Trước đây, khi chưa ban hành đạo Luật riêng về bồi thường nhà nước, theo một số nhà chuyên gia pháp luật nhận định dựa trên các quy định của pháp luật cũng như từ thực tiễn thì việc ban hành Nghị định số 47/CP được coi “là một bước tiến lớn trong việc hướng dẫn chi tiết, cụ thể và để triển khai thực hiện có
hiệu quả Điều 623 và Điều 624 của Bộ luật Dân sự năm 1995” [32, tr.13] và Nghị
quyết số 388 “là một bước đột phá trong việc Nhà nước nhận trách nhiệm về mình
khi quyền lợi của người dân bị xâm phạm bởi người tiến hành tố tụng” [32, tr.13].
Có thể tính toán được những mặt tích cực và hiệu quả khi áp dụng các quy định của Nghị định 47/CP và văn bản hướng dẫn thi hành “trong khoảng thời gian từ năm 1997 đến 2007 đã có 170 vụ việc được giải quyết, với số tiền
bồi thường là hơn 16 tỷ đồng” [32, tr.16], ngoài ra, người bị oan sai còn được
các cơ quan công an, tòa án, kiểm sát tiến hành phục hồi danh dự, khôi phục nhân phẩm khi bị kết án oan. Bên cạnh đó, đối với bồi thường thiệt hại cho các trường hợp bị oan trong tố tụng hình sự theo quy định của Nghị quyết số 388, sau 04 năm thi hành tính đến hết năm 2007, “các cơ quan tiến hành tố tụng đã giải quyết được gần 200 vụ, với số tiền phải bồi thường là gần 15 tỷ
đồng” [32, tr.16]. Việc ban hành Nghị quyết này đã được dư luận nhân dân
ủng hộ và đồng tình cao, tạm thời khắc phục được những sai phạm gây ra thiệt hại của người thi hành công vụ gây ra, bù đắp một phần tổn thất về vật chất và tinh thần cho người dân, người bị thiệt hại.
điều chỉnh hẹp nên tác động của những văn bản quy phạm pháp luật điều chỉnh trực tiếp về chế độ BTNN tại thời điểm này đều là văn bản dưới luật, có giá trị pháp lý thấp, chưa ngang tầm với tính chất của chế độ TNBTCNN. Chứng minh cho nhận định này, thực tế, “Nghị định số 47/CP hầu như không phát huy tác dụng, chưa được áp dụng để giải quyết bồi thường thiệt hại trong các lĩnh
vực tố tụng hình sự, dân sự và hành chính” [32, tr.16]; việc giải quyết bồi
thường chủ yếu được thực hiện thông qua thủ tục giải quyết khiếu nại hành chính mà không trực tiếp áp dụng Nghị định số 47/CP; số lượng vụ việc được giải quyết bồi thường không tương xứng so với yêu cầu thực tế.
Bên cạnh đó, các quy định trong BLDS chỉ quy định chung chung về TNBT tại Điều 619 về bồi thường thiệt hại do cán bộ, công chức gây ra và Điều 620 về BTTH do người có thẩm quyền của cơ quan tiến hành tố tụng gây ra mà chưa có quy định cụ thể về cơ chế thực hiện trách nhiệm này. Bộ luật TTHS 2003 và Bộ luật TTDS 2004 đều có quy định về TNBT của cơ quan tiến hành tố tụng nhưng cũng chỉ dừng lại ở mức ghi nhận quyền được bồi thường của người bị thiệt hại, trách nhiệm phải bồi thường của cơ quan tiến hành tố tụng mà chưa có cơ chế pháp lý cụ thể để thực hiện việc bồi thường này.
Theo đó, pháp luật về BTNN tại thời điểm này còn nhiều hạn chế, cụ thể, là phạm vi TNBT quy định hẹp, giới hạn phạm vi TNBT chỉ trong lĩnh vực hành chính và tố tụng hình sự. Bên cạnh đó, cơ quan có TNBT không được xác định rõ ràng bởi vì về nguyên tắc, cơ quan giải quyết bồi thường là cơ quan trực tiếp quản lý công chức đã có hành vi gây thiệt hại. Trong lĩnh vực TTHS thì nguyên tắc này có ngoại lệ, thể hiện ở chỗ cơ quan giải quyết bồi thường lại là cơ quan cuối cùng làm sai. Theo Nghị quyết 388 thì cơ quan xử lý oan sau cùng là cơ quan có TNBT bất kể chuỗi hành vi làm oan trước đó là do cơ quan nào thực hiện. Ví dụ: cơ quan điều tra bắt tạm giam một
người, sau đó ra quyết định đình chỉ điều tra thì cơ quan điều tra có trách nhiệm bồi thường; cũng trường hợp này, nếu việc bắt tạm giam một người đã được Viện Kiểm sát nhân dân cùng cấp phê chuẩn thì Viện kiểm sát nhân dân đã phê chuẩn lệnh bắt có TNBT...Nếu người này bị Toà sơ thẩm tuyên có tội nhưng sau đó lại được Tòa án cấp phúc thẩm tuyên vô tội thì cơ quan có trách nhiệm bồi thường là Tòa án đã xét xử sơ thẩm. Đứng ở góc độ người bị thiệt hại thì nguyên tắc này là có lợi cho họ vì người bị thiệt hại có thể dễ dàng xác định được cơ quan có TNBT. Tuy nhiên, đứng ở góc độ cơ quan tiến hành tố tụng thì đây lại là điều khó chấp nhận vì các cơ quan tố tụng luôn cho rằng việc làm sai không chỉ bởi một cơ quan mà là bởi nhiều cơ quan. Đây chính là lý do dẫn tới tình trạng các cơ quan tiến hành tố tụng hay đùn đẩy trách nhiệm cho nhau. Trên thực tế còn có nhiều trường hợp rất khó xác định cơ quan nào có TNBT, nhất là khi có cán bộ của nhiều cơ quan cùng gây ra thiệt hại. Việc không có quy định để xác định một cách rõ ràng cơ quan nào có TNBT trong các trường hợp này đã gây ra nhiều khó khăn cho tổ chức, cá nhân bị thiệt hại trong quá trình thực hiện quyền được bồi thường của mình.
