Những hạn chế của Cụng ty cổ phần xõy lắp Thành An 96 xuất phỏt từ nhiều nguyờn nhõn. Trong đú cú những nguyờn nhõn xuất phỏt từ phớa chủ quan của Cụng ty và cú những nguyờn nhõn khỏch quan xuất phỏt từ chớnh những điều kiện bờn ngoài ảnh hưởng đến hoạt động đấu thầu của Cụng ty. Đối với những nguyờn nhõn chủ quan việc nhận biết và tỡm giải phỏp khắc phục cú thể được thực hiện một cỏch hiệu quả. Tuy nhiờn đối với những nguyờn nhõn bờn ngoài những yếu tố Cụng ty khú cú thể kiểm soỏt được vỡ vậy cần cú sự giỳp đỡ của nhiều cơ quan chức năng cũng như sự quản lý sỏt sao của Nhà nước trong lĩnh vực này.
Cụng tỏc lập hồ sơ dự thầu chưa được tốt: Ở một số gúi thầu mà cụng ty tham gia dự thầu, do khụng làm tốt cụng tỏc nghiờn cứu, đỏnh giỏ gúi thầu kỹ càng và việc khụng nắm bắt kịp thời những thay đổi của thị trường dẫn tới việc đưa ra giỏ dự thầu khụng sỏt với thực tế gõy trượt thầu. Điều này gõy lóng phớ về thời gian, cụng sức và tiền bạc của cụng ty.
Trong quỏ trỡnh thực hiện thi cụng đụi khi vẫn để xảy ra sai sút làm tăng chi phớ, chậm tiến độ thi cụng. Cụng tỏc quản lý chất lượng cụng trỡnh, quản lý quỏ trỡnh thực hiện thi cụng vẫn chưa được chặt chẽ dẫn tới một số hiện tượng như mất cắp nguyờn vật liệu, cụng nhõn làm khụng đỳng theo hướng dẫn…
Với những cụng trỡnh cú giỏ trị lớn đũi hỏi nhà thầu cú kinh nghiệm, cú năng lực kỹ thuật cao thỡ cụng ty khú cạnh tranh được với những cụng ty khỏc và thường trượt thầu.
Cụng tỏc nghiờn cứu thị trường, tỡm kiếm cỏc cơ hội tham gia đấu thầu vẫn chưa phỏt huy hết hiệu quả. Cú rất nhiều gúi thầu phự hợp với khả năng của cụng ty nhưng do khụng biết thụng tin về gúi thầu nờn đó để lỡ cơ hội kinh doanh.