II. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨ U
3.4.4.Sự tương đồng về nucleotide và axitamin giữa các chủng virus Care
khác nhau cụ thể:
+ Các chủng virus: CDV2H, CDV3P, CDV5R, CDV6H, CDV10P, CDV12H, CDV13R nằm trong cùng một nhánh phát sinh và thuộc nhóm Asia1.
+ Các chủng virus CDV16H, CDV19R và CDVVX nằm trong cùng một nhánh phát sinh và thuộc nhóm vacxin và classic.
3.4.4. Sự tương đồng về nucleotide và axitamin giữa các chủng virus Care nghiên cứu: nghiên cứu:
Từ cây sinh học phân tử biết được các nhóm virus Care phân bố chúng tôi lựa chọn ra 6 chủng CDV1P, CDV6H, CDV13R, CDV16H, CDV19P, CDVVX đại diện để xác định sự tương đồng về nucleotide và axit amin. Kết quảđược trình bày ở bảng 3.13.
Bảng 3.13. So sánh tương đồng nucleotide và axit amin đoạn gene H
Chủng virus CDV1P CDV6H CDV13R CDV16H CDV19P CDVVX CDV1P 100 98.69 98.74 91.13 91.02 91.40 CDV6H 91.17 100 99.51 91.13 91.02 91.35 CDV13R 93.25 99.22 100 91.24 91.13 91.35 CDV16H 74.02 69.15 68.56 100 96.77 99.18 CDV19P 67.03 66.32 66.58 92.12 100 96.99 CDVVX 70.95 69.49 68.48 98.16 91.12 100
Sự tương đồng nucleotide của 3 chủng virus CDV1P, CDV6H, CDV13R đạt mức cao từ 98,69 đến 100%. 3 chủng virus CDV16H, CDV19P, CDVVX là từ 96,77 đến 100%. Sự tương đồng nucleotide của 2 nhóm Asia1(CDV1P, CDV6H, CDV13R) và nhóm vacxin và classic (CDV16H, CDV19P, CDVVX) là từ 91,02 và 91,40.
71
Sự tương đồng axit amin của 3 chủng virus CDV1P, CDV6H, CDV13R là từ 91,17 đến 100%. 3 chủng virus CDV16H, CDV19P, CDVVX là từ
91,12 đến 100%. Sự tương đồng nucleotide của 2 nhóm Asia1(CDV1P, CDV6H, CDV13R) và nhóm vacxin và classic (CDV16H, CDV19P, CDVVX) là từ 66,58 đến 74,02%.
Bảng 3.14. So sánh tương đồng nucleotide và axit amin đoạn gene P
Chủng virus CDV1P CDV6H CDV13R CDV16H CDV19P CDVVX CDV1P 100 98,72 94,87 93,59 93,85 94,10 CDV6H 72,83 100 96,15 94,87 94,87 96,92 CDV13R 92,71 93,75 100 94,62 94,87 95,13 CDV16H 72,83 73,91 88,33 100 99,23 96,92 CDV19P 74,44 75,56 88,42 98,93 100 97,18 CDVVX 94,10 94,87 88,30 92,39 93,48 100
Sự tương đồng nucleotide của 3 chủng virus CDV1P, CDV6H, CDV13R đạt mức cao từ 98,72 đến 100%. 3 chủng virus CDV16H, CDV19P, CDVVX là từ 96,92 đến 100%. Sự tương đồng nucleotide của 2 nhóm Asia1(CDV1P, CDV6H, CDV13R) và nhóm vacxin và classic (CDV16H, CDV19P, CDVVX) là từ 93,85 và 96,92.
Sự tương đồng axit amin của 3 chủng virus CDV1P, CDV6H, CDV13R là từ 92,71 đến 100%. 3 chủng virus CDV16H, CDV19P, CDVVX là từ
92,39đến 100%. Sự tương đồng nucleotide của 2 nhóm Asia1(CDV1P, CDV6H, CDV13R) và nhóm vacxin và classic (CDV16H, CDV19P, CDVVX) là từ 72,83 đến 88,42%.
72
3.5. Kết quả chế tạo kháng thểđa dòng tương ứng với các chủng virus Care phân lập được ở Việt Nam và chủng virus vacxin để dùng cho phản ứng trung