Về thủ tục giải quyết bồi thường bao gồm thủ tục thương lượng tiền tố tụng; thủ tục giải quyết bồi thường tại Tòa án; thủ tục khôi phục danh dự và chi trả tiền bồi thường cho người bị thiệt hại; thủ tục giải quyết bồi thường tại Tòa án được áp dụng như thủ tục giải quyết vụ án dân sự thông thường tại Điều 12 Nghị quyết số 388 được quy định chưa rõ, chưa đồng bộ, gây khó khăn cho việc thực hiện quyền yêu cầu bồi thường của bị thiệt hại. Đối với việc giải quyết bồi thường thiệt hại trong hoạt động hành chính thì thủ tục còn rườm rà, không bảo đảm quyền của bên bị thiệt hại. Ví dụ, Điều 7 Nghị định số 47 chỉ quy định về việc xét giải quyết bồi thường thông qua một Hội đồng xét giải quyết bồi thường mà không quy định về thủ tục giải quyết bồi thường tại Tòa án. Đây rõ ràng là một sự hạn chế quyền về mặt tố tụng đối với người
bị thiệt hại. Khi không cho phép người bị thiệt hại có quyền được khởi kiện ra Tòa án để yêu cầu bồi thường thì có nghĩa là cơ chế giải quyết bồi thường được quy định trong Nghị định số 47 là không hợp lý vì đã hạn chế một cách bất hợp lý quyền được sử dụng nhiều phương thức, trong đó có phương thức khởi kiện ra Toà án để bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của mình.
Về các loại thiệt hại được Nhà nước bồi thường được quy định còn chung chung, chưa cụ thể và khó áp dụng.Về cơ bản, thiệt hại do công chức nhà nước gây ra cho tổ chức, cá nhân được các cơ quan nhà nước bồi thường bao gồm cả thiệt hại về vật chất lẫn thiệt hại về tinh thần, tương tự như trong quy định của pháp luật dân sự. Tuy nhiên, có thể nhận thấy, các văn bản QPPL thời điểm này chưa đề cập đến những loại thiệt hại mà đối với bên bị thiệt hại lại rất quan trọng; ví dụ: phục hồi vị trí công tác, chế độ hưu trí. Đối với các cá nhân là chủ doanh nghiệp thì pháp luật cũng chưa tính đến các loại thiệt hại mà doanh nghiệp phải gánh chịu trong những trường hợp mà chủ doanh nghiệp bị bắt, tạm giữ, tạm giam, chấp hành hình phạt tù nên đã gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến hoạt động của doanh nghiệp.
Về trách nhiệm hoàn trả của công chức chưa được quy định rõ ràng và chưa có tác dụng giáo dục đối với công chức. Điều 619 và Điều 620 của BLDS 2005 chỉ quy định: cơ quan trực tiếp quản lý công chức có hành vi gây thiệt hại phải có trách nhiệm yêu cầu công chức đó hoàn trả một khoản tiền theo quy định của pháp luật nếu công chức đó có lỗi trong khi thi hành công vụ. Nghị định số 47 đã ghi nhận một số quy định như: thành lập Hội đồng quyết định việc hoàn trả; căn cứ xác định việc hoàn trả; phương thức hoàn trả và mức khấu trừ vào tiền lương hàng tháng nếu công chức không thể hoàn trả ngay trong một lần nhưng còn nhiều vấn đề khác liên quan chưa được quy định trong Nghị định này. Nghị quyết số 388 cũng đã có quy định về việc hoàn trả nhưng cũng không quy định cụ thể việc hoàn trả được thực hiện như
thế nào mà chỉ xác định một cách chung chung. Thực tiễn cho thấy, chưa có trường hợp công chức nào trong các cơ quan tiến hành tố tụng hình sự phải thực hiện trách nhiệm hoàn trả.
Những hạn chế về mặt pháp luật tại thời điểm này về BTTH do người thi hành công vụ gây ra và thực tiễn thi hành cho thấy pháp luật trong lĩnh vực này còn nhiều bất cập; chưa đầy đủ và đồng bộ, thiếu cụ thể, thiếu tính khả thi. Việc bảo vệ quyền con người theo quy định của pháp luật tại giai đoạn này chưa cao, chưa nói đến việc thúc đẩy hoặc nỗ lực thúc đẩy quyền con người về BTNN trong xã hội. Người dân oan sai, vẫn mãi mang nỗi oan ức trong lòng, thiệt hại, tổn thất về vật chất và tinh thần nhiều thế hệ không bù đắp hết. Người bị thiệt hại chưa được bù đắp, phục hồi quyền lợi, gây rất nhiều bức xúc cho người dân và sự mất lòng tin vào Nhà nước của nhân dân. Công chức Nhà nước thì chưa xác định rõ trách nhiệm của mình và dự đoán được những hệ quả mà mình mang lại cho Nhà nước và cho người dân khi do vô ý hay cố ý làm sai gây thiệt hại trong quá trình thi hành công vụ.