Do phân tích dư lượng thuốc BVTV trong nông sản khó, chi phí cao. Việc thu phí thực hiện theo Thông tư số 223/2012/TT-BTC ngày 24 tháng 12 năm 2012 của Bộ Tài chính Quy định chế độ thu, nộp và quản lý sử dụng phí, lệ phí trong lĩnh vực bảo vệ thực vật.
Hiện nay, các hãng sản xuất thiết bị phân tích rất hiện đại áp dụng kĩ thuật số cho ra các máy móc phân tích nhanh phương pháp thực hiện đơn giản Agilent 5975 GC/MS Multi - residue 2006 nhưng giá thành thiết bị đắt chỉ có các cơ quan, viện nghiên cứu đầu ngành mới có các thiết bị hiện đại [2], [4].
Danh mục thuốc BVTV được phép sử dụng, hạn chế sử dụng ở Viêt Nam ban hành hàng năm có khoảng gần 800 hoạt chất thuốc BVTV các loại, được sử dụng trên các loại nông sản nói chung. Do vậy việc quan tâm đến dư lượng các chất độc hại trong nông sản không chỉ các nhà quản lý, nhà khoa học mà còn của toàn xã hội [22], [27].
Trong việc quản lý dư lượng thuốc BVTV và rau an toàn, một điều khó khăn là nhiều loại thuốc BVTV đã được sử dụng ở nhiều nước song chưa có MRL (MEL) của Tổ chức Y tế và Tổ chức Nông lương Thế giới (FAO/WHO). Lý do là các tổ chức này còn phải đợi sử dụng an toàn một thời gian mới chấp nhận chỉ tiêu này do các nhà sản xuất đưa ra. Nhiều nước đưa ra các MRL khác nhau, thậm chí lại khác nhau khá lớn, gây khó khăn cho giao dịch thương mại quốc tế. Do đó đã có 5 Hội nghị cấp Bộ trưởng các nước trong khu vực ASEAN tổ chức liên tục hàng năm từ 1998 đến 2004 để hài hoà và thống nhất 455 MRL trên rau cho 36 thuốc BVTV với 50 loài rau phổ biến ở trong vùng [31].