KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU
3.1.3.2.Khảo sát sự đặc hiệu của phản ứng nhân bản
Sự đặc hiệu của phản ứng PCR được xác định thông qua hai tiêu chí: (1) sự đặc hiệu của mồi thể hiện qua khả năng nhân bản và chỉ nhân bản trình tự mục tiêu trên chủng vi khuẩn xác định; (2) sự đặc hiệu của sản phẩm nhân bản thể hiện qua mức độ tương đồng cao với các trình tự gene tương ứng trong Ngân hàng dữ liệu gene.
Để xác định độ đặc hiệu của các cặp mồi sử dụng, chúng tôi thực hiện phản ứng PCR trên DNA từ 2 chủng H. pylori ATCC J99 vàTx30a ; đồng thời trên DNA từ E. coli, Salmonella typhimurium, Clostridium perfringens, Klebsiella pneumonia, Pseudomonas aeruginosa.
Hình 3.7. Điện di sản phẩm PCR từ DNA H. pylori và DNA từ các vi khuẩn khác.
Hình 3.7A. Sản phẩm PCR từ DNA H. pylori và từ DNA các vi khuẩn khác với các cặp
mồi đặc trưng cho H. pylori ; Hình 3.7B. Sản phẩm PCR từ DNA vi khuẩn E. coli,
Salmonella typhimurium, Clostridium perfringens với các cặp mồi đặc trưng cho các vi khuẩn này.
A
Kết quả từ hình 3.7A cho thấy các cặp mồi khảo sát chỉ nhân bản những trình tự gene mục tiêu của H. pylori, không cho phép nhân bản DNA của các loại vi khuẩn khác mặc dù chất lượng các DNA này vẫn cho phép quá trình nhân bản với các cặp mồi phù hợp trong hình 3.7B.
Tính đặc hiệu của sản phẩm nhân bản được xác định bằng cách đem giải trình tự và so sánh với các trình tự công bố trên Ngân hàng dữ liệu gene NCBI (Phụ lục 3). Kết quả minh họa được trình bày trong hình 3.8 cho thấy sản phẩm PCR chúng tôi thu được có độ tương đồng cao với trình tự trên vùng gene tương ứng công bố trên NCBI.
Hình 3.8. Trình tự nucleotide của sản phẩm PCR với cặp mồi vacA m1/m2 so sánh với trình tự công bố trên NCBI .