Khi Sổ ATA được cấp ở nước mà hàng hóa được nhập khẩu hoặc được gửi tới một tổ chức cấp Sổ ATA của nước khác một tổ chức quốc tế hay
cơ quan hải quan của bên tham gia hệ thống ATA thì hàng hóa liên quan sẽ được miễn thuế nhập khẩu và không chịu các quy định cấm cũng như hạn chế nhập khẩu ở nước đó. Theo quy định của hệ thống ATA lãnh thổ của các bên ký kết cũng ở trong một liên minh hải quan hoặc kinh tế thì có thể coi như một lãnh thổ duy nhất.
Trong các trường hợp có hành vi gian lận, buôn lậu hoặc lạm dụng chế độ tạm quản, các bên ký kết sẽ tự do áp dụng các thủ tục điều tra người sử dụng Sổ ATA để truy thu thuế nhập khẩu và các khoản tiền khác, đồng thời cũng được tự do áp đặt bất cứ hình phạt nào đối với những bên có liên quan đến người sử dụng Sổ. Trong trường hợp như vậy các tổ chức cấp phát Sổ ATA sẽ có trách nhiệm giúp đỡ cơ quan trong quá trình điều tra gian lận.
Trường hợp Sổ ATA bị phá hủy, mất mát hoặc bị lấy cắp trong khi số hàng hóa nêu trong Sổ đó đang ở trên lãnh thổ của một trong những nước ký kết, theo yêu cầu của tổ chức cấp phát Sổ và tùy thuộc vào những điều kiện mà từng cơ quan hải quan quy định mà hải quan của từng nước ký kết sẽ chấp nhận một tài liệu thay thế và giá trị của tài liệu đó được coi như Sổ gốc.
Các bên tham gia thực hiện hệ thống Sổ ATA có trách nhiệm thực hiện thống nhất hoạt động và hợp tác trong khuôn khổ thực hiện các quy định của hệ thống tạm quản. Bất cứ sự tranh chấp nào giữa các bên ký kết liên quan đến giải thích và áp dụng các quy định của các Công ước trong hệ thống này sẽ được giải quyết thông qua đàm phán giữa các bên. Nếu không giải quyết được các cuộc tranh chấp đó bằng đàm phán giữa các bên ký kết có tranh chấp thì sẽ đưa ra thảo luận tại cuộc họp của cơ quan quản lý hệ thống là Phòng thương mại quốc tế ICC.