Mặc dù hoạt động của các DNNN được CPH đã chứng tỏ tác dụng to lớn của nó, nhất là trong điều kiện hội nhập KTQT, song thực tế các DNNN đã được CPH đang phải đối mặt với vô vàn những khó khăn.
+ Khó khăn và cản trở lớn nhất trong quá trình CPH ở nước ta đó là sự nhỏ bé và yếu ớt của khu vực tư nhân. Sự nhỏ bé và yếu ớt của khu vực kinh tế tư nhân phản ánh trình độ chậm phát triển của nền kinh tế thị trường trong đó hình thái doanh nghiệp một chủ tự mình đứng ra kinh doanh là phổ biến. Do đó, hình thái công ty cổ phần còn xa lạ với hầu hết mọi người. Một trong những khó khăn lớn mà quá trình CPH DNNN ta đang gặp phải là thiếu nguồn cung cấp thông tin trung thực, đáng tin cậy về tình hình tài chính của doanh nghiệp cho những người có nhu cầu đầu tư bằng cổ phiếu trong những doanh nghiệp được cổ phần hóa. Nguyên nhân là do hoạt động kiểm toán
chưa trở thành một hoạt động phổ biến và thống nhất dẫn đến việc khó xác định chính xác giá trị doanh nghiệp. Một số quy định kiểm toán Nhà nước thực hiện kiểm toán lại kết quả định giá và xử lý các vấn đề về tài chính trước khi công bố giá trị doanh nghiệp đối với 4 nhóm đối tượng: tập đoàn kinh tế, Tổng công ty Nhà nước, DNNN có quy mô lớn hoạt động kinh doanh trong những lĩnh vực, ngành nghề đặc thù và các DNNN theo yêu cầu của Thủ tướng Chính phủ. Quy định này nhằm tránh thất thoát vốn Nhà nước. Tuy nhiên trên thực tế, khối lượng công việc của kiểm toán Nhà nước hàng năm là rất lớn, thời gian để thực hiện kiểm toán các đối tượng CPH cũng không phải là ngắn, chắc chắn sẽ ảnh hưởng đến tiến độ CPH. Và thực tế là hầu như chưa có năm nào kế hoạch cổ phần hóa được hoàn thành theo đúng đề án sắp xếp lại DNNN của Chính phủ phê duyệt. Điều đó làm cho chương trình CPH phải thực hiện trong một thời gian dài song song với sự hình thành và phát triển hình thái công ty cổ phần cũng như xác lập môi trường pháp lý tương ứng và không thỏa mãn được các cam kết quốc tế về chương trình cổ phần hóa. Song song với sự yếu ớt và nhỏ bé của khu vực kinh tế tư nhân là sự thiếu vắng một thị trường tài chính lành mạnh, công khai là thị trường chứng khoán. Thị trường chứng khoán là trung tâm phản ánh trạng thái hoạt động của các công ty cổ phần trong nền kinh tế thị trường. Nó vừa là điều kiện, vừa là tấm gương phản chiếu sự ra đời và hoạt động của các công ty cổ phần. Đi liền với sự thiếu vắng của thị trường chứng khoán ổn định, minh bạch là sự thiếu hệ thống pháp lý và tổ chức vận hành đã gây khó khăn và cản trở cho quá trình CPH. Đó là việc xác định giá trị doanh nghiệp, việc phát hành và lưu thông cổ phiếu, việc mua bán và chuyển nhượng cổ phiếu, hệ thống pháp lý và tổ chức để đảm bảo duy trì được hoạt động của thị trường chứng khoán.
