Hiện nay, Vinatranco có hai dòng thanh toán chủ yếu, gồm có dòng thanh toán của Công ty với các nhà cung cấp và dòng thanh toán của khách hàng hoặc đại lý với Công ty.
Việc thanh toán với nhà cung cấp thông thường được Công ty thực hiện trước khi nhận hàng, đặc biệt là hàng Total. Tuy nhiên, nhà sản xuất cũng có chính sách hỗ trợ để Công ty hạn chế thiệt hại do lạm phát, hỗ trợ chạy các chương trình khuyến mại, hỗ trợ kỹ thuật… Để nhận được những hỗ trợ đó đồng thời đảm bảo duy trì quan hệ kinh doanh lâu dài, Công ty phải thực hiện đúng theo phương thức thanh toán đã thỏa thuận, dù điều này đôi khi gây bất lợi cho Công ty, nhất là trong trường hợp khách hàng chậm thanh toán cho Công ty.
Việc thanh toán hiện nay giữa các đại lý, khách hàng trực tiếp và Công ty được thực hiện theo một trong hai phương thức sau:
• Phương thức thứ nhất: thanh toán ngay 30% tiền hàng – hoặc còn gọi là ký quỹ - số còn lại sẽ thanh toán trong vòng 30 ngày sau khi lấy hàng, nếu quá thời gian quy đinh trên sẽ phải chịu lãi suất 10%/năm.
• Phương thức thứ hai: không cần thanh toán ngay 30% tiền hàng, thời hạn thanh toán là 30 ngày, nếu quá thời hạn này sẽ phải chịu lãi suất là 12%/năm.
Trên thực tế, trên 80% số đại lý của Công ty thường xuyên hoặc đôi khi chậm trễ trong việc thanh toán. Như vậy, việc kiểm soát dòng thanh toán này của Vinatranco chưa thực sự tốt. Chính sách thanh toán Công ty đưa ra chưa thực sự thúc đẩy việc thanh toán nhanh và đúng hạn từ phía các đại lý.