Cơ cấu nguồn vốn ảnh hưởng tới cơ cấu tài sản và quyết định chi phí của Ngân hàng. Cơ cấu huy động phải phù hợp với cơ cấu sử dụng. Nếu cơ cấu nguồn huy động không phù hợp, không đáp ứng được yêu cầu sử dụng thì sẽ không tối đa được dư nợ tín dụng và đầu tư, ngược lại cơ cấu huy động nhiều mà sử dụng không hết thì hoạt động không hiệu quả, Ngân hàng vẫn phải chịu lãi suất trên phần huy động thừa. Cơ cấu nguồn vốn của một Ngân hàng được xem là hợp lý nếu các thành phần của nó đáp ứng được kế hoạch sử dụng vốn và chi phí huy động thấp nhất.
Cơ cấu vốn huy động theo kỳ hạn
Để phục vụ công tác quản lý nguồn vốn, NHTM rất quan tâm đến cơ cấu kỳ hạn của nguồn vốn. Các nguồn vốn của NHTM tại một thời điểm nào đó được phân chia thành các nhóm khác nhau tuỳ thuộc vào ngày đến hạn dự kiến của nguồn vốn đó. Từ đó có thể dự báo một cách tương đối về quy mô nguồn vốn đến hạn (có thể bị rút ra) trong khoảng thời gian tương ứng như: trả theo yêu cầu, 1-30 ngày, 1-3 tháng, 3-6 tháng, 6-12 tháng, trên 12 tháng). Báo cáo về cơ cấu kỳ hạn là công cụ quan trọng được sử dụng để phân tích, so sánh biến động cơ cấu kỳ hạn tại các thời điểm khác nhau, phân tích sự tương thích giữa nguồn vốn và sử dụng vốn, quản lý rủi ro lãi suất. Tính ổn định của nguồn vốn được phản ánh qua kỳ hạn danh nghĩa của nguồn vốn. Các kỳ hạn danh nghĩa càng dài thì lãi suất càng cao. Nhìn chung, khi đã lựa chọn gửi tiền theo mục đích tiết kiệm thì những người gửi tiền đều cố gắng duy trì kỳ hạn danh nghĩa đó để hưởng mức lãi suất cao nhất.
Tuy nhiên, có những khoản tiền gửi có kỳ hạn của khách hàng đến hạn nhưng vẫn tiếp tục duy trì với kỳ hạn đó. Trên thực tế, đây dược coi là những khoản tiền gửi trung và dài hạn. Kỳ hạn thực tế của nguồn tiền là thời gian mà khoản tiền đế liên tục tồn tại trong Ngân hàng. Giống như kỳ hạn danh nghĩa, một số nguyên nhân khác gây ảnh hưởng đến kỳ hạn thực tế là: nhu cầu chi tiêu đột xuất, lãi suất cạnh tranh của các Ngân hàng khác, lãi suất giữa các nguồn tiền khác nhau và tỷ giá hối đoái... sẽ gây ra sự dịch chuyển tiền từ Ngân hàng này sang Ngân hàng khác, từ kỳ hạn này sang kỳ hạn khác và thay đổi cơ cấu ngoại tệ và nội tệ ngay trong chính mỗi Ngân hàng. Các nhà quản lý Ngân hàng phải tổng hợp các số liệu thống kê để thấy mỗi biến động của mỗi nguồn, nhóm nguồn, tìm số dư thấp nhất trong quý, trong 1 năm và nhiều năm và các nhân tố ảnh hưởng đến sự thay đổi số dư của nguồn, từ đó đo được kỳ hạn thực tế của nguồn. Việc phân tích, đo lường kì hạn thực tế của nguồn tiền là cơ sở để Ngân hàng quản lý thanh khoản, chuyển hoán kỳ hạn của nguồn, sử dụng các nguồn có kỳ hạn ngắn để cho vay với kỳ hạn dài hơn.
Cơ cấu vốn huy động theo loại tiền
Cơ cấu vốn huy động theo loại tiền của Ngân hàng bao gồm vốn nội tệ và ngoại tệ. Vốn nội tệ phục vụ cho nhu cầu tín dụng trong nội địa, còn vốn ngoại tệ thì chỉ những doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực xuất nhập khẩu mới được Ngân hàng cho vay, thanh toán hộ. Ngân hàng chỉ có thể chuyển đổi 15% số vốn ngoại tệ huy động được sang VNĐ để cho vay. Một khi nhu cầu vốn nội tệ tăng lên nhưng không đủ đáp ứng, trong khi nguồn vốn ngoại tệ lại dư thừa, vẫn phải trả lãi sẽ làm tăng chi phí của Ngân hàng. Như vậy, chính nhu cầu sử dụng vốn nội tệ hay ngoại tệ sẽ ảnh hưởng đến chính sách huy động vốn nội tệ và ngoại tệ của Ngân hàng.