+ Sau khi tiến hành cổ phần hóa, một số doanh nghiệp vẫn trong tình trạng cũ, ít có sự thay đổi về cơ cấu ban lãnh đạo, cơ chế quản lý, chiến lược
sản phẩm…Khoảng 81,5% giám đốc, 78% chức danh phó giám đốc và kế toán trưởng không có sự thay đổi [15,tr.33]. Nếu có thay đổi chỉ là giám đốc DNNN cũ trở thành lãnh đạo mới của công ty cổ phần, chưa có doanh nghiệp nào sử dụng cơ chế thuê giám đốc điều hành. Một mặt nữa là do tỷ lệ sở hữu của cổ đông nhỏ lẻ khá thấp nên họ hầu như không có quyền nào trong kiểm soát, mặt khác một số DNNN tuy không nắm giữ cổ phần chi phối nhưng như trên luận văn đã phân tích, tỷ lệ nắm giữ vốn điều lệ của Nhà nước vẫn đến 51% dẫn đến việc CPH vẫn có thể sẽ hoạt động theo định hướng cũ. Cụ thể là: cổ phần hóa vẫn chưa tạo được sự rạch ròi giữa quyền quản lý Nhà nước và quyền sở hữu, vì Nhà nước vừa là người ban hành các qui định, vừa là cổ đông lớn. Khi sở hữu đa số cổ phần, những người đại diện vốn Nhà nước tại doanh nghiệp có quyền phủ quyết các quyết định quản lý và đầu tư quan trọng, và điều này có thể dẫn đến trường hợp can thiệp một cách duy ý chí vào hoạt động điều hành của doanh nghiệp. Ở tầm vĩ mô, việc Nhà nước đóng vai trò kép, vừa là chủ sở hữu các DNNN và các DN CPH, vừa là cơ quan hành pháp tối cao, tạo khả năng một số cơ quan của Nhà nước bị thao túng. Đây cũng chính là đặc điểm mà các thành viên của Tổ chức thương mại thế giới lo ngại về khả năng Nhà nước can thiệp sâu vào thị trường và thậm chí làm cho các cam kết mở cửa thị trường của Việt Nam bị vô hiệu hóa. Mặt khác, các nhà đầu tư thường tỏ ra thờ ơ với những DN mà phần vốn Nhà nước còn quá lớn, họ hầu như không có cơ hội tham gia thay đổi phương pháp quản trị, điều hành doanh nghiệp nên sẽ hạn chế việc huy động vốn để phát triển thị trường vốn của đất nước.
+ Khó khăn trong việc xác định giá trị doanh nghiệp, vẫn còn nhiều bất cập dẫn đến tính toán không chính xác, tình trạng CPH khép kín những năm trước đây cũng để lại những hậu quả không nhỏ. Điều này bộc lộ rất rõ trong việc giá trị quyền sử dụng đất vào doanh nghiệp CPH chưa có hướng dẫn cụ
thể trong các văn bản hướng dẫn thi hành Luật đất đai, đặc biệt là mức giá áp dụng, trình tự thủ tục… Trên TTCK hiện nay đôi lúc xảy ra trường hợp có những DN tiềm lực kinh tế cỡ trung bình, nhưng khi CPH thì chỉ số cổ phiếu tăng nhiều lần so với giá trị thực. Những DN này thường thuê đất, trả tiền thuế đất hàng năm nhưng khi niêm yết giá trị tài sản của mình lên sàn giao dịch chứng khoán lại liệt kê cả giá trị quyền sử dụng đất. Nếu có sự lẫn lộn giữa giá trị quyền sử dụng đất và giá trị tài sản của DN gắn liền với đất sẽ dẫn đến bất lợi là xuất hiện tranh chấp, chuyển nhượng, mua gom, khống chế cổ phần, thâu tóm và kiểm soát công ty sau CPH vì giá trị đất.
Ngược lại, lại có tình trạng không tính giá trị quyền sử dụng đất vào giá trị doanh nghiệp khi CPH bằng cách duy trì các hợp đồng thuê đất lâu dài sẵn có. Khi đã CPH, giá trị sử dụng đất có thể trở thành giá trị siêu lợi nhuận trong kinh doanh vốn của DN. Không tính giá trị quyền sử dụng đất vào giá trị doanh nghiệp khi CPH tức là NN đã từ bỏ quyền được nhận phần “địa tô chênh lệch” phát sinh từ quyền sử dụng đất. Tất yếu, phần ”địa tô” ấy sẽ rơi vào túi những nhà quản lý, điều hành DN sau CPH.
Các DNNN, thường là những DN nằm trên phần đất đai diện tích lớn, vị thế đẹp, có giá trị lớn. Quy định DNNN CPH có trách nhiệm rà soát, xây dựng và gửi phương án sử dụng đất đến Uỷ ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương trên địa bàn trước khi thực hiện xác định giá trị DN. DN được lựa chọn hình thức thuê đất hoặc giao đất theo quy định của Luật Đất đai và trong thời hạn 30 ngày, các địa phương phải có ý kiến chính thức đối với lô đất DN tiếp tục sử dụng sau CPH, giá đất để xác định giá trị đất trong giá trị DN và hoàn tất các thủ tục liên quan đến đất đai trước khi chính thức chuyển sang CTCP. Tuy nhiên, thực tế thì hầu hết các địa phương đều không đưa ra ý kiến đối với phương án sử dụng đất của DN CPH đúng thời hạn.
