Tuy BV Vinmec đã thu được những thành tựu nhưng bên cạnh đó vẫn còn một số khó khăn, hạn chế nhất định:
Sản phẩm, dịch vụ không có gì khác biệt so với đối thủ cạnh tranh: như BV Việt
Pháp, BV Hồng Ngọc, BV Thu Cúc…Sản phẩm DV không có nhiều sự độc đáo mà chỉ đơn thuần là cung cấp các DV mà KH có nhu cầu. Một số các khoa và trung tâm mới mở như trung tâm xạ trị… mặc dù đã được đầu tư phát triển tuy nhiên đây vẫn là lĩnh vực mới mẻ đối với BV nên các sản phẩm DV từ các khoa chưa thu hút được khách. Các DV bổ sung của BV Vinmec vẫn còn nhiều hạn chế. DV trọn gói và hoàn hảo chưa thực sự được quan tâm.
Chưa có tính cạnh tranh cao về giá: Mức giá hiện nay của BV còn khá cao so
với thu nhập trung bình của người dân Việt Nam. Dù KH mục tiêu của BV là những người có thu nhập cao, tuy nhiên số lượng người thu nhập cao của nước ta không nhiều. Như vậy, giá DV đã hạn chế đi phần nào lượng khách đến BV. Giá bán của sản phẩm DV của BV chưa có tính cạnh tranh cao.
Nội dung hình thức quảng cáo hạn chế: các công cụ xúc tiến mà BV sử dụng
chưa được linh hoạt và chưa phong phú, không chuyên sâu cho nên hiệu quả chưa thực sự cao. Ngoài ra nội dung và hình thức quảng cáo còn nhiều hạn chế. Hiện tại BV mới chỉ sử dụng quảng cáo qua thư trực tiếp, quảng cáo qua mạng internet, còn các loại hình quảng cáo khác như quảng cáo ngoài trời, vật trưng bày, quảng cáo qua truyền hình, truyền thanh còn hạn chế.
Áp lực công việc cao, kỹ năng nghiệp vụ chưa cao: Đội ngũ nhân viên tác nghiệp là những người còn khá trẻ tuy có năng động nhiệt tình nhưng chưa có nhiều kinh nghiệm. Do vậy, bệnh viện cần đặc biệt chú ý hơn tới công tác đào tạo và phát triển nguồn lực. Ngoài ra, công việc của bệnh viện có những đặc thù riêng, môi trường làm việc chuyên nghiệp được quản lý nghiêm ngặt chính vì thế nhân viên phải chịu áp
lực từ phía KH và từ chính phía bệnh viện nên nhân viên không chịu được áp lực công việc hoặc không bắt kịp được với nhịp độ làm việc mà đã bỏ việc cho dù đãi ngộ khá tốt.
Khách hàng chưa được hướng dẫn tận tình: Mặc dù trang thiết bị y tế hiện đại
bậc nhất cả nước nhưng khi KH sử dụng lại chưa được hướng dẫn tận tình và kỹ càng, dẫn đến nhiều trường hợp KH nội trú không biết sử dụng hệ thống giường Hill Rom hiện đại hay hệ thống chuông báo gọi. Do đội ngũ điều dưỡng với khối lượng công việc lớn không thường xuyên kiểm tra và nhắc nhở người bệnh, các quyển hướng dẫn thông tin dành cho người bệnh nội trú không được để sẵn tại các phòng bệnh nhân. Cần đưa ra giải pháp cho vấn đề hướng dẫn người bệnh sử dụng trang thiết bị tại Vinmec.
Giới hạn về thời gian khám: Hiện tại, BV còn các chương trình kiểm tra sức
khỏe như khám sức khỏe định kỳ, tầm soát một số bệnh, tiêm vaccine và một số chương trình giải phẫu thẩm mỹ, vật lý trị liệu… Tuy nhiên, các chương trình này lại được thực hiện trong giờ làm việc hành chính, do đó mà còn hạn chế số lượng KH.