Xuất phát từ tầm quan trọng của hoạt động thanh tra, giám sát đối với việc đảm bảo an toàn của hệ thống ngân hàng Việt Nam nên Chính phủ và NHNN đã ban hành nhiều cơ chế chính sách điều chỉnh hoạt động này. Đó là hệ thống các văn bản quy phạm pháp luật gồm Luật, Nghị định, Thông tư, Chỉ thị, Quyết định, Quy chế...
Đáng chú ý là sự ra đời của Luật NHNN 46/2012/QH12 tại Chương V về thanh tra, giám sát ngân hàng quy định: “Cơ quan Thanh tra, giám sát ngân hàng là đơn vị thuộc cơ cấu tổ chức của Ngân hàng Nhà nước, thực hiện nhiệm vụ thanh tra, giám sát ngân hàng, phòng, chống rửa tiền”. Thủ tướng Chính phủ quy
định cụ thể về tổ chức, nhiệm vụ, quyền hạn của Cơ quan Thanh tra, giám sát ngân hàng. Mục đích “Thanh tra, giám sát ngân hàng nhằm góp phần bảo đảm sự phát triển an toàn, lành mạnh của hệ thống các tổ chức tín dụng và hệ thống tài chính; bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của người gửi tiền và khách hàng của tổ chức tín dụng; duy trì và nâng cao lòng tin của công chúng đối với hệ thống các tổ chức tín dụng; bảo đảm việc chấp hành chính sách, pháp luật về tiền tệ và ngân hàng; góp phần nâng cao hiệu quả và hiệu lực quản lý nhà nước trong lĩnh vực tiền tệ và ngân hàng”.
Để đảm bảo an toàn và phát triển hệ thống NHTM Việt Nam, góp phần ổn định kinh tế vĩ mô, Cơ quan Thanh tra, giám sát ngân hàng đã tham mưu cho Lãnh đạo NHNN rà soát sửa đổi, bổ sung, ban hành một số quy định mới phù hợp với diễn biến của hoạt động ngân hàng tại Việt Nam và thông lệ, chuẩn mực quốc tế, như: Quy định về sáp nhập, hợp nhất, mua lại TCTD; hướng dẫn tổ chức, quản trị, điều hành, vốn điều lệ, chuyển nhượng cổ phần, bổ sung, sửa đổi giấy phép, điều lệ của NHTM; quy định về việc kiểm soát đặc biệt đối với TCTD; quy định về việc cấp giấy phép thành lập và hoạt động NHTMCP, quy định mới về các tỷ lệ bảo đảm an toàn trong hoạt động của TCTD...
Các chính sách, quy định an toàn và biện pháp thận trọng trong lĩnh vực ngân hàng được ban hành từ trước đến nay đã góp phần quan trọng nâng cao hiệu quả quản lý, thanh tra, giám sát các TCTD. Tuy nhiên, cơ chế chính sách
vẫn chưa đáp ứng kịp thời yêu cầu thanh tra, giám sát ngân hàng hiện đại và thực hiện các thông lệ, chuẩn mực quốc tế về thanh tra, giám sát ngân hàng.
Các văn bản pháp lý hiện còn thiếu như: Nghị định về tổ chức và hoạt động của thanh tra, giám sát ngân hàng; Nghị định về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực tiền tệ và hoạt động ngân hàng; Thông tư về trình tự, thủ tục thanh tra ngân hàng, giám sát ngân hàng; Thông tư về hệ thống quản lý rủi ro trong hoạt động ngân hàng; Thông tư về giám sát rủi ro lãi suất, rủi ro thanh khoản và rủi ro tỷ giá đối với tổ chức tín dụng, chi nhánh ngân hàng nước ngoài... Vì thế, khuôn khổ pháp lý cho hoạt động thanh tra giám sát tổ chức tín dụng còn quá nhiều khoảng trống.