+ Khó khăn trong việc tìm nhà đầu tư chiến lược. Nhà đầu tư chiến lược đóng một vai trò rất lớn trong tiến trình CPH DNNN và phát triển thị trường chứng khoán Việt Nam, nhất là trong bối cảnh nền kinh tế hội nhập. Nhà đầu tư chiến lược có thế mạnh về vốn, công nghệ, trình độ quản lý và thị trường…sẽ góp phần làm đổi mới nhân sự và làm cho Hội đồng quản trị mạnh lên, bổ sung và nâng cao tiềm lực tài chính cho các doanh nghiệp Nhà nước được cổ phần hóa. Các nhà đầu tư chiến lược thường có uy tín và thương hiệu mạnh nên góp phần phát triển nhanh các DNNN CPH. Để đẩy nhanh tiến trình cải cách các DNNN phát triển theo đúng quỹ đạo của nó, đáp ứng với nền kinh tế thị trường, dưới góc độ vĩ mô thì Nhà nước cần phải quan tâm hơn để tạo điều kiện để các nhà đầu tư chiến lược tham gia đầu tư vào các DNNN, dưới góc độ vi mô thì mỗi DNNN nên tìm cho mình những nhà đầu tư chiến lược phù hợp nhằm đảm bảo cho một chiến lược phát triển dài hạn và vững chắc. Vai trò của nhà đầu tư chiến lược quan trọng như vậy nhưng trong số 4.000 DNNN đã được CPH và chuyển đổi hình thức hoạt động mới chỉ có 2 doanh nghiệp tìm được nhà đầu tư chiến lược, đó là Tổng công ty cổ phần Bảo hiểm Bảo Việt (với sự tham gia của HSBC) và Tổng công ty cổ phần Bia rượu, nước giải khát Hà Nội (với sự tham gia của Carberg). Hạn chế là nền kinh tế Việt Nam mới thích nghi với hội nhập, chúng ta chưa có kinh nghiệm tìm kiếm nhà đầu tư chiến lược. Các văn bản pháp lý điều tiết việc CPH DNNN đã được thay đổi rất nhiều lần nhưng vẫn bất cập về giá bán và số lượng. DNNN muốn nhà đầu tư chiến lược mua lượng lớn cổ phần, nắm giữ lâu dài và hỗ trợ doanh nghiệp phát triển, nhưng giá bán, theo quy định hiện hành lại không được thấp hơn giá đấu bình quân ra công chúng.
+ Các DNNN hầu hết có trang bị máy móc cũ kỹ, công nghệ lạc hậu, biên chế cồng kềnh, khả năng cạnh tranh thấp...Do đó khó có thể tiến hành CPH các doanh nghiệp này, số DN có mức thuận lợi đủ điều kiện để CPH
cũng quá ít và ngay trong những DN có lợi nhuận cao thì phần lớn Nhà nước lại chưa có ý định CPH. Điều này sẽ gây khó khăn cho việc lựa chọn các DNNN CPH cũng như thu hút sự hưởng ứng của đông đảo người có vốn muốn đầu tư bằng việc mua cổ phiếu. Kết quả khảo sát về đổi mới công nghệ tại các doanh nghiệp do Chương trình phát triển Liên hiệp quốc UNDP và Viện Nghiên cứu Quản lý Kinh tế Trung ương và Bộ Kế hoạch Đầu tư phối hợp tiến hành tại Hà Nội và Thành phố Hồ Chí Minh năm 2009 cho thấy, hầu hết các DNNN sau CPH đang sử dụng dây chuyền công nghệ, máy móc thiết bị đồng bộ thuộc thế hệ những năm 80 của thế kỷ 20; có tới 69% doanh nghiệp phụ thuộc vào nguyên liệu, vật liệu, 53% doanh nghiệp phụ thuộc vào thiết bị công nghệ nhập khẩu. Chỉ có khoảng 8% số doanh nghiệp đạt trình độ công nghệ tiên tiến. Mức độ đầu tư cho khoa học công nghệ rất khiêm tốn, chỉ vào khoảng 3% doanh thu/năm. Cũng theo kết quả khảo sát này thì hầu hết các DNNN sau CPH tiến hành đổi mới công nghệ một cách thụ động, mang tính tình huống, chủ yếu là công nghệ nhập khẩu từ nước ngoài.
