Cơ cấu tổ chức của Công ty TNHH Phát triển Công nghệ Hệ thống được xây dựng theo kiểu trực tuyến chức năng, giám đốc công ty được phó giám đốc tham mưu trước khi ra quyết định. Giám đốc công ty chịu trách nhiệm về mọi mặt và toàn quyền quyết định các vấn đề có liên quan trong nội bộ công ty. Với kiểu cơ cấu này có mối quan hệ theo chiều dọc và chiều ngang.
2.2.3.1. Quan hệ theo chiều dọc
Hệ thống điều hành sản xuất kinh doanh trong công ty gọi là hệ thống quản lý theo tuyến, mối quan hệ ở đây thể hiện từ trên xuống gọi là quan hệ theo chiều dọc. Quản lý điều hành dọc từ cấp trên xuống các phòng ban và xuống các trung tâm, xí nghiệp. Cán bộ quản lý đảm nhiệm một số nhiệm vụ, một số khâu nhất định phù hợp với năng lực, sở trường của từng người.
Đứng đầu các phòng ban, phân xưởng là các trưởng phòng, quản đốc chịu trách nhiệm chỉ huy và điều hành mọi hoạt động của đơn vị mình. Trên cơ sở chuyên môn năng lực của mỗi nhân viên trong mỗi phòng ban, tổ đội, trưởng phòng sẽ phân công công việc cho từng người và người đó sẽ chịu trách nhiệm trước trưởng phòng . Tuy nhiên việc phân công công việc đôi lúc chưa đúng người đúng việc dẫn đến hiệu quả công việc chưa cao. Trong quá trình giải quyết công việc các bộ phận chức năng đều phải báo cáo với cấp trên, nhưng mặt này cũng không được kịp thời. Mặt khác công ty đã đề ra một số quy chế quản lý như: quy chế phân cấp tài chính, quy định về quản lý hợp đồng và một số quy định khác về tuyển chọn lao động... Mục đích là nhằm giám sát toàn bộ hoạt động của các đơn vị để khi đề xuất với giám đốc công ty, đều được giám đốc đưa xuống các phòng ban chức năng xem xét trước khi
Qua sơ đồ tổ chức ta thấy Công ty TNHH Phát triển Công nghệ Hệ thống có 6 phòng ban và phân xưởng, chịu trách nhiệm điều hành chung là các trưởng phòng, quản đốc... Đi sâu cụ thể từng phòng ban, phân xưởng ta thấy mỗi người có một nhiệm vụ nhất định được cấp trên giao phó và người đó phải có nghĩa vụ thực hiện chẳng hạn: phải thu thập, chỉnh lý, bổ sung những thông tin ban đầu về một số lĩnh vực, một số vấn đề được quy định trước, sau đó báo cáo cho trưởng phòng, trưởng phòng có nhiệm vụ xử lý các thông tin ấy để đề ra các quyết định giải quyết công việc.
Về hợp tác giữa các phòng ban chức năng ở công ty vẫn còn thả lỏng, trong khi làm việc vẫn còn duy trì phong cách quan liêu, chưa có tác phong công nghiệp. Trong quá trình phân tích công việc có lúc thủ trưởng này sử dụng kết quả của nhân viên ở bộ phận khác, hoặc tài liệu kết quả của ban kia... Như vậy việc chậm trễ hoặc sai sót và thiếu chính xác ở các phòng ban này sẽ dễ dàng lan truyền ra các phòng ban khác, và một loại sai sót, thiếu chính xác kéo theo, do đó sẽ ảnh hưởng đến nhiệm vụ sản xuất kinh doanh của công ty.
Việc bố trí các cấp theo chiều dọc như trên giúp giám đốc công ty nắm sát được các hoạt động của công ty. Tuy nhiên kiểu bố trí như vậy cũng bộc lộ nhược điểm như: thời gian xử lý các thông tin thường chậm, vì phải thông qua các phòng ban chức năng rồi mới tới phân xưởng và cuối cùng mới tới người công nhân. Giữa các phòng ban trong công ty nếu không phối hợp tốt, không nhịp nhàng ăn ý thì sẽ dẫn đến chồng chéo, thậm chí có thể trái ngược nhau hoặc hiểu sai vấn đề trong việc ban hành các chỉ thị hướng dẫn.
Toàn bộ hệ thống quản lý được chia ra thành nhiều chức năng và phân công lao động sao cho đúng người, đúng việc. Việc phân bố theo chức năng là căn cứ vào trình độ chuyên môn, kỹ năng, kỹ xảo, cùng các điều kiện lao động khác của lao động quản lý, phân nhóm lao động quản lý có cùng chức năng vào một bộ phận, từ đó thành lập lên các phòng ban (trung tâm, xí nghiệp), các phòng ban này có trọng trách phân công cho các lao động trong phòng. Quan hệ theo chiều ngang yêu cầu các phòng ban phải có sự phối kết hợp với nhau trong việc giải quyết công việc. Tuy nhiên mối quan hệ này tại công ty nhiều lúc chưa ăn khớp dẫn đến công việc bị ùn tắc.
Muốn khắc phục tình trạng này phải có phương hướng giải quyết như: Định rõ tính chất công việc, giao nhiệm vụ cho từng người, từng phòng ban, phân xưởng rõ ràng tránh tình trạng bị chồng chéo công việc và tránh bị đùn đẩy, ỷ lại...
Những công việc mà sử dụng kết quả của nhau thì phải có quy định rõ về thời gian, địa điểm chuyển giao hoặc thông báo số liệu, mức độ kết quả có liên quan.