Bộ máy Quản lý, điều hành cấp cao:
Hiện nay, nhìn chung các NHTM được tổ chức theo mô hình Quản lý hiện đại, trong đó tách bạch rõ ràng nhiệm vụ, quyền hạn của chủ sở hữu, HĐQT, BKS và ban điều hành về cơ bản, các cơ quan Quản lý, điều hành, kiểm soát của ngân hàng đều đủ về số lượng, chất lượng từng bước được chuẩn hóa, đảm bảo các điều kiện, tiêu chuẩn tối thiểu về đạo đức và trình độ chuyên môn theo quy định của Nghị định số 59/2009/NĐ-CP ngày 16/7/2009 về tổ chức và hoạt động của NHTM (Nghị định số 59).
Trong những năm qua, cùng với sự tăng trưởng nhanh về quy mô hoạt động, hầu hết các NHTM đã tăng cường đáng kể số lượng nhân sự trong bộ máy Quản lý, điều hành. Song song với sự gia tăng về số lượng là sự nâng cao về chất lượng của các nhân sự chủ chốt. Đa số nhân sự chủ chốt tại các NHTM đều là những người có trình độ chuyên môn và kinh nghiệm trong lĩnh vực tài chính ngân hàng, am hiểu pháp luật. HĐQT, ban điều hành của một số NHTMCP như Techcombank, Tienphongbank, VPBank, Eximbank đã có sự tham gia của các thành viên người nước ngoài. Một số ngân hàng được thành lập các ủy ban chuyên trách trực thuộc HĐQT, bổ sung thành viên HĐQT độc lập.
Bộ phận kiểm toán nội bộ và hệ thống kiểm soát nội bộ:
Hiện nay, tất cả các NHTMCP đều đã thành lập và vận hành chức năng kiểm toán nội bộ, thiết lập hệ thống kiểm soát nội bộ theo quy định của pháp luật. Nhiều ngân hàng đã xây dựng được một đội ngũ kiểm soát viên khá đông đủ tại tất cả các bộ phận nghiệp vụ của ngân hàng như dịch vụ khách hàng và thẩm định, hồ trợ tín dụng, kế toán giao dịch, thanh toán quốc tế, nguồn vốn, kinh doanh ngoại tệ... Hoạt động kiểm toán nội bộ đã được triển khai tập trung vào một số nghiệp vụ, hoạt động có độ rủi ro cao và đã đưa ra các kết luận, khuyến nghị kịp thời.
Tuy nhiên, công tác kiểm toán nội bộ tại các NHTM hiện còn nhiều bất cập. Bộ phận kiểm toán nội bộ của các NHTM hiện vẫn mang nặng tính hình thức, chưa thực sự phát huy vai trò của kiểm toán nội bộ, chưa đủ khả năng đánh giá chất lượng của hệ thống kiểm soát nội bộ. Hoạt động kiểm toán nội bộ chưa có công nghệ phù hợp để thu thập, xử lý thông tin một cách hiệu quả, khoa học. Chất lượng đội ngũ kiểm toán viên chưa cao, số lượng không đủ so với quy mô
hoạt động của ngân hàng, thiếu nhiều cán bộ kiểm toán có kỹ năng và nghiệp vụ chuyên sâu, chậm phát hiện những tồn tại của ngân hàng. Phương pháp kiểm toán chưa thực hiện trên cơ sở rủi ro, vẫn chỉ là phương pháp hậu kiểm, chủ yếu kiếm toán theo sự vụ, mảng nghiệp vụ, chưa ban hành đầy đủ các quy trình kiểm toán cho các mặt nghiệp vụ. Tại nhiều ngân hàng, chưa có sự hợp tác giữa cán bộ kiểm toán nội bộ tại Hội sở và các chi nhánh, khiến chi phí kiểm toán tăng cao, cán bộ kiểm toán còn ngại va chạm, do đó, hạn chế hiệu quả kiểm toán nội bộ.
Hệ thống kiểm soát nội bộ của các NHTM mặc dù được thiết lập theo quy định, song vẫn chưa đầy đủ, chưa đảm bảo tính hiệu lực và hiệu quả của các khâu kiểm soát nội bộ, vẫn để xảy ra nhiều vụ việc sai phạm quy trình nghiệp vụ hồ sơ tín dụng, .. Các NHTM chưa quan tâm đúng mức đến việc tự rà soát, đánh giá hệ thống kiểm soát nội bộ.