+ Nợ của DNNN: Các DNNN sau CPH vẫn còn ôm những món nợ do khi chuyển đổi không xác định rõ trách nhiệm người phải trả. Đó cũng là nỗi lo của các cơ quan quản lý, các chủ nợ chủ yếu là ngân hàng và chính các doanh nghiệp. Vấn đề khó xử mà các cơ quan này nêu ra là những quy định việc kế thừa trách nhiệm về tài chính giữa DNNN trước đây và Công ty cổ phần sau này không rõ ràng. Để đẩy nhanh quá trình CPH DNNN khi hội nhập, Chính phủ đã yêu cầu các DNNN có trách nhiệm đối chiếu, xác nhận, thu hồi các khoản nợ phải thu, phải trả khi xác định giá trị doanh nghiệp cổ phần hóa. Tuy nhiên qua báo cáo của Thanh tra Chính phủ liên quan đến quá trình CPH DNNN cho thấy, nhiều doanh nghiệp không tổ chức đối chiếu đầy đủ các khoản công nợ dẫn đến phản ánh không đúng giá trị DN và ảnh hưởng
tới việc bàn giao sang công ty cổ phần mới vì các DN này cho rằng quy định này khó triển khai, mất thời gian.
+ Lao động dôi dư: Sau CPH, các DNNN còn phải đối mặt với một vấn đề lớn là kế thừa một lực lượng lao động dôi dư đáng kể từ doanh nghiệp cũ chuyển sang có trình độ thấp. Lao động dôi dư là lực cản không nhỏ với sự phát triển của DN sau CPH, làm tăng thêm những khoản chi như đào tạo lại cho người có trình độ thấp mà nếu không có nó, DN có thể đầu tư mở rộng sản xuất hoặc tăng lương cho những người có chuyên môn cao để từ đó khuyến khích họ tích cực lao động và cống hiến nhiều hơn cho sự phát triển của DN.
Chính sách ưu đãi cho người lao động được tính chủ yếu theo thời gian làm việc cho Nhà nước dẫn đến tình trạng những người có thời gian làm việc lâu năm nhất cho doanh nghiệp và các cơ quan Nhà nước, người sắp về hưu sẽ không thể tiếp tục làm việc tại doanh nghiệp, lại là người được hưởng chính sách ưu đãi để có thể sở hữu cổ phần nhiều nhất. Còn những lao động trẻ, những người có sức khỏe, năng động, là nguồn nhân lực chính của các DNNN nói riêng và của đất nước nói chung trong nền kinh tế hội nhập thế giới, những người có thể làm việc gắn bó lâu dài với doanh nghiệp, sẽ sở hữu ít cổ phần hơn. Như vậy, mục tiêu tạo điều kiện cho người lao động, những người gắn bó lâu dài, có điều kiện làm chủ DN rất khó đạt được.
+ Về tư tưởng và tâm lý của đại đa số mọi người trong xã hội còn chưa quen với vấn đề mới mẻ này, thậm chí còn có những phản ứng nhất định ở những người đang sống yên ổn trong khu vực của Nhà nước. Một số lo ngại sự “chệch hướng xã hội chủ nghĩa”, vì cho rằng: nếu thúc đẩy nhanh quá trình cổ phần hóa sẽ thu hẹp phạm vi của các DNNN, kinh tế Nhà nước suy yếu đi, vai trò điều tiết theo định hướng xã hội chủ nghĩa sẽ bị giảm sút, các thành phần kinh tế khác sẽ lấn át. Đa số các giám đốc, cán bộ quản lý DN thì ngần
ngại, thậm chí phản đối vì chuyển từ “người chủ” trở thành người “làm thuê cao cấp” sẽ chịu sự đánh giá và kiểm soát của Hội đồng quản trị và các cổ đông về trình độ và năng lực của mình. Cán bộ cấp trên doanh nghiệp e ngại mất đi quyền lực với DNNN và các lợi ích cá nhân gắn với DNNN trực thuộc. Những người lao động thì lo sợ sự xáo trộn có thể xảy ra khi cổ phần hóa, việc làm thu nhập bị ảnh hưởng xấu. Do đó dẫn đến thái độ thờ ơ với cổ phần hóa, thậm chí chạy trốn cổ phần hóa bằng nhiều cách. Ví dụ: sát nhập vào DNNN khác khi doanh nghiệp nằm trong danh sách phải cổ phần hóa.
+ Ngoài ra sự chưa ổn định trong chính sách vĩ mô của Nhà nước về pháp luật, thuế khóa và tiền tệ... nhiều chính sách kinh tế ra đời chồng chéo, mâu thuẫn lẫn nhau và thay đổi đột ngột; lạm phát chưa kiềm chế một cách chắc chắn, sự đổi mới của hệ thống ngân hàng và cơ chế hoạt động tín dụng quá chậm trễ so với đòi hỏi của cơ chế thị trường...Điều đó cũng là nguyên nhân gây bất lợi cho quá trình cổ phần hóa doanh nghiệp Nhà nước.
Nhà nước thiếu một nguồn tài chính cần thiết để giải quyết hàng loạt các vấn đề liên quan đến chương trình cổ phần hóa như: các khoản trợ cấp