Một thực tế cho thấy việc cấp phép cho hàng hóa tạm nhập - tái xuất đang ngày càng có xu hướng tăng, đặc biệt là các mặt hàng đông lạnh, hàng đã qua sử dụng, phế liệu, hàng hạn chế nhập khẩu, chịu thuế tiêu thụ đặc biệt (rượu, thuốc lá, xăng dầu,…) kéo theo công tác quản lý ngày một khó khăn, phức tạp.
Theo Cục Hải quan tỉnh Quảng Ninh thì 80% tổng kim ngạch xuất nhập khẩu qua các cửa khẩu tại Quảng Ninh là hàng hóa tạm nhập - tái xuất (năm 2006 chỉ có 8.231 tờ khai hàng hóa tạm nhập - tái xuất thì đến hết tháng 11 năm 2011 đã có tới 28.621 tờ khai). Lượng hàng hóa tạm nhập - tái xuất tăng nhanh như vậy đã kéo theo nhiều bất cập trong công tác quản lý. Nguy cơ thẩm lậu vào nội địa đối với các mặt hàng kinh doanh có điều kiện như đồ điện tử, xe đạp cũ, nước ngọt,…lợi dụng kinh doanh tạm nhập - tái xuất để vận chuyển hàng cấm như ma túy, ngà voi, động vật quý hiếm,…
Theo quy định của Luật Thương mại, Luật Thuế xuất nhập khẩu thì hàng tạm nhập - tái xuất phải có hợp đồng mua, hợp đồng bán. Nhưng qua kiểm tra cho thấy, thực chất các doanh nghiệp không mua, bán mà làm dịch vụ vận chuyển lợi dụng quy định hàng nhập khẩu được ân hạn thuế 120 ngày (gia hạn thêm thành 180 ngày), nhiều lô hàng tạm nhập đã trôi nổi vào nội địa khá lâu, cung đường vận chuyển dài dẫn tới nguy cơ thẩm lậu vào nội địa.
Theo Cục Hải quan thành phố Hải Phòng, hiện tại các lô hàng khi đến cảng Hải Phòng trên bản lược khai hàng hóa của chủ tàu không thể hiện loại hình xuất nhập khẩu. Do đó, cơ quan hải quan không thể xác định được hàng có đủ điều kiện nhập khẩu hay không để áp dụng biện pháp ngừng làm thủ tục nhập cảnh hoặc không cho dỡ hàng xuống cảng. Việc giám sát hàng hóa xuất nhập khẩu, cơ quan hải quan căn cứ vào bản lược khai hàng hóa bằng bản
giấy do hãng tàu lập hoặc số liệu hàng hóa do hãng tàu dự kiến xếp lên tàu. Nhưng số liệu này không phản ánh đúng thực tế dẫn tới hải quan khó có thể nắm bắt chính xác về lượng hàng hóa ra vào lưu giữ, tồn đọng tại cảng. Do được ân hạn thuế dài, thời gian tạm nhập cho đến khi tái xuất quá lớn, nhưng tại khu vực cảng, cửa khẩu lớn không có khu dành riêng cho hàng hóa tạm nhập - tái xuất (để lẫn với hàng hóa nhập khẩu, xuất khẩu, hàng nội địa,…) điều này không phù hợp với thông lệ quốc tế về quản lý hải quan đối với hàng hóa tạm nhập - tái xuất.