Về năng lực quản lý điều hành:
Năng lực quản lý điều hành của các NHTM đã có nhiều chuyển biến tích cực trong những năm gần đây. Nhiều NHTMCP đã có những biến đổi lớn về tư duy trong công tác quản lý, điều hành. Sự nhận thức về tầm quan trọng của công tác quản lý, điều hành, mức độ kiến tạo và đầu tư cho bộ máy quản lý, điều hành, tổ chức nhân sự ngày càng được nâng cao rõ nét. Một số NHTMCP có quy mô hoạt động lớn như Sacombank, ACB, Techcombank đã quan tâm xây dựng bộ máy quản lý, điều hành tiến gần với thông lệ quốc tế, các cơ quan trong bộ máy quản lý điều hành được phân định chức năng nhiệm vụ rõ ràng. Một số ngân hàng cũng đã thuê các tổ chức có uy tín của nước ngoài xây dựng lại sơ đồ, cơ cấu tổ chức bộ máy cho phù hợp với quy mô hoạt động mới, phù hợp với các nguyên tắc quản lý điều hành tiên tiến. Một số ngân hàng đã có các chuyên gia nước ngoài tham gia bộ máy quản lý điều hành. Đa số các ngân hàng đã thực hiện nguyên tắc tập thể trong quản lý, điều hành.
Tuy nhiên, so với các chuẩn mực quản lý quốc tế và quy định hiện hành của Nghị định số 59 cũng như của Luật các TCTD 2010, năng lực quản lý điều hành của các NHTM hiện còn hạn chế. Mức độ hạn chế có sự khác biệt giữa các loại hình NHTM chủ yếu do đặc thù về cơ cấu chủ sở hữu.
Tại các NHTMCP, cơ cấu cổ đông khá đa dạng, gồm doanh nghiệp nhà nước, công ty cổ phần, doanh nghiệp khác và các cổ đông thể nhân. Thực tế, các
cổ đông pháp nhân ít phát sinh việc chuyển nhượng cổ phần, có tính ổn định cao hơn cổ đông thể nhân. Hiện tại, ngoại trừ ba ngân hàng có số lượng cổ đông dưới 100 (Đông Nam Á, Bắc Á, Việt Nam Thương Tín), tất cả các NHTMCP khác đều đã trở thành công ty đại chúng. Đã có 10/35 NHTMCP có cổ đông chiến lược nước ngoài (Techcombank, VPBank, HBB, SeaBank, OCB, EIB, Phương Nam, Sacombank, ACB, ABB). Các NHTMCP đều báo cáo tuân thủ Tỉ lệ sở hữu cổ phần của cổ đông theo quy định, tuy nhiên, trên thực tế vẫn còn tồn tại một số ngân hàng có một số cổ đông hoặc nhóm cổ đông chiếm tỷ trọng cổ phần lớn, có thể chi phối định hướng hoạt động của ngân hàng như SCB. Tại một số NHTMCP, phong cách quản lý điều hành chưa được đổi mới, vai trò của BKS mờ nhạt, tính minh bạch trong quản lý điều hành chưa cao, nhân sự điều hành thường xuyên thay đổi do kém hấp dẫn đối với các cán bộ giỏi. Ngoài ra, vẫn còn hiện tượng hoạt động quản lý, điều hành tại một số ít ngân hàng tập trung trong tay một số cổ đông hoặc nhóm cổ đông có lợi ích liên quan, chiếm tỷ trọng cổ phần lớn, có thể chi phối các quyết định trọng yếu của ngân hàng. Điều này dẫn đến tình trạng ngân hàng hoạt động phục vụ chủ yếu lợi ích của một nhóm người, thiếu cơ chế minh bạch trong quản lý, điều hành, khả năng rủi ro cao. Hơn nữa, trước thực tế số lượng ngân hàng gia tăng, quy mô và mạng lưới hoạt động tăng trưởng mạnh, nhiều ngân hàng đang phải đối mặt với sự khan hiếm nguồn nhân lực chất lượng cao.