Cơ quan chịu trách nhiệm chính việc thanh tra, giám sát các tổ chức tín dụng hiện nay là Cơ quan thanh tra giám sát ngân hàng, được tổ chức thành hai cấp: trực
thuộc NHNN trung ương và trực thuộc NHNN chi nhánh tỉnh, thành phố. Hoạt động thanh tra giám sát hiện nay chủ yếu tập trung vào rủi ro an toàn vi mô của từng tổ chức tín dụng, trong khi cơ sở pháp lý về thanh tra, giám sát rủi ro an toàn vĩ mô chưa được ban hành và không được thực hiện trên thực tế. Bên cạnh đó, phương pháp thanh tra giám sát chưa phù hợp với chuẩn mực quốc tế, vì hoạt động này vẫn dựa trên thanh tra giám sát tuân thủ, chưa áp dụng rộng rãi thanh tra giám sát rủi ro nên hiệu quả không cao. Bằng chứng là tỷ lệ nợ xấu tăng cao trong các ngân hàng một thời gian dài chưa được cảnh báo và xử lý nghiêm khắc ngay từ đầu.
Phạm vi thanh tra giám sát ngân hàng hiện nay chưa toàn diện, hoạt động chưa được thực hiện trên cơ sở hợp nhất toàn bộ các thành phần liên quan của một tổ chức nên chưa xác định đúng tính chất, mức độ rủi ro tiềm ẩn trong hoạt động của tổ chức tín dụng. Cơ quan thanh tra giám sát ngân hàng không có quyền thực hiện thanh tra giám sát các công ty con, công ty liên kết của tổ chức tín dụng hoạt động trong lĩnh vực chứng khoán, bảo hiểm nên thời gian qua chúng ta chưa đánh giá chính xác thực trạng toàn bộ hoạt động kinh doanh của tổ chức tín dụng.
Với mô hình tổ chức phân tán, việc phân cấp ủy quyền cho NHNN cấp tỉnh thực hiện thanh tra các tổ chức tín dụng trên địa bàn quản lý dẫn đến khó triển khai thanh tra toàn diện các tổ chức tín dụng và thanh tra giám sát trên cơ sở rủi ro. Cơ chế thực thi hoạt động thanh tra giám sát theo địa phương hiện không hiệu quả, không phù hợp với thực tiễn hoạt động kinh doanh của tổ chức tín dụng vốn tập trung tại Hội sở chính. Điều này cũng dẫn tới hoạt động giám sát còn khoảng trống lớn, lãng phí nhân lực do công việc giám sát bị chia cắt theo địa giới hành chính trong khi hoạt động kinh doanh lại điều hành theo chiều dọc. Bất cập này ảnh hưởng đến khả năng đánh giá của cơ quan giám sát về định hướng phát triển từng tổ chức tín dụng, rủi ro tiềm ẩn và làm giảm khả năng dự báo xa về khủng hoảng.
Việc phân tán trên còn khiến việc quản lý và điều phối lực lượng cán bộ thanh tra chưa phù hợp, bởi việc bố trí sắp xếp thanh tra viên ở chi nhánh lại thuộc thẩm quyền của giám đốc NHNN chi nhánh tỉnh nên Chánh Thanh tra giám sát Ngân hàng ở NHNN trung ương không có quyền chủ động quản lý điều phối sử dụng các thanh tra viên trong toàn hệ thống khi cần thiết.
Trong nội bộ các cơ quan thanh tra giám sát, việc phối hợp còn hạn chế, chưa hiệu quả. Sự song trùng lãnh đạo giám sát ngân hàng tại NHNN trung ương và
các chi nhánh tại địa phương không phát huy hết vai trò trách nhiệm của thanh tra mà còn có hiện tượng đùn đẩy trách nhiệm giữa trung ương và địa phương dẫn đến các vụ việc không được kiểm tra. Việc phối hợp giữa cơ quan thanh tra giám sát ngân hàng với NHNN chi nhánh không chặt chẽ và không hiệu quả, nhất là trong quản lý thanh tra giám sát và xử lý sai phạm của tổ chức tín dụng.