II. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨ U
3.4.1.Kết quả so sánh trình tự nucleotide trong gene của các chủng virus
Care nghiên cứu và chủng virus vacxin
Nghiên cứu các đặc tính sinh học phân tử của các chủng virus Care phân lập ở Việt Nam, chúng tôi tiến hành giải trình tựđoạn gene H và gene P của 10 chủng virus nghiên cứu và chủng virus được sử dụng làm vacxin để
xác định sự tương đồng về nucleotide giữa các chủng virus Care ở Việt Nam và chủng này, qua đó thấy được cụ thể hơn mức độ biến đổi thành phần nucleotide cũng như mối quan hệ giữa các chủng virus gây bệnh ở Việt Nam và chủng virus được sử dụng làm vacxin.
a. Với đoạn gene Haemagglutinin của virus Care
Chuỗi gene H giải trình tự thành công có kích thước 1824bp được dùng làm chuỗi truy cập chương trình BLAST của ngân hàng gene quốc tế nhằm tìm kiếm các chuỗi đích đã được đăng ký trong ngân hàng gene dựa vào mức
độ tương ứng về nucleotide.
Qua hình 24 ta thấy, kết quả bảng so sánh về thành phần nucleotide cho các chủng virus Care giải trình tự được đều có sự sai khác tương đối về thành phần nucleotide với chủng vacxin. Trong đó, đoạn gene Haemagglutinin của
62
10 chủng virus Care nghiên cứu và chủng vacxin đều có cùng số lượng nucleotide là 1824bp.
Chủng virus CDV-10P có 152 điểm sai khác nucleotide so với chủng vacxin CDV-VX ở các vị trí nucleotide (phụ lục 2)
Chủng virus CDV12H, CDV13R, CDV16H, CDV19P, CDV1P, CDV2H, CDV3P, CDV5R, CDV6H có các điểm sai khác nucleotide so với chủng virus vacxin CDV-VX lần lượt là: 159, 160, 17, 48, 155, 157, 159, 150, 161.
Tương tự chúng tôi tiếp tục tiến hành so sánh trình tự nucleotide giữa các chủng virus CDV12H, CDV13R, CDV16H, CDV19P, CDV1P, CDV2H, CDV3P, CDV5R, CDV6H với nhau chúng tôi thấy cũng có sự sai khác.
b. Với đoạn gene Phosphor protein của virus Care:
Chuỗi gene mà chúng tôi tiến hành giải trình tự thành công có kích thước 390bp được dùng làm chuỗi truy cập trong chương trình BLAST của ngân hàng gene quốc tế nhằm tìm kiếm các chuỗi đích được đăng ký trong ngân hàng gene dựa vào mức độ tương ứng về nucleotide. Qua kết quả so sánh được trình bày ở hình 26 cho thấy các chủng virus Care giải trình tự được để có sự sai khác về thành phần nucleotide với chủng virus vacxin.
Trong đó đoạn gene P nghiên cứu đều có cùng số lượng 390bp và cùng số lượng nucleotide với chủng virus vacxin.
So sánh sự tương đồng về nucleotide của CDV đoạn gene P giữa chủng virus CDV1P với chủng virus vacxin chúng tôi thấy có 23 điểm sai khác tại các điểm sau: 13(G<->A), 15(A<->T), 18(G<->A), 28(C<->A), 51(A<->G), 57(G<->A), 131(A<->G), 176(G<->A), 185(A<->G), 185(A<->G), 218(A<- >G), 227(A<->G), 232(G<->A), 248(A<->G), 255(C<->A), 271(A<->T), 290(T<->C), 309(A<->G), 310(G<->A), 346(A<->G), 348(G<->A), 350(A<- >G), 358(T<->C), 362(A<->C).
63
So sánh tương tự chúng tôi thấy chủng virus CDV2H, CDV3P, CDV5R, CDV6H, CDV10P, CDV12H, CDV13R, CDV16H, CDV19P có sự
sai khác về nucleotide so với chủng virus vacxin lần lượt là 20, 23, 21, 20, 20, 19,19, 12, 11.
Tương tự chúng tôi tiếp tục tiến hành so sánh trình tự nucleotide giữa các chủng virus CDV12H, CDV13R, CDV16H, CDV19P, CDV1P, CDV2H, CDV3P, CDV5R, CDV6H với nhau chúng tôi thấy cũng có sự sai khác.
Tóm lại, qua kết quả phân tích thành phần nucleotide của các chủng virus Care chúng tôi nhận thấy trình tự nucleotide của đoạn gene Haemagglutinin và gene Phosphor protein của các chủng virus Care nghiên cứu có sự sai khác giữa các chủng virus phân lập được và với chủng virus vacxin.