Căn cứ vào sự phân rã nhiều ít có thể nguyên liệu ban đầu dùng làm cơ chất cho trồng nấm gồm hai loại chủ yếu:
- Nguyên liệu thô chưa hoặc ít bị phân rã như rơm rạ, bã mía, mụn xơ dừa, mạt cưa, lõi bắp, lá chuối khô, lục bình khô, thân cây đậu, thân cây gỗ... Phần lớn các loài nấm trồng, như nấm rơm, nấm mèo, bào ngư, nấm hương, linh chi,…, sử dụng nguồn nguyên liệu này với quy trình chế biến đơn giản.
- Nguyên liệu đã tương đối bị phân hủy mạnh như như phân ngựa, phân bò, phân gà, mà khi ủ tiếp với rơm rạ, bã mía,… sẽ tạo nên cơ chất gọi là compost đã thành chất mùn. Compost được dùng trồng chủ yếu cho các loại nấm mỡAgaricus.
Tuỳ từng loại nấm trồng mà chọn loại nguyên liệu. Nguyên liệu thô không phải khúc gỗ được xử lý để thành cơ chất qua các bước: thấm nước đưa về độ ẩm thích
hợp, bổ sung thêm chất dinh dưỡng như cám, bắp, urê, DAP…, ủ, cho vào vật chưa như khay, bịch và khử trùng hoặc đóng mô, khay…tuỳ từng loại nấm và phương pháp nuôi trồng.
Chế biến compost cho nuôi trồng nấm mỡ Agaricus. Quá trình chế biến compost có thời gian kéo dài, kèm mùi hôi thối của nguyên liệu và gồm nhiều pha. Trong pha I của quá trình thực hiện ngoài trời, nguyên liệu ban đầu chất thành đống được đảo trộn và tưới nước theo chu kỳ. Trong pha I này, các vi sinh vật thực hiện sự phân rã ban đầu đối với nguyên liệu. Pha này thường thực hiện xong trong 9–12 ngày, khi nguyên liệu (như rơm rạ) trở nên mềm dẽo, màu nâu đậm và có khả năng giữ nước. Thường ammonia bốc mùi mạnh. Phase II lên men trong nhà là khử trùng Pasteur, khi mà các sinh vật không mong muốn bị loại bỏ. Quá trình này thực hiện trong phòng được thổi hơi nước nóng vào để giữ nhiệt độ không khí ở 60 0C trong ít nhất 4 giờ. Nhiệt độ sẽ hạ xuống đến 500C trong 8–72 giờ phụ thuộc vào compost. Carbon dioxide CO2 duy trì ở 1.5–2% và mức ammonia giảm xuống dưới 10 PPM. Tiếp theo pha phase II tạo compost, cơ chất được làm lạnh xuống 300C cho
Agaricus bitorquis và 250C cho A. bisporusđể gieo meo [24].
Tuỳ vào điều kiện của người trồng nấm, tuỳđịa phương, chủng nấm, cơ chất có thể được xếp thành mô luống (nấm rơm), cho khay hay giàn kệ hoặc túi nylon lớn (nấm mỡ), cho bịch PP,…Nuôi trên khúc cây thì xếp dựng chéo chạm đất hay trên giàn kệ. Các gốc cây sau khi bị cưa mất thân và ngọn, nếu cấy meo giống vào, ủ và được tưới nước sẽ cho ra nấm và sau một thời gian gốc cây bị phân rã.