Theo Nguyễn Hữu Thọ (2006) trung bình 1 ha tôm sú bán thâm canh, mỗi năm thải ra môi trường 1 - 2,5 tấn chất thải gồm phân, sinh vật chết, dư lượng thuốc và hóa chất là nguyên nhân tích tụ mầm bệnh và thường xuyên gây ra bệnh dịch cục bộ trên tôm nuôị Ngoài ra, còn có khoảng 2 - 2,5 tạ vôi, 2 - 2,5 tạ Domolite tồn dư khiến đất bị vôi hóa và gần 2 tạ Saponin, Chlorin, thuốc tím,… là những chất lắng đọng dạng vôi, dạng Mangan hydroxide, làm thay đổi độ pH, biến đổi hệ sinh thái đất, ảnh hưởng đến hệ sinh vật của vùng nước. Trong quá trình ôxi hóa, dư lượng thuốc tím Mn4+ huỷ diệt toàn bộ vi sinh vật yếm khí, những vi khuẩn rất nhạy cảm, đóng vai trò quan trọng trong quá trình phân huỷ chất hữu cơ.
Các nghiên cứu của Boyd (1985), Gross và cộng sự (1998) cho thấy cá da trơn chỉ hấp thu được 27 -30% nitrogen (N), 16 - 30% photpho (P) và khoảng 25% chất hữu cơ đưa vào từ thức ăn. Các nghiên cứu của Yang (2004) khi thử nghiệm nuôi cá da trơn trong 90 ngày cho thấy cá chỉ hấp thu được khoảng 37% hàm lượng N và 45% hàm lượng P trong thức ăn cho vào ao nuôi; như vậy, để đạt được sản lượng trung bình khoảng 200 tấn cá/ha với hệ số chuyển đổi thức ăn FRC là 1,6 cần sử dụng lượng thức ăn tối thiểu là 320 tấn và lượng chất hữu cơ thải ra môi trường là khoảng 256 tấn.
Hoạt động chế biến thủy sản cũng là nguồn gây ô nhiễm môi trường nếu không được kiểm soát chặt chẽ. Hiện với lượng sản phẩm qua chế biến trên 25.043 tấn/năm và lượng nước sử dụng cho 1 tấn sản phẩm trung bình là 15 m3 thì lượng nước thải sẽ khoảng 0,38 triệu m3/năm, như vậy đến năm 2015 sẽ là 0,5 triệu m3/năm; năm 2020 là 0,77 triệu m3/năm và năm 2030 là 1,29 triệu m3/năm.
63
Với tổng nhu cầu nguyên liệu khoảng 56.260 tấn và lượng thành phẩm là 25.043 tấn, như vậy, tổng lượng chất thải rắn trong các nhà máy chế biến thủy sản là khoảng 31.217 tấn. Chất thải rắn từ các nhà máy chế biến thủy sản chủ yếu là phế liệu từ quá trình chế biến như đầu, vây, vảy, nội tạng của các loài tôm cá. Tuy nhiên, lượng chất thải này thường được các cơ sở sản xuất thức ăn chăn nuôi thu mua tái chế biến, chỉ một phần nhỏ là phải thải bỏ. Mức độ độc hại tuy không cao nhưng nếu không được xử lý kịp thời sẽ gây ra mùi hôi thối ảnh hưởng đến sức khỏe người lao động và dân cư xung quanh nhà máỵ