Tổ chức sản xuất trong NTTS tương đối đa dạng, song chủ yếu là kinh tế hộ gia đình và trang trạị Ngoài ra còn có các thành phần kinh tế khác như các doanh nghiệp, tổ hợp tác và hợp tác xã.
Hộ gia đình: Chiếm phần lớn trong cơ cấu tổ chức sản xuất NTTS với khoảng 43.834 hộ, đa phần là các hộ nuôi tôm, nuôi cá mương vườn, nuôi tôm càng xanh và một số ít nuôi cá TC-BTC (cá tra, cá lóc). Phần lớn là các hộ nuôi với quy mô nhỏ lẻ nhưng nó đã góp phần đáng kể vào thu nhập của gia đình.
31
Trang trại: Đây là loại hình chuyên về nuôi trồng thủy sản với diện tích trên 3,1 ha/trại và giá trị sản xuất hàng hóa từ 1 tỷ đồng/năm trở lên (Thông tư 27/2011/TT- BNNPTNT ngày 13/04/2011 của Bộ NN - PTNT).... Tổ chức sản xuất NTTS theo mô hình trang trại được thành lập từ các hộ gia đình cá biệt có tiềm lực tài chính lớn, hoặc các doanh nghiệp chuyên về thủy sản; loại hình tổ chức này được đầu tư khá bài bản về cơ sở hạ tầng (điện, nước, công trình phụ trợ...), kỹ thuật nuôi, chủ động đầu rạ.. Đến năm 2012 toàn tỉnh Trà Vinh có 16 trang trại NTTS trong đó huyện Cầu Ngang (8 trang trại), Duyên Hải (7 trang trại) và huyện Châu Thành (1 trang trại).
HTX, THT: đây là loại hình sản xuất có sự liên kiết của nhiều hộ gia đình chuyên hoạt động nuôi thủy sản hoặc các hộ gia đình có nguồn thu chính từ hoạt động thủy sản; tạo ra mối liên kết giữa các thành viên trong HTX hoặc THT hỗ trợ nhau về kỹ thuật, con giống, đầu rạ.. hiện tại tỉnh Trà Vinh có 8 HTX và khoảng 164 THT thủy sản với số thành viên khoảng 2.435 người, trong đó chủ yếu là các THT, HTX nuôi nghêu và nuôi tôm.