Những bất cập trong Luật Hải quan Hải quan và sự thiếu đồng bộ của Luật có liên quan:
Trong quá trình thực hiện Luật Hải quan thƣờng phát sinh các vƣớng mắc, các giá trị pháp lý những nội dung quy định chi tiết tại các Nghị định, Thông tƣ hƣớng dẫn thi hành Luật chƣa ổn định và chƣa phù hợp với thực tiễn.
Thứ nhất, bản thân Luật Hải quan chứa đựng một số quy định chƣa khả thi, bất cập về chính sách và pháp luật đối với đối tƣợng ƣu đãi miễn thuế, thủ tục hồ sơ đăng ký và thực hiện miễn thuế và về kiểm tra, giám sát, quản lý hàng hóa.
Pháp luật về hải quan chƣa có quy định rõ ràng về quản lý nhà nƣớc về hải quan đối với hoạt động đầu tƣ trực tiếp tại khu kinh tế, thủ tục hải quan chƣa đơn giản, rõ ràng, minh bạch, công khai, thuận tiện và thống nhất, phù hợp với các chuẩn mực quốc tế về hải quan, chƣa thực sự tạo thuận lợi cho hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu, chƣa cơ chế khuyến khích, động viên ngƣời khai hải quan tuân thủ pháp luật hải quan, pháp luật thuế trong quản lý hải quan.
Thứ hai, sự thiếu đồng bộ giữa Luật Hải quan và các luật khác có liên
Việt Nam ở giai đoạn đầu hội nhập, hệ thống pháp luật chƣa đầy đủ, không đồng bộ, thiếu minh bạch và chặt chẽ.
Công tác quản lý nhà nƣớc về hải quan, bên cạnh Luật Hải quan còn có nhiều luật quản lý chuyên ngành khác nhƣ: Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, Luật Thƣơng mại, Luật Quản lý thuế, Luật Sở hữu trí tuệ,… Do thời gian ban hành khác nhau, mục đích điều chỉnh khác nhau, nên, một số nội dung của các Luật này không thống nhất, đồng bộ với Luật Hải quan. Thực tế đã cho thấy, những nội dung không thống nhất, đồng bộ này đã gây ra bất cập, khó thực hiện có hiệu quả. Đảng ta khẳng định, cần "Tiếp tục đổi mới và nâng cao chất lượng công tác xây dựng pháp luật, trước hết là quy trình xây dựng luật, pháp lệnh; luật, pháp lệnh cần quy định cụ thể, tăng tính khả thi để đưa nhanh vào cuộc sống" [23]. Chất lƣợng và tính khả thi của pháp luật, một mặt đòi hỏi pháp luật bản thân tự nó phải ban hành đúng quy trình, phù hợp và đáp ứng yêu cầu, mục tiêu quản lý, mặt khác, phải đồng bộ, thống nhất với các luật trong hệ thống pháp luật Việt Nam để tránh tạo kẽ hở, mâu thuẫn để lợi dụng vi phạm hoặc hiểu không đúng, dẫn đến phát sinh khiếu kiện trong quá trình áp dụng và thực hiện.
Luật Hải quan và Luật Quản lý thuế quy định không thống nhất về khai bổ sung về thuế. Đơn cử, Luật Quản lý thuế chỉ đề cập đến việc khai bổ sung về thuế sau khi hàng hoá đã đƣợc thông quan. Thực tế phát sinh một số trƣờng hợp: ngƣời khai hải quan yêu cầu đƣợc khai bổ sung sau khi hàng hoá đã thông quan, nhƣng không ảnh hƣởng đến số thuế, không ảnh hƣởng đến chính sách quản lý mặt hàng. Tuy nhiên, Luật Hải quan không quy định khai bổ sung trong trƣờng hợp này, nên không có cơ chế để cơ quan hải quan xem xét, giải quyết các trƣờng hợp Doanh nghiệp đầu tƣ trực tiếp tại KKT có yêu cầu đƣợc khai bổ sung sau khi hàng hoá đã thông quan, nhƣng không ảnh hƣởng đến số thuế, không ảnh hƣởng đến chính sách quản lý mặt hàng.