KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU
3.1.4.1. Khảo sát nồng độ các cặp mồ
Nhiều kết quả thực nghiệm cho thấy rằng nồng độ mồi cho PCR nằm trong khoảng 100 đến 1000 nM. Nồng độ mồi quá cao có khả năng gây tạo những mồi nhị phân (primer dimer) mà không làm gia tăng hiệu quả nhân bản của phản ứng. Việc tăng nồng độ mồi còn có thể làm xuất hiện các sản phẩm kí sinh trong phản ứng.
Nồng độ mồi trong thành phần PCR cơ bản là 200 nM. Trong thí nghiệm này, nồng độ mồi chứng nội được khảo sát theo chiều hướng giảm dần là 100, 75, 50 và 25 nM tương ứng với các nghiệm thức IC1, IC2, IC3 và IC4. Mẫu thử là 3 mẫu lâm sàng đã được giải trình tự nêu trên.
Hình 3.11. Điện di sản phẩm PCR multiplex với các nồng độ mồi chứng nội trên 3 mẫu. Các nồng độ mồi chứng nội gồm 100 nM (IC1), 75 nM (IC2), 50 nM (IC3) và 25 nM (IC4).
Kết quả cho thấy với nồng độ mồi chứng nội trong khoảng 50 nM (IC3) – 100 nM (IC1), 3 cặp mồi đặc hiệu hoạt động hiệu quả hơn trên các mẫu khảo sát so với khi nồng độ mồi chứng nội là 200 nM. Tuy nhiên, sản phẩm nhân bản với cặp mồi vacA
s1/s2 lại cho tín hiệu yếu.
Chúng tôi tiến hành khảo sát các nồng độ mồi vacA s1/s2 tăng dần là 200, 300, 400 và 500 nM.
Hình 3.12. Điện di sản phẩm PCR multiplex với các nồng độ mồi vacA s1/s2 từ 200 đến 500 nM trên 3 mẫu.
Kết quả từ hình 3.12 cho thấy trong khoảng nồng độ mồi vacA s1/s2 từ 300 đến 500 nM thì tín hiệu các sản phẩm nhân bản từ các mồi khác bị giảm, đặc biệt là sản phẩm từ mồi cagA. Vì thế, chúng tôi chọn nồng độ 200 nM của mồi vacA s1/s2 cho các nội dung tiếp theo.