II. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨ U
3.4.2.Kết quả so sánh trình tự axitamin của đoạn gen eP và đoạn gene Hc ủa
của các chủng virus nghiên cứu với chủng virus vacxin
Từ các trình tự nucleotide của đoạn gene thu được, tiến hành xác định trình tự axitamin của đoạn gene H và đoạn gene P dựa trên bộ mã của vi khuẩn bậc thấp (bacterial code) có trong ngân hàng gene và so sánh trình tự
axitamin của các chủng virus Care nghiên cứu và chủng virus vacxin kết quả
66
Hình 27. So sánh trình tự axit amin của đoạn gene H của các chủng virus Care nghiên cứu
67
Hình 28. So sánh trình tự axit amin của đoạn gene P của các chủng virus Care nghiên cứu
Những sai khác về trình tự nucleotide của bộ ba mã hóa có thể dẫn đến những sai khác về thành phần axit amin (cứ 3 nucleotide mã hóa cho một axit amin – 3 nucleotide này được gọi la bộ 3 mã hóa) tuy nhiên cũng có những sự
thay đổi về nucleotide mà không dẫn đến sự thay đổi về axit amin do một số
axit amin có thể do nhiều bộ ba nucleotide cùng mã hóa. Chính vì vậy đôi khi sự sai khác về nucleotide lại không dẫn đến sự sai khác về axit amin nên không làm thay đổi cấu trúc của protein được mã hóa bởi gene. Tuy nhiên có
68
những sai khác về nucleotide sẽ dẫn đến những sai khác trong bộ ba mã hóa và hệ quả là sự sai khác axit amin và có thể thay đổi cả tính chất của protein
được tạo ra bởi axitamin này và đây là nguyên nhân phát sinh các biến dị di truyền thay đổi cả tính gây bệnh của virus. Để nghiên cứu toàn diện về đặc tính sinh học phân tử của các chủng virus Care nghiên cứu thì sau khi xác
định được trình tự nucleotide cần xác định tiếp thành phần axit amin của đoạn gene đó để có kết quả chính xác về sự biến đổi ở mức độ phân tử của các chủng virus Care phân lập và chủng virus vacxin.
Qua kết quả so sánh trình tự axit amin của chuỗi gene H giải trình tự
cho thấy: Trình tự axit amin của chủng CDV10P có 94 sự sai khác so với trình tự axit amin của chủng virus vacxin. Đó là các axit amin sau: 21, 30, 31, 146, 155, 156, 157, 159, 160, 162, 171, 178, 180, 187, 198, 239, 241, 245, 247, 274, 275, 276, 277, 278, 279, 280, 281, 288, 289, 291, 292, 293, 298, 300, 301, 303, 311, 320, 322, 326, 329, 330, 331, 339, 347, 350, 351, 356, 363, 369, 370, 372, 377, 382, 385, 395, 397, 401, 411, 413, 419, 420, 422, 428, 430, 439, 446, 448, 449, 450, 451, 453, 454, 456, 472, 477, 485, 490, 491, 493, 497, 500, 504, 514, 515, 517, 518, 519, 520, 521, 535, 544, 554, 566.
(Giải thích: axit amin 21 có nghĩa là có sự sai khác về axit amin ở vị trí thứ 21 trong trình tự 586 axit amin theo thứ tự của trình tự axit amin thu nhận
được).
Trình tự acit amin của các chủng CDV12H, CDV13R, CDV16H, CDV19P, CDV1P, CDV2H, CDV3P, CDV5R, CDV6H có sự sai khác với trình tự axit amin của chủng vacxin lần lượt là 89, 91, 9, 31, 96, 96, 95, 91, 96.
Tương tự, so sánh trình tự axit amin của chuỗi gene P giải trình tự cho thấy: Trình tự axit amin của chủng CDV1P có 13 điểm sai khác so với trình tự
axit amin của chủng virus vacxin. Đó là các axit amin sau: 4, 5, 6, 9, 17, 19, 77, 85, 90, 103, 115, 116, 119.
69
Trình tự axit amin của các chủng CDV2H, CDV3P, CDV5R, CDV6H, CDV10P, CDV12H, CDV13R, CDV16H, CDV19P có sự sai khác với trình tự axit amin của chủng virus vacxin lần lượt là 11, 11, 9, 11, 9, 9, 11, 7, 6.
So sánh tương tự trình tự axitamin của đoạn gene P và H của các chủng virus phân lập CDV2H, CDV3P, CDV5R, CDV6H, CDV10P, CDV12H, CDV13R, CDV16H, CDV19P cũng thấy có sự sai khác.