Bên cạnh những thành công công ty đạt được, cơ cấu tổ chức của công ty còn tồn tại nhiều hạn chế :
- Việc lựa chọn cơ cấu tổ chức trực tuyến chức năng là phù hợp với hoạt động sản xuất kinh doanh của công ty, song mô hình này không đáp ứng được nhu cầu phát triển của công ty trong tương lai nếu không có sự điều chỉnh cho phù hợp.
Sự đảm bảo phân chia các phòng ban chức năng kiến cho mỗi đơn vị chức năng chỉ chăm chú theo đuổi mục tiêu của mình mà quyên đi mục tiêu tập chung của tổ chức điều đó làm giảm sự đoàn kết trong công ty, ảnh hưởng đến hoạt động sản xuất kinh doanh của công ty.
Việc phân bổ nhân lực vào các phòng ban chưa hợp lý dẫn đến sự thừa thiếu nhân lực ở các phòng ban, gây tốn kém về chi phí mà hoạt động sản xuất kinh doanh của công ty lại không hiệu quả. Trong phân công lao động chưa phù hợp với trình độ giới tính, độ tuổi, vì vậy chưa phát huy được năng lực sáng tạo của công nhân viên.Vào những thời điểm có nhiều đơn hàng thì phỏng kế toán và phòng sản xuất lại thiếu người trong khi các phòng ban khác thừa người.
Việc trao đổi thông tin, phối hợp giữa các phòng ban chức năng còn hạn chế làm giảm sự gắn kết trong công ty. Quá trình thông tin theo chiều ngang giữa các phòng ban
trong công ty diễn ra rất chậm chạp và không mang lại hiệu quả. Phòng kinh doanh còn chưa cung cấp thông tin kịp thời và chính xác về tình hình thị trường cho phòng sản xuất, phòng kế toán cũng như các phòng ban khác nên các phòng ban này chưa phát huy được tính năng động sáng tao của mình. Điều này cho thấy sự phối hợp giữa các phòng ban trong công ty chưa nhịp nhàng. Vấn đề hợp tác giữa các phòng ban còn hạn chế, khi làm việc chưa có tác phong công nghiệp.
Trình độ của cán bộ công nhân viên chưa cao, nhất là các công nhân tại các bộ phận sản xuất, đa phần là lao động phổ thông, có rất ít lao động có trình độ đại học trở lên. Điều này gây khó khăn cho công ty bởi công nhân khó có thể tiếp nhận và làm chủ công nghệ mới trong quá trình sản xuất, mà hiện nay công ty đang tăng cường đầu tư các trang thiết bị máy móc hiện đại nhằm nâng cao năng suất lao động và chất lượng các sản phẩm làm ra. Công nhân không thể làm chủ được công nghệ và các trang thiết bị hiện đại, thường lúng túng khi thực hiện các hoạt động nghiệp vụ cho nên không thể phát huy hết công suất của máy móc, thiết bị. Do đó hiệu quả sản xuất kinh doanh chưa cao như kế hoạch đã đề ra.
Việc bố trí công việc của cán bộ quản lý còn chưa đúng với chuyên môn. Trưởng phòng kinh doanh là cán bộ phân xưởng sản xuất được điều chuyển tăng cường nên kiến thức về kinh doanh còn hạn chế. Do không làm đúng chuyên môn nên việc chỉ đạo các công việc trong phòng khi được cấp trên giao nhiệm vụ gặp rất nhiều khó khăn. Phòng kinh doanh còn chưa có nhân viên nghiên cứu và tìm hiểu thị trường nên không cung cấp thông tin cho các phòng ban khác trong công ty một cách chính xác, đầy đủ và kịp thời.
Việc khen thưởng động viên nhân viên của công ty còn chưa hợp lý, chưa có chế độ khuyến khích xứng đáng với người lao động. Việc đề bạt thăng cấp vẫn chủ yếu áp dụng nguyên tắc “sống lâu lên lão làng” mà chưa chú ý đến năng lực thực sự của người lao động. Do đó chưa tạo được động lực cho nhân viên phấn đấu làm việc, phát huy hết khả năng của mình để thăng tiến trong công việc.