 638 bp 386 bp 140 bp c) 638 bp 386 bp 1024 bp 140 bp
Hỡnh 3.7: Cỏc băng dự kiến thu được khi cắt đoạn gen được nhõn lờn bằng cặp mồi PS1 bởi enzym SacI
a: đồng hợp tử khụng cú điểm cắt đa hỡnh b: đồng hợp tử cú điểm cắt đa hỡnh
c: di hợp tử
Sau khi dựng enzym SacI để cắt sản phẩm PCR từ cặp mồi PS1 của 30 mẫu gà Ri, 30 mẫu gà Mớa, 30 mẫu gà ỏc và 30 mẫu gà Hồ, và chạy điện di chỳng tụi chỉ phỏt hiện được hai băng cú chiều dài tương ứng là 1024 bp và 140 bp đối với tất cả cỏc mẫu. So sỏnh kết quả này với cỏc băng dự kiến thu được cho thấy ở cả 4 giống gà chỉ cú một điểm cắt SacI ở nucleotid +2949. Như vậy khả năng tồn tại điểm cắt đa hỡnh SacI ở nucleotid +2563 trong intron 4 của gen hormon sinh
trưởng ở cỏc giống gà nội là rất thấp. Sự khỏc biệt điểm cắt đa hỡnh SacI của cỏc giống gà nội so với gà của nước ngoài cú thể liờn quan với tớnh năng sản xuất và nguồn gốc của chỳng khỏc nhau. Đõy cú thể là một đặc điểm đặc trưng về cấu trỳc intron 4 của gen hormon sinh trưởng của bốn giống gà.
Kết quả cỏc băng điện di ADN sau khi cắt sản phẩm PCR từ cặp mồi PS1 bằng SacI được thể hiện ở hỡnh 3.8.
M 1 2 3 4 5 6 7
Hỡnh 3.8: Kết quả sử dụng SacI cắt đoạn gen hormon sinh trưởng gà được nhõn bằng cặp mồi PS1
M: Marker 5, x 174 cắt bằng HincII
1-2: gà Ri; 3: gà Mớa; 4: gà ỏc; 5: gà Hồ; 7 sản phẩm PC
Kết quả ở hỡnh 3.8 chỉ thu được 2 băng, trong đú một băng cú kớch thước 1024 bp, băng cũn lại cú kớch thước 140 bp. Với số lượng mẫu như trờn chỳng tụi chưa phỏt hiện được điểm cắt đa hỡnh SacI ở đoạn gen được nhõn lờn bằng cặp mồi PS1 của cả bốn giống gà.
Nhưng theo kết quả nghiờn cứu của Fotouhi và cộng sự (1993) thỡ điểm cắt đa hỡnh SacI trong intron 4 của gen hormon sinh trưởng gà hướng thịt là rất hiếm
1057 bp bp
và cỏc tỏc giả chỉ mới phỏt hiện được ở gà thịt cú nhiều mỡ bụng với tần số là 0,1 cũn ở dũng gà thịt cú ớt mỡ bụng hơn thỡ khụng thấy cú điểm cắt đa hỡnh này [50]. Trong khi đú cỏc kết quả nghiờn cứu của Kuhnlein và cộng sự (1994, 1997) thỡ tần số bắt gặp điểm cắt đa hỡnh SacI ở intron 4 của gen hormon sinh trưởng ở 10 đến 12 dũng gà Leghorn trắng là rất cao và dao động từ 0,19 - 0,94. Dũng gà Leghorn được chọn lọc theo hướng khỏng bệnh marek cú năng suất trứng cao thỡ tần số bắt gặp điểm cắt đa hỡnh SacI ở intron 4 của gen hormon sinh trưởng là cao nhất 0,94, cũn ở dũng gà Leghorn mẫn cảm với virỳt rous sacroma là thấp nhất 0,19 [69], [68].
Qua kết quả thu được từ nghiờn cứu của chỳng tụi so với kết quả của Kuhnlein cho chỳng ta thấy bốn giống gà Mớa, ỏc, Ri, Hồ của Việt Nam là cỏc giống gà khụng chuyờn dụng hướng trứng như gà Leghorn trắng, cú thể đú là nguyờn nhõn cho thấy rất hiếm điểm cắt đa hỡnh SacI trong intron 4 của gen hormon sinh trưởng của bốn giống gà này. So sỏnh điểm cắt đa hỡnh SacI trong intron 4 của cỏc giống gà Ri, Mớa, ỏc, Hồ với kết quả nghiờn cứu của Fotouhi và cộng sự (1993) trờn gà hướng thịt cú lượng mỡ khỏc nhau cho thấy bốn giống gà nội của chỳng ta khụng cú sự sai khỏc di truyền với giống gà thịt cú ớt mỡ bụng. Kết quả này cho thấy cả bốn giống gà này đều thiờn về hướng thịt cú ớt mỡ bụng, đõy cú thể là cơ sở khoa học để đỏnh giỏ chất lượng thịt thơm ngon của cỏc giống gà nội.
Do ớt cú khả năng tồn tại điểm cắt đa hỡnh SacI nờn cú thể khụng cú mối liờn quan của điểm cắt đa hỡnh này với cỏc tớnh trạng sản xuất của cả bốn giống gà. Chớnh vỡ vậy mà chỳng tụi khụng sử dụng enzym SacI phõn tớch đa hỡnh gen hormon sinh trưởng của cỏc giống gà nội để xỏc định mối liờn quan của cỏc kiểu gen với cỏc tớnh trạng sản xuất hữu ớch.
Từ kết quả sử dụng enzym MspI và SacI để phõn tớch đa hỡnh hai đoạn gen được nhõn lờn bằng cặp mồi PM3 và PS1 ở cỏc intron 1 và 4 của gen hormon sinh trưởng của cỏc giống gà nội tương ứng, chỳng tụi đó tiến hành sử dụng enzym
MspI để cắt sản phẩm PCR từ cặp mồi PM3 ở hai giống gà Ri và Mớa được theo dừi khả năng sản xuất theo từng cỏ thể, để tỡm mối liờn quan của cỏc kiểu gen với cỏc tớnh trạng sản xuất.