Trốn thuế đã và đang làm ảnh hưởng không nhỏ đến sự phát triển của nền kinh tế và sự bình ổn về chính trị – xã hội của nước ta cụ thể là:
Về chính trị
Tình hình tội phạm nói chung và trốn thuế nói riêng gây ảnh hưởng tới
uy tín của Đảng, vai trò quản lý của nhà nước. Nó làm giảm lòng tin của nhân dân vào sự lãnh đạo của Đảng, vào kỷ cương pháp luật và khả năng quản lý điều hành của bộ máy nhà nước. Đồng thời làm tha hoá biến chất không ít cán bộ Đảng viên trong bộ máy quản lý Nhà nước.
Về kinh tế
Nhà nước không chỉ duy trì sự tồn tại và hoạt động của bộ máy Nhà
nước, trật tự an toàn xã hội, an ninh quốc gia mà còn nhiệm vụ điều hành quản lý kinh tế, chăm lo quản lý cho người dân. Vì thế, Nhà nước phải đảm bảo nguồn thu cho ngân sách trong đó thuế chiếm vai trò chủ yếu. Trốn thuế làm giảm nguồn thu, mất cân đối trong ngân sách, dẫn đến bội chi ngân sách Nhà nước, không đáp ứng đủ điều kiện vật chất để Nhà nước quản lý và điều hành nền kinh tế một cách có hiệu quả.
Về xã hội
Trốn thuế cũng ảnh hưởng tới việc thực hiện công bằng xã hội và gây
ra các tiêu cực khác. Công bằng xã hội không thực hiện đầy đủ, trước hết là công bằng trong nghĩa vụ đóng thuế giữa đối tượng sản xuất kinh doanh trong xã hội, chủ sản xuất kinh doanh trong cùng một ngành nghề, mặt hàng. Người trốn lậu thuế có thể giảm giá bán, đẩy nhanh việc tiêu thụ, thu hồi vốn nhanh trong khi người không trốn thuế bán sản phẩm với giá cao do đó số lượng hàng bán ít hơn, sản xuất không phát triển và có thể đi tới phá sản.
Mặt khác, trốn thuế tạo điều kiện cho sản xuất kinh doanh trái pháp luật, hoạt động thu lời bất chính phát triển, ảnh hưởng đến quyền và lợi ích của các thành viên trong xã hội, tạo điều kiện cho phân hoá giàu nghèo, gây bất hợp lý trong phân phối thu nhập.
Thực trạng trốn thuế ở Việt Nam đòi hỏi phải xử lý nghiêm đối với loại tội phạm này để đảm bảo nguồn thu cho ngân sách Nhà nước và tạo môi trường cạnh tranh công bằng, bình đẳng cho các doanh nghiệp.
Do tính phức tạp của loại án này, việc thu thập chứng cứ, lấy lời khai người làm chứng, hỏi cung bị can là rất quan trọng phục vụ cho việc chứng minh tội phạm nên các cơ quan tiến hành tố tụng phải chú trọng đến việc thu thập chứng cứ, cả chứng cứ buộc tội và chứng cứ gỡ tội, các tình tiết tăng nặng, giảm nhẹ trách nhiệm của người phạm tội.. Do vậy, trong thời gian 5 năm (2002 – 2006) trong tổng số các vụ án mà Viện kiểm sát các cấp đã thụ lý và giải quyết chỉ có 02 vụ với 03 bị can tạm đình chỉ và 11 vụ với 29 bị can đình chỉ. Nhìn chung, công tác thực hành quyền công tố và kiểm sát điều tra án hình sự về trốn thuế đã có nhiều chuyển biến tích cực. Kết quả điều tra, truy tố đều đảm bảo đúng người, đúng tội, đúng pháp luật.
Việc đấu tranh phòng, chống tội phạm về thuế mặc dù đã đạt được những kết quả nhất định, tuy vậy, các cơ quan chức năng làm nhiệm vụ này trên thực tế gặp nhiều khó khăn, Cơ quan điều tra, Viện kiểm sát các địa phương khi giải quyết các hành vi vi phạm và phạm tội trốn thuế đều đã phải có văn bản xin ý kiến chỉ đạo xử lý, chẳng hạn như Cơ quan điều tra, Viện kiểm sát các tỉnh, thành phố Quảng Ninh, Hà Nội, Huế, thành phố Hồ Chí Minh… đều vướng mắc vì những quy định về tội trốn thuế trong Bộ luật hình sự hiện hành cũng như việc áp dụng các quy định này trong thực tiễn vẫn còn một số bất cập như việc xác định hành vi trốn thuế, chủ thể của tội trốn thuế, định lượng số tiền trốn thuế là dấu hiệu định tội hay định khung
tăng nặng… Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về kinh tế và chức vụ (C15) của Bộ Công an và Vụ thực hành quyền công tố và kiểm sát điều tra án kinh tế, chức vụ (Vụ 1) Viện kiểm sát nhân dân tối cao đã tổ chức họp liên ngành nhiều lần để thống nhất và hướng dẫn cho các địa phương để giải quyết tình trạng những vướng mắc kể trên. Tuy nhiên, đó chỉ là biện pháp giải quyết tình thế, thực tế những vướng mắc này chưa thể được giải quyết khi chưa có các văn bản hướng dẫn thực hiện.