Hệ thống mục lnc phiếu (gọi tắt là hệ thống mục lục) cua Trung tâm vẫn được duy trì và hầu hết đã đưọc làm lại, do có sự tổ chức lại kho sách theo yêu cầu mới. Hệ thống mục lục là sản phẩm của quá trình xử tập trung tài liệu và được in ra từ CSDL sách, tạp chí, luận án của Trung tâm. Riêng hệ thống mục lục sách tiếng việt, Anh, Pháp đã có hơn 74.000 nghìn phiếu. Xét theo cấu tạo, hệ thống mục lục của Trung tâm có 2 loại: mục lục chữ cái (MLCC) và mục lục phân loại (MLPL). Còn theo ý nghĩa sử dụng, hệ thống bao gồm: mục lục phòng đọc, mục lục phòng mượn. Các phiếu mô tả của mục lục đều theo quy tắc mô tả ISBD và được in ra từ CSDL chính. Hệ thống MLCC được trình bầy sang sủa trong các tủ phích mới, nên bạn đọc sử dụng rất tiện lợi.
Hệ thống MLPL được cấu tạo trên cơ sở cấu trúc của 3 bảng phân loại đang dùng hiện nay ở Trung tâm. Bảng BBK cho kho sách Thư viện ĐHTHHN cũ; Bảng phân loại thập tiến tổng hợp 17 lớp của Thư viên Quốc gia Việt nam (gọi tắt là PTB), cho kho sách Thư viện ĐHNN; và bảng DDC rút gọn 3 câp cho kho
tài liệu tra cứu - kho sách mở của Trung tâm. Đây là một thực tế do lịch sử để lại. Bảng phân loại của các của các thư viện đại học thánh viên áp dụng khác nhau, nếu thay đổi chỉ áp dụng một bảng phân loại nào đó thì toàn bộ các kho sách cũ (hàng trăm ngàn bản)phải phân loại lại gây rất nhiều tốn kém. Do vậy Trung tâm đã dùng biện pháp tình thế là các kho sách phuc vụ theo kiểu kho kín đã có từ trước vẫn phân loại theo bảng phân loại lâu nay đã sử dụng. Chi phân loại theo bảng DDC rút gọn cho kho phục vụ kiểu mở, trước mắt là các kho tài liệu tra cứu. Biện pháp này đã không làm gián đoạn việc tổ chức và đưa vào khai thác hệ thống MLPL phiếu truyền thống.
Tuy nhiên do sử dung 3 bảng phân loại trong một thư viện nmr vậy, nên khi xử lý tài liệu trên máy tính, cán bộ biên mục phải đưa 3 ký hiệu phân loại khác nhau vào các trường ký hiệu phân loại của bản ghi, đối với tài liệu đưực phân ở tất cả các kho. Do vậy trong hệ thống tra cứu trốn máy tính (mục lục điện tử) có đến 3 điểm tiếp cận đến tài liệu từ 3 ký hiệu phân loại khác nhau. Những vấn đề này gây phức tạp cho cán bộ biên mục và khó khăn cho bạn đọc. Chính vì vậy vấn đề nghiẽn cứu để sử dụng một bảng phân loại tài liệu cho Trung tâm đã được đạt ra.
Hệ thống mục lục phiếu của Trung tâm vản phát huy tác dụng trong điều kiện tin học hoá hiện nay. Hệ thống này hỗ trợ đắc lực cho hệ thống mục lục điện tử đang có ở Trung tâm. Qua một cuộc điều tra năm 1999, trong số 200 ban đọc được hỏi có đến 52% ý kiến trả lời là vẫn sử dụng hệ thống mục lục phiếu [20].